genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67230410--67230448	20	2.0	20	84	0	51	53	2	12	30	1.52
67230443--67230486	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
67230482--67230514	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
67248857--67249091	124	1.9	124	84	0	317	33	20	21	24	1.97
67253674--67253883	104	2.0	104	100	0	420	34	18	18	29	1.94
67262001--67262051	21	2.6	20	82	11	70	37	0	21	41	1.54
67262012--67262053	21	2.0	21	100	0	84	38	0	19	42	1.51
67262633--67262737	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
67264326--67264407	26	3.2	26	89	0	137	36	24	6	32	1.80
67264789--67264841	25	2.1	25	96	0	97	32	13	11	43	1.79
67266545--67266575	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
67269601--67269657	26	2.2	24	80	17	62	52	17	8	21	1.71
67273471--67273849	210	1.8	210	94	0	677	27	17	29	25	1.97
67282625--67282659	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
67285279--67285446	35	4.8	35	88	2	232	30	15	20	33	1.94
67288064--67288254	56	3.4	56	91	0	310	27	14	25	32	1.95
67288064--67288283	56	3.9	55	80	9	194	27	15	25	31	1.95
67288064--67288283	112	2.0	112	86	3	309	27	15	25	31	1.95
67305870--67305927	30	1.9	30	82	6	73	22	29	29	18	1.98
67307820--67307870	24	2.0	26	85	11	70	13	11	17	56	1.66
67310341--67310401	20	3.0	20	79	9	79	34	9	14	40	1.79
67310443--67310560	20	5.8	20	74	13	80	39	8	11	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67310643--67310701	20	2.9	21	77	5	59	42	3	3	50	1.35
67312236--67312400	88	1.9	88	87	5	244	33	10	30	25	1.89
67315385--67315415	2	15.5	2	93	0	53	51	45	3	0	1.17
67317909--67317941	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
67320943--67320967	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
67322167--67322199	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
67325441--67325495	23	2.4	23	96	0	101	43	14	5	36	1.69
67330730--67330848	46	2.6	44	84	10	134	31	21	26	21	1.98
67330719--67330921	92	2.2	90	74	10	194	29	20	27	23	1.99
67335929--67335986	23	2.5	23	82	0	71	22	13	10	53	1.70
67338688--67338726	19	2.0	20	85	5	53	23	5	12	58	1.54
67343559--67343635	26	2.9	26	74	11	75	41	12	14	31	1.83
67353329--67353354	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
67358705--67358734	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
67363242--67363364	33	3.8	33	80	7	126	30	24	13	31	1.93
67367668--67368284	48	12.9	48	97	0	1126	34	6	28	30	1.82
67368425--67368527	37	2.8	37	93	0	179	23	21	32	23	1.98
67370890--67370947	13	4.4	13	82	8	55	32	22	1	43	1.64
67373102--67373226	6	20.3	6	73	16	105	48	15	17	19	1.82
67373116--67373226	31	3.6	31	95	0	177	47	15	18	18	1.82
67373159--67373216	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
67373646--67373904	27	9.6	27	82	5	254	24	20	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67373644--67373904	81	3.2	81	86	0	360	24	19	18	36	1.95
67373886--67374283	27	14.7	27	79	4	318	31	9	20	38	1.84
67373949--67374283	81	4.1	81	85	1	395	31	9	19	40	1.83
67373997--67374283	27	10.6	27	86	0	385	31	8	19	40	1.82
67375685--67375729	23	2.0	23	81	0	54	28	20	24	26	1.99
67379773--67380068	151	2.0	150	98	0	574	37	27	9	25	1.87
67383224--67383345	48	2.7	47	79	11	130	29	18	24	27	1.98
67389706--67389747	22	1.9	22	85	0	57	26	19	23	30	1.98
67393243--67393267	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
67397311--67397366	23	2.4	23	93	0	94	25	3	19	51	1.62
67399123--67399293	65	2.6	65	86	0	243	32	11	22	33	1.89
67399115--67399294	33	5.5	33	79	7	179	32	11	22	33	1.90
67402873--67402918	25	2.0	22	83	12	56	43	10	4	41	1.59
67403107--67403161	23	2.5	22	76	5	58	52	1	1	43	1.22
67403099--67403167	31	2.3	30	82	5	84	52	1	1	44	1.19
67403073--67403167	19	4.7	19	71	11	64	50	3	2	44	1.29
67403291--67403330	18	2.2	18	95	0	71	32	7	20	40	1.80
67403342--67403566	25	9.4	24	74	9	192	35	19	26	19	1.95
67403342--67403566	72	3.1	71	79	12	228	35	19	26	19	1.95
67403385--67403566	47	3.8	47	84	4	265	36	18	25	19	1.95
67403342--67403567	97	2.4	97	92	2	377	34	19	26	19	1.95
67406648--67406674	10	2.7	10	100	0	54	7	0	0	92	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67408793--67408925	25	5.4	25	79	8	166	34	19	26	19	1.96
67408773--67408925	47	3.2	47	83	5	216	35	19	26	18	1.95
67411699--67411773	21	3.8	20	74	13	68	13	28	21	37	1.91
67411681--67411763	39	2.1	39	90	0	130	12	26	22	38	1.89
67417719--67418401	225	3.0	225	96	2	1255	23	9	21	45	1.81
67418404--67418702	149	2.0	149	97	0	562	30	17	15	36	1.90
67421245--67421383	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
67432063--67432088	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
67433082--67433107	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
67434315--67434370	23	2.4	23	84	0	67	60	0	37	1	1.07
67438642--67439151	111	4.7	110	82	9	499	26	1	14	57	1.48
67438864--67439147	107	2.7	106	84	7	389	28	2	14	54	1.51
67438864--67439151	102	2.8	102	87	4	407	28	2	14	55	1.51
67439475--67439504	12	2.5	12	94	0	51	6	3	13	76	1.11
67450084--67450514	126	3.5	126	82	7	520	38	19	15	26	1.92
67451161--67451208	16	2.9	16	74	17	53	72	6	0	20	1.05
67451221--67451264	18	2.4	18	85	7	54	65	0	11	22	1.24
67452607--67452746	40	3.4	40	66	14	104	16	25	23	34	1.95
67452539--67452839	84	3.6	84	88	0	379	16	22	22	37	1.93
67464153--67464562	128	3.2	126	84	3	511	38	19	15	26	1.91
67469952--67469998	20	2.4	20	82	3	60	44	0	2	53	1.12
67471669--67471699	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67475765--67475855	47	1.9	48	88	2	139	24	30	17	27	1.97
67475791--67475933	49	3.0	49	76	11	134	20	30	20	28	1.98
67476166--67476231	33	2.0	33	87	0	96	33	16	16	33	1.92
67478822--67478879	23	2.5	24	81	18	70	44	1	1	51	1.21
67483346--67483416	36	2.0	36	83	5	90	57	4	5	32	1.41
67483545--67483596	3	17.7	3	78	11	54	59	0	3	36	1.16
67485155--67485243	44	2.0	45	82	2	108	28	26	20	24	1.99
67485278--67485667	88	4.4	87	83	8	439	35	19	17	26	1.94
67485583--67485611	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
67492897--67492963	22	3.0	22	84	0	89	53	5	14	25	1.64
67492899--67492939	11	3.7	11	100	0	82	63	7	9	19	1.48
67496744--67496784	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
67496707--67496810	47	2.3	47	85	6	133	57	4	4	32	1.41
67499634--67499894	41	6.4	41	93	0	398	33	29	19	17	1.95
67500051--67500090	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
67500995--67501045	24	2.1	24	82	7	59	58	1	1	37	1.20
67502502--67502621	62	2.0	62	98	1	233	19	7	18	55	1.66
67503313--67503344	15	2.1	15	100	0	64	31	28	6	34	1.82
67504499--67505503	290	3.5	290	99	0	1980	36	13	12	37	1.82
67505708--67505763	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
67505869--67506004	9	15.2	9	83	1	157	47	13	1	37	1.53
67511849--67511943	43	2.2	43	87	7	131	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67512148--67512240	48	1.9	47	80	8	107	48	8	13	29	1.73
67512436--67512475	20	2.0	20	85	5	53	32	5	7	55	1.50
67513602--67513658	29	2.0	28	82	3	69	49	3	1	45	1.29
67514701--67514773	22	3.4	23	74	14	75	57	4	4	34	1.37
67523164--67523681	275	1.9	272	91	1	838	32	17	19	30	1.95
67528934--67529268	179	1.9	179	85	1	474	35	30	12	21	1.90
67534053--67534647	47	12.6	47	93	1	985	29	29	8	32	1.86
67534053--67534647	96	6.3	96	93	3	978	29	29	8	32	1.86
67544884--67544962	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
67545081--67545225	47	3.1	47	86	0	200	26	32	10	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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