genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102846399--102846552	21	7.1	21	75	5	101	26	5	4	63	1.35
102846471--102846550	30	2.7	30	80	3	99	25	1	3	70	1.12
102846471--102846552	15	5.5	15	73	5	67	25	1	3	69	1.12
102846772--102846815	18	2.4	18	85	14	72	27	4	0	68	1.09
102847234--102847393	26	6.2	26	88	0	239	33	7	23	35	1.83
102847234--102847393	52	3.1	52	94	0	266	33	7	23	35	1.83
102848878--102848928	26	2.0	26	84	7	68	37	23	15	23	1.93
102858087--102858137	26	2.0	26	85	11	70	52	9	7	29	1.62
102858488--102858542	28	1.9	29	85	3	76	47	0	3	49	1.19
102860253--102860311	20	2.9	21	82	5	66	59	5	0	35	1.20
102860256--102860310	18	2.9	19	79	10	60	60	5	0	34	1.20
102860288--102860339	26	2.0	26	96	0	95	50	3	1	44	1.31
102865072--102865106	15	2.3	15	90	9	54	31	11	0	57	1.34
102866455--102866492	13	2.9	13	92	0	58	26	10	23	39	1.87
102866719--102866768	20	2.6	20	81	6	59	56	0	2	42	1.11
102876553--102876600	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
102876639--102876695	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
102876637--102876699	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
102876753--102876894	24	6.0	24	90	5	218	29	21	21	27	1.98
102876754--102876873	23	5.1	23	93	3	204	30	21	20	28	1.98
102876754--102876894	47	3.0	47	92	3	230	29	21	21	27	1.99
102877087--102877150	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102881237--102881332	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
102881237--102881342	42	2.5	43	84	3	142	35	26	22	15	1.93
102882784--102882819	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
102888469--102888516	22	2.2	22	88	3	71	39	6	8	45	1.59
102891784--102891845	28	2.2	28	85	0	79	69	1	3	25	1.13
102897290--102897398	54	2.0	54	100	0	218	50	18	3	27	1.63
102899646--102899678	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
102902602--102902634	14	2.4	14	100	0	66	81	0	6	12	0.85
102914218--102914285	27	2.5	26	75	15	68	55	4	8	30	1.50
102914644--102914694	3	17.0	3	76	15	52	64	1	0	33	1.05
102914644--102914694	15	3.4	15	89	5	68	64	1	0	33	1.05
102915317--102915353	18	2.0	20	84	10	51	18	0	13	67	1.23
102916576--102916756	75	2.4	75	83	3	213	32	23	16	27	1.96
102916733--102916839	54	2.0	55	81	5	128	42	18	12	27	1.86
102917046--102917245	56	3.8	52	85	9	241	36	18	15	30	1.91
102917264--102917402	71	2.0	71	91	0	224	30	23	17	28	1.97
102917512--102917637	60	2.1	60	95	0	225	29	21	16	32	1.95
102930122--102930189	27	2.5	26	75	15	68	55	4	8	30	1.50
102930548--102930598	3	17.0	3	76	15	52	64	1	0	33	1.05
102930548--102930598	15	3.4	15	89	5	68	64	1	0	33	1.05
102931208--102931244	18	2.0	20	84	10	51	18	0	13	67	1.23
102934010--102934094	37	2.3	37	83	0	98	25	22	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102934148--102934218	22	3.2	22	80	11	83	30	21	14	33	1.92
102935888--102935956	25	2.8	25	80	4	77	27	15	23	33	1.95
102936015--102936112	40	2.5	40	94	0	169	41	1	20	36	1.59
102936024--102936139	27	4.3	27	77	11	96	43	1	18	35	1.61
102936015--102936139	40	3.1	40	83	4	119	44	1	19	35	1.60
102936036--102936180	67	2.2	67	83	5	177	43	2	17	35	1.64
102942047--102942104	27	2.1	27	96	0	107	24	24	31	20	1.98
102948262--102948381	33	3.8	32	74	13	99	49	0	5	44	1.32
102948280--102948383	31	3.3	31	75	9	104	48	0	4	46	1.30
102952243--102952282	21	2.0	20	90	5	62	62	5	5	27	1.37
102957588--102957629	20	2.1	21	86	8	61	23	2	0	73	0.94
102962884--102962923	18	2.3	18	91	4	64	35	0	0	65	0.93
102962845--102962924	9	8.6	9	72	12	54	27	2	3	66	1.22
102973139--102973203	21	3.2	20	70	12	62	12	26	20	41	1.87
102973121--102973209	39	2.3	39	94	0	160	13	24	22	39	1.90
102981171--102981217	21	2.2	21	100	0	94	74	21	0	4	0.99
102982252--102982339	19	4.3	19	69	24	63	30	6	5	56	1.49
102984761--102984810	24	2.1	24	85	7	66	22	22	14	42	1.88
102987296--102987330	14	2.5	14	85	0	52	57	2	25	14	1.51
102991866--102991899	17	1.9	18	88	5	52	44	29	20	5	1.75
102992213--102992483	62	3.9	69	78	13	263	27	16	25	30	1.97
102992341--102993600	72	16.6	74	78	9	731	30	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102992341--102992962	166	3.9	164	86	7	780	30	18	20	30	1.96
102992674--102993600	72	12.6	73	87	3	1141	31	16	19	32	1.94
102992675--102993600	367	2.5	367	94	1	1597	31	16	19	32	1.95
102994846--102994894	22	2.3	21	82	3	53	0	42	0	57	0.99
102995451--102995491	16	2.6	16	78	17	50	29	7	2	60	1.36
102995464--102995536	19	3.6	19	68	24	51	32	6	4	56	1.45
102999911--102999951	21	2.0	21	85	9	57	58	9	9	21	1.59
103000697--103000739	17	2.4	18	84	7	52	62	0	2	34	1.08
103000580--103000739	20	7.9	19	66	20	67	60	1	5	32	1.28
103005442--103005492	24	2.1	23	82	13	59	15	3	7	72	1.23
103017334--103017409	21	3.6	21	70	7	64	19	25	14	40	1.89
103018434--103018516	26	3.2	25	91	5	130	33	4	24	37	1.77
103020303--103020589	137	2.1	137	96	0	529	24	19	24	31	1.98
103024305--103024387	26	3.2	25	91	5	130	34	4	24	36	1.77
103026171--103026457	137	2.1	137	97	0	538	24	19	25	31	1.98
103031601--103031699	17	5.6	17	88	7	144	38	12	13	36	1.81
103031599--103031699	35	2.8	35	96	3	184	37	11	13	36	1.82
103031601--103031699	18	5.6	18	90	4	157	38	12	13	36	1.81
103032188--103032246	16	3.5	16	74	23	50	35	1	0	62	1.05
103032181--103032255	30	2.6	29	76	17	75	36	1	0	62	1.04
103032223--103032272	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
103034014--103034069	28	2.0	28	100	0	112	28	3	21	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103034014--103034062	16	3.3	16	72	21	61	28	4	22	44	1.71
103039044--103039218	44	4.0	44	72	14	126	31	17	24	26	1.97
103039213--103039432	121	1.8	121	87	0	332	33	17	20	28	1.95
103039581--103040133	83	6.7	83	94	0	923	32	18	21	26	1.97
103040908--103041006	17	5.6	17	85	7	135	39	11	13	36	1.80
103040900--103041006	35	3.0	35	93	4	178	39	10	14	36	1.80
103040900--103041006	18	5.9	18	85	6	146	39	10	14	36	1.80
103041492--103041550	16	3.5	16	74	23	50	35	1	0	62	1.05
103041485--103041559	30	2.6	29	76	17	75	36	1	0	62	1.04
103041527--103041576	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
103049781--103049865	42	2.0	42	97	0	161	32	2	12	51	1.53
103050345--103050370	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
103050520--103050624	33	3.2	33	90	0	156	31	12	8	47	1.71
103050764--103050844	42	1.9	42	87	5	119	45	18	9	25	1.80
103055774--103055801	6	4.7	6	100	0	56	17	14	50	17	1.79
103056067--103056603	120	4.5	120	98	0	1029	44	2	4	48	1.38
103056192--103056226	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
103056432--103056466	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
103056822--103056890	16	4.2	16	90	3	111	37	36	1	24	1.65
103056822--103056890	33	2.1	32	91	2	111	37	36	1	24	1.65
103057440--103057479	18	2.2	18	86	0	53	55	0	30	15	1.41
103068718--103068804	40	2.2	40	87	0	120	39	13	11	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103071552--103071609	24	2.4	24	85	5	82	56	3	0	39	1.16
103072423--103072472	5	10.2	5	79	12	59	62	2	0	36	1.07
103072422--103072471	15	3.2	16	83	11	68	60	2	0	38	1.09
103073432--103073471	20	2.0	21	90	5	64	35	0	2	62	1.09
103073487--103073579	15	6.3	14	73	20	57	34	4	2	59	1.29
103073920--103073961	19	2.2	19	86	4	57	38	7	2	52	1.42
103075453--103075488	3	12.0	3	87	0	54	63	2	0	33	1.08
103085628--103085657	14	2.1	14	100	0	60	13	13	6	66	1.43
103085551--103085734	89	2.0	90	88	4	273	27	15	18	38	1.91
103085642--103085800	75	2.1	75	86	0	219	27	17	20	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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