genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.322.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103820614--103820707	46	2.1	45	86	4	127	31	29	18	20	1.96
103822918--103822946	6	4.8	6	100	0	58	0	65	0	34	0.93
103825618--103825652	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
103829170--103829197	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
103829918--103829970	28	1.9	27	88	3	79	54	9	9	26	1.63
103835026--103835055	15	2.0	15	93	0	51	33	30	20	16	1.94
103855542--103855575	18	1.9	17	88	5	50	23	23	20	32	1.98
103855834--103855873	16	2.5	16	84	8	55	17	30	0	52	1.45
103859392--103859711	150	2.2	149	78	11	333	55	17	12	14	1.69
103862036--103862208	43	4.0	43	76	3	170	31	24	15	28	1.96
103864820--103864863	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
103864883--103864922	13	2.9	14	82	17	57	55	0	0	45	0.99
103866023--103866128	40	2.7	41	82	10	123	38	14	9	37	1.78
103866024--103866138	20	5.8	20	75	10	101	39	13	9	37	1.78
103866293--103866381	20	4.5	20	69	8	65	35	11	14	38	1.82
103866447--103866513	20	3.3	20	78	12	75	32	10	14	41	1.80
103878141--103878210	28	2.4	29	85	7	88	67	1	0	31	1.00
103878516--103878547	7	4.4	7	96	4	55	56	0	0	43	0.99
103878557--103878617	10	6.4	9	75	19	54	31	1	1	65	1.12
103878577--103878624	17	2.8	17	87	9	62	25	4	0	70	1.04
103878577--103878632	8	6.6	8	75	18	51	23	3	1	71	1.11
103878577--103878633	17	3.3	17	78	11	55	22	3	1	71	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103878576--103878634	27	2.2	26	77	16	68	22	3	1	72	1.08
103878661--103878725	30	2.2	30	79	17	75	16	6	1	75	1.08
103878841--103878887	20	2.3	20	89	7	69	34	2	2	61	1.20
103878824--103878885	21	3.0	21	81	11	65	30	4	1	62	1.25
103881586--103881661	38	2.0	38	97	0	143	39	17	15	27	1.90
103881633--103881817	92	2.0	92	96	0	343	43	20	12	23	1.86
103882260--103882313	17	3.4	17	66	23	53	40	18	14	25	1.89
103882252--103882314	31	2.0	31	100	0	126	42	15	15	25	1.87
103886311--103886365	26	2.1	26	83	6	67	27	3	3	65	1.26
103886779--103886817	17	2.3	17	90	0	60	61	2	0	35	1.10
103895021--103895061	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
103896864--103896948	43	2.0	43	100	0	170	25	16	15	42	1.87
103898377--103898412	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
103906874--103907064	72	2.6	71	81	4	220	26	14	23	36	1.93
103907018--103907175	53	2.9	53	82	4	192	27	14	17	39	1.89
103906947--103907315	193	2.0	183	85	8	496	26	15	19	38	1.91
103907096--103907401	140	2.2	140	90	2	501	25	16	20	38	1.92
103907333--103907366	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
103907277--103907483	86	2.4	86	95	0	380	25	15	22	35	1.94
103907419--103907452	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
103907122--103907581	226	2.0	226	94	2	818	24	16	19	38	1.92
103907501--103907727	72	3.0	72	80	12	260	30	16	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103907681--103907776	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
103907608--103907848	121	2.0	121	95	0	428	31	16	18	33	1.93
103907730--103908083	78	4.7	75	88	4	455	31	17	19	32	1.95
103908005--103908176	93	1.8	93	85	2	238	27	20	19	31	1.97
103908077--103908460	79	4.7	78	78	12	353	30	17	17	34	1.93
103907912--103908236	170	1.9	165	86	4	454	28	19	19	32	1.96
103908256--103908417	88	1.8	88	86	2	236	28	17	17	35	1.93
103907857--103908462	244	2.5	242	83	6	733	30	17	18	33	1.94
103908444--103908503	30	2.0	30	90	6	95	23	10	25	41	1.85
103909205--103909250	19	2.3	20	96	3	85	67	26	0	6	1.15
103912639--103912708	31	2.3	31	82	0	86	28	25	20	25	1.99
103912663--103912754	46	2.0	46	89	0	139	27	23	22	26	2.00
103912709--103912767	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
103912747--103913073	50	6.5	50	93	0	528	27	22	15	35	1.94
103919247--103919307	31	2.0	31	87	6	88	37	9	27	24	1.87
103933370--103933485	58	2.0	58	100	0	232	36	6	24	32	1.82
103935020--103935053	18	1.9	17	88	5	50	0	14	2	82	0.79
103939865--103939909	22	2.0	21	83	8	54	53	0	0	46	1.00
103943074--103943173	21	4.9	21	71	7	71	45	17	22	16	1.86
103943074--103943216	42	3.6	42	76	15	142	44	17	20	17	1.87
103943103--103943209	21	5.4	21	66	18	68	42	14	22	20	1.89
103943141--103943209	36	1.9	36	93	0	120	44	15	18	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103948400--103948437	20	1.9	20	88	0	58	47	2	5	44	1.39
103950611--103950658	24	2.0	24	95	0	87	31	8	12	47	1.71
103953067--103953106	21	1.9	21	84	0	53	15	25	27	32	1.95
103955160--103955261	47	2.2	45	78	15	109	47	13	13	25	1.80
103960068--103960100	5	6.8	5	96	3	59	42	36	0	21	1.53
103960068--103960105	15	2.6	14	88	8	58	42	34	0	23	1.55
103964112--103964209	47	2.0	51	88	7	150	20	13	20	45	1.84
103978266--103978365	52	1.9	52	87	0	146	36	14	22	28	1.92
103978339--103978485	37	4.0	37	92	1	235	36	15	22	25	1.93
103980485--103980544	19	3.2	19	100	0	120	25	21	10	43	1.83
103990219--103990261	20	2.2	19	83	4	50	37	16	9	37	1.81
103993861--103993893	15	2.1	16	88	5	50	45	3	0	51	1.16
103994678--103994744	31	2.2	31	83	5	82	47	8	10	32	1.69
103994688--103994748	31	2.0	31	93	0	104	45	8	9	36	1.67
104003779--104003883	27	3.9	27	80	8	115	32	22	25	19	1.97
104005435--104005542	26	4.2	26	90	0	171	35	25	7	31	1.84
104012265--104012397	27	4.9	26	78	9	124	33	21	24	20	1.97
104012291--104012400	55	2.0	54	89	3	168	32	22	25	19	1.97
104013951--104014058	26	4.2	26	87	0	162	36	25	7	31	1.83
104023120--104023200	40	2.0	40	97	0	153	35	22	8	33	1.85
104024592--104024654	28	2.2	28	80	0	72	26	25	17	30	1.97
104027202--104027228	7	3.9	7	100	0	54	70	14	0	14	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104034317--104034365	24	2.0	24	84	0	62	36	0	4	59	1.17
104034488--104034531	21	2.0	23	86	8	65	47	2	2	47	1.27
104036130--104036244	56	2.1	56	100	0	230	51	10	8	29	1.66
104037007--104037085	39	2.0	39	100	0	158	37	20	0	41	1.52
104039957--104040097	39	3.6	38	90	4	210	31	17	2	49	1.58
104041611--104041898	145	2.0	145	96	1	533	30	22	18	28	1.97
104041409--104042103	350	2.0	347	96	2	1286	29	22	18	29	1.98
104041763--104042323	205	2.7	206	96	1	1015	29	22	18	29	1.98
104050284--104050314	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
104054787--104054940	39	3.9	39	90	6	240	29	19	3	47	1.65
104057904--104057966	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
104058090--104058122	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
104058391--104058426	19	1.9	19	88	5	56	58	0	2	38	1.13
104059144--104059180	12	3.0	13	80	11	51	0	10	5	83	0.79
104062594--104062628	17	2.1	16	89	5	52	42	2	2	51	1.31
104062632--104062684	24	2.2	24	86	0	79	58	1	0	39	1.09
104066036--104066143	51	2.1	51	84	3	137	31	19	7	41	1.79
104067834--104067882	22	2.3	22	92	3	82	57	0	2	40	1.10
104068084--104068108	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
104071559--104071612	22	2.6	21	77	11	58	25	29	16	27	1.97
104072794--104072833	18	2.2	19	90	4	64	27	2	2	67	1.16
104072795--104072841	18	2.7	17	83	6	58	29	4	2	63	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104075112--104075144	14	2.3	15	89	5	50	0	18	3	78	0.87
104081090--104081138	24	2.0	24	96	0	89	28	32	6	32	1.82
104083637--104083677	17	2.3	18	87	4	57	43	0	0	56	0.99
104086725--104086825	3	33.3	3	80	5	105	30	6	1	60	1.34
104086961--104087029	36	2.0	34	83	11	86	36	7	1	55	1.37
104087132--104087162	14	2.2	14	94	0	53	16	0	0	83	0.64
104092692--104092763	31	2.3	31	80	4	83	44	11	9	34	1.73
104093993--104094053	23	2.5	23	78	7	59	47	3	4	44	1.41
104094125--104094164	18	2.2	18	86	0	53	67	2	2	27	1.16
104098077--104098134	29	2.0	29	100	0	116	44	20	20	13	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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