genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31305620--31305788	43	4.0	43	83	4	225	26	13	24	35	1.92
31308721--31308758	19	2.0	19	100	0	76	42	0	10	47	1.38
31309901--31310063	48	3.4	48	88	0	227	25	18	30	25	1.98
31320703--31320869	43	3.9	43	75	9	153	25	15	23	35	1.94
31324580--31324753	49	3.5	49	80	1	213	26	17	26	29	1.98
31324575--31324757	99	1.8	100	91	1	305	25	18	26	28	1.98
31326151--31326188	20	1.9	20	88	0	58	28	2	34	34	1.71
31326150--31326194	20	2.3	19	81	11	54	28	2	35	33	1.70
31331144--31331225	40	2.0	40	100	0	164	40	9	17	32	1.82
31332160--31332366	53	3.8	53	73	5	173	39	16	23	20	1.92
31337855--31338043	55	3.5	54	78	2	155	37	19	23	20	1.94
31337849--31338055	53	3.8	53	78	3	216	38	17	23	20	1.93
31345911--31346135	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
31345911--31346168	80	3.2	80	82	7	233	25	21	27	25	1.99
31345911--31346168	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
31348196--31348245	26	2.0	26	88	4	75	52	6	0	42	1.26
31348319--31348411	44	2.1	45	83	4	116	34	23	6	35	1.81
31348393--31348463	16	4.4	16	87	3	90	29	25	5	39	1.78
31349467--31349499	17	1.9	17	100	0	66	18	18	36	27	1.94
31357764--31357832	30	2.3	31	87	5	104	40	7	13	39	1.72
31368838--31368937	43	2.3	43	91	3	157	33	19	16	32	1.93
31375328--31375396	29	2.4	29	82	2	77	37	7	8	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31378395--31378516	43	2.9	42	81	7	165	27	25	16	31	1.96
31380234--31380404	83	2.1	83	93	0	288	30	18	25	25	1.98
31381352--31381448	25	3.9	25	72	6	72	35	19	24	20	1.96
31381995--31382033	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
31387595--31387650	29	2.0	29	85	3	78	25	3	3	67	1.22
31390597--31390630	16	2.1	16	94	0	59	41	8	17	32	1.80
31393974--31394021	24	2.0	24	91	0	78	43	6	31	18	1.75
31397100--31397136	18	2.0	19	94	5	67	37	16	8	37	1.78
31413801--31413837	15	2.4	16	82	13	51	48	43	8	0	1.32
31413898--31413962	29	2.2	29	97	0	121	18	50	20	10	1.76
31415394--31415418	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
31422385--31422419	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
31424023--31424206	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
31424023--31424203	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
31424104--31424253	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
31425840--31425948	44	2.7	38	75	19	94	35	20	4	39	1.73
31427353--31427416	30	2.1	32	85	5	87	48	3	4	43	1.39
31428593--31428656	20	3.3	19	75	10	58	71	6	15	6	1.26
31428634--31428665	14	2.1	16	88	11	50	78	0	18	3	0.89
31429566--31429609	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
31429701--31429729	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
31430450--31430707	129	2.0	129	99	0	507	26	18	32	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31430797--31430864	15	4.7	15	67	10	52	5	26	0	67	1.13
31432284--31432416	60	2.2	60	82	9	155	29	19	24	26	1.99
31432378--31432430	28	1.9	28	84	3	72	30	15	24	30	1.95
31434984--31435018	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
31435178--31435272	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
31435251--31435320	16	4.4	16	92	0	95	32	34	0	32	1.58
31435249--31435310	32	1.9	32	93	0	106	29	35	0	35	1.58
31437531--31437583	9	5.9	9	88	0	79	43	20	11	24	1.85
31437611--31437745	17	7.4	17	65	14	72	48	14	4	32	1.63
31437603--31437728	17	6.8	20	67	13	90	46	15	5	32	1.68
31437603--31437767	74	2.2	74	92	4	262	47	14	5	32	1.67
31437602--31437750	37	4.0	37	96	0	271	46	14	5	33	1.68
31448331--31448504	46	3.7	46	79	13	194	27	20	29	22	1.98
31450080--31450158	39	2.0	39	97	0	149	24	29	5	41	1.76
31450176--31450205	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
31464731--31464775	19	2.3	20	84	3	56	60	0	6	33	1.23
31468665--31468712	25	1.9	25	83	8	62	16	20	22	39	1.92
31471744--31471981	50	4.8	50	87	1	334	22	28	19	28	1.98
31471744--31472016	100	2.8	100	87	3	367	22	27	20	29	1.98
31479462--31479677	50	4.6	49	76	12	152	25	26	17	30	1.97
31486637--31486787	53	2.8	53	82	1	194	19	25	17	36	1.94
31493393--31493519	46	2.8	46	92	0	209	21	22	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31506360--31506533	50	3.5	50	83	1	206	26	18	25	28	1.98
31506352--31506533	101	1.8	101	87	2	278	26	18	26	28	1.98
31511548--31511604	30	1.9	30	85	7	80	42	7	21	29	1.79
31512209--31512440	49	4.7	49	82	3	277	25	18	26	29	1.98
31512211--31512454	100	2.5	100	83	6	255	26	18	25	29	1.98
31519173--31519210	12	3.2	12	81	11	51	60	2	7	28	1.38
31520248--31520371	55	2.3	55	100	0	248	24	29	26	19	1.98
31522365--31522393	11	2.5	12	94	5	51	72	13	0	13	1.13
31523307--31523367	25	2.4	25	75	5	59	60	3	3	32	1.29
31535476--31535530	24	2.3	24	78	9	60	23	23	18	34	1.96
31541769--31541819	23	2.2	23	96	0	93	29	33	27	9	1.89
31541779--31541828	23	2.2	23	85	0	64	32	26	28	14	1.94
31554184--31554656	48	9.7	48	77	3	453	23	28	19	28	1.98
31554184--31554656	98	4.9	97	78	4	450	23	28	19	28	1.98
31554184--31554656	146	3.2	145	88	3	707	23	28	19	28	1.98
31559172--31559495	48	6.7	48	80	4	348	28	19	27	25	1.98
31559171--31559495	96	3.4	96	87	3	456	28	19	27	25	1.98
31559172--31559495	95	3.4	96	87	4	447	28	19	27	25	1.98
31561959--31561997	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
31563226--31563386	46	3.5	44	77	14	141	24	29	18	27	1.98
31566712--31566761	16	3.4	16	68	21	54	38	2	18	42	1.61
31566711--31566772	28	2.2	28	97	2	117	41	3	17	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31568549--31568575	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
31568798--31568849	25	2.0	25	82	17	63	32	1	1	63	1.16
31569095--31569122	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
31570146--31570175	16	1.9	15	93	6	51	10	30	0	60	1.30
31572940--31573031	39	2.4	39	79	3	105	21	26	10	41	1.86
31577307--31577361	28	2.0	28	96	0	101	36	23	20	20	1.95
31583141--31583178	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
31583406--31583527	46	2.7	46	93	0	199	29	27	21	21	1.98
31583404--31583546	46	3.1	45	84	6	137	29	27	20	21	1.98
31600224--31600401	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
31600224--31600401	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
31604321--31604358	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
31604586--31604754	92	1.8	92	92	2	286	28	28	20	21	1.98
31604581--31604751	46	3.7	46	77	15	192	29	28	20	21	1.98
31605175--31605234	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
31609154--31609296	60	2.3	62	77	10	152	27	25	19	27	1.99
31609318--31609363	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
31622462--31622603	30	4.8	29	73	11	126	37	23	16	21	1.94
31622711--31622812	31	3.3	31	73	13	102	44	27	11	16	1.83
31622694--31622823	61	2.1	61	91	0	206	46	25	10	17	1.81
31622694--31622797	32	3.3	32	77	12	126	47	26	9	16	1.77
31622725--31622823	29	3.3	29	73	8	90	46	25	10	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31629671--31629716	16	2.9	16	86	0	56	52	19	17	10	1.74
31629932--31630110	29	6.2	29	93	2	279	25	16	30	27	1.96
31642297--31642361	32	2.0	32	96	0	121	23	16	13	46	1.83
31652818--31653002	40	4.6	39	81	5	185	24	22	27	25	2.00
31652871--31653035	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
31660976--31661158	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
31660977--31661160	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
31661029--31661193	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
31665973--31666066	40	2.3	42	80	7	104	25	15	27	30	1.96
31669770--31669974	48	4.4	47	73	11	188	29	22	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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