genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96949256--96949746	44	11.0	43	77	8	360	29	19	17	33	1.95
96949256--96949746	88	5.5	87	77	9	463	29	19	17	33	1.95
96949161--96949746	132	4.4	131	77	11	467	29	19	18	33	1.95
96949161--96949791	182	3.5	182	76	9	519	29	19	17	33	1.95
96950189--96950233	22	2.0	22	100	0	90	42	13	8	35	1.75
96954929--96954964	19	1.9	19	88	5	56	13	2	19	63	1.41
96976847--96976903	28	2.0	28	100	0	114	35	14	19	31	1.91
96984137--96984456	46	7.0	46	91	0	435	38	15	24	21	1.92
96985512--96985540	11	2.6	11	100	0	58	34	0	37	27	1.57
96987590--96987625	19	1.9	18	88	5	54	72	0	5	22	1.05
96988918--96988963	14	3.3	14	79	11	58	8	0	10	80	0.91
96990074--96990137	27	2.3	27	84	13	76	62	15	3	18	1.45
96991836--96991882	19	2.5	19	89	0	76	25	4	17	53	1.62
96998045--96998092	5	9.6	5	97	0	87	62	0	0	37	0.95
97002478--97002820	172	2.0	172	96	0	632	39	8	23	28	1.84
97003232--97003407	46	3.8	46	73	12	162	20	21	28	29	1.98
97003228--97003400	93	1.9	93	87	0	256	20	21	29	28	1.98
97004778--97004811	16	2.1	17	94	5	61	67	0	0	32	0.91
97015843--97015898	27	2.1	27	89	0	85	32	10	5	51	1.59
97023918--97024061	10	15.4	9	68	18	55	34	4	2	59	1.31
97023918--97023967	19	2.5	20	80	3	57	36	6	0	58	1.23
97024076--97024133	27	2.1	27	84	12	75	32	10	1	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97034374--97034419	22	2.1	22	100	0	92	52	4	13	30	1.59
97039554--97039605	27	1.9	27	84	7	70	59	0	3	36	1.16
97040961--97041002	14	3.2	13	83	12	50	59	0	4	35	1.19
97042815--97042867	24	2.2	24	83	6	63	47	1	7	43	1.42
97043574--97043602	9	3.2	9	100	0	58	55	0	10	34	1.34
97043953--97043989	15	2.5	15	86	0	56	27	5	37	29	1.79
97044571--97044608	5	7.8	5	94	5	69	39	0	0	60	0.97
97045717--97045841	40	3.2	39	68	12	103	28	16	20	33	1.95
97052025--97052067	20	2.0	21	86	8	61	53	2	2	41	1.26
97054751--97054890	30	4.9	27	74	16	88	57	4	1	37	1.27
97054750--97054898	29	5.2	28	72	17	103	57	4	1	36	1.26
97054777--97054819	19	2.2	20	84	15	56	58	0	2	39	1.11
97054768--97054899	50	2.7	47	78	12	133	57	3	1	37	1.26
97055654--97055709	19	2.8	20	79	10	62	35	1	5	57	1.32
97055634--97055814	10	18.0	10	70	12	86	35	0	6	58	1.27
97056081--97056106	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97062193--97062238	23	2.0	23	83	12	58	39	13	8	39	1.75
97063780--97063875	40	2.4	40	87	5	131	31	29	23	15	1.96
97063865--97063970	46	2.3	46	86	0	149	33	26	20	18	1.96
97066222--97066316	24	4.0	24	90	0	145	27	23	23	26	2.00
97068353--97068405	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
97069892--97069999	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97077148--97077185	20	1.9	20	88	0	58	31	13	10	44	1.77
97077965--97078015	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
97078264--97078432	41	4.1	40	86	5	214	21	21	20	35	1.96
97083347--97083397	24	2.2	23	89	3	75	37	1	9	50	1.47
97083347--97083408	24	2.6	24	82	7	65	37	3	11	48	1.55
97086931--97086993	28	2.3	28	78	15	69	23	9	3	63	1.39
97091537--97091802	47	5.7	48	81	7	282	27	19	30	23	1.98
97091537--97091802	140	1.9	141	85	3	376	27	19	30	23	1.98
97096100--97096134	15	2.3	15	95	0	61	22	0	0	77	0.78
97096219--97096302	41	2.1	40	86	2	114	17	17	8	55	1.66
97102688--97102771	41	2.1	40	86	2	114	17	17	8	55	1.66
97113068--97113121	28	1.9	28	100	0	108	33	5	24	37	1.79
97117266--97117325	27	2.2	27	90	0	93	20	23	5	51	1.66
97119860--97119892	12	2.5	13	90	9	50	24	9	0	66	1.20
97120661--97120747	43	2.0	43	95	0	156	35	19	21	22	1.96
97126488--97126687	110	1.8	110	83	4	269	30	16	24	29	1.96
97126497--97126728	110	2.1	110	80	3	252	34	15	22	27	1.94
97126801--97126849	23	2.0	24	84	7	64	16	16	22	44	1.86
97149854--97149908	23	2.4	23	96	0	101	50	7	7	34	1.58
97157084--97157151	34	2.0	34	100	0	136	32	8	35	23	1.86
97159547--97159624	23	3.4	23	83	3	95	20	24	17	37	1.94
97160197--97160221	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97160659--97160699	20	2.0	20	100	0	82	36	0	29	34	1.58
97161966--97161990	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
97161962--97162091	45	2.7	50	76	20	157	18	18	18	44	1.87
97162058--97162082	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
97162246--97162448	18	11.3	18	73	6	142	37	11	13	37	1.80
97162468--97162527	18	3.3	18	80	0	57	35	6	18	40	1.77
97165478--97165524	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
97165495--97165573	19	4.2	19	87	9	117	35	17	10	36	1.84
97165497--97165583	36	2.4	35	80	16	115	35	17	10	36	1.84
97168796--97168840	7	6.6	7	76	23	51	42	0	0	57	0.98
97168796--97168839	12	3.8	12	94	5	74	40	0	0	59	0.98
97168793--97168832	5	7.6	5	89	10	62	40	0	0	60	0.97
97170555--97170665	45	2.5	45	82	2	143	20	18	18	42	1.90
97170645--97170669	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
97170851--97171041	18	10.6	18	75	6	127	38	11	12	37	1.80
97170839--97170955	36	3.2	36	81	2	137	39	11	13	35	1.82
97170838--97170989	72	2.1	72	80	4	173	40	11	11	35	1.79
97171079--97171134	18	3.2	18	79	2	60	35	8	17	37	1.82
97173989--97174026	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
97173989--97174038	19	2.7	19	87	9	59	38	8	10	44	1.68
97175639--97175703	27	2.4	27	84	0	85	27	23	7	41	1.81
97175735--97175912	27	6.6	27	81	3	180	41	21	7	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97175707--97175967	54	4.8	54	75	7	172	41	20	8	29	1.82
97175814--97175975	27	5.9	27	72	16	82	41	17	9	31	1.81
97176900--97176983	25	3.4	24	83	8	98	29	22	21	26	1.99
97177118--97177209	42	2.2	42	96	0	166	33	14	18	33	1.91
97177233--97177348	31	3.8	30	93	4	189	26	17	27	28	1.97
97179629--97179720	27	3.4	27	83	5	123	28	22	7	41	1.81
97179617--97179720	54	1.9	54	82	3	129	31	22	7	38	1.82
97179752--97179929	27	6.6	27	85	3	225	42	21	6	29	1.78
97179752--97179929	81	2.2	81	86	2	250	42	21	6	29	1.78
97179907--97179992	27	3.1	27	76	14	77	39	15	9	36	1.79
97180920--97180989	25	2.8	25	88	0	95	27	25	21	25	1.99
97180945--97181016	25	3.0	23	86	10	90	27	20	23	27	1.99
97181137--97181270	42	3.2	42	96	0	250	32	14	19	33	1.92
97181294--97181439	31	4.7	31	93	0	240	28	15	26	28	1.96
97182338--97182493	27	5.8	27	72	6	91	42	18	13	25	1.86
97182327--97182457	54	2.4	54	84	0	154	41	19	14	25	1.89
97190643--97190681	20	2.0	20	85	10	53	33	7	10	48	1.66
97198006--97198163	18	8.8	18	75	18	91	37	10	14	37	1.80
97198026--97198151	18	7.5	15	76	20	92	38	9	15	37	1.80
97198013--97198163	35	4.2	35	87	5	205	37	10	13	37	1.80
97198005--97198163	53	2.9	53	89	4	239	37	10	14	37	1.80
97198007--97198171	17	9.3	19	81	11	109	38	9	14	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97203903--97203947	16	2.7	17	86	3	65	86	0	13	0	0.57
97203903--97203946	13	3.3	13	83	3	61	86	0	13	0	0.57
97203903--97203953	19	2.7	18	80	14	57	86	0	11	1	0.66
97203903--97203953	20	2.6	19	78	9	57	86	0	11	1	0.66
97203908--97203953	15	3.1	14	84	6	56	86	0	10	2	0.64
97203903--97203953	17	3.2	15	78	13	57	86	0	11	1	0.66
97204910--97205045	44	3.2	44	63	10	118	29	22	21	26	1.99
97204904--97205272	85	4.4	84	85	8	484	30	21	23	24	1.99
97204904--97205265	166	2.2	165	85	6	480	30	22	22	24	1.99
97205397--97206110	207	3.5	206	90	0	1122	29	17	23	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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