genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36677063--36677220	68	2.3	68	95	0	280	24	29	13	31	1.94
36677063--36677246	68	2.7	67	89	5	246	23	28	14	33	1.94
36680688--36680909	47	4.8	44	71	16	146	22	28	19	29	1.98
36688559--36688734	40	4.4	40	93	1	298	21	18	30	30	1.97
36696689--36696824	40	3.4	40	92	2	227	21	19	29	29	1.98
36704765--36704859	40	2.4	40	94	0	163	20	18	31	29	1.96
36711077--36711247	90	1.9	90	86	0	243	27	27	19	25	1.99
36711087--36711245	42	3.6	42	72	12	140	26	28	19	25	1.99
36711080--36711289	90	2.3	90	79	1	215	28	27	18	26	1.98
36711812--36711844	16	2.1	16	94	0	57	21	18	6	54	1.64
36730358--36730564	53	3.8	54	77	1	209	18	25	19	36	1.94
36734030--36734099	35	2.0	35	91	0	113	22	27	21	28	1.99
36750470--36750532	31	2.0	31	93	0	108	33	11	19	36	1.87
36753380--36753509	45	2.9	45	89	2	183	23	21	29	26	1.99
36761424--36761553	45	2.9	45	89	2	183	22	21	29	26	1.99
36768405--36768533	45	2.9	45	85	3	165	23	20	29	27	1.99
36775232--36775271	19	2.1	19	100	0	80	27	20	27	25	1.99
36787594--36787631	20	1.9	20	84	10	51	15	0	13	71	1.16
36788338--36788494	43	3.7	41	68	18	106	26	19	23	29	1.98
36794194--36794414	40	5.6	40	89	0	318	25	22	25	26	2.00
36797509--36797583	10	7.1	11	71	7	57	37	13	16	33	1.87
36797509--36797566	21	2.8	21	84	5	73	37	12	18	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36805483--36805532	25	2.0	25	84	4	64	36	22	14	28	1.92
36805569--36805621	11	5.0	11	75	6	56	37	13	20	28	1.90
36805569--36805626	21	2.8	21	84	5	73	37	12	20	29	1.89
36809964--36810020	29	2.0	29	82	6	71	49	0	22	28	1.50
36812769--36812906	59	2.3	59	93	0	231	31	23	13	32	1.92
36829897--36829925	14	2.1	14	100	0	58	48	6	13	31	1.69
36834254--36834418	47	3.5	47	93	3	276	26	29	11	32	1.91
36838321--36838674	40	8.9	40	85	0	465	27	28	19	23	1.98
36840188--36840399	47	4.5	47	97	0	388	25	29	11	32	1.92
36840234--36840355	23	5.3	22	62	30	58	25	30	13	31	1.93
36840205--36840424	94	2.3	94	94	0	350	26	29	11	32	1.91
36844335--36844393	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
36853108--36853237	27	4.8	26	74	11	95	36	19	12	32	1.89
36853190--36853268	26	3.0	25	83	9	95	41	17	8	31	1.80
36853584--36853642	22	2.7	22	78	0	64	25	25	18	30	1.98
36854721--36854944	47	4.7	47	72	16	167	27	19	28	25	1.98
36859216--36859240	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
36879849--36879973	46	2.7	46	91	2	198	20	19	29	31	1.97
36883140--36883182	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
36888709--36888925	40	5.5	40	90	2	314	25	24	27	22	2.00
36890493--36890589	48	2.0	48	100	0	194	27	20	10	41	1.85
36891178--36891211	18	1.9	18	88	5	52	14	29	11	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36893498--36893672	47	3.6	48	83	6	194	24	17	28	29	1.97
36897260--36897295	18	1.9	19	88	5	56	44	8	8	38	1.65
36897384--36897475	47	1.9	47	86	2	130	38	26	15	20	1.92
36904891--36905156	47	5.6	48	69	13	160	22	27	20	30	1.98
36904942--36905156	47	4.6	47	75	11	178	23	27	20	28	1.98
36910954--36911031	39	2.0	39	92	0	129	29	24	17	28	1.98
36912088--36912300	47	4.6	44	72	13	144	23	28	19	29	1.98
36912035--36912303	94	2.9	92	74	10	260	21	27	20	30	1.98
36924764--36924935	93	1.8	93	88	0	263	22	20	28	28	1.99
36924766--36924943	46	3.8	46	76	4	187	23	20	27	29	1.99
36927859--36927908	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
36936173--36936427	55	4.8	52	80	8	241	36	16	24	21	1.94
36936180--36936380	108	1.8	110	88	4	309	35	17	24	22	1.95
36936624--36936654	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36939427--36939472	23	2.0	24	86	4	67	52	28	2	17	1.56
36940014--36940135	43	2.8	44	75	14	121	31	26	17	24	1.97
36941748--36941997	75	3.3	76	81	4	258	24	22	18	34	1.96
36941765--36942034	150	1.8	150	79	1	317	24	21	19	34	1.96
36945856--36945897	11	3.9	11	78	6	50	35	2	21	40	1.66
36947071--36947340	50	5.4	50	78	2	263	25	18	24	31	1.98
36947071--36947340	101	2.7	101	87	1	380	25	18	24	31	1.98
36962002--36962170	46	3.7	46	75	16	186	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36966251--36966296	16	3.0	16	75	6	51	41	8	15	34	1.78
36971923--36972037	43	2.7	43	78	8	117	27	16	26	29	1.97
36986910--36986973	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
36987179--36987329	24	6.4	24	88	10	231	28	21	19	31	1.97
36987179--36987329	47	3.2	47	90	8	236	28	21	19	31	1.97
36987386--36987462	9	7.9	9	72	16	64	35	22	7	35	1.83
36987382--36987464	20	4.2	20	93	0	148	32	20	10	36	1.87
36987501--36987573	25	2.9	25	95	0	128	26	15	24	34	1.94
36995117--36995180	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
36995392--36995507	23	5.1	23	87	13	154	28	20	20	30	1.98
36995426--36995508	20	3.9	20	81	12	103	26	21	22	28	1.99
36995565--36995638	9	7.9	9	79	8	85	36	21	6	35	1.80
36995563--36995638	37	2.0	37	92	5	125	35	21	7	35	1.82
36995563--36995639	18	4.1	18	91	3	118	35	20	9	35	1.85
36995677--36995724	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
37002618--37002648	8	4.0	8	95	4	55	12	0	0	87	0.55
37006656--37006769	27	4.3	27	81	2	131	35	20	18	25	1.95
37007501--37007560	27	2.3	26	91	2	93	23	20	20	36	1.95
37023978--37024049	6	11.8	6	81	8	83	47	15	16	20	1.83
37023978--37024061	31	2.7	31	81	5	100	47	15	16	20	1.82
37024209--37024310	27	3.8	28	83	10	95	37	19	22	20	1.95
37024985--37025260	27	10.3	27	86	4	353	24	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37024977--37025260	81	3.5	81	91	0	435	24	20	20	34	1.96
37024977--37025344	81	4.6	80	83	6	336	25	17	20	36	1.95
37024977--37025260	54	5.3	54	87	2	401	24	20	20	34	1.96
37025216--37025342	27	4.7	26	81	3	119	25	9	22	41	1.84
37024985--37025341	54	6.6	54	83	4	382	25	17	20	36	1.95
37025346--37025556	27	7.8	27	81	2	235	39	7	23	28	1.82
37025346--37025569	81	2.8	81	86	3	301	40	8	23	28	1.83
37027118--37027149	17	1.9	16	93	6	55	56	15	6	21	1.62
37033487--37033718	49	4.7	49	80	4	241	31	25	17	25	1.97
37033543--37033723	100	1.8	101	86	3	267	30	25	17	25	1.97
37038552--37038774	40	5.7	40	85	7	287	24	21	27	26	2.00
37046529--37046713	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
37046530--37046713	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
37046582--37046746	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
37054743--37054802	11	6.0	10	75	21	63	41	0	0	58	0.98
37054743--37054801	31	1.9	30	83	10	75	42	0	0	57	0.98
37054745--37054802	19	2.9	19	80	16	73	41	0	0	58	0.98
37064753--37064890	40	3.5	40	86	4	174	25	28	23	23	2.00
37072981--37073064	40	2.1	40	84	4	107	26	29	22	21	1.99
37075134--37075326	40	4.8	40	90	0	298	23	29	24	22	1.99
37078640--37078824	40	4.6	40	91	4	284	23	22	28	25	2.00
37078636--37078855	80	2.8	79	86	6	275	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37079082--37079125	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
37081121--37081163	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
37084545--37084623	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
37084784--37085309	47	11.1	47	93	0	827	28	30	10	30	1.90
37088751--37089017	42	6.9	40	81	11	290	25	29	21	23	1.99
37088751--37089007	80	3.3	80	80	12	252	26	28	21	23	1.99
37090018--37090235	94	2.4	94	84	10	274	27	32	8	31	1.86
37090035--37090281	47	5.4	49	77	15	228	27	33	8	30	1.87
37090035--37090302	89	2.9	92	80	13	279	27	33	8	30	1.87
37092952--37093135	40	4.7	40	84	7	225	25	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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