genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74217429--74217465	15	2.4	15	86	4	56	51	5	2	40	1.39
74221453--74221757	146	2.1	147	81	3	346	35	15	22	25	1.94
74221425--74221759	49	6.9	49	79	2	334	34	16	22	25	1.95
74221453--74221805	98	3.6	96	79	5	332	35	15	23	25	1.94
74224575--74224610	16	2.2	16	90	0	54	63	0	5	30	1.17
74226771--74226799	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
74230636--74231054	44	9.5	44	85	2	529	25	30	14	28	1.95
74230636--74231054	132	3.2	132	90	1	626	25	30	14	28	1.95
74245877--74246281	44	9.2	44	88	0	594	24	29	15	29	1.96
74252072--74252384	73	4.3	74	83	7	379	30	15	20	34	1.93
74252085--74252375	148	2.0	147	86	2	413	30	15	21	31	1.95
74252363--74252398	14	2.8	14	80	20	51	22	5	5	66	1.34
74253153--74253197	14	3.4	14	70	17	51	42	40	0	17	1.50
74253147--74253201	25	2.2	25	100	0	110	40	32	0	27	1.57
74255125--74255174	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
74256523--74256572	20	2.4	20	80	6	55	20	16	6	58	1.59
74256661--74256712	17	3.1	17	100	0	104	30	17	11	40	1.85
74257273--74257482	103	2.0	103	93	0	357	41	15	13	29	1.86
74262615--74262667	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
74264149--74264213	32	2.0	32	96	0	121	38	23	7	30	1.83
74268209--74268318	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
74273158--74273188	16	1.9	16	93	0	53	29	0	35	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74276163--74276225	20	3.2	20	68	17	58	19	33	12	34	1.89
74276149--74276307	40	4.0	40	82	1	194	20	28	15	35	1.93
74279202--74279245	23	2.0	22	86	4	61	29	2	0	68	1.02
74281462--74281506	18	2.7	16	77	12	54	62	6	0	31	1.21
74281465--74281501	18	2.1	17	90	5	56	67	5	0	27	1.12
74282464--74282575	27	4.2	26	83	7	125	37	23	24	15	1.93
74300667--74300772	27	3.9	27	80	7	117	36	22	24	16	1.94
74302188--74302238	24	2.1	24	88	0	75	21	39	3	35	1.72
74303306--74303349	18	2.6	16	80	13	52	31	0	0	68	0.90
74303474--74303513	20	2.0	20	90	4	64	42	0	0	57	0.98
74303474--74303512	19	1.9	20	85	15	53	43	0	0	56	0.99
74305625--74305670	14	3.4	14	78	6	58	60	10	8	19	1.55
74307287--74307316	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
74319092--74319143	17	3.0	17	76	20	54	73	3	11	11	1.23
74319271--74319301	16	1.9	16	100	0	62	32	6	16	45	1.72
74319764--74319797	15	2.3	15	89	0	50	41	0	23	35	1.55
74323605--74324116	153	3.4	152	82	3	636	25	20	23	30	1.98
74325136--74325166	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
74325420--74325457	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
74329732--74329791	30	2.0	30	96	0	111	38	5	10	46	1.59
74330588--74330902	156	2.0	156	96	0	576	24	22	22	30	1.99
74330981--74331030	21	2.4	21	82	0	55	34	22	2	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74331191--74331271	18	4.6	18	70	14	69	33	0	3	62	1.12
74331186--74331299	53	2.1	54	96	1	212	32	0	3	63	1.18
74332802--74332844	18	2.4	18	92	3	70	20	27	6	44	1.77
74335157--74335207	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
74335020--74335286	104	2.6	104	92	2	439	29	30	20	18	1.97
74335612--74335675	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
74335619--74335675	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
74337320--74337391	36	2.0	36	100	0	144	16	50	2	30	1.60
74337508--74337548	21	2.0	21	95	0	73	41	36	12	9	1.76
74338003--74338096	47	2.0	47	93	0	161	34	13	11	40	1.81
74338093--74338165	36	2.0	36	89	0	110	32	10	9	46	1.71
74338277--74338349	36	2.0	36	89	0	110	32	8	9	49	1.65
74338037--74338565	184	2.9	184	92	3	859	33	13	11	41	1.79
74338465--74338537	36	2.0	36	89	0	110	32	9	10	46	1.71
74338383--74338711	145	2.3	145	96	1	597	34	12	12	40	1.82
74338610--74338682	36	2.0	36	89	0	110	32	9	10	46	1.71
74338199--74338875	333	2.1	325	93	3	1151	33	12	12	41	1.80
74338528--74338880	186	1.9	186	94	3	629	33	13	12	40	1.81
74338796--74338868	36	2.0	36	91	0	119	32	9	9	47	1.68
74338858--74338994	46	2.6	52	78	19	169	30	14	10	44	1.78
74338894--74338987	46	2.0	46	97	0	179	29	14	9	45	1.77
74339479--74339552	36	2.1	36	100	0	148	21	8	16	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74342403--74342444	21	2.0	21	100	0	84	33	19	9	38	1.84
74342448--74342490	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
74344682--74344719	18	2.1	18	85	9	51	34	7	0	57	1.28
74344845--74344950	3	36.3	3	77	11	96	33	6	0	59	1.23
74345105--74345326	3	73.7	3	68	12	80	29	9	1	59	1.40
74345619--74345676	29	2.0	29	100	0	116	34	13	17	34	1.89
74358108--74358137	10	3.1	10	90	9	53	20	20	10	50	1.76
74358109--74358141	9	3.7	9	92	8	50	21	21	12	45	1.84
74366250--74366488	43	5.5	43	70	10	191	34	22	22	21	1.97
74366170--74366931	87	8.7	87	87	1	850	34	21	23	20	1.97
74366257--74366958	44	16.1	43	68	11	198	34	22	22	21	1.97
74366943--74367072	44	2.9	44	81	3	145	30	20	22	26	1.98
74367081--74367158	41	1.9	41	86	5	113	33	17	20	28	1.96
74371125--74371377	126	2.0	126	86	1	355	28	17	18	35	1.93
74371418--74371556	34	4.3	32	80	13	153	43	12	0	43	1.48
74371459--74371576	34	3.4	34	86	6	123	44	12	0	42	1.48
74371593--74371668	34	2.3	34	84	4	93	47	25	0	27	1.52
74374320--74374444	43	2.8	46	87	8	177	18	18	32	30	1.95
74374319--74374446	47	2.9	44	88	8	179	18	17	32	30	1.95
74378938--74378969	15	2.1	15	100	0	64	37	25	6	31	1.81
74383530--74383720	66	2.9	66	80	1	213	25	25	27	21	1.99
74384625--74384735	35	3.2	34	74	7	91	29	23	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74392151--74392321	21	8.1	21	73	3	103	15	19	18	45	1.85
74392193--74392321	42	3.1	42	88	2	179	14	20	19	45	1.85
74393982--74394126	66	2.2	66	81	2	175	28	22	24	24	1.99
74400382--74400539	43	3.7	42	80	10	160	32	25	17	24	1.97
74404147--74404313	84	2.0	84	97	1	318	28	14	18	38	1.91
74429064--74429183	28	4.3	28	90	2	179	27	12	28	31	1.93
74432213--74432263	6	8.5	6	86	0	75	13	0	5	80	0.89
74440134--74440497	3	120.0	3	67	15	142	28	8	3	59	1.42
74440302--74440345	22	2.0	23	86	13	65	27	2	6	63	1.31
74444872--74444936	28	2.3	27	80	12	69	56	3	6	33	1.39
74444939--74444996	27	2.1	28	81	9	66	62	0	5	32	1.18
74445284--74445485	3	64.7	3	68	25	93	60	1	2	34	1.21
74445274--74445309	18	1.9	18	88	5	54	63	2	5	27	1.30
74445330--74445485	19	8.5	19	68	27	88	61	0	2	35	1.14
74445352--74445479	27	4.7	26	75	18	109	62	0	2	34	1.13
74445305--74445492	14	12.8	15	71	18	114	60	1	2	35	1.18
74447071--74447989	210	4.4	207	80	7	999	29	20	17	32	1.96
74447247--74448074	416	2.0	419	91	2	1362	29	20	18	31	1.96
74458916--74458973	27	2.1	28	81	9	66	62	0	5	32	1.18
74459250--74459285	18	1.9	18	88	5	54	63	2	5	27	1.30
74459305--74459341	12	2.9	14	88	11	53	59	0	5	35	1.20
74459306--74459465	19	8.3	19	70	25	106	61	0	1	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74459292--74459465	14	12.4	14	71	22	93	60	0	2	36	1.14
74459277--74459437	84	1.9	83	80	13	186	60	1	2	35	1.21
74459329--74459458	7	18.0	7	68	21	56	62	0	1	35	1.10
74459332--74459464	44	3.2	38	71	24	76	60	0	1	36	1.11
74459277--74459500	72	3.1	73	75	11	173	61	2	2	33	1.22
74459977--74460039	9	7.0	9	92	0	108	11	53	20	14	1.70
74461291--74461328	20	1.9	20	88	0	58	65	0	2	31	1.06
74461938--74461965	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
74462068--74462135	16	4.2	16	88	0	100	26	1	36	35	1.66
74462116--74462225	45	2.6	43	80	12	131	34	5	28	31	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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