genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  90  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29857005--29857083	25	3.3	25	61	10	65	34	6	27	31	1.82
29862260--29862284	12	2.1	12	100	0	50	8	20	40	32	1.81
29872849--29873117	46	5.7	47	77	11	232	27	18	29	24	1.98
29875393--29875417	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
29877519--29877591	34	2.1	34	80	5	85	26	27	23	23	2.00
29884179--29884250	21	3.5	20	75	7	72	13	18	16	51	1.77
29884157--29884299	42	3.4	42	83	1	162	14	23	18	44	1.86
29884238--29884299	21	3.0	21	70	0	52	14	27	20	37	1.92
29886363--29886865	47	10.6	47	94	0	808	29	30	8	32	1.87
29892421--29892565	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
29899603--29899747	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
29901883--29902060	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
29901904--29902059	82	1.9	81	88	3	233	30	28	14	26	1.95
29971229--29971302	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
29971610--29971796	40	4.7	38	79	10	155	25	23	28	22	2.00
29971726--29971841	40	2.9	40	85	1	162	23	22	29	25	1.99
29975684--29975820	70	1.9	71	94	2	240	32	6	32	28	1.83
29975756--29976030	47	5.8	47	88	5	399	32	8	30	28	1.87
29975756--29976030	98	2.9	94	89	5	408	32	8	30	28	1.87
29975756--29976019	145	1.8	145	90	1	431	31	9	30	28	1.88
29976149--29976227	37	2.1	37	88	4	115	24	17	31	26	1.97
29990641--29990746	43	2.5	43	82	3	124	32	26	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29991011--29991057	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
29991461--29991557	23	4.1	24	85	2	117	38	21	5	35	1.76
29995490--29995523	7	4.7	7	92	3	50	23	0	0	76	0.79
29995489--29995524	15	2.4	15	85	0	54	22	0	0	77	0.76
29995468--29995549	8	9.9	8	76	16	60	31	0	3	64	1.11
29996109--29996151	15	3.0	15	86	6	63	46	34	0	18	1.50
29996114--29996214	22	4.7	22	68	17	59	45	30	0	22	1.59
29996175--29996219	14	3.2	14	90	0	63	48	28	0	22	1.50
29997058--29997142	17	4.8	17	70	18	66	16	2	34	47	1.60
29997081--29997211	54	2.6	49	83	12	144	20	0	30	48	1.55
29997032--29997194	54	3.0	54	94	0	272	18	1	32	47	1.56
29997256--29997385	41	3.2	41	93	1	208	24	18	17	39	1.92
29998719--29998765	20	2.3	21	82	10	62	55	2	2	40	1.24
29999243--29999267	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
30000357--30000507	44	3.5	42	77	9	146	25	19	25	30	1.98
30000357--30000511	43	3.6	43	76	11	156	24	18	25	30	1.98
30003742--30003997	138	1.8	140	82	7	331	23	28	19	28	1.98
30013211--30013540	47	7.1	47	94	1	558	31	9	30	28	1.88
30013659--30013736	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
30015584--30015686	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
30015668--30015741	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
30016052--30016246	40	4.9	40	81	3	173	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30016090--30016246	80	2.0	80	83	3	201	27	21	26	24	1.99
30019665--30019743	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
30019649--30020025	47	8.1	47	94	1	652	31	9	30	28	1.88
30019737--30019810	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
30019649--30020025	139	2.7	140	94	1	650	31	9	30	28	1.88
30020144--30020221	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
30026338--30026483	41	3.6	41	78	4	179	29	28	21	20	1.98
30029387--30029818	27	16.0	27	80	3	296	41	18	8	31	1.80
30029387--30029511	53	2.3	54	83	1	162	44	19	4	32	1.71
30030299--30030363	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
30052501--30052632	52	2.6	50	82	2	147	27	15	25	31	1.96
30052501--30052689	50	3.7	51	80	2	182	25	16	25	31	1.97
30052613--30052783	51	3.4	51	82	3	157	26	17	26	28	1.98
30068727--30068761	13	2.7	13	86	0	52	22	45	25	5	1.74
30069739--30069884	42	3.5	41	77	9	143	29	21	15	33	1.94
30069739--30069893	84	1.8	84	81	8	190	29	22	14	33	1.93
30077201--30077257	30	1.9	30	89	7	89	22	21	19	36	1.95
30079361--30079446	27	3.2	28	78	15	92	37	22	11	29	1.89
30079292--30079461	54	3.2	53	72	9	139	41	21	9	28	1.84
30079438--30079929	27	18.2	27	86	3	596	29	20	7	42	1.79
30080433--30080542	31	3.5	31	79	7	118	19	20	13	47	1.82
30080433--30080563	6	21.3	6	72	16	90	19	19	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30080455--30080542	37	2.4	37	90	0	131	19	21	13	45	1.84
30082543--30082668	27	4.7	27	75	10	98	39	22	8	29	1.84
30082705--30083099	27	14.6	27	86	0	430	28	19	7	44	1.78
30082662--30082832	81	2.1	81	80	0	189	32	20	8	38	1.82
30083603--30083706	31	3.4	31	91	0	163	20	20	12	47	1.82
30083603--30083727	6	20.3	6	73	16	96	20	19	12	48	1.81
30090025--30090287	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
30090064--30090322	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
30097310--30097571	40	6.6	40	86	3	307	24	20	28	26	1.99
30097310--30097571	79	3.3	78	86	3	319	24	20	28	26	1.99
30097349--30097606	79	3.3	80	84	3	229	25	20	28	25	1.99
30106572--30106668	27	3.5	27	88	2	122	31	27	13	26	1.94
30112394--30112424	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
30115655--30115823	43	4.0	43	71	11	141	28	28	18	24	1.98
30122168--30122273	52	2.0	52	96	0	194	23	16	23	36	1.94
30124807--30124857	20	2.7	19	82	14	54	41	0	23	35	1.55
30125691--30125813	49	2.5	49	80	2	140	30	20	26	22	1.98
30131711--30131929	48	4.6	48	89	4	288	24	31	17	26	1.97
30131758--30132020	48	5.6	46	83	8	197	23	30	17	27	1.97
30131852--30132023	46	3.8	43	79	10	168	23	29	18	28	1.98
30133368--30133406	17	2.4	17	95	4	71	25	28	5	41	1.77
30139338--30139700	48	7.6	48	75	9	280	25	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30145638--30145762	63	2.0	63	96	0	232	38	10	12	39	1.77
30147213--30147256	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
30150586--30150644	28	2.1	28	96	0	109	28	27	10	33	1.89
30152892--30152916	13	1.9	13	100	0	50	20	24	32	24	1.98
30156064--30156274	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
30160865--30160906	22	1.9	22	90	9	68	42	0	26	30	1.55
30165814--30166354	47	11.5	47	93	0	875	29	29	8	32	1.87
30168890--30168926	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
30172982--30173011	14	2.1	14	100	0	60	50	6	13	30	1.67
30183474--30183599	39	3.2	39	89	0	189	28	29	19	22	1.98
30185219--30185256	20	1.9	20	89	10	60	36	15	7	39	1.77
30185709--30185752	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
30187761--30187799	18	2.2	18	90	0	60	46	12	12	28	1.79
30188410--30188451	19	2.3	19	83	4	50	54	0	2	42	1.13
30188654--30188682	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
30189071--30189121	25	2.0	25	84	0	66	9	29	0	60	1.28
30191977--30192036	28	2.1	28	81	9	68	28	11	5	55	1.57
30193560--30193606	25	1.9	24	82	4	58	61	0	2	36	1.08
30194033--30194060	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
30195338--30195394	18	2.8	22	72	22	61	33	19	17	29	1.95
30195564--30195635	35	2.1	35	94	0	126	40	13	12	33	1.83
30195564--30195646	35	2.4	34	88	8	121	39	14	14	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30195618--30195713	34	2.8	35	80	9	101	40	15	13	30	1.86
30195962--30196066	28	3.8	28	82	7	119	60	7	12	20	1.56
30207354--30207440	44	2.0	44	86	8	124	49	2	10	37	1.50
30212526--30212584	18	3.0	18	69	21	55	25	10	16	47	1.78
30222839--30222896	19	3.2	18	80	9	64	20	12	24	43	1.86
30223735--30223796	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
30223792--30223823	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
30227501--30227555	5	11.4	5	83	14	71	20	1	0	78	0.85
30227508--30227561	20	2.8	20	72	25	53	22	1	0	75	0.89
30227494--30227567	15	5.2	14	81	12	80	21	1	0	77	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343