genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27113442--27113487	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
27115016--27115223	55	3.8	54	79	10	203	22	25	15	36	1.94
27122696--27122903	55	3.8	54	78	10	185	22	25	15	36	1.94
27126725--27126810	45	1.9	45	88	4	129	41	20	26	10	1.85
27128210--27128676	235	2.0	235	93	0	810	37	17	15	28	1.91
27133794--27133943	42	3.5	43	75	12	128	35	26	16	22	1.94
27135201--27135297	24	4.0	24	91	1	149	37	5	37	20	1.75
27136937--27137012	32	2.4	32	76	12	75	23	22	27	26	1.99
27137824--27137875	22	2.4	22	90	0	86	44	7	17	30	1.77
27139512--27139558	24	1.9	25	82	4	60	38	2	29	29	1.69
27142942--27143042	24	4.2	23	88	6	139	38	4	36	19	1.74
27150513--27150582	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
27151491--27151598	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
27151488--27151657	54	3.1	54	81	5	175	32	10	17	39	1.83
27151540--27151710	27	6.3	27	76	8	134	29	9	19	40	1.84
27160782--27160833	21	2.5	20	78	6	59	17	0	38	44	1.49
27160786--27160833	7	6.9	7	80	7	53	16	0	41	41	1.48
27160957--27161008	14	3.6	14	78	2	50	15	0	26	57	1.38
27160964--27161027	21	3.0	22	74	17	55	15	0	26	57	1.38
27161176--27161248	7	10.6	7	81	8	60	15	1	34	49	1.53
27161194--27161248	14	3.9	14	88	9	76	16	0	32	50	1.45
27161194--27161248	21	2.7	20	86	8	74	16	0	32	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27161440--27161473	18	1.9	17	88	5	50	52	2	0	44	1.16
27163923--27164027	29	3.7	29	72	6	88	25	27	14	32	1.94
27164100--27164146	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
27169670--27169919	42	5.9	43	76	5	168	25	13	27	33	1.93
27169772--27169937	43	3.9	42	83	4	163	22	13	28	34	1.93
27174194--27174556	46	7.7	48	73	13	251	24	30	18	26	1.98
27174191--27174554	94	3.9	94	73	17	254	25	29	18	26	1.98
27178215--27178290	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
27178187--27178722	47	11.3	47	92	2	783	27	29	9	33	1.88
27180146--27180265	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
27181534--27181849	40	7.9	40	88	1	411	25	27	21	25	1.99
27181547--27181887	80	4.3	79	85	3	389	24	28	22	24	2.00
27181534--27181849	120	2.6	120	88	1	456	25	27	21	25	1.99
27181551--27181887	40	8.5	41	86	5	188	24	28	22	24	1.99
27181534--27181887	120	3.0	120	85	4	450	24	28	22	24	1.99
27184150--27184729	47	12.3	47	91	3	861	27	29	9	33	1.88
27184171--27184730	143	4.0	140	91	3	840	27	30	9	33	1.88
27186154--27186273	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
27189659--27189745	43	2.0	43	84	0	111	26	11	26	35	1.90
27207679--27207747	30	2.3	30	84	0	93	23	23	31	21	1.98
27209253--27209534	48	5.8	48	74	3	235	29	19	26	25	1.98
27209254--27209534	96	2.9	96	88	1	400	29	19	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27212599--27212725	64	2.0	64	92	0	209	32	24	18	24	1.97
27219970--27220099	63	2.0	64	89	4	201	30	24	19	25	1.98
27231342--27231514	46	3.7	46	79	13	210	21	21	27	28	1.99
27231339--27231509	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
27234202--27234283	43	1.9	43	85	5	112	21	17	29	31	1.96
27248331--27248507	40	4.4	40	87	4	225	24	28	22	24	2.00
27253404--27253437	13	2.5	13	95	4	59	20	26	5	47	1.73
27259378--27259443	13	4.8	14	73	14	57	36	19	6	37	1.77
27261920--27262146	43	5.3	43	78	7	237	32	30	15	21	1.95
27261920--27262146	86	2.6	84	84	6	269	32	30	15	21	1.95
27267449--27267482	7	4.9	7	92	0	50	61	23	0	14	1.33
27268446--27268580	40	3.3	40	85	3	155	25	19	20	34	1.96
27268644--27268792	23	6.4	23	85	6	124	23	22	20	32	1.98
27268654--27268782	45	2.8	44	79	10	127	24	24	20	31	1.98
27270413--27270582	47	3.6	47	98	0	322	28	27	19	24	1.98
27270362--27270639	47	6.0	45	83	9	123	29	27	19	24	1.98
27271051--27271110	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
27272459--27272532	18	4.1	18	87	0	94	40	16	5	37	1.71
27272450--27272532	36	2.3	36	82	0	94	42	15	4	37	1.69
27273976--27274001	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
27274198--27274244	22	2.0	24	88	8	71	31	17	6	44	1.73
27275248--27275337	43	2.1	43	85	0	117	20	24	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27291568--27291757	40	4.8	40	86	3	269	23	22	28	25	1.99
27291564--27291757	78	2.5	80	85	3	284	24	22	27	25	2.00
27299601--27299789	39	4.8	39	88	5	283	23	22	29	24	1.99
27299597--27299789	79	2.4	78	87	5	289	24	22	29	24	1.99
27301546--27301593	25	1.9	25	86	0	69	43	20	18	16	1.88
27303733--27303790	26	2.2	26	85	11	75	29	15	13	41	1.86
27307022--27307082	30	2.0	30	90	0	95	19	22	26	31	1.98
27310291--27310730	48	9.0	48	90	4	641	35	5	26	31	1.80
27310291--27310727	148	2.9	146	90	3	667	35	5	26	31	1.81
27310291--27310727	100	4.4	98	90	2	653	35	5	26	31	1.81
27310876--27310984	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
27313106--27313162	24	2.4	23	77	13	62	38	0	1	59	1.08
27313322--27313354	11	3.1	11	91	4	50	21	3	0	75	0.93
27316659--27316799	67	2.1	67	97	0	264	38	9	9	42	1.70
27327801--27327886	36	2.5	34	87	7	136	41	9	11	37	1.74
27329261--27329286	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
27337450--27337561	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
27337450--27337561	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
27345453--27345564	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
27345453--27345564	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
27359204--27359254	20	2.5	20	93	0	84	15	33	33	17	1.92
27361505--27361538	17	2.0	17	100	0	68	23	29	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369180--27369296	57	2.1	57	90	0	180	41	11	23	24	1.87
27374528--27374700	93	1.9	93	93	2	303	28	28	20	21	1.98
27374530--27374697	46	3.6	46	77	15	193	29	28	20	21	1.98
27382318--27382426	54	2.0	54	90	0	173	26	11	20	41	1.87
27408450--27408540	29	3.2	29	82	4	114	27	15	29	27	1.96
27416201--27416290	29	3.1	29	88	1	128	23	15	33	27	1.95
27420266--27420346	43	1.9	41	82	5	99	30	12	25	30	1.92
27425767--27426031	46	5.6	48	79	10	239	22	30	18	28	1.97
27425761--27426037	94	3.0	92	79	10	296	23	29	18	28	1.98
27425767--27426031	140	1.9	141	84	6	358	22	30	18	28	1.97
27431189--27431310	60	2.1	58	83	8	151	54	9	13	22	1.68
27431681--27431738	31	2.0	30	83	10	75	48	0	1	50	1.11
27431707--27431744	20	1.9	20	88	0	58	50	0	5	44	1.24
27433019--27433057	20	2.0	20	85	10	53	48	0	2	48	1.15
27435896--27435953	20	2.9	20	92	0	98	34	10	20	34	1.87
27436012--27436162	24	6.4	23	88	5	205	29	22	22	25	1.99
27436013--27436155	47	3.1	46	89	3	207	28	23	21	26	1.99
27436012--27436162	71	2.1	70	92	2	248	29	22	22	25	1.99
27436371--27436433	31	2.0	31	87	0	90	36	15	22	25	1.94
27438974--27439082	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
27439378--27439449	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
27439282--27439478	47	4.1	47	86	3	225	28	27	9	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27439226--27439414	97	1.9	98	85	7	260	30	25	8	35	1.86
27443421--27443692	40	6.8	40	94	0	445	25	28	21	24	1.99
27444960--27445068	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
27445213--27445403	100	1.9	96	86	7	267	29	26	8	36	1.86
27445213--27445403	50	3.9	50	84	8	225	29	26	8	36	1.86
27445367--27445438	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
27445271--27445467	47	4.1	47	86	3	225	27	27	9	35	1.87
27445214--27445467	94	2.6	96	80	7	239	29	27	8	35	1.86
27448034--27448215	98	1.9	98	92	0	310	56	14	13	15	1.67
27451167--27451290	44	2.8	44	86	4	153	37	12	22	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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