genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83701401--83701587	89	2.1	89	92	1	311	41	11	20	26	1.87
83707220--83707319	36	2.8	37	87	6	143	24	33	21	22	1.98
83707460--83707842	48	8.0	48	93	4	634	31	27	6	34	1.82
83707460--83707842	143	2.7	142	94	3	669	31	27	6	34	1.82
83711471--83711782	40	7.8	40	90	2	475	25	27	21	25	1.99
83713268--83713701	48	9.0	48	92	2	701	31	27	6	34	1.82
83727105--83727193	44	2.0	46	86	4	128	44	3	6	44	1.46
83732237--83732302	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
83732254--83732315	19	3.2	19	93	4	97	37	16	9	37	1.81
83732435--83732467	11	3.0	11	91	8	50	18	0	0	81	0.68
83734605--83734691	44	2.0	44	95	0	156	32	12	12	42	1.81
83744524--83744553	7	4.4	7	91	8	53	83	0	0	16	0.65
83744528--83744553	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
83748321--83748589	47	5.8	46	71	12	192	28	21	29	20	1.98
83752769--83752813	24	2.0	24	83	12	60	26	15	17	40	1.90
83756739--83756775	17	2.2	17	100	0	74	43	21	21	13	1.87
83761434--83761615	40	4.6	40	90	2	287	26	27	21	24	1.99
83769529--83769578	13	3.4	14	77	20	57	58	0	0	42	0.98
83770019--83770057	20	2.0	20	94	0	69	35	0	7	56	1.28
83776152--83776226	34	2.2	34	79	6	82	30	21	21	26	1.98
83782510--83782717	53	3.9	54	78	9	208	21	24	18	36	1.95
83782521--83782709	55	3.5	53	80	7	186	20	23	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83782696--83782817	47	2.6	47	93	0	208	27	23	13	35	1.93
83784590--83784895	155	2.0	154	93	0	522	24	19	24	30	1.98
83790736--83790875	27	5.2	28	88	5	166	36	22	23	17	1.95
83792492--83792626	26	5.2	26	91	1	209	37	23	5	33	1.77
83796592--83796706	27	4.3	26	86	5	131	35	23	22	18	1.95
83796592--83796706	54	2.1	54	85	3	151	35	23	22	18	1.95
83796807--83796882	26	2.8	27	88	4	100	31	11	21	35	1.89
83796968--83797016	20	2.5	20	100	0	98	18	34	20	26	1.95
83798345--83798480	26	5.2	26	91	0	218	37	23	5	33	1.79
83799178--83799214	18	2.1	18	90	5	58	16	37	27	18	1.92
83802596--83802641	21	2.1	22	88	4	67	32	4	6	56	1.45
83808313--83808352	21	2.0	19	85	9	53	35	15	17	32	1.91
83817824--83817942	55	2.2	54	81	4	132	16	30	27	25	1.97
83827406--83827437	16	2.0	16	93	0	55	68	9	0	21	1.17
83829658--83829699	13	3.2	13	83	6	57	2	23	0	73	0.94
83829757--83829823	28	2.6	25	77	11	71	46	2	1	49	1.26
83834378--83834459	21	3.8	21	90	3	110	32	26	25	14	1.95
83834364--83834469	42	2.5	43	82	3	142	35	25	22	16	1.94
83834389--83834459	21	3.3	21	96	4	124	32	28	26	12	1.93
83834843--83834900	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
83834846--83834904	30	2.0	28	93	6	100	55	10	0	33	1.33
83835056--83835081	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83837250--83837300	21	2.4	21	93	3	84	35	19	1	43	1.63
83837329--83837361	17	2.0	17	88	5	50	27	21	0	51	1.48
83837473--83837524	25	2.1	25	100	0	104	38	17	19	25	1.93
83838452--83838493	13	3.2	13	83	6	57	2	23	0	73	0.94
83838677--83838742	24	2.9	24	85	12	79	34	3	0	62	1.11
83838707--83838742	5	7.2	5	100	0	72	38	0	0	61	0.96
83840568--83840627	20	2.7	22	77	15	70	21	0	25	53	1.46
83845532--83845584	3	17.7	3	100	0	106	32	33	0	33	1.58
83847572--83847618	20	2.4	19	83	13	60	65	6	0	27	1.16
83847740--83847782	18	2.4	18	84	0	50	65	0	2	32	1.06
83847984--83848101	35	3.3	35	90	4	184	36	11	14	37	1.83
83847985--83848101	52	2.2	53	93	4	209	36	11	14	36	1.83
83847984--83848101	17	6.6	19	87	11	171	36	11	14	37	1.83
83848010--83848124	17	6.0	22	87	11	77	37	9	15	37	1.80
83849963--83850000	18	2.1	18	85	9	51	63	0	2	34	1.09
83851581--83851626	22	2.2	21	80	7	58	28	0	2	69	1.00
83851588--83851671	43	1.9	45	83	9	111	34	1	2	61	1.16
83863465--83863521	29	2.0	29	92	0	96	61	8	1	28	1.36
83872261--83872444	40	4.6	40	82	9	207	25	21	27	25	1.99
83872294--83872467	79	2.2	78	82	10	210	26	21	26	25	1.99
83880399--83880583	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
83880399--83880581	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83880400--83880606	79	2.6	79	80	12	237	25	21	27	25	1.99
83883558--83883631	15	5.2	13	72	16	58	21	8	1	68	1.23
83885162--83885230	31	2.3	30	87	7	95	7	8	4	79	1.04
83885166--83885215	6	8.2	6	80	12	57	4	12	2	82	0.90
83888177--83888216	17	2.3	17	86	4	53	62	22	2	12	1.42
83889470--83889505	18	2.0	18	100	0	72	38	38	0	22	1.54
83891821--83892113	146	2.0	146	88	4	439	35	26	12	24	1.91
83904523--83904726	53	3.8	53	78	8	225	34	17	24	23	1.95
83906217--83906362	44	3.1	48	75	12	160	28	29	18	23	1.98
83906944--83906982	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
83910858--83910901	21	2.1	21	83	8	54	38	11	9	40	1.73
83922076--83922104	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
83927025--83927058	18	1.9	18	88	5	52	32	14	14	38	1.87
83928111--83928236	29	4.4	28	79	15	116	26	30	14	28	1.95
83928111--83928257	57	2.6	58	85	11	182	27	31	13	27	1.94
83932551--83932610	24	2.5	24	94	0	102	33	1	35	30	1.68
83934052--83934126	27	2.7	27	82	10	98	16	25	22	36	1.94
83939933--83940114	101	1.8	101	86	0	265	27	19	24	29	1.98
83939933--83940323	101	3.9	101	75	6	263	27	18	24	29	1.98
83939931--83940323	151	2.6	151	93	0	660	27	18	24	29	1.98
83939932--83940313	50	7.6	50	76	3	381	27	18	25	29	1.98
83942293--83942406	43	2.7	43	83	1	140	30	14	24	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83948077--83948147	25	2.9	25	77	10	83	25	4	1	69	1.15
83957353--83957451	27	3.7	27	81	5	103	39	18	12	30	1.87
83957437--83957498	27	2.3	27	85	0	79	35	27	6	30	1.82
83957448--83957515	27	2.5	27	90	0	109	26	30	5	36	1.80
83957472--83957553	38	2.2	38	81	0	92	23	29	7	40	1.81
83957509--83957616	27	4.0	27	86	0	153	27	22	10	39	1.86
83957448--83957571	65	1.9	65	84	0	167	25	29	8	35	1.87
83957567--83957786	27	8.2	27	79	7	169	38	20	8	32	1.83
83957594--83957841	81	3.0	81	83	4	284	41	20	7	30	1.80
83957608--83957898	27	10.7	27	77	6	230	40	19	8	31	1.81
83959238--83959308	20	3.5	20	90	0	106	35	11	19	33	1.88
83959355--83959497	25	5.8	25	92	2	211	27	18	23	30	1.98
83959354--83959523	25	7.0	24	86	5	193	28	19	23	28	1.98
83962379--83962477	27	3.7	26	83	4	90	37	16	12	34	1.85
83962412--83962487	27	2.8	27	80	4	82	38	19	11	30	1.88
83962518--83962640	27	4.6	27	87	2	167	24	20	11	43	1.84
83962654--83962820	27	6.3	26	81	7	192	40	20	8	29	1.83
83962654--83962820	80	2.1	80	90	2	264	40	20	8	29	1.83
83962723--83962904	54	3.4	52	81	4	177	42	19	8	29	1.80
83962722--83962847	27	4.7	26	73	20	93	42	21	7	27	1.80
83962859--83962910	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
83962951--83963028	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83964188--83964235	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
83964272--83964329	20	2.9	20	94	0	107	36	10	18	34	1.85
83964389--83964483	25	3.8	25	87	1	138	28	22	23	26	1.99
83964388--83964510	25	5.0	24	81	7	124	30	21	22	25	1.99
83968053--83968219	43	3.9	44	75	8	155	27	15	24	32	1.95
83973580--83973609	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
83973903--83974080	41	4.4	40	89	2	275	34	24	23	16	1.95
83973873--83974080	81	2.5	82	85	6	280	35	23	23	18	1.96
83974238--83974328	7	12.4	7	71	9	56	26	1	26	46	1.60
83974239--83974323	21	3.9	21	77	11	98	27	1	27	44	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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