genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33154591--33154751	48	3.3	48	93	1	259	37	5	26	30	1.79
33157278--33157443	43	3.9	42	85	6	201	26	16	26	30	1.96
33158003--33158039	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
33161114--33161156	22	1.9	23	90	4	70	20	53	4	20	1.63
33163807--33163991	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
33163808--33163991	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
33163808--33164024	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
33171752--33171936	40	4.6	39	83	6	212	24	22	27	25	2.00
33171752--33171936	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
33171753--33171969	79	2.7	79	80	7	192	25	21	27	24	1.99
33178510--33178731	79	2.8	79	81	9	254	26	21	27	25	1.99
33178512--33178705	40	4.8	40	83	5	232	25	21	27	25	1.99
33186672--33186862	40	4.8	41	78	7	160	26	19	27	26	1.99
33190796--33190888	44	2.1	44	97	0	177	40	17	0	41	1.49
33190796--33190867	25	3.1	25	63	29	68	41	16	0	41	1.48
33190804--33190879	25	3.3	25	66	27	76	40	15	0	43	1.47
33192817--33192953	56	2.5	56	87	1	195	34	24	13	28	1.92
33195209--33195323	31	3.7	31	92	1	187	28	26	16	27	1.97
33195347--33195480	42	3.2	42	97	0	250	33	19	14	32	1.92
33195628--33195697	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
33196494--33196559	27	2.5	28	80	14	77	28	22	18	30	1.97
33196507--33196570	27	2.4	27	81	5	76	25	25	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33196624--33196790	27	6.1	27	79	10	169	32	7	16	42	1.77
33196621--33196786	56	3.0	53	80	8	181	31	8	16	42	1.78
33196628--33196791	83	2.0	81	81	7	188	31	7	17	43	1.76
33196778--33196896	27	4.4	27	88	0	166	38	5	21	33	1.78
33196778--33196891	54	2.1	54	95	0	201	38	5	22	33	1.77
33203328--33203442	54	2.1	54	88	0	176	35	17	20	26	1.94
33203329--33203443	27	4.3	27	84	0	140	34	18	20	26	1.95
33203644--33203731	27	3.3	26	80	4	95	19	25	19	36	1.95
33203853--33203936	6	13.7	6	68	22	50	19	20	14	46	1.84
33203853--33203915	25	2.5	25	92	0	99	19	20	14	46	1.84
33206952--33207030	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
33207149--33207557	47	8.6	47	93	2	665	29	30	8	32	1.86
33207149--33207557	96	4.3	96	92	3	650	29	30	8	32	1.86
33207782--33207966	40	4.7	40	84	6	207	25	26	22	25	2.00
33207810--33207966	79	2.0	80	83	6	203	25	26	22	25	2.00
33210780--33210814	14	2.5	14	90	0	52	22	42	0	34	1.54
33212006--33212102	44	2.2	44	90	0	149	39	20	17	22	1.93
33212022--33212105	22	3.8	22	67	0	69	36	19	20	23	1.95
33212377--33212438	27	2.3	27	80	5	63	29	14	14	41	1.85
33212418--33212802	27	14.3	27	78	7	320	32	11	18	37	1.88
33212391--33212775	81	4.8	81	79	7	356	32	11	17	37	1.87
33214158--33214223	24	2.8	24	77	9	71	30	31	3	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33220738--33220920	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
33220739--33220922	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
33220739--33220955	79	2.7	79	80	9	203	25	22	27	24	2.00
33223913--33223996	43	2.0	43	82	0	105	29	32	17	20	1.96
33225268--33225377	47	2.3	47	84	3	159	35	31	12	20	1.90
33228968--33228993	9	2.9	9	100	0	52	23	30	23	23	1.99
33232234--33232279	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
33236050--33236352	55	5.6	53	80	5	322	24	25	16	33	1.96
33236050--33236344	108	2.7	108	90	0	446	24	25	17	33	1.96
33241737--33241966	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
33250270--33250499	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
33255850--33256016	46	3.6	46	78	13	198	29	30	19	20	1.97
33255858--33256028	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	20	1.97
33255951--33256036	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
33259412--33259554	46	3.2	43	83	9	137	23	30	20	24	1.99
33262078--33262244	46	3.6	46	78	13	198	29	30	19	20	1.97
33262086--33262256	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	20	1.97
33262179--33262264	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
33264097--33264392	55	5.5	53	83	8	348	23	23	17	34	1.96
33264097--33264392	108	2.7	108	92	0	484	23	23	17	34	1.96
33271918--33272079	43	3.8	43	75	12	136	33	27	18	20	1.96
33278022--33278109	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33278022--33278100	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
33278033--33278109	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
33282488--33282862	27	13.9	27	79	5	276	39	17	10	33	1.83
33282904--33282972	27	2.6	27	84	9	79	37	21	20	20	1.94
33283145--33283231	27	3.2	27	83	6	97	21	20	21	35	1.96
33283313--33283356	21	2.1	21	95	0	79	4	6	52	36	1.49
33283414--33283484	33	2.1	34	89	2	108	25	22	26	25	2.00
33283388--33283484	28	3.3	28	77	13	95	22	23	26	26	2.00
33297812--33297939	47	2.7	47	86	2	168	32	27	16	23	1.96
33302215--33302359	27	5.4	27	81	0	155	25	24	16	33	1.96
33303531--33303588	24	2.6	23	71	17	59	24	43	0	32	1.55
33312001--33312226	40	5.7	40	86	4	253	26	26	21	25	1.99
33312001--33312226	120	1.9	120	81	7	280	26	26	21	25	1.99
33319976--33320199	40	5.7	40	89	6	271	25	27	21	25	2.00
33319976--33320199	118	1.9	120	83	7	296	25	27	21	25	2.00
33326111--33326238	43	3.0	43	85	4	177	28	29	17	24	1.97
33327365--33327393	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
33335129--33335299	93	1.8	93	88	2	263	29	30	18	21	1.97
33335120--33335295	46	3.8	47	75	15	177	30	29	18	21	1.97
33349516--33349701	40	4.7	40	86	5	234	24	21	26	27	1.99
33349569--33349734	80	2.1	79	85	5	219	25	20	26	27	1.99
33353884--33353940	29	2.0	27	83	6	69	22	5	8	63	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33353912--33353937	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
33354583--33354744	77	2.1	77	90	0	252	28	14	24	33	1.94
33356807--33356937	43	3.0	43	77	8	140	32	26	16	25	1.96
33359889--33359954	29	2.3	29	84	5	80	40	36	1	21	1.62
33359903--33359966	29	2.2	29	88	0	101	37	37	0	25	1.56
33361199--33361240	12	3.5	12	78	9	50	35	0	7	57	1.26
33361326--33361379	22	2.5	20	77	13	54	35	3	7	53	1.47
33361696--33361798	11	9.1	11	73	14	77	35	1	3	58	1.28
33361695--33361818	25	5.2	26	67	24	85	36	2	4	56	1.34
33361698--33361994	22	13.0	24	66	26	105	34	3	5	56	1.40
33361690--33361829	48	3.0	46	77	18	128	35	2	5	56	1.35
33361713--33361891	94	1.9	91	81	8	209	33	3	5	56	1.41
33361867--33361945	31	2.5	30	84	11	97	36	2	5	55	1.35
33361959--33362019	26	2.4	25	81	13	79	37	8	3	50	1.48
33365457--33365719	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
33373187--33373370	40	4.7	40	84	7	225	26	27	22	23	2.00
33373189--33373370	79	2.3	81	83	8	223	25	27	22	24	2.00
33386037--33386220	40	4.7	40	79	9	155	25	26	22	25	2.00
33399291--33399326	19	1.9	19	88	5	56	5	16	36	41	1.72
33399530--33399644	21	4.7	26	73	19	97	33	9	27	29	1.89
33399555--33399665	21	5.0	21	80	12	114	33	8	28	29	1.86
33399530--33399644	48	2.4	48	89	0	176	33	9	27	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33399530--33399656	27	5.2	25	71	21	81	32	8	29	29	1.87
33406112--33406151	19	2.0	20	85	4	55	17	10	0	72	1.11
33421872--33421939	29	2.3	29	89	0	100	30	35	17	16	1.92
33422066--33422090	13	1.9	13	100	0	50	28	24	32	16	1.96
33430494--33430542	20	2.5	20	89	0	71	14	18	26	40	1.89
33430764--33430816	28	1.9	27	85	11	72	24	22	22	30	1.99
33433731--33433887	43	3.6	44	75	9	162	25	18	24	31	1.98
33440170--33440427	40	6.5	41	88	5	345	26	27	22	23	2.00
33448539--33448796	40	6.5	40	92	3	373	25	27	23	23	2.00
33454256--33454319	30	2.1	30	94	0	110	18	31	28	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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