genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53608900--53609255	27	13.3	27	82	2	333	36	20	17	25	1.94
53609683--53609747	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
53609906--53610004	27	3.7	26	83	5	99	20	23	20	36	1.95
53610144--53610282	6	22.3	6	66	22	65	20	16	13	48	1.80
53610144--53610273	31	4.2	31	90	1	188	20	16	13	49	1.79
53613890--53614010	41	2.8	43	75	13	126	23	16	28	32	1.96
53617978--53618032	27	2.0	27	100	0	110	32	18	14	34	1.91
53618623--53618797	6	28.8	6	74	17	148	47	14	18	20	1.82
53618646--53618724	31	2.6	31	86	9	101	46	13	18	20	1.83
53618628--53618797	73	2.3	73	91	6	281	47	14	18	20	1.83
53618915--53618980	27	2.5	26	82	7	78	39	21	22	16	1.92
53618934--53618988	27	2.0	27	86	6	76	36	20	25	18	1.94
53618939--53618996	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
53619299--53619381	27	3.1	26	83	8	87	39	20	19	20	1.92
53619588--53619767	27	6.7	27	87	0	225	25	19	18	36	1.95
53619579--53619775	54	3.6	54	87	2	252	25	17	18	38	1.93
53619780--53620135	27	13.2	27	83	4	423	40	9	22	27	1.85
53624817--53624850	13	2.4	14	90	9	52	73	0	5	20	1.04
53625783--53625861	28	2.8	28	84	7	106	32	12	26	27	1.93
53626271--53626311	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
53627543--53627574	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
53633839--53634023	67	2.9	64	76	11	180	28	16	31	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53645325--53645385	28	2.2	28	81	0	77	37	9	21	31	1.86
53650105--53650135	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
53650385--53650448	28	2.3	27	94	2	110	34	28	7	29	1.85
53650554--53650643	27	3.2	27	79	7	92	20	23	23	33	1.97
53650564--53650654	27	3.2	28	78	4	67	21	25	19	32	1.97
53651729--53651762	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
53658245--53658306	28	2.2	28	94	0	106	33	27	8	30	1.86
53658461--53658515	29	1.9	28	81	3	65	25	23	18	32	1.97
53663454--53663805	179	2.0	179	87	3	512	32	20	8	38	1.83
53664363--53664807	50	8.8	50	77	3	376	31	25	16	27	1.96
53664374--53664651	101	2.8	101	79	7	296	30	26	16	27	1.97
53671749--53671806	25	2.4	23	83	11	71	12	22	3	62	1.45
53677918--53677977	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
53679055--53679203	27	5.4	27	77	6	154	34	21	17	26	1.95
53679614--53679712	33	3.0	33	82	5	137	24	20	28	27	1.99
53681994--53682018	12	2.1	12	100	0	50	8	8	16	68	1.38
53683545--53683633	27	3.3	27	82	4	92	38	14	19	28	1.91
53683775--53683853	27	2.9	27	81	5	79	26	22	17	32	1.96
53684045--53684143	33	3.0	33	76	5	101	27	21	24	27	1.99
53690453--53690512	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
53691247--53691499	27	9.4	27	87	0	353	24	18	20	36	1.95
53691247--53691532	81	3.5	80	79	8	274	26	16	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53691491--53691561	27	2.6	27	84	0	79	33	5	18	42	1.74
53691518--53691614	27	3.6	27	84	2	106	25	7	20	46	1.76
53710399--53710489	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
53710506--53710675	23	7.3	22	64	30	70	24	28	12	34	1.92
53710503--53710748	47	5.2	47	93	0	420	24	28	12	34	1.91
53713047--53713072	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
53730126--53730187	28	2.2	28	82	0	70	33	22	19	24	1.97
53730342--53730423	27	3.0	27	78	0	92	36	19	20	23	1.95
53730564--53730626	27	2.3	27	91	0	99	26	15	17	39	1.90
53733175--53733251	29	2.7	29	88	6	104	28	28	15	27	1.96
53739960--53739996	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
53745517--53745545	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
53748890--53748926	12	3.0	12	88	4	56	64	13	2	18	1.39
53751292--53751326	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
53757383--53757462	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
53757374--53757461	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
53759834--53760008	46	3.8	45	80	6	192	21	20	29	28	1.98
53759830--53760001	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	27	1.98
53761309--53761497	48	4.0	47	77	6	193	28	17	28	25	1.98
53767170--53767326	43	3.7	43	75	7	131	25	15	26	31	1.96
53772390--53772707	48	6.6	48	78	5	293	27	20	28	23	1.99
53772391--53772659	144	1.9	144	86	6	384	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53772390--53772707	144	2.2	144	82	6	378	27	20	28	23	1.99
53776068--53776432	47	7.7	49	72	11	226	22	29	20	27	1.98
53776074--53776431	141	2.5	138	80	7	364	22	29	19	27	1.98
53776117--53776432	94	3.4	93	78	5	334	22	29	20	27	1.98
53783542--53783906	47	7.7	49	72	11	226	22	29	20	27	1.98
53783548--53783905	141	2.5	138	80	7	364	22	29	19	27	1.98
53783591--53783906	94	3.4	93	78	5	334	22	29	20	27	1.98
53789341--53789550	27	7.7	27	77	4	143	30	9	20	40	1.83
53789361--53789525	54	3.0	55	80	5	181	30	9	18	40	1.83
53789428--53789583	81	1.9	81	84	7	210	27	10	20	41	1.86
53789582--53789672	27	3.4	27	86	1	112	42	7	20	28	1.80
53790967--53791126	86	1.9	85	84	8	218	22	17	28	31	1.96
53790967--53791126	43	3.7	42	78	11	164	22	17	28	31	1.96
53797673--53797782	41	2.8	38	76	6	105	30	26	20	22	1.99
53797684--53797782	38	2.5	40	76	14	98	28	27	20	24	1.99
53802232--53802270	16	2.4	16	100	0	78	23	35	20	20	1.96
53802852--53802909	28	2.1	28	96	0	107	24	27	17	31	1.97
53804569--53804640	31	2.3	32	80	7	85	45	9	8	36	1.67
53806023--53806052	13	2.3	13	94	0	51	33	0	16	50	1.46
53807066--53807103	20	1.9	20	88	0	58	36	18	13	31	1.89
53809773--53809889	56	2.1	56	91	0	189	43	6	24	24	1.78
53811143--53811367	40	5.7	40	84	5	269	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53811197--53811390	80	2.4	78	85	6	241	25	19	27	26	1.99
53811143--53811400	119	2.2	119	80	6	274	25	20	27	26	1.99
53816542--53816625	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
53818109--53818160	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
53820267--53820342	26	2.9	26	98	0	143	31	5	26	36	1.79
53821816--53821867	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
53832513--53832569	27	2.1	26	84	12	71	7	14	1	77	1.06
53832676--53832790	57	2.0	57	100	0	230	31	12	15	40	1.84
53841015--53841069	28	2.0	28	89	10	87	21	29	23	25	1.99
53841043--53841213	46	3.7	45	80	7	191	22	29	19	28	1.98
53841044--53841216	94	1.9	92	86	7	251	22	30	19	27	1.98
53844295--53844615	47	6.7	47	93	2	491	32	8	30	28	1.87
53844733--53844811	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
53846025--53846400	198	1.9	198	94	0	662	23	22	28	26	1.99
53846025--53846414	40	9.8	40	92	1	640	23	22	28	25	1.99
53847679--53848044	47	7.7	47	94	1	599	32	8	30	28	1.87
53847726--53847804	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
53847679--53848044	143	2.6	141	92	2	599	32	8	30	28	1.87
53848163--53848241	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
53856577--53856629	27	2.0	27	84	0	70	39	11	7	41	1.69
53865128--53865162	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
53865104--53865174	30	2.5	27	77	20	74	66	0	19	14	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53870368--53870405	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
53874477--53874535	29	2.0	30	86	3	84	28	23	8	38	1.84
53875660--53875693	14	2.4	14	90	9	52	11	11	0	76	1.02
53882665--53882774	46	2.3	48	84	3	134	26	27	16	30	1.97
53888712--53888906	49	3.9	49	81	2	228	28	17	24	29	1.97
53888705--53888902	100	2.0	101	89	2	308	28	17	24	29	1.97
53891896--53891947	15	3.5	15	77	17	63	11	13	13	61	1.57
53891888--53891947	30	2.0	30	90	6	95	10	11	16	61	1.55
53893960--53894101	51	2.8	51	78	8	157	26	19	24	29	1.99
53896241--53896298	26	2.2	26	78	6	64	44	8	13	32	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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