genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24958696--24958818	51	2.4	51	77	5	124	30	14	26	28	1.95
24965741--24965778	18	2.2	18	90	4	60	28	2	7	60	1.38
24967276--24967317	20	2.1	20	86	8	59	52	9	9	28	1.65
24968047--24968118	32	2.2	32	85	4	92	34	37	19	8	1.82
24972791--24972865	39	1.9	39	86	5	107	28	14	26	30	1.95
24988912--24989180	95	2.8	97	80	8	264	25	29	18	26	1.98
24988911--24989189	145	1.9	147	84	5	377	25	29	18	26	1.98
24988911--24989191	50	5.8	49	79	9	288	25	29	18	27	1.98
24993143--24993186	22	2.0	23	86	4	63	47	0	6	45	1.29
24993361--24993417	28	2.0	28	86	6	80	56	7	0	36	1.27
24996248--24996358	44	2.5	42	77	11	105	30	16	29	23	1.96
24996259--24996725	45	10.1	45	71	12	184	29	17	28	24	1.97
24996566--24996771	49	4.3	49	73	8	172	29	16	32	21	1.95
24996153--24996725	94	6.2	93	71	11	293	30	16	29	23	1.97
24999458--24999604	72	2.0	72	94	0	258	53	6	4	36	1.45
25001195--25001361	40	4.1	40	89	3	237	38	19	22	19	1.93
25001195--25001361	81	2.1	81	88	4	248	38	19	22	19	1.93
25002393--25002424	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
25004749--25004848	41	2.4	41	96	0	182	38	22	9	31	1.85
25019391--25019425	13	2.8	12	87	12	52	80	2	0	17	0.84
25019389--25019426	20	1.9	19	89	5	58	78	2	0	18	0.86
25021903--25022107	27	7.6	27	85	3	250	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25021904--25022107	109	1.9	108	88	3	311	26	15	27	29	1.96
25024826--25024969	55	2.6	55	75	0	153	13	26	31	29	1.94
25037898--25038105	43	4.9	43	86	0	247	22	24	22	31	1.98
25041435--25041466	15	2.1	15	94	0	55	12	28	6	53	1.62
25042124--25042165	19	2.3	18	84	12	50	61	4	11	21	1.48
25042811--25042869	24	2.5	24	91	5	93	45	0	35	18	1.50
25045200--25045325	49	2.6	49	84	3	155	21	26	22	29	1.99
25045345--25045464	48	2.5	48	84	8	138	26	24	18	30	1.98
25058170--25058219	24	2.1	24	92	0	82	46	20	6	28	1.74
25058811--25058860	19	2.7	19	73	14	50	68	4	4	24	1.24
25058857--25058956	29	3.4	28	72	12	76	59	4	6	31	1.40
25058839--25058977	59	2.3	60	84	8	185	61	4	5	28	1.38
25058984--25059064	36	2.2	36	86	6	110	51	12	16	19	1.75
25059082--25059160	20	4.0	20	77	6	63	35	3	1	59	1.24
25059078--25059153	39	1.9	39	86	7	109	30	3	1	64	1.20
25059138--25059192	27	2.1	27	93	3	94	41	3	0	54	1.18
25059247--25059453	90	2.3	89	84	4	267	36	8	17	38	1.80
25070894--25071012	41	3.0	40	81	7	118	26	26	20	26	1.99
25070941--25071081	40	3.5	41	79	9	137	27	27	20	24	1.99
25078748--25078894	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
25078794--25078974	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
25078791--25078974	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25083889--25083930	21	2.0	20	82	13	50	23	16	21	38	1.93
25096571--25096643	35	2.1	35	97	0	137	36	5	17	39	1.73
25098371--25098481	55	2.0	55	92	3	188	20	18	28	31	1.97
25108855--25108915	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25113290--25113350	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25121977--25122072	40	2.3	43	85	7	126	29	14	28	28	1.95
25133095--25133178	43	2.0	43	85	4	116	26	19	27	27	1.99
25146965--25147142	45	3.8	49	77	16	191	29	29	20	20	1.98
25146972--25147142	93	1.8	92	93	3	299	28	29	21	21	1.98
25154512--25154683	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
25154505--25154680	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
25160873--25161061	50	3.8	49	84	2	243	30	24	17	27	1.97
25160886--25161069	101	1.8	99	88	2	278	29	25	17	27	1.97
25169897--25169927	16	1.9	16	93	0	53	61	6	9	22	1.50
25178380--25178668	50	5.7	50	79	5	251	31	25	14	28	1.95
25178383--25178668	151	1.9	151	83	3	369	31	25	15	27	1.95
25188283--25188393	57	1.9	57	81	3	134	31	18	18	31	1.95
25188804--25188850	20	2.3	20	85	7	60	25	17	19	38	1.92
25190655--25190695	21	2.0	21	100	0	82	26	9	4	58	1.50
25196977--25197120	48	3.0	48	81	0	180	26	22	22	28	1.99
25199266--25199334	33	2.1	33	86	7	97	17	7	2	72	1.20
25201279--25201309	12	2.6	12	94	0	53	16	19	6	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25208448--25208492	20	2.2	20	88	7	65	37	11	20	31	1.87
25208544--25208686	23	6.0	24	90	7	220	28	20	22	27	1.99
25208544--25208686	72	2.0	72	89	8	220	28	20	22	27	1.99
25208544--25208686	48	3.0	48	90	7	220	28	20	22	27	1.99
25208881--25208944	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
25215392--25215436	21	2.1	21	83	4	54	22	28	2	46	1.63
25216529--25216601	20	4.0	20	73	20	61	38	10	19	31	1.86
25216555--25216586	16	2.0	16	93	0	55	37	15	18	28	1.92
25216651--25216774	48	2.6	47	87	6	178	29	18	20	30	1.97
25216651--25216793	23	6.0	24	84	7	184	28	19	21	30	1.98
25216651--25216793	48	3.0	48	82	10	177	28	19	21	30	1.98
25216659--25216793	72	1.9	72	84	9	186	27	20	20	31	1.97
25233292--25233367	21	3.5	21	66	16	55	36	27	13	22	1.91
25250741--25250803	26	2.4	26	78	2	72	38	19	25	17	1.93
25250845--25250900	14	3.9	14	82	13	78	48	12	7	32	1.68
25250936--25250995	27	2.2	27	93	0	102	21	21	21	35	1.96
25256436--25256487	22	2.4	22	80	0	59	25	32	26	15	1.95
25256447--25256490	22	2.0	22	90	0	70	22	29	34	13	1.93
25262282--25262439	42	3.7	42	83	3	183	30	13	24	31	1.94
25265653--25265727	25	3.2	25	62	21	61	20	21	14	44	1.87
25265425--25265748	46	6.9	46	84	6	382	22	22	13	41	1.88
25267857--25267891	8	4.6	8	86	13	56	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25267854--25267889	14	2.5	14	95	4	63	77	0	0	22	0.76
25270758--25271177	46	8.9	47	84	5	474	22	23	12	40	1.88
25270758--25271181	97	4.5	96	87	4	540	22	23	12	41	1.88
25270999--25271072	24	3.2	24	65	27	68	22	24	13	39	1.90
25273278--25273309	11	2.8	11	95	4	55	75	0	0	25	0.81
25277100--25277282	79	2.3	81	81	7	205	25	26	22	24	2.00
25277079--25277282	40	5.1	40	78	8	202	25	26	22	25	2.00
25279463--25279488	11	2.4	11	100	0	52	7	26	0	65	1.20
25281443--25281470	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
25283191--25283228	10	3.7	10	89	3	58	60	0	0	39	0.97
25296996--25297032	14	2.6	14	95	0	65	35	2	16	45	1.61
25309331--25309547	40	5.4	40	91	2	314	23	22	27	25	2.00
25321661--25321697	15	2.5	15	86	4	58	75	2	5	16	1.10
25326651--25326677	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
25336018--25336222	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
25336019--25336222	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
25344119--25344323	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
25344120--25344323	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
25349893--25349917	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25352447--25352486	3	13.7	3	94	5	73	32	32	0	35	1.58
25352614--25352653	3	13.3	3	89	0	62	0	27	0	72	0.85
25352614--25352654	12	3.4	12	93	0	73	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25365130--25365251	50	2.5	49	81	7	135	26	20	14	38	1.91
25365525--25365572	24	2.0	24	100	0	96	37	12	8	41	1.73
25366526--25366626	39	2.6	39	87	6	159	29	2	21	45	1.67
25367732--25367767	18	1.9	19	88	5	56	19	22	2	55	1.56
25370049--25370160	43	2.6	44	82	10	126	28	25	18	26	1.98
25372886--25372975	28	3.2	27	77	4	90	32	22	24	21	1.98
25373081--25373173	28	3.3	28	92	3	152	30	7	29	33	1.85
25380215--25380253	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
25380691--25380805	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
25380716--25380805	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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