genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50057836--50058086	52	4.8	51	80	10	276	40	11	21	27	1.87
50057834--50058086	106	2.4	105	88	7	311	40	11	21	26	1.87
50057846--50058085	79	3.0	81	88	7	345	40	10	21	26	1.86
50060067--50060188	6	19.8	6	74	14	97	47	13	19	18	1.82
50060067--50060188	19	6.6	18	70	15	97	47	13	19	18	1.82
50060072--50060160	37	2.4	37	84	0	115	47	14	20	17	1.83
50060121--50060188	25	2.7	25	83	0	91	45	14	20	19	1.85
50060300--50060357	27	2.2	27	87	3	82	36	24	24	15	1.94
50060683--50060765	27	3.1	26	84	5	103	37	20	21	20	1.95
50060964--50061158	27	7.3	27	87	1	230	26	19	18	35	1.95
50061163--50061437	27	10.2	27	82	7	290	41	10	21	26	1.85
50061163--50061437	81	3.4	80	86	5	358	41	10	21	26	1.85
50061163--50061437	54	5.1	54	80	8	326	41	10	21	26	1.85
50061163--50061468	81	3.8	81	85	6	345	39	9	22	27	1.86
50066518--50066562	16	2.9	15	77	6	54	71	0	11	17	1.14
50067183--50067222	13	3.1	13	92	0	62	65	2	0	32	1.06
50067182--50067222	18	2.3	18	86	0	55	63	2	0	34	1.08
50067206--50067252	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
50070273--50070444	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
50070266--50070441	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
50077357--50077531	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
50077364--50077535	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50091598--50091808	46	4.5	46	78	8	178	28	17	28	25	1.97
50091737--50091857	47	2.6	46	83	10	133	30	15	28	25	1.96
50091598--50091859	140	1.9	140	80	9	311	29	17	28	25	1.97
50099279--50099440	46	3.5	45	76	8	166	29	19	29	22	1.98
50099278--50099448	92	1.9	91	90	3	272	29	19	28	22	1.98
50099315--50099479	47	3.6	47	78	7	185	29	18	28	23	1.98
50102740--50102826	38	2.3	38	97	0	165	19	11	35	33	1.88
50106735--50106781	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
50108229--50108314	5	17.2	5	100	0	172	39	0	0	60	0.97
50108894--50108945	21	2.5	21	79	14	63	38	1	17	42	1.60
50109957--50110002	14	3.1	15	81	9	58	50	4	15	30	1.63
50109957--50110025	30	2.3	30	80	7	79	46	4	17	31	1.68
50112710--50112757	25	1.9	25	87	8	71	47	27	4	20	1.68
50120710--50120881	29	6.0	28	81	7	202	19	27	15	37	1.92
50120751--50120936	58	3.2	58	75	7	182	22	27	13	36	1.91
50120722--50120914	87	2.2	87	92	1	334	20	27	13	37	1.91
50120751--50120936	87	2.1	88	87	4	270	22	27	13	36	1.91
50120867--50120965	29	3.4	29	94	0	162	23	27	11	38	1.88
50124385--50124435	25	2.0	25	88	0	75	33	21	27	17	1.96
50132220--50132290	15	4.7	15	76	0	61	14	14	15	56	1.68
50132251--50132299	15	3.3	15	79	0	53	10	18	18	53	1.72
50134084--50134173	42	2.1	42	91	0	144	51	21	5	22	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50134444--50134486	21	2.0	21	100	0	86	34	4	4	55	1.41
50135205--50135235	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
50135202--50135241	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
50135314--50135358	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
50135432--50135636	53	3.9	51	80	8	193	20	24	18	37	1.94
50135479--50135678	108	1.8	109	86	5	289	21	24	17	36	1.94
50135432--50135685	55	4.8	53	79	9	236	20	24	17	37	1.94
50139014--50139065	26	2.0	26	88	0	77	44	13	9	32	1.76
50140530--50140597	35	1.9	35	90	0	109	29	23	19	27	1.98
50145434--50145500	29	2.4	28	75	9	66	31	32	14	20	1.93
50148236--50148407	46	3.7	47	79	8	190	30	19	27	22	1.98
50148278--50148447	48	3.6	48	81	6	202	28	20	27	23	1.99
50148458--50148582	49	2.5	49	85	1	169	25	21	28	24	1.99
50174411--50174537	42	2.9	44	85	5	161	25	17	27	29	1.97
50175016--50175816	401	2.0	401	94	1	1401	37	8	19	33	1.83
50183145--50183198	27	2.0	27	88	0	81	38	5	14	40	1.70
50183447--50183690	49	4.9	50	82	4	296	27	18	25	28	1.98
50192748--50192844	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
50210756--50210866	58	1.9	58	88	1	170	27	30	16	26	1.96
50210759--50210866	29	3.8	29	85	6	139	26	29	16	26	1.97
50211089--50211131	16	2.7	16	81	0	59	9	18	20	51	1.74
50212361--50212395	16	2.1	17	89	5	54	11	5	31	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50225674--50225741	31	2.2	31	89	5	102	26	14	13	45	1.82
50226260--50226294	16	2.2	16	94	0	61	42	0	2	54	1.15
50229291--50229471	40	4.6	40	83	2	231	26	22	24	25	2.00
50237513--50237693	40	4.6	40	84	2	240	25	22	25	25	2.00
50242821--50242896	22	3.5	22	73	7	73	42	15	28	13	1.85
50243537--50243579	23	1.9	23	85	4	61	37	18	0	44	1.50
50244874--50244962	36	2.5	36	96	0	160	38	5	4	51	1.46
50246799--50246837	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
50246854--50246892	10	4.0	10	83	6	53	38	0	0	61	0.96
50246854--50246902	10	5.1	10	80	12	50	34	0	2	63	1.06
50246854--50246902	9	5.1	9	82	9	53	34	0	2	63	1.06
50247023--50247424	134	3.1	133	95	3	717	33	6	15	44	1.72
50261608--50261656	22	2.2	22	82	7	55	28	24	22	24	1.99
50262449--50262606	74	2.2	71	80	10	176	33	4	12	50	1.60
50262867--50262975	54	2.0	54	96	3	202	27	25	13	33	1.94
50262921--50262995	30	2.5	30	75	0	78	29	26	14	29	1.95
50263478--50263502	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
50271923--50271987	30	2.2	30	97	0	121	26	27	27	18	1.98
50273595--50273787	105	1.8	105	79	2	226	24	23	22	29	1.99
50274508--50274617	39	2.8	40	91	5	172	32	12	24	30	1.92
50280332--50280505	91	1.9	91	85	2	242	23	17	18	40	1.91
50287183--50287366	34	5.4	34	92	2	298	18	16	35	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50288695--50288912	48	4.6	45	71	11	143	28	18	27	25	1.98
50288695--50289010	94	3.3	93	79	5	258	28	19	27	24	1.99
50288692--50288912	46	4.7	47	75	7	173	28	19	27	25	1.98
50288886--50289012	49	2.6	49	79	0	155	26	22	29	21	1.99
50291857--50291991	41	3.2	42	68	11	123	25	25	17	31	1.97
50291855--50292032	84	2.1	83	86	5	252	27	26	17	27	1.98
50293878--50293907	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
50298113--50298161	24	2.0	24	96	0	89	12	26	30	30	1.92
50302032--50302205	46	3.8	45	78	13	203	20	21	29	28	1.98
50302029--50302198	91	1.9	92	94	1	306	21	21	29	27	1.99
50305105--50305184	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
50305096--50305183	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
50307377--50307464	27	3.3	26	85	7	122	38	23	22	14	1.92
50307565--50307640	26	2.8	27	88	4	100	31	13	21	34	1.91
50309084--50309141	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
50309607--50309763	68	2.3	68	81	5	176	26	14	17	42	1.87
50325599--50325664	21	3.1	21	97	0	123	13	27	10	48	1.75
50327618--50327649	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
50335806--50335868	31	2.0	31	90	0	99	55	4	4	34	1.42
50337432--50337481	22	2.3	22	86	3	75	64	20	8	8	1.46
50350371--50350454	42	2.0	42	100	0	168	33	4	14	47	1.65
50352510--50352589	40	2.0	40	100	0	160	25	10	15	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50352790--50352845	23	2.5	22	80	8	69	14	10	0	75	1.06
50353022--50353061	15	2.6	15	96	4	71	35	30	7	27	1.84
50355048--50355144	47	2.1	47	96	0	176	39	12	18	29	1.87
50360974--50361069	46	2.1	46	84	0	120	16	27	15	40	1.89
50366492--50366528	14	2.6	15	83	12	51	43	8	0	48	1.32
50366543--50366730	61	3.1	61	68	14	181	43	2	5	48	1.39
50366604--50366649	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
50366499--50366767	120	2.2	120	93	3	454	42	2	4	49	1.37
50366544--50366727	57	3.1	58	66	25	139	42	2	5	48	1.39
50366724--50366765	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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