genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90904483--90904691	46	4.5	46	75	12	162	28	20	26	23	1.99
90913366--90913584	46	4.6	44	72	15	147	26	20	29	23	1.99
90919999--90920068	22	3.2	22	75	0	68	37	8	20	34	1.83
90922809--90922858	21	2.6	19	84	9	57	24	4	12	60	1.49
90922809--90922858	18	2.5	20	81	15	59	24	4	12	60	1.49
90923247--90923290	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
90926275--90926299	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
90931724--90931828	45	2.3	44	83	4	138	41	8	21	27	1.82
90942150--90942273	30	4.1	30	90	1	185	25	24	6	43	1.78
90955974--90956025	13	3.8	13	87	12	70	69	0	5	25	1.10
90956259--90956314	20	2.8	19	91	8	85	64	0	35	0	0.94
90956264--90956325	15	4.1	15	75	6	54	66	0	33	0	0.92
90963495--90963561	4	16.5	4	76	17	59	68	1	29	0	0.98
90963491--90963563	11	7.7	10	74	22	61	68	1	30	0	0.98
90963491--90963561	15	5.1	14	75	21	69	69	1	29	0	0.98
90963495--90963563	19	3.7	18	81	18	79	68	1	30	0	0.99
90963487--90963561	23	3.2	22	76	17	71	69	1	29	0	0.97
90967463--90969351	943	2.0	945	84	4	2465	31	18	17	32	1.95
90971796--90971857	22	2.8	22	81	13	74	43	1	1	53	1.20
90973877--90973925	18	2.8	18	84	6	57	32	4	2	61	1.26
90974194--90974251	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
90977442--90977471	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90985571--90986328	205	3.7	205	92	0	1196	30	18	21	28	1.97
90986977--90987025	24	2.0	24	84	4	62	61	10	24	4	1.45
90987979--90988089	7	16.1	7	72	21	76	36	4	0	58	1.18
90987986--90988089	18	5.8	18	72	19	76	36	4	0	58	1.19
90987976--90988100	40	3.2	40	76	16	136	35	4	0	59	1.24
90988380--90988437	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
90991542--90991566	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
90993540--90993573	15	2.3	15	90	5	52	58	0	0	41	0.98
90993910--90993942	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
90994007--90994054	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
90994276--90994347	31	2.3	31	85	7	92	50	15	2	31	1.58
90996695--90996780	31	2.7	31	87	3	109	58	19	6	15	1.60
90997015--90997055	21	2.0	21	95	0	73	0	48	19	31	1.49
90997474--90997502	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
90997669--90997707	17	2.4	16	86	4	51	51	0	12	35	1.40
91011044--91011093	24	2.1	24	96	0	91	24	16	8	52	1.70
91015827--91016375	47	11.6	47	93	2	920	32	8	29	29	1.87
91015827--91016375	96	5.8	94	95	1	920	32	8	29	29	1.87
91016493--91016593	36	2.8	36	93	1	166	25	18	29	25	1.98
91017882--91018131	40	6.2	40	91	3	369	25	20	27	26	1.99
91022171--91022712	47	11.5	46	94	3	870	32	8	29	29	1.87
91022171--91022716	140	3.9	140	95	2	950	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91022833--91022930	36	2.7	36	90	3	144	26	17	29	26	1.97
91026470--91027018	47	11.6	47	94	2	938	32	8	29	29	1.87
91026470--91027018	190	2.9	190	95	1	960	32	8	29	29	1.87
91027137--91027235	36	2.8	37	87	6	141	26	18	28	27	1.98
91032188--91032255	27	2.5	27	80	0	82	23	16	17	42	1.88
91035691--91035788	28	3.5	28	85	0	115	34	11	27	26	1.90
91038702--91038818	27	4.4	26	69	23	82	30	2	2	64	1.21
91038698--91038896	53	3.8	52	72	18	151	29	3	3	63	1.26
91038750--91038808	23	2.6	23	83	8	75	32	3	1	62	1.21
91038714--91038863	16	9.9	14	69	19	54	30	3	2	64	1.21
91052520--91052832	44	7.1	44	91	0	500	29	14	27	28	1.95
91052520--91052879	132	2.7	132	85	5	471	29	15	27	28	1.96
91054415--91054488	27	2.8	27	68	24	66	33	4	4	58	1.36
91054465--91054555	21	4.5	21	67	20	77	31	3	1	63	1.17
91054462--91054669	9	20.6	10	65	24	50	31	3	2	62	1.26
91054569--91054634	33	2.0	33	81	0	78	30	6	3	60	1.36
91061126--91061198	28	2.6	28	88	0	119	35	13	23	27	1.92
91077728--91077818	33	2.7	34	78	13	107	30	26	21	20	1.98
91078156--91078343	27	7.0	27	82	3	209	25	19	18	37	1.94
91078157--91078343	81	2.3	82	83	10	235	25	18	18	37	1.93
91081727--91081756	13	2.2	14	94	5	53	26	13	13	46	1.80
91083041--91083088	21	2.3	21	82	7	53	64	0	2	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91083118--91083168	17	2.9	17	88	2	66	52	0	11	35	1.38
91083499--91083573	14	5.3	14	75	10	64	65	0	2	32	1.07
91083499--91083567	26	2.4	30	81	13	76	63	0	2	33	1.09
91083479--91083568	12	7.1	12	70	25	53	63	1	2	33	1.14
91085233--91085981	206	3.6	206	90	1	1151	28	22	18	30	1.97
91097137--91097361	40	5.6	39	83	7	254	27	28	20	23	1.99
91097163--91097361	83	2.4	83	88	2	296	27	28	20	23	1.99
91105285--91105429	40	3.6	40	86	7	195	24	27	23	24	2.00
91109263--91109319	5	11.2	5	74	10	53	64	0	5	29	1.15
91109263--91109320	10	5.7	10	78	11	64	65	0	5	29	1.14
91109422--91109462	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
91109805--91109873	30	2.4	30	86	9	92	63	0	1	34	1.03
91109805--91109879	14	5.3	14	76	12	73	65	0	1	33	1.01
91109807--91109907	7	14.3	7	67	20	50	62	0	3	33	1.14
91109787--91109930	56	2.6	53	73	25	127	61	1	2	34	1.19
91109790--91109873	26	3.0	29	78	13	97	61	1	1	35	1.11
91109785--91109874	12	7.1	12	69	23	60	63	1	1	34	1.09
91109802--91109930	11	11.4	11	70	18	68	62	0	3	33	1.16
91115837--91115890	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
91116136--91116382	49	5.0	50	81	3	275	25	18	26	29	1.98
91118859--91118934	40	1.9	40	83	5	100	34	22	14	28	1.93
91122356--91122458	42	2.4	42	81	10	120	28	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91133432--91133698	104	2.6	104	92	2	455	18	20	30	29	1.97
91140910--91141174	103	2.6	103	91	3	419	18	20	30	30	1.97
91146088--91146244	43	3.7	43	71	10	142	26	17	26	29	1.97
91151708--91151755	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
91151803--91151872	25	2.8	25	91	0	104	25	25	22	25	2.00
91151802--91151885	25	3.4	25	81	12	86	28	23	22	25	1.99
91152119--91152183	31	2.1	32	88	5	98	29	15	24	30	1.96
91157217--91157302	27	3.2	25	80	8	91	22	22	18	37	1.94
91158472--91158506	18	1.9	18	88	11	54	71	2	0	25	1.00
91159327--91159393	33	2.0	33	100	0	134	38	5	17	37	1.75
91159767--91159817	24	2.1	25	92	3	86	17	15	31	35	1.92
91172768--91172812	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
91175082--91175172	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
91175189--91175310	22	5.3	22	63	30	58	24	27	13	35	1.92
91175186--91175571	47	8.2	47	92	0	583	26	28	11	33	1.91
91175305--91175382	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
91175450--91175523	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
91177872--91177897	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
91190198--91190236	21	1.9	20	84	5	51	30	17	7	43	1.77
91192029--91192080	25	2.1	25	82	7	61	53	19	5	21	1.65
91195107--91195215	58	1.9	57	81	12	134	37	22	12	26	1.91
91206737--91206771	18	1.9	19	88	11	56	77	8	2	11	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91208905--91208993	27	3.3	26	71	11	74	38	16	20	24	1.93
91213511--91213577	24	2.8	24	71	8	64	28	32	2	35	1.72
91215233--91215469	108	2.2	108	97	0	447	24	35	20	18	1.95
91218251--91218298	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
91218335--91218377	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
91218342--91218385	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
91218431--91218555	24	5.2	24	88	6	191	31	20	20	28	1.97
91218767--91218830	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
91220563--91220713	43	3.5	43	79	6	144	33	25	13	27	1.94
91226039--91226094	27	2.1	27	100	0	112	39	12	17	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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