genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77383742--77383778	19	1.9	19	100	0	74	67	27	0	5	1.12
77384581--77384636	24	2.3	24	81	6	69	32	3	5	58	1.37
77384803--77384834	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
77386081--77386123	21	2.0	21	82	13	52	55	2	4	37	1.33
77386357--77386387	12	2.7	12	95	5	55	51	6	0	41	1.27
77386373--77386421	23	2.1	23	81	7	55	48	6	8	36	1.58
77390088--77390125	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
77390107--77390160	12	4.6	12	77	11	58	64	0	22	12	1.27
77390117--77390160	23	1.9	23	86	9	63	63	0	25	11	1.27
77390125--77390166	22	1.9	22	85	9	59	64	2	21	11	1.38
77393261--77393366	17	5.8	18	73	21	87	29	11	9	50	1.70
77397782--77397845	24	2.5	25	85	10	94	48	4	3	43	1.39
77397798--77397879	9	9.7	9	70	16	50	48	7	0	43	1.30
77397820--77397879	19	3.4	19	73	21	76	50	6	0	43	1.28
77397818--77397891	33	2.2	33	92	0	130	54	6	0	39	1.27
77401747--77401790	22	2.0	23	86	4	63	50	6	9	34	1.61
77403598--77403647	18	2.7	19	75	9	59	44	12	6	38	1.66
77404289--77404335	14	3.4	14	84	0	67	68	8	2	21	1.27
77404356--77404395	20	1.9	21	90	10	64	77	7	0	15	0.98
77405569--77405700	56	2.3	59	82	7	171	40	3	8	47	1.49
77405951--77406058	37	2.9	38	76	4	112	18	19	10	51	1.74
77408735--77408908	49	3.5	49	86	1	240	31	27	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77408735--77408919	99	1.9	99	91	0	307	30	28	15	24	1.96
77414498--77414565	33	2.1	33	97	0	127	47	19	5	27	1.72
77416715--77416741	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
77423926--77423959	16	2.2	16	89	5	52	29	17	17	35	1.93
77429032--77429062	16	1.9	16	93	0	53	61	3	6	29	1.37
77436085--77436114	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
77436345--77436441	42	2.3	42	89	0	149	29	22	16	30	1.96
77437869--77437921	15	3.7	15	80	10	65	32	30	18	18	1.96
77437862--77437927	28	2.4	28	89	0	96	30	33	16	19	1.94
77437862--77437927	15	4.8	13	75	14	60	30	33	16	19	1.94
77437862--77437935	28	2.6	28	80	16	82	31	32	16	20	1.94
77446919--77446966	21	2.2	22	85	3	62	75	2	20	2	1.02
77446936--77446967	16	2.0	16	100	0	64	81	0	18	0	0.70
77454627--77454896	88	3.1	85	64	16	190	24	21	21	32	1.98
77454089--77455066	176	5.5	176	81	5	1033	27	23	18	31	1.97
77454769--77455052	88	3.2	89	65	18	214	26	22	20	30	1.98
77463267--77463317	12	4.2	12	73	9	50	11	19	17	50	1.76
77463452--77463491	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
77473656--77473712	6	9.5	6	88	0	69	24	17	10	47	1.79
77473656--77473712	18	3.2	18	84	0	78	24	17	10	47	1.79
77482151--77482239	42	2.1	42	85	6	117	34	24	14	25	1.94
77489755--77489837	43	2.0	42	85	7	114	32	27	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77497614--77497648	18	2.0	18	88	5	54	31	11	5	51	1.61
77500163--77500187	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77501694--77501939	40	6.2	40	93	0	404	26	26	23	23	2.00
77503242--77503275	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
77511241--77511425	79	2.3	81	81	7	209	24	21	27	26	1.99
77511243--77511425	40	4.6	39	80	8	192	24	21	27	26	1.99
77511294--77511449	79	2.0	79	81	6	181	25	19	26	27	1.99
77513767--77513812	22	2.1	22	92	4	76	34	21	19	23	1.96
77515579--77515620	15	2.7	16	82	14	52	9	7	14	69	1.37
77526389--77526453	33	1.9	34	87	3	96	27	23	23	26	2.00
77526395--77526466	34	2.2	33	82	7	83	31	22	23	22	1.98
77531126--77531360	49	4.7	50	80	4	260	26	17	26	29	1.97
77531131--77531360	100	2.3	98	84	5	284	26	17	26	29	1.98
77533928--77534073	57	2.5	58	80	7	163	27	15	21	36	1.93
77542216--77542296	39	2.1	39	95	0	144	27	12	16	44	1.83
77547989--77548036	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
77548080--77548138	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
77548084--77548138	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
77548189--77548332	24	6.0	24	80	2	164	29	20	20	29	1.98
77552243--77552544	150	2.0	150	98	0	577	27	13	29	29	1.94
77556241--77556288	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
77556332--77556390	20	3.0	20	94	0	100	35	11	18	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77556441--77556594	24	6.4	24	89	0	236	30	18	21	29	1.97
77560544--77560619	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
77560523--77560758	47	5.0	47	94	0	373	31	12	30	25	1.92
77560732--77560868	46	3.0	46	87	0	193	34	9	30	25	1.88
77563082--77563179	40	2.5	40	80	5	108	35	24	14	25	1.93
77565299--77565357	29	2.1	28	87	9	84	28	13	27	30	1.94
77579045--77579216	43	3.8	45	76	16	176	29	29	20	20	1.98
77593059--77593203	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
77601059--77601227	41	4.2	40	78	6	108	24	27	23	23	2.00
77601082--77601227	41	3.6	40	84	6	186	23	26	24	25	2.00
77615591--77615852	40	6.6	40	89	1	375	26	21	25	25	2.00
77623772--77624033	40	6.6	40	92	1	402	26	21	26	25	2.00
77628561--77628673	31	3.7	30	86	9	142	26	23	18	30	1.98
77628879--77629014	26	5.3	26	86	3	181	27	22	21	28	1.99
77628879--77629014	52	2.7	51	92	5	215	27	22	21	28	1.99
77629813--77629891	27	2.9	27	85	7	99	20	26	20	32	1.97
77630048--77630293	53	4.6	53	78	7	239	29	8	21	41	1.82
77630021--77630280	107	2.4	106	79	6	283	28	8	21	41	1.81
77630021--77630293	80	3.4	79	82	8	304	29	8	21	41	1.82
77630021--77630418	27	14.9	27	81	4	243	32	8	21	38	1.82
77632248--77632405	43	3.7	43	80	7	178	31	27	17	24	1.97
77632248--77632406	44	3.7	43	77	9	155	32	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77632248--77632405	86	1.8	85	82	9	205	31	27	17	24	1.97
77634396--77634579	41	4.5	41	85	1	219	32	25	18	24	1.97
77639085--77639110	7	3.7	7	100	0	52	26	42	0	30	1.56
77640598--77640640	22	2.0	22	85	0	59	37	23	25	13	1.92
77640877--77640935	27	2.2	27	87	0	82	30	18	15	35	1.92
77641163--77641199	19	2.0	20	89	10	60	21	43	24	10	1.84
77648438--77648677	38	6.3	38	89	1	363	29	25	23	21	1.99
77653773--77654095	48	6.8	48	72	15	176	27	19	29	24	1.98
77653773--77653902	46	2.8	46	88	4	181	28	19	30	22	1.98
77653735--77653913	46	3.8	48	77	13	169	30	18	27	22	1.98
77655161--77655192	15	2.1	16	94	5	57	25	21	21	31	1.98
77658047--77658084	14	2.7	14	91	0	67	52	18	13	15	1.74
77661957--77662114	38	4.1	38	90	1	217	32	24	22	20	1.98
77668508--77668673	40	4.2	40	77	3	149	25	26	24	24	2.00
77668531--77668673	40	3.6	39	83	5	162	23	25	25	25	2.00
77671358--77672187	417	2.0	416	99	0	1651	31	12	17	38	1.87
77679412--77679496	32	2.4	36	78	18	88	48	2	1	48	1.22
77679551--77679610	31	2.0	30	84	12	79	56	0	0	43	0.99
77679593--77679635	21	2.0	21	86	8	61	39	0	0	60	0.97
77680417--77680503	43	2.0	43	90	0	138	52	14	6	25	1.66
77695890--77695969	25	3.2	25	73	1	72	22	23	17	36	1.95
77699343--77699467	27	4.5	27	90	4	178	32	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77699915--77699941	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
77707328--77707397	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
77707328--77707425	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77707872--77707898	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
77712529--77712572	22	2.0	22	100	0	88	50	13	22	13	1.77
77713255--77713321	35	2.0	32	82	8	80	43	16	5	34	1.72
77713303--77713354	18	2.9	18	72	11	52	40	13	7	38	1.73
77713595--77713706	51	2.2	51	91	0	188	41	21	18	17	1.90
77715051--77715087	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
77715137--77715170	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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