genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711146--7711207	32	1.9	32	100	0	124	35	9	22	32	1.87
7714747--7714801	22	2.4	23	81	6	67	43	5	5	45	1.50
7732538--7732592	27	2.0	27	100	0	110	40	7	21	30	1.81
7732541--7732601	27	2.2	27	88	2	86	40	8	22	27	1.82
7733803--7733829	13	2.1	13	100	0	54	37	29	7	25	1.83
7736989--7737290	105	3.0	101	84	10	359	35	7	11	45	1.68
7739334--7739370	16	2.3	16	90	0	65	35	5	24	35	1.78
7739318--7739378	16	3.8	16	82	4	61	34	8	27	29	1.86
7739567--7739689	58	2.2	54	84	10	149	51	3	1	43	1.27
7739634--7739666	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
7744264--7744381	31	3.8	31	95	0	209	27	28	17	26	1.98
7744357--7744485	50	2.5	51	89	2	197	24	23	17	34	1.95
7747212--7747251	19	2.1	19	90	0	62	42	25	5	27	1.75
7748602--7748766	35	4.7	34	79	5	161	34	23	10	31	1.89
7754821--7754882	31	2.0	31	87	6	90	51	25	1	20	1.57
7756446--7756487	21	2.0	21	90	9	68	52	4	2	40	1.35
7760376--7760427	24	2.2	24	86	6	70	34	0	7	57	1.27
7767938--7767967	11	2.7	11	89	0	51	0	50	0	50	1.00
7769370--7769427	23	2.5	23	76	15	57	53	3	3	39	1.35
7769908--7769947	20	2.0	20	85	5	53	35	2	5	57	1.34
7770903--7771229	169	1.9	168	90	1	512	37	7	16	38	1.77
7773078--7773120	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7776232--7776264	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
7778301--7778402	3	35.3	3	69	16	56	58	1	6	32	1.35
7778312--7778371	23	2.5	25	82	17	74	55	0	10	35	1.34
7778307--7778396	26	3.4	27	75	17	80	57	1	7	33	1.34
7778301--7778396	11	8.9	11	72	19	62	58	1	7	33	1.33
7778496--7778547	3	17.0	3	78	4	50	57	3	3	34	1.35
7778508--7778547	16	2.6	16	88	4	55	57	5	5	32	1.42
7778561--7778625	33	1.9	34	84	3	87	58	1	7	32	1.36
7778672--7778714	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
7780102--7780134	6	5.5	6	100	0	66	0	0	48	51	1.00
7781269--7781305	19	1.9	19	94	0	65	32	10	8	48	1.67
7782083--7782123	15	2.8	15	96	3	75	29	7	34	29	1.84
7783686--7783882	21	9.6	21	72	6	145	15	21	17	45	1.86
7783786--7783837	19	2.7	19	81	0	68	13	21	19	46	1.84
7783685--7783879	42	4.7	42	76	8	195	15	21	17	45	1.85
7790361--7790439	41	2.0	40	87	2	113	35	8	16	39	1.80
7790652--7790762	45	2.5	46	89	4	172	22	18	17	41	1.90
7790637--7790764	45	2.7	48	79	10	145	21	19	18	40	1.91
7790742--7790785	6	7.2	6	89	5	70	18	18	15	47	1.83
7806120--7806150	6	5.2	6	96	0	53	70	0	0	29	0.87
7807815--7807861	5	9.0	5	90	9	76	76	2	0	21	0.89
7808626--7808664	20	1.9	20	89	5	60	7	30	33	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7811544--7811589	24	1.9	24	82	8	58	71	8	6	13	1.29
7812871--7812941	25	2.9	24	75	4	70	19	25	19	35	1.96
7824199--7824339	24	5.9	24	81	3	167	31	31	14	21	1.93
7825657--7825690	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
7833815--7834003	49	3.8	51	82	6	228	20	30	23	26	1.98
7834099--7834130	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7834342--7834398	30	1.9	29	85	3	78	31	24	1	42	1.65
7841313--7841560	49	4.8	50	84	5	275	20	29	23	26	1.99
7841312--7841553	99	2.3	104	87	7	343	21	29	23	25	1.99
7841655--7841686	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7841898--7841955	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7848672--7848811	53	2.6	53	88	2	201	29	27	17	25	1.98
7852584--7852611	10	2.8	10	100	0	56	42	21	0	35	1.53
7854275--7854361	5	17.4	5	100	0	174	59	0	0	40	0.97
7855359--7855436	35	2.2	35	93	2	129	44	16	7	30	1.76
7861161--7861185	13	1.9	13	100	0	50	24	24	0	52	1.48
7861850--7861874	9	2.8	9	100	0	50	12	8	0	80	0.92
7861885--7861916	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
7868182--7868223	14	2.9	14	89	3	57	83	0	9	7	0.81
7870195--7870221	6	4.5	6	100	0	54	70	0	29	0	0.88
7870696--7870738	17	2.6	16	81	7	50	62	0	0	37	0.95
7870810--7870849	13	3.1	13	79	13	55	42	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7872503--7872609	26	4.2	26	93	1	180	32	7	23	36	1.83
7879419--7879521	52	2.0	52	98	0	197	30	25	4	39	1.76
7880882--7880928	20	2.3	20	100	0	94	46	4	0	48	1.21
7881471--7881517	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
7893715--7893765	19	2.6	20	75	6	59	41	5	9	43	1.62
7893749--7893786	20	1.9	20	94	0	67	47	5	0	47	1.24
7893891--7894090	41	4.9	40	85	4	222	35	20	21	22	1.96
7893914--7894090	41	4.4	40	91	2	237	35	20	20	23	1.96
7893914--7894090	81	2.2	81	86	2	239	35	20	20	23	1.96
7894700--7894764	22	3.0	22	70	18	64	26	0	27	46	1.53
7895066--7895106	15	2.7	15	88	7	57	80	0	0	19	0.71
7903584--7903634	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
7904249--7904305	27	2.1	27	87	6	80	29	21	24	24	1.99
7904293--7904355	27	2.3	27	83	5	74	22	26	20	30	1.98
7904310--7904369	27	2.2	27	87	0	84	21	23	21	33	1.97
7904393--7904459	27	2.5	27	85	0	71	25	10	25	38	1.87
7904410--7904480	27	2.7	26	84	6	88	26	8	25	39	1.84
7910679--7910731	27	2.0	27	85	7	72	32	20	20	26	1.98
7910719--7910787	27	2.6	27	83	4	77	23	24	23	28	1.99
7910736--7910792	27	2.1	27	90	0	87	19	24	22	33	1.97
7910782--7910854	27	2.7	27	74	4	76	28	8	26	36	1.85
7914641--7914678	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7925672--7925774	35	2.9	35	74	5	109	24	9	21	44	1.82
7933450--7933546	35	2.8	35	82	0	113	25	7	19	47	1.75
7939189--7939234	16	2.8	17	83	6	58	15	19	30	34	1.93
7939304--7939350	18	2.6	19	80	12	55	19	21	29	29	1.97
7940636--7940660	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
7941354--7941433	17	4.7	16	75	14	63	21	13	30	35	1.92
7942179--7942273	49	2.0	46	82	12	111	12	11	10	65	1.48
7947595--7947626	7	4.6	7	96	0	55	0	59	0	40	0.97
7947630--7947675	10	4.7	10	76	15	51	0	39	0	60	0.97
7949761--7949812	6	8.7	6	86	0	68	17	3	3	75	1.11
7949772--7949819	12	4.0	12	88	0	60	16	4	4	75	1.12
7949761--7949819	18	3.3	18	82	0	73	16	5	5	72	1.20
7950771--7950805	13	2.8	13	95	4	63	85	0	14	0	0.59
7953369--7953407	14	2.7	14	88	4	51	66	0	0	33	0.92
7953905--7953946	14	3.1	14	79	6	50	16	2	2	78	0.96
7962155--7962190	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86
7965504--7965549	10	4.7	10	76	15	51	0	39	0	60	0.97
7967634--7967685	6	8.7	6	86	0	68	17	3	3	75	1.11
7967645--7967692	12	4.0	12	88	0	60	16	4	4	75	1.12
7967634--7967692	18	3.3	18	82	0	73	16	5	5	72	1.20
7968644--7968677	12	2.8	13	86	13	54	85	0	14	0	0.60
7968644--7968677	11	2.8	12	91	8	52	85	0	14	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7971239--7971277	14	2.7	14	88	4	51	66	0	0	33	0.92
7971775--7971816	14	3.1	14	79	6	50	16	2	2	78	0.96
7980030--7980065	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86
7984044--7984172	29	4.4	29	81	7	152	37	10	27	24	1.89
7984165--7984294	33	4.0	33	82	2	145	34	12	20	32	1.90
7984165--7984291	65	2.0	65	87	0	182	34	11	21	33	1.88
7986895--7987023	29	4.3	29	81	9	150	37	10	26	25	1.89
7987052--7987153	32	3.2	31	87	5	132	32	12	19	35	1.90
7987070--7987187	32	3.7	31	86	5	128	32	13	20	33	1.91
7987029--7987176	64	2.3	64	76	5	154	31	12	20	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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