genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11175072--11175113	19	2.2	19	86	0	57	61	2	2	33	1.21
11175370--11175455	43	2.0	44	82	11	106	44	1	0	54	1.07
11177216--11177241	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
11177784--11177820	18	2.1	18	89	0	56	24	24	2	48	1.64
11177832--11177898	34	2.0	33	82	8	82	47	19	0	32	1.50
11182632--11182749	60	2.0	60	91	0	191	30	29	13	26	1.94
11189387--11189436	9	5.6	9	85	0	64	44	16	10	30	1.80
11189456--11189496	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
11190850--11190900	18	2.7	19	79	11	61	54	0	0	45	0.99
11190888--11190976	19	4.7	19	73	13	67	61	2	6	29	1.33
11190944--11191026	19	4.3	20	72	15	61	57	1	7	33	1.34
11190886--11191034	56	2.6	57	79	10	146	60	2	6	30	1.35
11191221--11191268	19	2.5	19	72	0	60	35	4	0	60	1.16
11191276--11191346	26	2.6	28	78	8	85	38	0	0	61	0.96
11191276--11191346	27	2.6	29	78	12	80	38	0	0	61	0.96
11191939--11191972	16	2.1	17	94	5	61	29	2	0	67	1.05
11202330--11202741	86	4.8	86	89	1	592	43	12	10	33	1.77
11208044--11208200	86	1.8	85	82	6	201	32	24	15	26	1.96
11208042--11208209	43	4.0	42	78	7	162	32	24	15	27	1.95
11213157--11213370	46	4.6	47	76	8	156	29	18	28	23	1.98
11213296--11213518	48	4.7	48	74	14	169	26	17	30	25	1.98
11222049--11222167	43	2.8	43	80	10	152	30	24	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11224509--11224661	27	5.7	27	89	3	177	22	24	11	40	1.88
11224513--11224661	81	1.8	81	84	8	205	22	23	12	41	1.87
11225550--11225646	51	1.9	49	93	4	167	24	15	10	49	1.76
11225890--11225924	17	2.1	17	94	0	61	40	22	8	28	1.84
11234497--11234536	18	2.2	18	100	0	80	37	0	5	57	1.21
11238339--11238404	22	3.0	22	76	10	62	24	24	19	31	1.98
11238374--11238448	26	3.1	24	78	14	66	29	24	22	24	1.99
11241241--11241330	45	2.0	45	100	0	180	35	20	20	24	1.96
11244118--11244159	19	2.4	18	81	14	52	26	16	23	33	1.96
11252778--11252851	38	1.9	38	97	0	139	25	21	0	52	1.47
11254136--11254242	51	2.1	52	91	1	171	27	20	7	44	1.78
11256710--11256743	18	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
11257628--11257691	32	2.0	32	100	0	128	40	15	12	31	1.85
11261506--11261569	21	2.9	23	74	9	78	48	21	15	14	1.80
11262720--11262775	23	2.4	23	87	0	76	35	14	5	44	1.68
11263019--11263057	11	3.2	12	85	10	53	28	0	2	69	1.02
11263020--11263151	41	3.3	39	75	13	115	26	2	6	64	1.30
11263458--11263519	3	21.3	3	80	12	76	62	1	0	35	1.05
11263420--11263516	36	2.6	37	86	4	133	58	5	1	35	1.27
11263467--11263523	16	4.0	14	74	17	55	61	3	0	35	1.13
11263461--11263519	24	2.4	24	83	11	84	62	1	0	35	1.05
11263464--11263523	30	2.0	30	87	12	88	61	3	0	35	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11264308--11264388	26	3.2	26	96	3	155	30	7	27	34	1.84
11267094--11267421	175	1.9	177	90	2	536	31	7	14	46	1.72
11268356--11268570	6	35.8	6	96	0	394	31	0	16	52	1.44
11270027--11270109	24	3.5	24	91	0	130	38	15	7	38	1.75
11277582--11277636	27	2.0	27	100	0	110	21	14	10	52	1.72
11283720--11283826	41	2.6	42	82	11	123	22	19	28	29	1.98
11283709--11283867	43	3.7	43	78	12	136	24	17	27	30	1.97
11284048--11284086	20	1.9	21	89	5	62	48	0	15	35	1.45
11286146--11286248	25	4.2	24	75	6	89	33	22	27	17	1.96
11288217--11288315	47	2.1	47	90	0	153	27	31	16	25	1.96
11288795--11288827	13	2.5	13	100	0	66	48	15	0	36	1.45
11293429--11293459	7	4.6	7	92	8	55	0	0	9	90	0.46
11293429--11293459	13	2.4	13	94	0	53	0	0	9	90	0.46
11293487--11293517	5	6.2	5	92	0	53	22	3	0	74	0.96
11294001--11294076	40	1.9	39	86	5	109	30	11	31	26	1.92
11296200--11296251	27	1.9	26	85	14	70	19	21	26	32	1.97
11303628--11303653	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
11303709--11303929	41	5.4	41	92	0	370	33	23	21	20	1.97
11303679--11303929	123	2.0	124	90	3	398	35	23	21	20	1.96
11305345--11305416	33	2.2	34	82	9	87	52	2	44	0	1.15
11309709--11309749	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
11309985--11310148	43	3.8	43	84	0	220	25	14	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11310383--11310416	14	2.4	14	90	0	50	38	0	29	32	1.58
11310989--11311038	16	2.9	17	77	14	57	60	4	2	34	1.27
11316782--11316913	21	5.8	22	71	18	92	59	1	9	28	1.38
11316782--11316938	27	6.4	26	66	21	97	60	1	10	28	1.37
11317005--11317045	20	2.1	20	86	4	57	70	2	7	19	1.22
11317034--11317086	5	10.0	5	80	11	61	52	1	18	26	1.56
11317199--11317229	5	6.0	5	92	7	53	58	0	19	22	1.40
11317129--11317251	6	20.5	6	76	11	58	61	0	12	25	1.36
11328469--11328499	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
11328458--11328504	23	2.0	23	84	8	60	2	27	0	70	0.99
11328541--11328571	8	3.9	8	95	0	53	12	12	0	74	1.08
11328535--11328574	16	2.4	17	83	8	55	12	12	2	72	1.22
11332042--11332186	50	2.9	49	82	6	168	28	21	25	24	1.99
11333126--11333193	30	2.3	30	89	0	100	23	23	32	20	1.98
11335995--11336049	20	2.6	21	83	11	76	20	18	23	38	1.93
11338825--11338849	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
11341963--11342001	16	2.4	17	86	4	53	61	0	2	35	1.10
11344754--11344783	11	2.6	12	89	10	53	60	0	0	40	0.97
11345898--11345937	16	2.5	15	88	11	62	15	7	0	77	0.98
11345960--11346002	12	3.4	12	84	15	52	51	9	18	20	1.74
11347331--11347362	16	2.0	16	100	0	64	31	6	6	56	1.49
11348993--11349040	18	2.5	21	83	12	59	66	2	0	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11355222--11355262	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
11357108--11357152	20	2.2	20	92	7	74	64	2	0	33	1.06
11358866--11358914	20	2.4	21	82	3	55	57	2	4	36	1.30
11358878--11358919	21	2.0	20	86	4	57	64	0	0	35	0.94
11363348--11363414	31	2.1	32	83	8	84	43	10	10	35	1.73
11363502--11363547	22	2.0	23	84	12	60	23	6	4	65	1.35
11365343--11365374	11	2.6	13	90	9	50	40	6	0	53	1.26
11371461--11372634	178	6.6	178	87	2	1497	30	18	21	29	1.97
11371459--11372634	355	3.3	356	87	1	1610	30	18	21	29	1.97
11371459--11372634	533	2.2	533	86	2	1585	30	18	21	29	1.97
11378803--11378904	44	2.3	45	84	3	125	31	22	11	34	1.90
11378822--11378910	46	2.0	44	91	4	142	28	25	13	32	1.94
11380983--11381020	16	2.4	16	86	8	51	18	0	26	55	1.43
11381017--11381194	96	1.8	99	82	9	231	46	2	12	39	1.54
11381192--11381221	15	2.0	15	100	0	60	20	0	33	46	1.51
11381293--11381824	251	2.1	251	90	0	832	33	18	21	27	1.96
11381301--11381837	125	4.3	126	89	0	817	33	17	21	27	1.96
11385257--11385299	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
11387094--11387144	20	2.5	20	87	6	66	39	0	31	29	1.57
11387094--11387151	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
11387094--11387157	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
11393938--11393962	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11396526--11396784	78	3.3	77	82	2	313	27	16	14	42	1.86
11401141--11401200	30	2.0	30	93	0	102	55	15	5	25	1.60
11401232--11401280	22	2.2	22	81	0	62	59	8	12	20	1.58
11401240--11401290	22	2.3	22	80	6	59	56	5	17	19	1.61
11411237--11411287	23	2.2	23	85	3	66	41	9	3	45	1.56
11411381--11411425	22	2.0	22	91	0	72	24	24	31	20	1.98
11418805--11418839	18	2.0	18	88	5	54	22	22	0	54	1.45
11421243--11421307	29	2.3	29	81	7	71	44	3	24	27	1.68
11421771--11421936	43	3.9	43	83	2	174	26	13	25	33	1.94
11424675--11424728	24	2.2	24	86	0	72	31	12	18	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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