genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75924216--75924382	59	2.8	59	87	1	210	50	7	6	35	1.56
75927329--75927515	33	5.6	32	75	6	149	29	25	16	28	1.96
75927279--75927508	101	2.3	101	92	1	381	29	26	15	29	1.96
75929292--75929366	31	2.4	31	77	4	89	66	1	2	29	1.13
75933974--75934036	17	3.7	17	87	8	76	44	9	9	36	1.70
75933991--75934039	17	2.9	17	93	0	80	42	12	6	38	1.67
75934103--75934146	23	2.0	23	90	4	72	31	27	13	27	1.94
75936393--75936537	57	2.5	58	84	4	195	28	16	20	34	1.94
75940343--75940421	25	3.2	25	92	0	122	75	1	3	18	1.02
75940360--75940421	5	12.4	5	75	13	56	77	1	3	17	0.98
75940356--75940433	25	3.2	25	87	1	86	78	1	3	16	0.97
75944198--75944255	28	2.1	28	86	0	80	22	13	22	41	1.89
75944416--75944502	43	2.0	43	97	0	165	29	16	13	40	1.87
75946314--75946362	18	2.7	18	75	9	55	61	6	6	26	1.43
75952346--75952466	34	3.6	34	71	4	120	42	9	14	33	1.76
75952323--75952475	66	2.3	68	85	2	202	44	9	12	33	1.75
75955291--75955502	39	5.4	38	88	5	126	26	19	26	26	1.99
75955278--75955539	40	6.6	39	87	6	316	25	20	26	26	1.99
75955278--75955539	79	3.3	79	86	5	345	25	20	26	26	1.99
75963316--75963534	40	5.7	40	84	10	269	24	22	27	26	2.00
75963316--75963567	79	3.2	77	79	11	264	25	21	26	25	2.00
75968209--75968258	20	2.4	21	80	12	59	30	10	2	58	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75968230--75968291	29	2.1	30	82	14	76	35	6	0	58	1.24
75978826--75978948	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
75978826--75978948	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
75978851--75978961	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
75986854--75986976	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
75986854--75986976	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
75986879--75986989	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
75991707--75992179	119	4.0	119	94	0	761	34	17	18	29	1.94
75992103--75992538	83	5.2	83	91	1	658	33	19	19	27	1.96
75996092--75996143	26	2.0	26	96	0	95	26	17	23	32	1.96
76001429--76001542	24	4.7	24	81	12	144	48	13	18	20	1.81
76001429--76001579	79	2.0	76	86	10	211	47	13	18	20	1.82
76001477--76001598	31	4.0	30	88	5	165	46	14	18	20	1.83
76001429--76001579	6	24.8	6	74	17	125	47	13	18	20	1.82
76001716--76001774	27	2.2	26	82	5	73	38	23	22	15	1.92
76001954--76002012	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
76002100--76002182	27	3.1	26	86	5	103	37	20	21	20	1.95
76002338--76002401	27	2.4	27	78	7	67	37	25	18	18	1.94
76002381--76002576	27	7.3	27	85	0	203	25	17	19	37	1.94
76002380--76002576	54	3.6	54	84	2	261	24	17	19	37	1.94
76002588--76003125	27	19.9	27	83	4	611	40	9	21	27	1.84
76002588--76003127	108	5.0	107	86	5	694	40	9	21	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76005137--76005209	35	2.1	35	94	0	128	38	5	30	26	1.79
76005732--76005790	29	2.0	29	100	0	118	38	13	20	27	1.90
76007333--76007377	19	2.3	20	82	17	60	33	4	0	62	1.15
76011416--76011480	32	2.0	32	100	0	130	30	20	9	40	1.83
76018899--76019145	39	6.3	39	92	1	397	28	28	23	19	1.98
76023110--76023240	39	3.3	40	85	6	171	25	28	21	25	1.99
76254968--76255145	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
76254969--76255124	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
76254965--76255145	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
76261718--76261824	55	2.0	55	90	1	171	42	14	14	28	1.85
76262857--76263034	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
76262857--76263034	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
76266414--76266455	18	2.3	19	80	12	52	76	0	4	19	0.96
76266414--76266460	17	2.7	18	80	9	53	76	0	4	19	0.95
76279834--76279864	12	2.6	12	94	0	53	0	29	35	35	1.58
76281190--76281264	6	12.3	6	70	13	55	52	13	16	18	1.75
76282259--76282342	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
76282404--76282511	27	3.9	27	78	13	94	31	7	18	42	1.78
76282404--76282536	56	2.4	55	80	6	137	32	6	19	41	1.78
76282453--76282536	27	3.1	27	82	5	98	29	3	22	44	1.70
76282568--76282712	27	5.4	27	82	4	177	37	8	24	29	1.85
76282568--76282706	54	2.6	55	89	5	212	38	8	23	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76286038--76286216	49	3.6	49	79	9	202	29	27	17	25	1.98
76291210--76291393	49	3.7	49	82	5	217	30	26	16	26	1.96
76291215--76291393	50	3.6	49	82	6	198	31	26	16	25	1.97
76298449--76298587	37	3.8	37	83	0	143	21	25	18	34	1.96
76300350--76300479	49	2.7	49	82	5	147	27	18	27	26	1.98
76307450--76307587	40	3.5	40	91	3	208	23	27	23	25	2.00
76307483--76307591	40	2.7	40	97	0	209	24	27	22	24	2.00
76315506--76315654	40	3.7	40	91	3	246	25	27	22	24	2.00
76315473--76315650	80	2.2	80	88	4	254	24	27	23	24	2.00
76319498--76319569	33	2.2	33	89	2	117	58	15	6	19	1.59
76320555--76320597	8	5.4	8	85	0	59	4	20	18	55	1.60
76323728--76323998	46	5.8	46	75	9	174	27	17	27	27	1.98
76325673--76325732	26	2.3	26	91	2	95	33	16	6	43	1.74
76330623--76330762	70	2.0	70	100	0	280	25	18	5	50	1.69
76332801--76332882	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
76339094--76339275	46	4.0	46	89	1	249	21	24	14	40	1.90
76341357--76341404	11	4.2	11	79	10	51	62	0	0	37	0.95
76341879--76342422	140	4.0	140	78	8	492	27	19	20	32	1.97
76343365--76343413	14	3.5	14	81	10	55	22	0	22	55	1.44
76343364--76343439	21	3.6	21	75	10	66	26	0	21	52	1.47
76344955--76344983	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
76347313--76347343	16	1.9	16	93	0	53	22	6	9	61	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76348183--76348336	36	4.2	36	75	8	134	23	19	16	40	1.91
76348183--76348336	73	2.1	73	85	3	204	23	19	16	40	1.91
76348143--76348336	37	5.4	37	75	8	150	25	17	15	40	1.90
76348341--76348425	38	2.2	38	85	0	107	28	22	15	34	1.94
76348661--76348739	30	2.7	29	80	7	79	56	1	3	37	1.25
76351696--76351731	17	2.2	17	90	5	56	47	0	2	50	1.15
76351695--76351732	16	2.4	16	82	8	51	44	0	2	52	1.14
76352075--76352114	19	2.1	19	85	4	53	50	0	0	50	1.00
76355538--76355562	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
76359087--76359183	43	2.3	41	79	10	113	23	28	17	29	1.97
76372533--76372585	21	2.5	21	79	14	56	24	7	0	67	1.16
76380525--76380575	26	2.0	26	92	0	84	45	17	9	27	1.80
76382389--76382416	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
76382981--76383024	13	3.8	12	82	11	56	59	2	0	38	1.10
76386480--76386522	15	2.9	15	89	0	59	27	9	0	62	1.25
76386596--76386674	22	3.5	21	70	20	61	17	5	5	72	1.22
76390870--76391000	22	5.9	22	77	9	124	32	19	21	26	1.97
76390884--76391000	45	2.6	44	85	5	146	32	18	22	26	1.97
76390870--76391000	67	2.0	67	81	6	158	32	19	21	26	1.97
76400516--76400565	25	2.0	26	96	4	93	18	6	0	76	0.99
76407708--76407801	22	4.2	22	84	2	98	31	18	25	24	1.97
76407715--76407801	44	2.0	45	90	2	140	31	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76407708--76407809	45	2.3	45	84	3	143	33	16	25	24	1.96
76416532--76416808	96	2.8	96	74	5	261	33	15	20	29	1.94
76416722--76416876	44	3.5	44	76	7	127	32	19	16	31	1.94
76417069--76417231	44	3.7	44	77	4	143	35	20	19	25	1.95
76418647--76418687	21	2.0	21	90	0	64	31	9	0	58	1.31
76418653--76418695	15	2.9	15	89	0	59	27	9	0	62	1.25
76418816--76418862	22	2.0	23	84	8	60	17	14	0	68	1.22
76421451--76421495	10	4.5	10	83	8	56	73	0	8	17	1.08
76424446--76424485	20	2.1	19	90	4	62	47	10	7	35	1.65
76424446--76424485	19	2.0	20	85	4	55	47	10	7	35	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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