genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81701801--81701834	11	3.1	11	95	0	59	38	2	17	41	1.65
81701801--81701844	22	2.0	22	81	0	52	36	6	15	40	1.74
81705577--81705601	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
81711819--81711859	19	2.2	19	100	0	82	39	31	9	19	1.84
81712235--81712274	8	4.9	8	96	3	71	25	12	27	35	1.92
81718178--81718244	25	2.7	25	80	0	71	25	25	17	31	1.97
81720524--81720551	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
81728023--81728167	49	3.0	49	81	4	175	27	17	26	28	1.97
81729201--81729233	17	2.0	17	88	5	50	36	3	0	60	1.12
81731193--81731222	13	2.2	14	94	5	53	83	0	3	13	0.77
81742883--81742918	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
81746697--81746722	13	2.0	13	100	0	52	15	15	38	30	1.88
81751095--81751138	23	2.0	23	86	4	63	52	0	9	38	1.33
81764977--81765010	15	2.4	14	90	9	59	5	2	5	85	0.83
81764971--81765008	20	1.9	20	84	10	51	5	5	7	81	0.98
81764979--81765070	24	3.7	23	80	10	85	11	3	8	76	1.13
81765001--81765070	12	5.8	12	73	15	56	12	2	10	74	1.18
81765056--81765128	22	3.1	22	70	16	58	36	0	5	57	1.22
81765865--81766131	136	2.0	136	98	0	516	34	15	13	35	1.87
81769419--81769471	20	2.7	21	88	11	85	43	0	0	56	0.99
81769419--81769483	20	3.1	21	82	12	73	46	0	0	53	1.00
81769527--81769615	22	3.8	23	76	11	74	39	0	3	57	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81769588--81769618	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
81769568--81769624	12	4.6	12	72	14	53	40	0	0	59	0.97
81769546--81769662	22	5.0	22	68	16	67	40	1	1	56	1.20
81775914--81775966	10	5.5	10	84	8	58	79	0	1	18	0.83
81775922--81775990	27	2.5	27	83	6	77	79	2	4	13	0.99
81775922--81775974	8	6.1	8	85	12	61	83	1	1	13	0.82
81776043--81776132	12	7.3	12	67	20	53	61	1	1	36	1.11
81776046--81776079	16	2.2	16	89	5	52	64	0	2	32	1.08
81776066--81776119	24	2.3	24	87	3	83	57	0	0	42	0.98
81776070--81776119	23	2.2	23	92	0	82	60	0	0	40	0.97
81776187--81776234	21	2.1	22	85	11	62	58	0	0	41	0.98
81776235--81776301	23	3.0	21	77	10	71	55	2	0	41	1.15
81776195--81776278	35	2.4	35	86	4	125	59	0	0	40	0.97
81776240--81776300	22	2.8	21	80	11	68	60	3	0	36	1.13
81776278--81776303	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
81776169--81776304	56	2.4	52	76	17	130	55	1	0	43	1.09
81776237--81776321	44	1.9	44	81	9	102	58	3	1	36	1.23
81776305--81776342	13	2.6	15	88	12	53	73	7	2	15	1.17
81776320--81776366	24	2.0	23	84	12	60	74	8	6	10	1.22
81780737--81780773	3	12.3	3	88	0	56	2	32	0	64	1.07
81785385--81785528	40	3.6	40	87	2	184	23	27	25	22	2.00
81788771--81788869	29	3.4	29	87	1	137	27	14	27	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81796691--81796795	39	2.7	38	82	11	131	21	27	26	23	1.99
81803441--81804232	47	16.6	47	91	2	1197	33	8	28	29	1.86
81803441--81804232	96	8.3	96	92	2	1262	33	8	28	29	1.86
81803441--81804232	145	5.5	144	95	0	1299	33	8	28	29	1.86
81808670--81808704	18	1.9	18	88	0	52	74	0	11	14	1.08
81815974--81816011	16	2.3	16	86	13	51	18	0	5	76	0.97
81818784--81818847	23	2.8	23	92	0	101	17	6	29	46	1.72
81819040--81819126	21	4.0	23	75	13	85	13	22	26	36	1.92
81826447--81826478	15	2.1	15	94	0	55	6	15	0	78	0.95
81826443--81826483	21	2.0	20	85	4	55	7	14	0	78	0.96
81826524--81826561	11	3.4	11	92	3	58	21	2	5	71	1.19
81831165--81831189	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
81833597--81833627	16	1.9	16	93	0	53	35	25	9	29	1.88
81836410--81836446	16	2.3	16	90	0	56	62	27	0	10	1.28
81838518--81838548	13	2.4	13	94	0	53	6	58	0	35	1.24
81838499--81838557	31	1.9	31	89	6	93	3	59	0	37	1.14
81838500--81838553	12	4.4	12	77	13	56	3	57	0	38	1.17
81838500--81838557	18	3.2	18	83	9	73	3	58	0	37	1.15
81841058--81841124	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
81842735--81842785	9	5.7	9	78	0	57	5	35	11	47	1.65
81856190--81856409	41	5.6	40	84	8	240	27	28	18	25	1.98
81856192--81856385	76	2.5	79	83	8	238	27	28	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81856380--81856456	40	1.9	41	81	7	95	28	28	19	23	1.98
81859834--81860096	40	6.6	39	85	3	294	27	28	19	25	1.99
81862715--81862872	43	3.7	43	80	8	178	32	25	13	27	1.94
81862715--81862872	86	1.8	86	83	5	212	32	25	13	27	1.94
81863934--81864043	36	3.1	36	89	0	166	44	18	8	29	1.78
81876399--81876456	17	3.2	16	79	16	53	50	0	25	24	1.50
81878839--81878885	18	2.6	18	82	0	58	4	29	40	25	1.75
81878834--81878889	6	9.5	6	84	1	51	3	28	42	25	1.71
81879249--81879338	45	2.0	45	97	0	171	38	15	27	17	1.90
81881195--81881227	17	1.9	17	100	0	66	12	9	6	72	1.26
81881193--81881262	16	4.3	16	76	3	68	17	5	5	71	1.25
81881752--81881804	16	3.4	16	87	7	65	0	35	0	64	0.94
81883457--81883491	17	2.1	17	88	0	52	28	5	0	65	1.15
81887719--81887763	19	2.4	19	85	7	56	22	24	13	40	1.90
81889499--81889524	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
81889676--81889847	94	1.8	95	80	8	208	39	9	3	47	1.53
81890035--81890147	58	1.9	58	90	0	181	38	14	11	35	1.82
81898383--81898409	12	2.2	12	100	0	54	40	7	29	22	1.81
81900766--81900811	24	1.9	24	90	0	74	36	4	8	50	1.53
81904012--81904090	39	2.0	39	95	0	140	30	18	12	37	1.89
81907763--81907836	34	2.2	34	100	0	148	44	8	8	39	1.64
81907980--81908012	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81915369--81915415	17	2.9	17	78	12	55	42	0	8	48	1.33
81915369--81915418	16	3.2	16	78	13	59	44	0	8	48	1.32
81917469--81917496	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
81918517--81918569	26	2.1	26	82	3	63	24	16	20	37	1.93
81918568--81918625	25	2.3	25	82	11	66	20	22	22	34	1.97
81918584--81918715	24	5.4	24	68	14	67	18	25	20	35	1.95
81920905--81921016	29	3.9	29	76	5	93	26	27	15	30	1.96
81920904--81921016	58	2.0	57	80	5	129	26	27	15	30	1.95
81921099--81921135	19	1.9	19	94	0	65	21	32	13	32	1.92
81922480--81922511	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
81925357--81925421	29	2.2	30	83	5	80	26	32	15	26	1.95
81925512--81925548	19	1.9	19	94	0	65	21	32	13	32	1.92
81927727--81928000	152	1.8	152	85	0	386	39	20	10	29	1.86
81929152--81929217	25	2.9	20	72	25	51	39	18	3	39	1.66
81929156--81929207	25	2.0	26	82	17	65	40	17	3	38	1.68
81931089--81931170	41	2.0	40	85	2	110	37	8	14	39	1.77
81931360--81931475	45	2.8	39	76	17	110	21	20	19	37	1.94
81931381--81931481	45	2.2	45	89	3	150	21	18	18	40	1.91
81931461--81931498	6	6.3	6	87	0	58	21	18	13	47	1.82
81932223--81932248	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
81934541--81934704	43	3.8	43	71	12	131	26	17	26	29	1.98
81942300--81942462	43	3.8	42	81	9	179	23	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81946189--81946231	20	2.2	20	95	0	77	25	2	20	51	1.60
81947015--81947039	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
81947561--81947595	18	1.9	18	88	0	52	57	0	5	37	1.23
81949227--81949256	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
81950567--81950595	14	2.1	14	100	0	58	48	6	20	24	1.74
81960677--81960728	26	2.0	25	82	14	61	42	1	7	48	1.43
81966921--81966979	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
81970884--81970920	18	2.1	18	90	10	58	75	0	24	0	0.80
81970896--81970929	14	2.3	15	90	5	52	70	0	29	0	0.87
81981035--81981101	24	2.6	26	81	6	75	16	37	5	40	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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