genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33463940--33464002	27	2.3	27	97	0	117	22	14	19	44	1.86
33463940--33464026	27	3.2	27	85	3	77	25	13	17	43	1.85
33464356--33464400	18	2.5	18	88	0	63	28	17	6	46	1.73
33473978--33474159	40	4.6	41	81	8	207	24	20	28	26	1.99
33474028--33474192	79	2.1	79	82	6	192	26	19	27	27	1.99
33474384--33474645	47	5.6	47	91	0	407	32	9	30	27	1.88
33474764--33474842	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
33481787--33481911	43	3.0	43	79	2	128	29	26	15	28	1.96
33483518--33483783	40	6.7	40	88	3	324	26	21	25	25	2.00
33483518--33483816	80	3.7	79	83	6	329	27	21	25	25	1.99
33491599--33491864	40	6.7	40	90	3	351	26	21	27	25	1.99
33491599--33491896	80	3.7	78	85	6	343	27	20	26	25	1.99
33491652--33491896	120	2.1	119	86	5	334	27	20	26	26	1.99
33515003--33515249	40	6.2	40	92	0	379	27	26	22	23	1.99
33533414--33533503	6	15.0	6	100	0	180	33	0	16	50	1.46
33533628--33533843	96	2.2	96	83	6	278	29	18	24	27	1.98
33533635--33533849	48	4.5	48	81	4	238	28	18	25	26	1.98
33533628--33533884	96	2.7	96	79	8	247	29	19	24	26	1.99
33538895--33538919	12	2.1	12	100	0	50	24	8	44	24	1.80
33540850--33540968	6	19.3	6	68	17	66	48	13	17	20	1.80
33540859--33540939	37	2.2	37	86	0	117	50	12	17	19	1.77
33540904--33540968	25	2.6	25	87	0	94	47	13	18	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33541086--33541211	27	4.7	26	81	10	137	38	19	22	19	1.94
33541086--33541221	55	2.5	54	78	11	143	38	20	22	18	1.94
33541161--33541221	27	2.2	28	82	2	70	40	22	22	13	1.89
33541445--33541501	20	2.8	19	73	7	51	40	33	15	10	1.82
33541807--33542182	27	13.9	27	85	1	493	25	19	18	36	1.94
33541797--33542190	54	7.3	54	89	0	565	24	19	19	37	1.94
33542175--33542299	27	4.6	27	87	0	151	27	6	22	44	1.77
33542158--33542299	54	2.6	54	82	4	162	27	7	21	43	1.79
33542145--33542299	81	1.9	81	81	7	190	27	8	21	42	1.81
33548517--33548742	48	4.8	48	78	11	223	27	24	19	28	1.99
33549342--33549387	24	2.0	23	88	12	69	60	0	8	30	1.26
33550057--33550147	28	3.2	28	74	12	96	61	16	2	19	1.44
33550152--33550200	21	2.2	21	82	10	53	65	4	0	30	1.11
33553993--33554058	14	4.7	14	72	7	53	45	30	3	21	1.67
33553993--33554093	21	4.8	21	69	15	73	43	29	3	22	1.71
33554101--33554143	15	2.9	15	79	6	52	46	34	0	18	1.50
33554722--33554954	74	3.2	73	72	13	217	30	18	18	33	1.95
33554655--33554954	148	2.0	148	87	5	428	28	16	19	35	1.94
33555165--33555215	20	2.6	20	84	3	68	25	37	0	37	1.56
33555770--33555833	31	2.1	31	96	0	119	31	26	6	35	1.81
33557439--33557466	9	3.1	9	100	0	56	21	0	21	57	1.41
33558326--33558413	26	3.2	26	65	20	70	42	2	5	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33558321--33558414	33	3.2	31	61	25	76	40	2	5	52	1.36
33558327--33558440	57	2.0	57	100	0	228	43	1	5	49	1.35
33558776--33558899	9	14.1	9	78	6	121	46	21	0	30	1.57
33566644--33566683	19	2.1	19	90	0	62	45	2	2	50	1.28
33567229--33567262	2	17.5	2	87	6	52	47	0	0	52	1.00
33573838--33573895	15	4.1	14	77	18	50	29	0	5	65	1.14
33579151--33579333	39	4.7	40	84	8	225	25	27	22	23	2.00
33587282--33587464	40	4.6	40	87	5	221	25	27	21	26	1.99
33590278--33590323	23	2.0	24	83	12	60	43	10	8	36	1.71
33590467--33590534	20	3.5	19	82	8	75	52	7	1	38	1.38
33590511--33590560	24	2.0	25	84	3	66	64	4	4	28	1.30
33602797--33602848	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33602806--33602860	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
33602842--33602879	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
33605196--33605227	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
33608914--33608964	19	2.6	19	87	9	68	25	1	1	70	1.08
33613145--33613361	40	5.5	40	90	3	307	24	28	23	22	1.99
33621245--33621460	40	5.5	40	90	4	298	24	28	24	22	1.99
33628275--33628397	26	4.7	26	80	10	126	30	16	26	27	1.97
33628283--33628397	52	2.2	53	85	1	151	30	16	26	26	1.97
33633434--33633471	7	5.4	7	100	0	76	28	0	28	42	1.56
33633609--33633656	23	2.1	23	96	0	87	27	14	33	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33636445--33636754	47	6.6	47	90	1	476	29	29	8	32	1.87
33636445--33636754	96	3.3	96	90	3	488	29	29	8	32	1.87
33636445--33636755	143	2.2	141	90	1	478	29	29	8	32	1.87
33640598--33640729	57	2.3	59	82	10	152	30	28	16	24	1.97
33640919--33641267	40	8.8	40	91	1	513	24	27	23	24	2.00
33643492--33643800	47	6.6	47	90	2	458	29	29	8	33	1.86
33643492--33643801	142	2.2	141	88	1	460	29	29	8	32	1.86
33655763--33655831	29	2.4	29	92	0	120	34	27	17	20	1.95
33656975--33657032	10	5.8	10	88	8	82	22	8	1	67	1.27
33656963--33657032	20	3.5	20	86	3	88	22	7	2	67	1.29
33656965--33657032	30	2.3	30	87	5	93	22	7	2	67	1.29
33657749--33657782	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
33666409--33666590	40	4.6	40	90	2	269	24	22	26	25	2.00
33668582--33668752	47	3.6	47	89	0	225	28	29	9	32	1.88
33673176--33673232	24	2.4	24	90	0	96	24	35	22	17	1.95
33675950--33676028	39	2.0	39	97	0	149	40	5	24	30	1.76
33683346--33683444	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
33692336--33692434	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
33699359--33700061	48	14.9	48	78	9	563	25	28	17	28	1.98
33699361--33700049	96	7.3	96	78	9	631	25	28	17	28	1.98
33699455--33700049	281	2.1	281	99	0	1172	25	27	17	28	1.98
33699894--33700013	41	2.8	41	87	8	150	26	30	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33699894--33700062	89	1.9	89	90	0	266	27	29	16	26	1.97
33701785--33701887	51	2.0	51	100	0	206	41	21	9	27	1.84
33703581--33703618	18	2.1	19	90	5	60	34	15	0	50	1.45
33703788--33703956	86	2.0	85	81	8	200	31	27	17	22	1.97
33707016--33707113	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
33707044--33707126	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
33707016--33707127	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
33723976--33724019	20	2.3	19	85	11	63	13	0	11	75	1.06
33728063--33728129	34	2.0	34	93	0	116	28	23	19	28	1.98
33729741--33729765	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
33737820--33737880	27	2.3	27	88	0	86	1	19	4	73	1.10
33738973--33739022	26	1.9	25	84	8	64	24	14	0	62	1.32
33740302--33740378	39	2.0	39	94	0	136	42	14	11	31	1.81
33743773--33744079	47	6.5	47	95	0	533	32	8	30	28	1.87
33744198--33744276	37	2.1	37	92	0	131	24	18	31	25	1.98
33748772--33748808	19	1.9	19	88	0	56	64	5	8	21	1.40
33751066--33751095	12	2.5	12	100	0	60	26	20	46	6	1.75
33754575--33754715	48	3.0	48	84	1	185	26	22	25	24	2.00
33754952--33755306	117	3.0	117	95	0	647	34	22	12	29	1.91
33755306--33755343	17	2.2	18	85	4	51	55	10	5	28	1.56
33759879--33759976	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
33759907--33759989	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33759879--33759990	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
33764779--33764917	40	3.4	41	75	13	133	30	25	14	28	1.95
33769020--33769065	24	1.9	24	86	0	65	54	2	13	30	1.50
33769035--33769101	18	3.8	18	69	11	57	47	1	16	34	1.56
33769425--33769472	23	2.1	23	88	0	69	64	4	6	25	1.35
33769605--33769640	14	2.6	14	90	0	63	47	8	0	44	1.33
33769872--33769927	12	4.7	12	79	14	53	57	0	8	33	1.30
33771142--33771182	18	2.3	18	95	0	73	12	0	31	56	1.36
33771126--33771158	11	2.8	12	86	13	50	15	0	36	48	1.45
33772142--33772228	43	2.0	44	88	2	131	21	19	21	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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