genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73628676--73628711	18	2.0	18	88	0	54	30	47	8	13	1.73
73629243--73629289	13	3.6	13	88	8	69	25	0	4	70	1.05
73629237--73629287	9	5.8	9	76	21	54	23	0	1	74	0.92
73630870--73630921	13	4.0	13	87	7	70	25	1	3	69	1.16
73630864--73630914	9	5.8	9	76	21	54	23	0	1	74	0.92
73637408--73637450	22	2.0	22	86	9	61	25	9	6	58	1.54
73637456--73637500	18	2.5	18	85	7	56	33	2	2	62	1.20
73652773--73652840	24	2.9	23	82	4	82	50	8	1	39	1.43
73654566--73654611	23	2.0	23	82	0	56	56	8	13	21	1.63
73654598--73654645	21	2.3	20	80	16	53	75	0	10	14	1.06
73654619--73654646	13	2.2	13	100	0	56	78	0	7	14	0.95
73659504--73659560	30	1.9	30	85	7	80	10	28	38	22	1.87
73663509--73663577	24	2.9	24	89	4	95	46	8	5	39	1.59
73666177--73666222	9	5.2	9	97	2	85	32	0	0	67	0.91
73670359--73670419	31	2.0	30	82	17	74	29	18	6	45	1.74
73672338--73672369	15	2.1	15	94	0	55	31	0	0	68	0.90
73675239--73675311	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
73687536--73687589	25	2.1	26	89	3	83	37	16	3	42	1.66
73691004--73691050	20	2.4	19	79	10	51	68	4	8	19	1.33
73694066--73694107	16	2.6	16	82	17	52	69	0	4	26	1.08
73708444--73708479	17	2.1	17	94	0	63	69	11	11	8	1.37
73722855--73722889	18	1.9	18	88	11	54	68	0	5	25	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73723664--73723690	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
73725455--73725504	22	2.3	21	86	10	66	16	32	34	18	1.92
73728947--73729071	48	2.6	48	88	0	169	28	31	13	26	1.94
73730156--73730226	13	5.5	13	87	0	106	38	25	8	28	1.85
73731110--73731230	60	2.0	60	100	0	242	44	14	9	30	1.78
73736306--73736477	46	3.7	46	79	13	217	22	20	27	29	1.99
73736303--73736472	93	1.8	93	94	0	304	21	21	28	28	1.99
73736701--73736738	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73742930--73742998	34	2.0	34	100	0	138	30	20	5	43	1.75
73743857--73744028	46	3.7	46	77	13	190	22	20	27	29	1.98
73743852--73744023	93	1.8	93	91	0	281	22	20	28	28	1.99
73749645--73749817	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
73749642--73749812	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
73751492--73751543	21	2.5	21	96	0	95	34	9	26	28	1.88
73752549--73752619	27	2.6	27	77	4	70	40	16	16	25	1.90
73756620--73756798	51	3.5	51	82	3	164	27	27	17	26	1.98
73767289--73767604	46	6.7	46	81	8	329	21	29	20	28	1.98
73767283--73767604	140	2.3	137	83	10	388	22	28	19	28	1.98
73767289--73767599	94	3.3	94	90	4	452	22	29	19	28	1.98
73770336--73770436	41	2.5	41	90	0	148	18	25	3	51	1.63
73783324--73783400	27	2.9	28	76	7	70	31	15	27	25	1.96
73790676--73791536	209	4.1	210	77	3	797	29	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73790727--73791581	140	6.1	140	80	3	787	29	24	18	27	1.98
73790677--73791545	70	12.4	69	74	5	595	29	24	18	27	1.98
73792293--73792356	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
73792334--73792358	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73796829--73796888	21	2.9	21	79	16	63	38	15	21	25	1.92
73797182--73797220	18	2.2	18	90	0	60	51	0	15	33	1.44
73797189--73797217	15	1.9	15	100	0	58	48	0	17	34	1.47
73798176--73798228	19	2.7	19	85	8	63	33	1	0	64	1.05
73800263--73800302	11	3.8	11	83	12	57	37	5	0	57	1.21
73800263--73800302	20	2.0	21	90	5	64	37	5	0	57	1.21
73803965--73804006	21	2.1	20	86	8	59	66	19	0	14	1.25
73804039--73804106	35	2.0	34	88	8	102	57	26	0	16	1.39
73805107--73805145	15	2.7	14	88	7	60	23	10	2	64	1.37
73805210--73805267	26	2.1	27	84	6	73	31	10	1	56	1.43
73805300--73805471	3	58.0	3	72	12	106	29	6	2	61	1.34
73805540--73805610	3	23.7	3	81	11	65	23	1	7	67	1.23
73811989--73812038	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
73823937--73823970	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21
73824451--73824611	12	14.6	11	73	21	101	65	1	1	31	1.11
73824456--73824611	29	5.7	28	75	17	134	66	0	1	31	1.08
73824458--73824609	63	2.5	59	82	10	173	66	0	1	30	1.07
73824459--73824606	32	4.7	31	76	18	112	66	0	2	31	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73824499--73824611	52	2.3	50	81	13	105	64	0	1	32	1.10
73824644--73824701	29	2.0	30	89	3	91	67	0	0	32	0.91
73826113--73826880	90	8.5	90	88	1	1047	28	26	13	30	1.94
73826111--73826880	361	2.1	359	87	1	1076	28	26	13	31	1.94
73838405--73838438	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21
73838904--73839078	17	10.2	16	69	22	90	64	1	1	32	1.11
73838911--73839068	7	22.0	7	70	23	82	66	0	1	31	1.07
73838911--73839077	12	13.6	12	74	19	96	65	0	1	31	1.07
73838909--73839077	45	3.9	45	78	15	164	65	0	1	31	1.07
73838914--73839077	32	5.4	31	76	18	107	65	0	1	31	1.07
73839110--73839167	29	2.0	30	89	3	91	67	0	0	32	0.91
73840629--73840657	14	2.1	14	100	0	58	41	0	27	31	1.56
73843236--73843268	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
73844605--73844725	61	2.0	61	95	0	215	36	20	18	24	1.95
73848009--73848060	20	2.6	20	77	17	54	34	1	0	63	1.06
73850594--73850622	12	2.3	13	94	5	51	68	0	3	27	1.05
73860129--73860184	22	2.6	20	81	15	67	62	0	10	26	1.28
73860606--73860681	20	4.0	20	75	11	70	38	0	2	59	1.12
73861178--73861237	22	2.7	24	80	16	67	26	3	5	65	1.29
73861176--73861237	24	2.7	23	83	14	67	27	3	4	64	1.29
73861715--73861853	41	3.4	40	75	5	136	43	15	21	19	1.88
73861894--73862010	35	3.3	35	76	5	110	28	29	3	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73862031--73862128	25	3.9	25	90	0	115	19	36	16	27	1.93
73866079--73866207	44	2.9	44	78	8	118	27	13	20	37	1.91
73867537--73867632	40	2.4	41	84	3	133	13	35	26	25	1.93
73868315--73868583	46	5.7	46	75	11	156	23	28	18	29	1.98
73876501--73876563	22	2.9	22	97	0	117	9	17	12	60	1.58
73876774--73876844	34	2.1	34	100	0	142	45	21	8	25	1.80
73878574--73878687	39	2.9	39	92	0	183	25	29	26	18	1.98
73884826--73884922	42	2.3	43	83	3	124	28	16	22	31	1.96
73884824--73885015	46	4.4	44	79	4	192	26	14	25	34	1.94
73887541--73887584	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
73887609--73887644	16	2.2	16	90	0	54	63	0	0	36	0.94
73888194--73888232	14	2.8	14	96	0	69	38	12	2	46	1.56
73894579--73894662	39	2.1	40	89	6	127	48	26	0	25	1.51
73896362--73896417	23	2.4	23	82	5	60	60	3	5	30	1.36
73896745--73896783	19	2.1	19	90	0	60	43	12	7	35	1.72
73898469--73898541	30	2.4	30	86	4	94	27	24	13	34	1.93
73901521--73901563	22	2.0	20	82	8	50	37	6	4	51	1.50
73914600--73914641	19	2.2	20	82	4	50	50	7	16	26	1.71
73922958--73923043	31	2.8	31	81	0	100	13	34	29	22	1.93
73932104--73932137	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
73932826--73932864	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
73933880--73933905	12	2.2	12	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73933993--73934032	20	2.0	20	90	0	62	70	15	2	12	1.28
73935750--73935788	20	2.0	20	84	0	51	35	5	10	48	1.59
73937967--73938069	37	2.8	37	95	0	179	25	31	20	23	1.98
73938210--73938547	48	7.0	48	87	0	478	32	27	6	34	1.82
73938210--73938547	144	2.3	144	93	0	559	32	27	6	34	1.82
73947871--73947933	33	1.9	32	90	3	99	31	25	15	26	1.96
73949561--73949690	47	2.8	47	83	2	118	24	13	26	34	1.93
73955576--73955722	78	2.0	72	85	10	197	27	19	29	23	1.98
73969269--73969678	87	4.8	86	89	2	540	34	21	23	20	1.97
73969403--73969764	44	8.3	43	70	10	200	34	22	24	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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