genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23515051--23515271	121	1.8	121	89	0	343	38	17	21	23	1.93
23516634--23516681	21	2.3	20	89	3	69	35	18	4	41	1.70
23519319--23519371	9	5.7	9	77	14	54	67	0	1	30	1.01
23519319--23519371	20	2.8	20	85	5	74	67	0	1	30	1.01
23521476--23521525	20	2.4	21	83	3	57	30	4	0	66	1.10
23521620--23521669	9	5.4	9	77	13	57	68	0	2	30	1.01
23535402--23535463	30	2.1	30	96	0	115	38	11	16	33	1.84
23538399--23538629	27	8.6	27	86	5	245	29	14	27	28	1.95
23558405--23558583	27	6.6	27	70	12	96	42	18	8	30	1.80
23558405--23558529	54	2.3	55	78	5	139	42	20	8	28	1.82
23558540--23558592	27	2.0	27	88	7	81	39	11	11	37	1.77
23558405--23558606	27	7.4	27	74	6	75	41	17	9	32	1.81
23559518--23559587	25	2.8	25	91	0	104	27	27	21	24	1.99
23559528--23559599	25	2.9	26	84	12	89	27	26	20	25	1.99
23559735--23559826	42	2.2	42	96	0	166	29	14	22	33	1.93
23559850--23559924	31	2.4	31	95	0	141	30	18	24	26	1.98
23569811--23569868	27	2.1	27	83	0	71	29	20	8	41	1.82
23569907--23570031	27	4.7	26	75	14	101	43	20	8	28	1.80
23569907--23570031	54	2.3	52	76	11	126	43	20	8	28	1.80
23570163--23570223	27	2.2	28	80	13	74	29	19	22	27	1.98
23571019--23571088	25	2.8	25	91	0	104	27	27	21	24	1.99
23571029--23571100	25	2.9	26	84	12	89	27	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23571236--23571327	42	2.2	42	96	0	166	30	14	20	34	1.92
23579461--23579552	5	17.2	5	70	23	55	19	2	4	73	1.10
23579708--23579758	12	4.2	12	87	0	66	13	13	0	72	1.12
23581254--23581308	26	2.2	24	84	12	67	14	1	9	74	1.14
23583151--23583230	18	4.3	18	73	17	58	32	3	3	60	1.32
23583134--23583232	27	3.6	27	74	16	78	33	4	5	57	1.39
23585229--23585293	31	2.1	32	85	2	87	26	0	13	60	1.34
23585622--23585666	22	2.1	21	87	4	63	46	0	0	53	1.00
23600313--23600349	17	2.2	17	90	0	56	51	10	18	18	1.75
23600774--23600808	17	2.0	18	88	5	54	20	25	5	48	1.71
23601226--23601285	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
23603792--23603882	46	2.0	46	84	0	119	28	30	5	35	1.80
23603892--23604327	47	9.3	47	93	0	721	26	28	11	33	1.91
23606629--23606654	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
23608092--23608125	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
23613300--23613359	24	2.5	24	94	0	111	35	0	36	28	1.58
23614790--23614899	27	4.0	26	79	9	112	17	22	22	37	1.94
23616936--23616986	23	2.2	23	100	0	102	17	21	15	45	1.86
23624684--23624741	23	2.7	23	77	17	63	27	15	25	31	1.96
23630349--23630530	65	2.8	64	80	6	217	29	17	29	23	1.97
23635712--23635779	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
23635881--23635959	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23637952--23638024	36	2.0	36	86	5	103	36	13	19	30	1.90
23645543--23645588	17	2.6	18	90	10	69	58	0	0	41	0.98
23645543--23645598	18	3.2	18	80	12	64	57	0	0	42	0.99
23648602--23648648	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
23657742--23657767	10	2.6	10	100	0	52	50	11	11	26	1.73
23658481--23658598	59	2.0	59	93	3	202	44	16	24	15	1.86
23665196--23665249	28	1.9	28	84	0	72	27	20	25	25	1.99
23668901--23668932	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
23674869--23674911	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
23675887--23675918	6	5.3	6	92	0	55	21	18	12	46	1.82
23676776--23676827	22	2.4	22	86	0	68	26	36	26	9	1.87
23678656--23678753	43	2.2	44	96	3	180	28	21	22	27	1.99
23683488--23683525	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
23683755--23683924	92	1.8	93	92	1	288	28	28	20	21	1.98
23683750--23683921	46	3.7	46	78	11	199	29	27	20	22	1.98
23691312--23691481	92	1.8	92	93	0	295	28	28	21	21	1.99
23691307--23691478	46	3.7	46	78	11	199	29	27	20	22	1.98
23691309--23691497	46	4.1	46	71	20	135	29	28	20	22	1.98
23698488--23698525	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
23698755--23698925	93	1.8	93	83	0	225	30	26	19	22	1.98
23701879--23701990	27	4.2	26	83	7	134	37	23	22	16	1.94
23701879--23701990	54	2.1	54	86	3	154	37	23	22	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23703410--23703456	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
23705394--23705569	46	3.8	46	78	8	194	28	27	21	22	1.99
23705402--23705574	94	1.8	93	90	1	274	28	28	21	21	1.99
23705445--23705589	46	3.1	44	69	21	100	29	27	20	22	1.98
23712074--23712099	12	2.2	12	100	0	52	7	0	23	69	1.14
23732164--23732203	19	2.2	19	86	4	55	15	0	25	60	1.35
23739897--23740208	48	6.5	48	87	1	401	28	28	16	25	1.97
23739841--23740208	96	3.8	96	86	3	438	28	28	16	26	1.97
23742357--23742382	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
23746264--23746363	37	2.7	37	92	0	155	24	32	18	26	1.97
23746507--23747180	48	14.0	48	92	0	1123	31	26	6	35	1.82
23750114--23750250	46	3.0	46	81	0	166	24	31	10	34	1.89
23750244--23750393	47	3.2	46	87	3	192	27	30	9	32	1.88
23750264--23750393	47	2.8	47	93	0	215	26	30	10	33	1.89
23750373--23750478	19	5.1	19	71	22	88	26	30	11	32	1.91
23750326--23750525	66	3.0	66	97	0	373	26	30	11	32	1.91
23750264--23750547	113	2.5	117	81	12	358	26	29	10	33	1.90
23750458--23750547	47	1.9	47	95	0	162	26	28	11	33	1.91
23753822--23753925	55	1.9	55	89	0	163	14	30	28	25	1.95
23753809--23753925	55	2.1	55	85	3	155	15	30	29	24	1.96
23761639--23761684	20	2.3	19	82	17	58	47	10	8	32	1.69
23770354--23770575	40	5.6	40	89	1	304	27	22	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23780307--23780342	16	2.3	16	90	4	56	36	0	22	41	1.54
23783948--23784008	30	2.0	30	84	6	79	29	22	8	39	1.83
23787176--23787350	27	6.6	27	81	5	185	26	15	28	29	1.96
23787176--23787350	54	3.3	53	82	8	212	26	15	28	29	1.96
23795286--23795463	27	6.6	27	81	3	187	26	15	29	29	1.96
23795286--23795463	54	3.3	55	85	4	236	26	15	29	29	1.96
23801813--23801928	58	2.0	58	100	0	232	32	18	12	36	1.88
23801832--23801923	29	3.2	29	61	11	71	34	18	9	36	1.84
23803376--23803478	44	2.4	42	81	10	127	26	18	22	33	1.97
23803420--23803532	43	2.6	43	77	2	111	30	18	20	30	1.96
23808399--23808425	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
23809782--23809948	60	2.8	60	76	5	158	15	22	26	35	1.94
23809988--23810129	60	2.4	60	79	4	144	19	18	26	36	1.94
23811581--23811662	40	2.0	40	100	0	164	36	7	21	34	1.82
23811871--23811916	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
23827180--23827435	40	6.4	40	92	2	374	25	21	27	25	1.99
23833069--23833258	41	4.6	41	83	0	227	21	27	14	35	1.93
23833090--23833193	20	5.1	20	62	13	59	20	26	15	37	1.92
23836397--23836452	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
23843889--23843945	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
23849709--23849810	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
23856571--23856644	37	2.0	37	94	0	130	32	10	10	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23864498--23864571	37	2.0	37	97	0	139	32	12	10	44	1.76
23867832--23867874	17	2.3	18	84	15	52	41	6	4	46	1.51
23872640--23872698	30	1.9	31	89	3	93	32	13	23	30	1.93
23875999--23876552	48	11.6	48	80	8	397	27	17	29	25	1.98
23875950--23876404	191	2.4	191	94	1	772	29	17	29	23	1.97
23876043--23876316	143	1.9	145	87	3	410	29	17	28	23	1.97
23875905--23876552	48	13.6	49	74	11	327	27	17	29	24	1.98
23884005--23884425	47	8.9	47	74	14	269	27	17	30	25	1.97
23883966--23884376	95	4.3	98	74	13	285	27	16	29	26	1.97
23888015--23888077	19	3.4	19	66	27	53	53	11	6	28	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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