genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56439537--56439591	29	1.9	29	85	3	76	20	21	40	18	1.92
56441261--56441300	21	2.0	21	95	5	73	55	0	0	45	0.99
56443929--56443972	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
56445183--56445328	48	3.0	48	91	0	238	38	8	23	30	1.84
56446194--56446255	31	2.0	31	100	0	124	38	16	12	32	1.86
56456242--56456405	42	3.9	42	80	1	184	30	15	22	31	1.95
56456249--56456405	85	1.9	84	83	4	208	31	16	22	29	1.96
56464135--56464217	23	3.6	23	77	4	87	37	20	20	21	1.95
56467369--56467449	42	1.9	42	97	0	153	29	7	25	37	1.83
56469587--56469857	46	5.7	48	74	12	224	27	18	29	24	1.98
56469587--56469857	94	2.8	93	80	8	289	27	18	29	24	1.98
56477187--56477310	50	2.6	47	80	12	132	28	16	29	25	1.96
56481057--56481678	27	23.0	27	82	6	643	27	21	9	41	1.84
56481687--56481854	54	3.1	54	91	2	266	38	19	17	24	1.93
56481687--56481883	27	7.3	27	84	0	232	37	19	18	24	1.94
56481687--56481882	54	3.6	54	88	0	257	37	19	18	25	1.94
56481695--56481863	81	2.1	81	89	0	257	37	20	18	23	1.94
56482081--56482163	27	3.1	26	87	5	112	19	20	21	38	1.93
56482474--56482542	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
56482665--56482796	6	21.8	6	76	16	130	18	17	14	49	1.80
56486080--56486187	29	3.8	29	85	6	139	27	28	15	27	1.96
56495730--56495936	53	3.8	54	80	1	236	19	24	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56503211--56503417	53	3.8	54	81	1	245	19	24	18	37	1.94
56510680--56510809	53	2.4	53	79	2	143	20	21	20	36	1.95
56510680--56510871	55	3.6	53	75	8	156	19	22	19	38	1.94
56514178--56514237	29	2.1	29	93	0	102	55	10	10	25	1.64
56519517--56519617	22	4.4	23	81	8	118	32	18	22	25	1.97
56519517--56519639	22	5.3	24	79	14	102	31	18	23	26	1.97
56519505--56519627	45	2.7	46	76	19	121	33	17	23	26	1.96
56523356--56523416	20	3.0	20	69	9	61	18	29	13	39	1.88
56523332--56523416	40	2.1	40	91	4	136	18	30	11	38	1.87
56523414--56523497	20	4.2	20	75	3	80	9	34	22	33	1.87
56523422--56523497	40	1.9	40	88	0	116	7	34	23	34	1.84
56526053--56526214	42	3.8	42	80	11	179	28	24	16	31	1.96
56526329--56526379	9	5.1	11	80	20	67	62	9	0	27	1.26
56526329--56526379	20	2.6	20	96	3	95	62	9	0	27	1.26
56529234--56529347	43	2.6	44	80	5	133	26	29	17	26	1.97
56529271--56529362	45	2.0	45	83	4	114	31	27	16	25	1.96
56530082--56530121	19	2.2	19	90	4	64	60	0	5	35	1.19
56534639--56534740	43	2.4	43	81	3	116	30	16	20	32	1.95
56551760--56551928	40	4.2	40	86	0	194	24	21	27	26	1.99
56555361--56555865	47	10.6	47	91	2	785	33	8	29	28	1.87
56555361--56555865	96	5.3	94	93	1	785	33	8	29	28	1.87
56558318--56558390	38	2.0	37	94	5	130	30	16	28	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56558444--56558761	119	2.7	118	91	2	496	23	21	28	26	1.99
56558444--56558748	40	7.7	40	91	1	456	23	21	28	25	1.99
56562191--56562650	47	9.7	47	91	1	713	33	8	29	28	1.87
56562191--56562644	96	4.8	94	92	2	737	33	8	29	28	1.87
56562191--56562644	143	3.2	143	94	1	790	33	8	29	28	1.87
56562191--56562650	190	2.4	189	91	1	742	33	8	29	28	1.87
56566363--56566520	85	1.8	86	87	4	239	27	18	24	29	1.98
56567727--56567831	41	2.5	42	80	10	117	32	24	16	26	1.96
56567810--56567955	45	3.2	45	85	3	177	32	26	15	26	1.95
56568495--56568525	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
56568819--56568897	23	3.6	23	71	10	83	48	12	3	35	1.59
56571557--56571599	15	3.0	14	83	12	52	4	20	2	72	1.14
56574859--56575013	43	3.6	41	78	6	139	29	15	24	30	1.96
56575893--56576019	45	2.9	45	85	8	156	23	29	23	23	1.99
56576349--56576539	43	4.6	43	88	8	288	30	34	24	10	1.89
56576366--56576539	80	2.1	82	88	8	264	31	35	23	10	1.88
56581798--56581876	31	2.5	31	93	0	131	27	24	17	30	1.97
56581900--56581992	42	2.2	41	84	7	116	35	21	13	29	1.92
56582135--56582258	26	4.8	26	90	1	187	26	21	23	28	1.99
56582135--56582258	52	2.4	52	95	1	223	26	21	23	28	1.99
56583084--56583161	27	2.9	27	88	3	113	20	23	21	34	1.97
56583183--56583540	27	13.3	27	77	6	224	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56583183--56583540	54	6.6	54	75	6	262	30	9	20	39	1.84
56583518--56583621	27	3.9	27	88	0	145	42	8	20	28	1.81
56583493--56583635	54	2.6	54	82	0	169	38	8	18	34	1.81
56583454--56583632	27	6.6	27	83	1	108	34	7	21	35	1.83
56585068--56585194	45	2.9	45	83	8	138	23	27	23	25	2.00
56585511--56585699	43	4.4	43	88	1	274	29	33	23	13	1.93
56593993--56594052	15	4.0	15	80	0	66	55	13	16	15	1.70
56595336--56595394	18	3.3	18	75	0	64	44	18	15	22	1.87
56595789--56595877	27	3.3	27	87	3	117	23	17	16	41	1.90
56595869--56595994	27	4.7	27	89	1	184	39	17	12	30	1.87
56607245--56607310	31	2.1	31	94	0	114	34	27	18	19	1.95
56608198--56608237	20	2.0	20	95	0	71	22	17	5	55	1.61
56608605--56608715	42	2.6	42	91	0	168	22	37	26	13	1.91
56609579--56609678	46	2.2	45	85	7	132	22	31	20	27	1.98
56609605--56609771	46	3.6	44	78	10	165	22	29	19	27	1.98
56616502--56616663	42	3.8	42	80	4	157	27	24	16	31	1.96
56616502--56616663	85	1.9	84	83	6	211	27	24	16	31	1.96
56622232--56622689	110	4.2	110	86	2	607	34	23	12	30	1.91
56625399--56625562	47	3.6	47	85	6	228	27	31	8	32	1.87
56625474--56625545	22	3.3	22	64	24	62	27	31	11	29	1.91
56625458--56625546	43	2.1	43	100	0	178	29	31	8	30	1.88
56625780--56625878	39	2.5	39	80	4	110	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56629412--56629444	7	4.7	7	92	7	50	0	9	0	90	0.44
56629411--56629444	8	4.5	8	89	10	54	0	8	0	91	0.43
56629410--56629444	15	2.4	14	90	9	61	0	8	0	91	0.42
56629902--56629966	33	2.0	33	96	0	121	24	15	26	33	1.95
56635096--56635168	22	3.3	22	92	0	119	30	15	24	30	1.95
56636775--56636838	31	2.1	31	90	0	101	23	23	17	35	1.95
56637046--56637149	24	4.3	24	93	2	174	29	21	19	29	1.97
56637583--56637714	25	5.4	24	85	10	180	31	21	16	30	1.96
56637763--56637809	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
56645002--56645133	25	5.4	24	90	3	176	31	22	16	29	1.96
56644988--56645133	49	3.0	47	84	10	179	31	22	17	28	1.96
56647422--56647451	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
56649828--56649879	22	2.4	22	81	12	54	50	17	1	30	1.57
56651270--56651308	19	2.0	21	90	10	64	30	0	0	69	0.89
56654740--56654807	21	3.2	21	76	15	61	17	0	35	47	1.48
56654749--56654807	7	8.6	7	76	14	52	18	0	35	45	1.50
56654750--56654820	34	2.1	34	82	10	83	21	0	36	42	1.53
56659041--56659311	93	2.9	93	79	11	252	23	28	19	27	1.98
56658994--56659310	49	6.7	48	72	12	219	23	28	19	28	1.98
56659134--56659310	94	1.9	95	85	5	252	23	29	18	28	1.98
56661670--56661767	24	4.0	24	85	1	133	36	5	35	22	1.76
56663155--56663232	27	2.9	26	83	9	95	16	25	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56666004--56666412	47	8.6	47	91	3	640	29	29	8	33	1.86
56666004--56666412	96	4.3	96	93	3	693	29	29	8	33	1.86
56666004--56666412	143	2.9	141	90	4	658	29	29	8	33	1.86
56669979--56670007	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
56669979--56670013	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
56670561--56670729	9	18.1	9	82	9	205	43	19	2	34	1.64
56683170--56683274	38	2.7	40	80	16	114	45	0	0	52	1.13
56684944--56684984	13	3.2	12	86	13	55	70	4	0	24	1.06
56685343--56685376	17	2.0	17	94	0	59	32	0	0	67	0.91
56689362--56689442	42	1.9	41	80	9	92	20	30	24	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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