genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97206475--97206616	18	7.8	18	88	4	198	35	11	15	37	1.83
97206475--97206616	35	3.9	37	86	8	202	35	11	15	37	1.83
97206475--97206616	53	2.6	54	94	3	250	35	11	15	37	1.83
97215702--97215795	49	1.9	48	91	4	136	56	1	2	40	1.18
97218214--97218253	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
97218315--97218452	27	5.1	26	87	4	150	35	22	23	18	1.96
97218315--97218454	54	2.6	54	86	2	174	36	22	22	18	1.95
97220071--97220229	26	6.2	26	95	2	252	36	23	5	33	1.79
97224108--97224162	21	2.7	21	91	5	87	29	47	7	16	1.73
97224224--97224363	54	2.6	54	86	2	174	36	22	22	18	1.95
97224224--97224361	27	5.1	26	87	4	150	35	22	23	18	1.96
97225983--97226092	26	4.2	26	96	0	193	36	23	5	34	1.78
97248052--97248145	40	2.4	39	87	3	127	13	10	36	39	1.80
97249574--97249607	13	2.6	13	95	0	59	41	0	0	58	0.98
97249674--97249700	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
97257459--97257497	8	4.8	8	87	6	51	15	2	2	79	0.95
97257459--97257497	17	2.4	16	86	4	51	15	2	2	79	0.95
97258711--97258966	72	3.5	72	91	3	395	30	18	17	32	1.94
97258899--97259144	88	2.8	87	84	4	289	34	19	18	28	1.95
97259215--97259516	72	4.2	72	90	3	437	33	19	16	30	1.94
97259170--97259520	147	2.4	144	84	6	440	33	19	15	31	1.93
97274631--97274664	13	2.6	13	95	0	59	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97278681--97278799	6	19.3	6	71	17	84	46	14	20	19	1.84
97278702--97278799	25	3.7	25	79	15	115	44	14	21	19	1.85
97278702--97278777	31	2.5	31	95	0	134	44	14	22	18	1.86
97278702--97278799	31	3.4	30	78	16	116	44	14	21	19	1.85
97278918--97279024	27	4.0	27	82	10	112	36	17	23	22	1.95
97279181--97279232	22	2.4	22	80	0	59	32	21	25	21	1.98
97279544--97279607	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
97279587--97279937	27	13.0	27	90	0	522	24	21	19	34	1.96
97279929--97280267	27	12.6	27	78	8	262	30	7	21	39	1.82
97279739--97280245	27	18.8	26	80	8	208	28	13	20	37	1.90
97290798--97291174	193	2.0	193	89	1	576	27	26	13	32	1.93
97294020--97294125	28	3.8	28	82	3	90	20	22	19	36	1.95
97294017--97294130	56	2.1	54	81	6	131	19	22	21	36	1.95
97295512--97295553	15	2.9	14	82	17	50	71	0	0	28	0.86
97295512--97295573	18	3.4	18	79	16	58	69	1	0	29	0.98
97295529--97295557	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
97295900--97296040	71	2.0	71	94	0	246	29	16	14	39	1.89
97298134--97298177	18	2.3	20	88	11	67	68	4	0	27	1.09
97300007--97300045	20	2.0	20	94	0	69	38	5	5	51	1.46
97300358--97300439	41	2.0	41	97	0	155	15	21	10	51	1.75
97303659--97303835	86	2.1	86	93	0	309	36	9	20	32	1.85
97305104--97305138	17	2.1	17	94	0	61	28	17	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97318594--97318637	22	2.0	22	82	8	54	47	6	34	11	1.66
97319247--97319288	20	2.3	19	88	12	61	26	0	4	69	1.08
97321782--97321843	18	3.4	18	79	16	58	30	0	0	69	0.89
97321791--97321826	14	2.5	14	90	4	54	30	0	0	69	0.89
97321802--97321843	15	2.9	14	86	13	50	28	0	0	71	0.86
97323604--97323697	49	1.9	49	93	0	161	39	2	2	56	1.23
97324182--97324242	27	2.3	27	94	5	108	45	8	6	39	1.60
97324182--97324250	27	2.6	27	88	6	88	42	8	7	42	1.63
97324292--97324325	14	2.4	14	85	0	50	41	8	8	41	1.67
97326239--97326280	2	21.0	2	100	0	84	50	50	0	0	1.00
97327061--97327143	41	2.0	41	97	0	157	20	19	33	26	1.96
97327076--97327144	21	3.3	21	66	11	61	18	17	36	27	1.94
97338953--97338977	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
97339839--97339881	21	2.0	23	86	9	63	44	4	2	48	1.36
97341496--97341541	18	2.6	18	89	3	67	21	30	36	10	1.88
97355531--97355588	24	2.4	25	83	13	68	18	0	43	37	1.51
97355545--97355619	14	5.2	13	73	20	51	17	2	42	37	1.63
97355545--97355619	21	3.4	21	80	10	71	17	2	42	37	1.63
97355765--97355809	7	6.4	7	84	0	54	24	0	24	51	1.49
97355765--97355809	14	3.2	14	87	0	63	24	0	24	51	1.49
97355773--97355818	21	2.2	21	88	0	65	26	0	28	45	1.54
97356188--97356243	7	7.9	7	92	4	94	83	0	0	16	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97361161--97361254	42	2.2	42	96	0	170	25	15	24	34	1.95
97361907--97361961	22	2.5	22	100	0	110	38	25	25	10	1.88
97364009--97364038	8	3.8	8	100	0	60	66	0	0	33	0.92
97364847--97364933	44	2.0	45	88	2	131	50	4	29	14	1.63
97366185--97366220	14	2.6	14	100	0	72	19	25	0	55	1.43
97366533--97366571	20	2.0	20	90	10	62	30	5	10	53	1.56
97374305--97374481	89	2.0	89	92	2	293	33	23	12	29	1.92
97375962--97376013	20	2.7	19	80	14	61	36	0	5	57	1.23
97376277--97376340	16	4.0	16	74	11	51	43	0	3	53	1.16
97376441--97376482	20	2.0	20	82	13	50	47	0	4	47	1.23
97377574--97377598	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
97377660--97377694	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
97388154--97388249	42	2.3	42	90	0	156	21	23	28	26	1.99
97391705--97391747	19	2.2	20	91	8	70	37	9	18	34	1.83
97391695--97391745	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
97397365--97397435	7	9.7	7	81	14	65	84	0	12	2	0.73
97397353--97397435	23	3.7	22	77	7	96	84	0	13	2	0.72
97397355--97397435	16	5.3	16	81	7	80	83	0	13	2	0.73
97398327--97398650	44	7.4	44	72	11	227	29	17	25	27	1.97
97398327--97398606	132	2.1	131	94	0	488	29	17	25	27	1.97
97398581--97398673	44	2.1	44	91	0	150	33	15	26	24	1.95
97398666--97399303	205	3.1	205	94	0	1114	30	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97399388--97399499	45	2.5	45	85	1	145	33	12	29	24	1.92
97399855--97399916	19	3.2	19	95	4	106	38	9	16	35	1.81
97403047--97403074	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
97404178--97404285	26	4.2	26	92	2	155	35	6	22	36	1.80
97404178--97404285	52	2.1	52	91	0	171	35	6	22	36	1.80
97406035--97406320	137	2.1	136	95	0	509	25	18	24	31	1.97
97410929--97410978	24	2.1	24	100	0	100	44	8	16	32	1.76
97411569--97411664	41	2.5	37	76	10	95	25	20	26	28	1.99
97413463--97413506	17	2.6	17	85	7	63	31	0	0	68	0.90
97413463--97413597	19	7.0	19	66	21	68	33	5	0	60	1.24
97413518--97413577	16	3.6	16	72	20	52	30	8	1	60	1.36
97413512--97413581	33	2.1	33	82	10	81	31	7	1	60	1.33
97413966--97414021	22	2.5	21	77	11	58	32	0	3	64	1.11
97414193--97414267	33	2.2	34	92	4	125	25	12	6	56	1.60
97420978--97421089	27	4.2	26	83	7	125	38	24	23	14	1.92
97420978--97421089	54	2.1	54	84	3	145	38	24	23	14	1.92
97426686--97426723	10	3.8	10	92	0	67	0	10	0	89	0.49
97427707--97427818	27	4.1	27	80	7	129	39	23	22	15	1.91
97429050--97429095	22	2.1	22	87	0	65	69	2	21	6	1.22
97428932--97429543	306	2.0	306	96	0	1134	33	18	23	25	1.97
97434724--97434786	27	2.4	25	78	14	65	34	1	1	61	1.15
97434751--97434922	15	11.3	15	67	19	54	31	5	0	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97434759--97434842	17	5.1	16	74	12	73	32	4	0	63	1.15
97434814--97434915	40	2.5	41	75	23	106	30	5	0	62	1.25
97435483--97435552	33	2.1	33	97	0	131	24	10	7	58	1.55
97439353--97439448	40	2.5	38	81	6	111	36	36	10	16	1.83
97439858--97439904	18	2.5	19	82	6	60	21	44	19	14	1.86
97456883--97456970	39	2.2	39	82	6	106	35	28	17	19	1.94
97456914--97457200	39	7.4	39	89	0	423	30	28	20	20	1.98
97457273--97457345	28	2.6	28	84	0	101	30	21	9	38	1.86
97459840--97459902	33	1.9	33	100	0	126	28	19	19	33	1.96
97465126--97465187	30	2.1	30	93	0	106	61	11	3	24	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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