genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  302  of  343  ( 41150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98574948--98575075	57	2.2	57	84	0	166	31	1	21	46	1.61
98576237--98576598	64	5.7	64	96	2	633	47	3	10	38	1.55
98579563--98579598	17	2.2	17	90	5	56	72	2	0	25	0.98
98579980--98580065	22	4.0	22	77	6	77	38	34	2	24	1.68
98579887--98580074	80	2.4	79	85	4	252	35	36	2	25	1.70
98580277--98580314	16	2.5	16	87	8	53	44	31	2	21	1.66
98580192--98580329	41	3.3	42	68	24	105	42	30	4	22	1.73
98580547--98580600	14	3.8	14	73	11	56	24	1	24	50	1.60
98580545--98580599	28	1.9	29	88	3	85	25	1	23	49	1.60
98581123--98581321	41	4.8	41	83	7	190	31	24	17	27	1.97
98581342--98581599	140	1.8	139	85	5	340	25	24	21	28	1.99
98587335--98587390	28	2.0	28	100	0	112	32	3	7	57	1.43
98594108--98594227	60	2.0	60	95	0	213	33	14	25	27	1.94
98596881--98596949	19	3.8	19	74	14	56	60	0	4	34	1.16
98596973--98597006	17	1.9	18	94	5	61	58	0	0	41	0.98
98597044--98597087	17	2.4	18	81	14	54	56	2	2	38	1.24
98597574--98597603	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
98605693--98605891	43	4.6	43	92	3	330	25	19	31	24	1.98
98611744--98611816	18	4.1	18	80	0	83	38	12	16	32	1.86
98613458--98613506	24	2.0	24	100	0	98	36	8	12	42	1.72
98614579--98614608	12	2.5	12	100	0	60	50	6	0	43	1.28
98621351--98621419	35	2.0	35	97	0	129	56	11	10	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98626070--98626122	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
98627608--98627715	26	4.2	26	86	4	146	37	24	5	33	1.79
98627608--98627715	52	2.1	52	92	3	182	37	24	5	33	1.79
98635073--98635268	53	3.6	53	77	3	203	35	18	23	21	1.95
98643109--98643216	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
98650209--98650316	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
98652015--98652070	14	4.1	13	75	24	53	60	1	1	35	1.17
98652005--98652063	14	3.9	15	80	12	75	61	1	3	33	1.23
98652001--98652068	34	2.0	33	88	2	100	61	1	2	33	1.20
98652027--98652070	12	3.4	12	82	14	52	61	0	2	36	1.09
98652203--98652338	17	7.9	17	66	23	54	61	2	2	32	1.26
98652194--98652369	43	4.1	43	74	17	125	61	3	3	31	1.31
98654184--98654636	206	2.2	206	97	0	852	30	22	17	30	1.96
98666937--98666992	14	4.1	13	75	24	53	60	1	1	35	1.17
98666927--98666985	14	3.9	15	80	12	75	61	1	3	33	1.23
98666923--98666990	34	2.0	33	88	2	100	61	1	2	33	1.20
98666949--98666992	12	3.4	12	82	14	52	61	0	2	36	1.09
98667316--98667477	18	8.9	18	87	5	220	37	11	15	35	1.83
98667316--98667477	35	4.5	35	89	3	225	37	11	15	35	1.83
98667324--98667477	53	2.9	54	89	4	222	37	11	14	35	1.83
98667961--98668019	16	3.5	16	74	23	50	35	1	0	62	1.05
98667954--98668028	30	2.6	29	76	17	75	36	1	0	62	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98667996--98668045	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
98674945--98675345	132	3.0	132	94	0	694	30	18	24	26	1.98
98674931--98675294	44	8.2	44	73	10	271	31	18	24	25	1.97
98675340--98675424	44	1.9	44	85	0	116	30	17	25	25	1.97
98676240--98676315	39	1.9	39	91	0	125	30	22	9	38	1.85
98680204--98680241	7	5.4	7	100	0	76	13	0	44	42	1.43
98684735--98684779	7	6.4	7	100	0	90	13	0	44	42	1.43
98689277--98689307	7	4.4	7	91	0	53	16	0	41	41	1.48
98695884--98695934	26	2.0	26	84	7	68	33	3	1	60	1.26
98695935--98695980	13	3.6	13	80	13	51	34	2	0	63	1.07
98695910--98695980	20	3.4	21	75	19	67	35	1	1	61	1.13
98697751--98697929	18	9.9	18	87	4	247	37	15	11	35	1.83
98697751--98697929	35	5.0	36	90	4	238	37	15	11	35	1.83
98697751--98697929	53	3.3	54	92	3	274	37	15	11	35	1.83
98697754--98697941	88	2.1	89	88	7	285	38	14	11	35	1.83
98698292--98698804	205	2.5	205	93	0	855	29	21	18	30	1.97
98701946--98702091	45	3.3	45	71	16	133	26	24	17	31	1.97
98701946--98702250	89	3.4	89	83	3	355	28	24	18	28	1.98
98703441--98703544	51	2.0	51	90	0	163	14	23	19	43	1.87
98703714--98703766	27	2.0	27	100	0	106	28	26	11	33	1.91
98713617--98713737	60	2.0	61	87	6	174	28	24	18	28	1.98
98715090--98715376	49	5.8	49	79	5	326	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98715096--98715376	100	2.8	99	95	1	492	28	27	18	25	1.98
98719698--98719736	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
98720173--98720287	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
98720198--98720287	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
98720394--98720458	28	2.3	28	91	0	103	29	7	29	33	1.85
98721525--98721557	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
98726796--98726834	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
98727295--98727381	27	3.1	27	75	8	77	33	24	22	19	1.97
98728250--98728282	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
98730500--98730787	49	5.8	49	81	4	335	28	27	18	25	1.98
98730505--98730788	100	2.8	100	95	0	496	28	27	18	25	1.98
98732314--98732353	20	2.0	20	85	9	55	27	20	20	32	1.97
98739155--98739185	14	2.3	13	94	5	53	22	0	3	74	0.96
98739154--98739202	17	2.8	18	80	17	59	30	0	2	67	1.02
98739160--98739193	14	2.4	14	90	0	50	29	0	2	67	1.05
98739530--98739577	21	2.3	22	75	13	57	41	6	0	52	1.27
98751494--98752199	206	3.4	206	88	1	995	32	18	20	29	1.96
98754162--98754192	14	2.3	13	94	5	53	22	0	3	74	0.96
98754161--98754209	17	2.8	18	80	17	59	30	0	2	67	1.02
98754167--98754200	14	2.4	14	90	0	50	29	0	2	67	1.05
98754244--98754287	20	2.2	21	80	19	58	36	4	0	59	1.18
98754535--98754582	21	2.3	22	75	13	57	41	6	0	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98757098--98757136	18	2.2	18	86	9	53	69	0	2	28	1.02
98757502--98757544	17	2.6	16	89	7	68	67	4	11	16	1.38
98757509--98757543	17	2.1	17	100	0	70	65	5	11	17	1.43
98758134--98758174	21	2.0	21	90	0	64	73	12	2	12	1.20
98758293--98758364	19	3.9	19	87	8	114	36	11	16	36	1.84
98758314--98758351	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
98759412--98759436	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
98766019--98766043	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
98768076--98768212	60	2.3	60	85	8	172	24	24	21	29	1.99
98769008--98769032	13	1.9	13	100	0	50	32	36	8	24	1.84
98772022--98772688	44	15.2	44	78	10	648	28	15	26	29	1.96
98772066--98772815	131	5.7	129	86	3	798	29	15	25	29	1.96
98772766--98773060	78	3.8	78	89	3	432	32	18	23	25	1.97
98773093--98773259	89	1.9	89	88	2	255	31	13	27	27	1.94
98773000--98773273	45	6.1	45	75	8	252	33	15	25	26	1.95
98773526--98773598	19	3.9	19	87	7	114	39	10	13	35	1.80
98773560--98773607	19	2.5	20	77	16	64	43	8	14	33	1.75
98773590--98773634	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
98773888--98773927	21	2.0	21	90	9	66	30	0	0	70	0.88
98775645--98775682	13	2.8	14	88	4	60	7	0	15	76	1.01
98777593--98777622	12	2.5	12	100	0	60	50	6	0	43	1.28
98779249--98779383	67	2.0	67	98	0	261	34	13	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98779249--98779400	67	2.3	65	91	4	209	32	13	10	44	1.77
98780108--98780178	31	2.3	32	88	7	103	47	8	22	21	1.77
98780353--98780402	25	2.0	25	96	0	91	18	12	20	50	1.78
98783284--98783321	12	3.2	12	85	3	51	78	2	0	18	0.86
98783284--98783321	18	2.2	17	90	4	58	78	2	0	18	0.86
98784919--98785006	15	6.0	15	74	14	58	70	3	5	20	1.23
98784928--98785024	3	32.7	3	73	12	67	71	3	4	21	1.17
98793014--98793060	22	2.0	23	84	15	62	63	2	27	6	1.30
98800567--98800641	39	1.9	39	94	0	132	29	16	28	26	1.96
98803126--98803157	16	2.0	16	93	0	55	31	25	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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