genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58306767--58306806	18	2.2	19	90	4	64	32	0	10	57	1.32
58306875--58306916	12	3.6	12	77	6	50	54	0	0	45	0.99
58312858--58312911	18	3.1	18	83	2	65	24	33	18	24	1.97
58314759--58314796	19	2.0	19	100	0	76	47	0	36	15	1.46
58317366--58317548	40	4.6	40	83	6	221	24	28	22	24	1.99
58317368--58317548	79	2.3	80	82	7	217	24	28	22	24	2.00
58319904--58320128	40	5.7	40	82	6	233	26	28	20	24	1.99
58320060--58320137	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58333612--58333782	44	3.8	43	74	13	157	29	29	18	22	1.97
58333619--58333788	91	1.9	92	90	3	272	28	30	19	22	1.98
58336154--58336213	15	4.3	13	77	12	57	61	11	16	10	1.55
58336163--58336213	15	3.6	14	76	12	59	60	11	15	11	1.58
58339154--58339326	93	1.9	93	90	2	276	28	28	20	21	1.98
58339147--58339322	46	3.8	46	75	14	173	30	28	19	21	1.98
58346689--58346781	42	2.2	42	90	0	141	26	32	18	22	1.97
58349723--58349773	21	2.4	21	93	0	84	47	21	3	27	1.68
58358481--58358529	23	2.1	23	84	3	62	18	18	34	28	1.94
58358699--58358726	6	4.7	6	100	0	56	32	0	17	50	1.47
58361371--58361440	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
58361371--58361468	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
58366101--58366137	18	2.1	19	85	10	51	10	29	43	16	1.82
58367137--58367230	40	2.4	38	82	6	125	39	35	10	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58370082--58370138	25	2.3	25	81	6	71	42	14	1	42	1.55
58373769--58373820	22	2.4	22	80	0	59	19	21	13	46	1.84
58376195--58376232	20	1.9	19	94	5	67	36	5	5	52	1.47
58380146--58380195	15	3.5	15	82	15	61	26	24	8	42	1.82
58384725--58384812	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
58385230--58385289	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
58390547--58391016	210	2.2	210	89	1	701	30	19	21	28	1.98
58390547--58391140	210	2.8	208	83	4	610	30	18	21	28	1.97
58395323--58395377	19	2.8	20	81	13	60	25	1	5	67	1.22
58402849--58402938	37	2.4	37	90	0	135	35	31	11	22	1.89
58406381--58406419	20	2.0	20	89	0	60	33	0	0	66	0.92
58406381--58406439	22	2.8	21	80	7	57	35	3	0	61	1.13
58406455--58406617	21	7.6	20	71	22	93	32	1	0	65	1.08
58406452--58406606	49	3.1	51	75	15	139	32	1	0	65	1.06
58406452--58406622	36	4.9	34	77	14	136	32	1	1	64	1.11
58406458--58406594	73	1.9	71	83	8	179	32	1	0	64	1.07
58406514--58406629	59	2.0	59	82	12	143	33	2	0	62	1.14
58406452--58406617	10	15.7	10	73	20	94	32	1	0	65	1.08
58406482--58406640	82	1.9	82	81	9	191	35	1	0	62	1.11
58407097--58407139	7	6.0	7	81	13	52	25	2	2	69	1.12
58413028--58413067	21	1.9	21	94	0	71	52	17	5	25	1.64
58416511--58416624	45	2.6	45	76	4	124	22	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58416418--58416769	143	2.5	143	81	5	406	25	21	21	30	1.98
58417134--58417271	46	3.0	46	85	1	186	25	22	17	34	1.95
58419144--58419368	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
58419144--58419401	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
58420950--58421053	53	2.0	53	92	0	172	51	8	15	24	1.71
58420974--58421056	27	3.1	26	66	22	64	50	7	18	24	1.71
58422933--58422981	25	2.0	25	100	0	98	28	16	18	36	1.92
58434662--58434798	37	4.0	37	78	18	177	25	31	18	24	1.98
58434662--58434789	64	2.0	64	95	0	229	25	31	18	24	1.98
58434701--58434752	27	1.9	27	100	0	104	25	30	19	25	1.98
58434939--58435180	48	5.0	48	91	0	376	31	26	6	35	1.81
58445187--58445458	47	5.8	46	74	12	198	29	20	28	22	1.98
58445187--58445459	94	2.9	91	76	11	295	29	20	28	21	1.98
58447538--58447865	75	4.4	75	81	4	342	30	22	20	26	1.98
58447624--58447748	40	3.2	40	68	19	111	29	20	21	28	1.98
58453194--58453289	25	3.5	28	87	5	117	27	13	28	31	1.94
58461115--58461212	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
58461143--58461225	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
58461115--58461226	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
58467181--58467206	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
58467718--58467742	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
58472164--58472521	47	7.6	47	93	1	581	33	8	29	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58473593--58473669	40	1.9	40	86	0	109	38	31	12	16	1.87
58476843--58477020	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
58476844--58476999	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
58476840--58477020	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58485036--58485213	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
58485037--58485192	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
58485033--58485213	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58486986--58487023	20	1.9	20	88	0	58	60	2	18	18	1.48
58487139--58487164	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
58498028--58498151	22	5.4	23	82	8	130	23	21	19	35	1.96
58498028--58498156	67	1.9	68	85	6	181	24	21	18	35	1.95
58498018--58498156	45	3.1	44	82	10	156	23	22	18	35	1.96
58503028--58503098	22	3.2	22	67	15	56	63	16	4	15	1.46
58517133--58517227	48	2.0	48	82	0	118	28	17	22	31	1.97
58524914--58524962	17	2.7	17	81	9	53	81	0	16	2	0.78
58524984--58525049	26	2.6	26	83	11	75	33	1	0	65	1.02
58525004--58525049	17	2.8	17	87	9	60	36	0	0	63	0.95
58525005--58525060	19	3.1	18	75	12	53	39	0	1	58	1.08
58526674--58526760	43	2.0	44	95	2	158	42	4	11	41	1.61
58529921--58529961	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
58533979--58534317	180	1.9	176	85	4	466	44	10	14	30	1.77
58534476--58534505	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58535719--58535761	17	2.7	16	85	7	61	60	4	0	34	1.17
58535719--58535756	16	2.3	17	90	4	60	63	5	0	31	1.17
58539639--58539663	10	2.5	10	100	0	50	56	0	20	24	1.43
58540145--58540390	124	2.0	124	99	0	483	42	25	4	26	1.75
58541379--58541449	35	2.0	35	97	0	133	46	12	0	40	1.42
58546122--58546224	42	2.4	43	80	6	120	29	19	23	28	1.98
58553019--58553053	18	1.9	18	88	0	52	34	0	11	54	1.37
58553421--58553449	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
58553860--58553898	8	4.9	8	80	0	51	84	5	0	10	0.76
58557320--58557457	69	2.0	69	98	0	267	35	9	23	31	1.87
58559792--58559837	21	2.2	21	84	7	58	23	10	10	54	1.67
58559765--58559866	50	2.0	50	96	0	186	22	12	8	55	1.64
58560026--58560054	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
58561828--58561912	43	2.0	44	83	6	111	23	17	28	30	1.97
58564838--58564870	13	2.6	13	90	4	50	30	3	15	51	1.58
58566175--58566204	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
58566381--58566529	42	3.5	41	82	8	167	30	23	13	32	1.93
58570806--58570946	42	3.3	42	81	3	140	32	23	12	31	1.92
58580589--58580790	46	4.4	47	76	7	166	30	19	28	21	1.98
58580760--58580896	47	2.9	48	80	10	138	30	16	29	23	1.96
58584364--58584399	18	1.9	19	88	5	56	22	11	0	66	1.22
58594001--58594051	21	2.5	20	87	6	68	35	15	1	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58594793--58594830	20	1.9	20	88	0	58	10	13	7	68	1.39
58596760--58596854	48	2.0	48	89	0	145	31	30	18	18	1.96
58598527--58598654	39	3.3	39	87	0	193	20	19	38	21	1.94
58600399--58600433	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
58617110--58617162	22	2.3	23	80	3	63	28	11	1	58	1.43
58617651--58617689	20	1.9	21	94	5	71	53	0	0	46	1.00
58618816--58618923	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
58625780--58625887	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
58632877--58632913	17	2.4	16	83	16	51	48	2	13	35	1.57
58636438--58636463	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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