genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79483154--79483183	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
79483215--79483240	10	2.6	10	100	0	52	34	7	0	57	1.27
79487379--79487421	21	2.0	21	95	0	77	20	16	23	39	1.92
79492084--79492254	46	3.7	44	78	10	148	23	29	19	26	1.98
79492403--79492497	47	2.0	47	100	0	190	37	23	6	32	1.80
79504995--79505032	12	3.2	12	82	14	51	68	0	7	23	1.16
79505434--79505468	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
79505609--79505645	11	3.1	13	81	18	53	67	0	0	32	0.91
79508537--79508562	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
79508551--79508623	24	3.2	24	76	18	66	65	0	4	30	1.11
79508531--79508623	10	8.9	10	74	14	64	64	1	3	31	1.16
79508630--79508678	24	2.0	23	85	14	64	40	0	2	57	1.10
79508924--79508951	7	4.0	7	100	0	56	28	57	0	14	1.38
79514101--79514134	11	3.0	11	86	4	50	26	11	8	52	1.67
79514309--79514382	38	1.9	38	88	0	112	28	12	20	39	1.88
79517200--79517235	11	3.4	11	92	3	56	38	2	0	58	1.13
79518323--79518362	6	6.7	6	100	0	80	50	50	0	0	1.00
79525765--79525980	46	4.6	45	75	9	166	24	28	18	28	1.98
79532813--79532961	72	2.1	72	98	0	289	42	20	12	25	1.86
79533510--79533633	46	2.7	45	82	6	149	23	29	20	27	1.99
79543185--79543364	39	4.6	40	81	9	201	25	22	27	25	2.00
79543185--79543364	79	2.3	80	82	8	217	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79543234--79543397	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
79551012--79551196	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
79551013--79551196	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
79551065--79551229	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
79554772--79554928	78	2.0	78	91	2	253	31	22	10	34	1.89
79562010--79562045	19	1.9	18	88	5	54	58	0	11	30	1.33
79564507--79564537	16	1.9	16	93	0	53	48	25	19	6	1.72
79565039--79565070	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
79571982--79572018	18	2.1	18	100	0	74	37	18	5	37	1.74
79582144--79582459	48	6.6	48	72	14	183	28	17	31	23	1.97
79582106--79582319	46	4.6	47	79	10	194	27	19	30	22	1.98
79585196--79585220	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
79589905--79590070	40	4.2	40	88	0	244	27	26	21	24	1.99
79591496--79591538	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
79591496--79591534	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
79598003--79598193	40	4.8	40	92	0	310	27	27	21	23	1.99
79599620--79599662	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
79599620--79599658	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
79608698--79608723	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
79615231--79615259	11	2.6	11	100	0	58	31	20	17	31	1.96
79615453--79615682	44	5.1	45	68	15	145	30	21	24	23	1.99
79615453--79615713	45	5.8	44	74	11	190	29	21	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79615461--79615702	135	1.8	133	89	1	385	28	21	24	26	1.99
79615469--79615749	135	2.1	133	83	4	341	29	20	23	25	1.99
79630523--79630636	57	2.0	57	100	0	228	47	10	8	33	1.69
79634807--79634853	6	7.7	6	79	13	51	74	2	2	21	1.03
79634807--79634853	19	2.5	18	89	3	67	74	2	2	21	1.03
79648855--79648891	17	2.2	17	100	0	74	40	13	24	21	1.89
79655370--79655418	25	2.0	25	83	0	62	38	10	10	40	1.73
79657461--79657489	13	2.2	13	100	0	58	34	20	0	44	1.52
79662558--79662611	22	2.5	22	85	8	67	20	37	29	12	1.90
79667519--79667575	15	3.7	15	73	17	53	54	1	0	43	1.10
79667521--79667595	32	2.4	32	88	4	109	52	1	0	46	1.09
79673775--79673827	24	2.2	24	100	0	106	52	0	24	22	1.47
79676101--79676168	33	2.2	30	82	12	75	41	4	1	52	1.30
79676765--79676791	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
79688352--79688411	22	2.6	22	78	19	61	46	5	1	46	1.34
79688530--79688573	23	1.9	23	82	17	56	43	4	0	52	1.22
79688657--79688728	27	2.6	27	80	6	83	40	8	6	44	1.61
79691904--79691961	28	2.1	28	83	0	71	22	24	13	39	1.90
79692813--79693056	8	28.1	9	72	19	84	24	2	21	51	1.60
79692807--79692853	23	2.0	24	91	4	78	21	2	21	55	1.54
79692947--79693056	4	27.2	4	88	5	150	25	1	25	47	1.62
79694843--79694870	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79696397--79696428	13	2.4	14	89	10	57	15	0	25	59	1.36
79713428--79713513	43	2.0	43	90	0	136	20	18	32	27	1.96
79715546--79715574	10	2.9	10	100	0	58	41	0	20	37	1.53
79715573--79715601	12	2.3	13	94	5	51	82	3	13	0	0.79
79717790--79718040	87	2.9	87	90	0	378	35	21	15	27	1.94
79720564--79720739	46	3.8	46	78	7	205	21	21	29	28	1.98
79720560--79720731	93	1.8	93	91	4	285	20	21	30	27	1.98
79723675--79723743	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
79723666--79723753	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
79730352--79730534	38	4.8	38	84	0	222	37	27	18	17	1.93
79731890--79731949	27	2.2	27	84	0	75	23	20	26	30	1.98
79738113--79738150	19	2.1	19	90	5	60	57	5	0	36	1.21
79743919--79743956	20	2.0	20	84	5	51	39	0	2	57	1.12
79744097--79744177	41	2.0	41	95	0	144	38	11	3	46	1.57
79758538--79758723	94	2.0	94	96	0	345	38	10	11	39	1.76
79770711--79770793	34	2.5	34	88	5	116	30	22	24	22	1.99
79773095--79773121	13	2.1	13	100	0	54	7	14	25	51	1.68
79773952--79774047	33	2.9	33	83	7	106	30	25	21	22	1.99
79781791--79781836	22	2.1	22	84	8	58	6	30	0	63	1.20
79783559--79783598	21	1.9	21	84	0	53	25	15	30	30	1.95
79786905--79786975	29	2.4	30	80	4	81	38	8	9	43	1.68
79787235--79787275	21	1.9	21	85	5	55	36	14	17	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79791306--79791357	24	2.2	23	83	10	61	48	13	25	13	1.79
79791581--79791643	29	2.2	29	85	0	81	23	11	38	26	1.89
79798712--79798737	12	2.2	12	100	0	52	38	46	7	7	1.61
79800237--79800421	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
79800218--79800421	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
79807418--79807603	40	4.7	39	80	12	200	25	27	22	24	1.99
79812600--79812723	27	4.6	27	93	2	203	32	28	12	27	1.92
79812600--79812723	55	2.3	54	92	1	203	32	28	12	27	1.92
79820646--79820796	28	5.4	28	91	1	223	33	27	11	27	1.92
79825492--79825636	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
79831209--79831586	48	7.9	48	72	1	281	24	28	18	28	1.98
79831209--79831573	96	3.8	96	75	1	338	24	28	19	28	1.98
79831209--79831475	144	1.9	144	82	0	345	25	29	19	26	1.99
79831213--79831586	192	1.9	192	89	1	570	24	28	18	28	1.98
79849566--79849656	37	2.5	37	82	10	98	17	13	26	42	1.86
79851247--79851590	45	7.6	45	87	0	420	36	16	20	27	1.94
79851247--79851638	135	2.9	135	82	3	351	37	16	20	26	1.93
79851883--79851987	55	1.9	55	84	3	140	49	7	19	23	1.73
79853909--79853981	34	2.2	33	78	7	76	30	23	17	28	1.97
79854331--79854416	43	2.0	43	95	0	154	30	30	20	18	1.97
79864432--79864530	46	2.2	46	92	0	162	28	14	18	39	1.89
79870946--79871045	44	2.3	42	80	8	103	26	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79870973--79871107	43	3.1	42	78	10	132	25	16	22	35	1.94
79874214--79874810	47	12.4	47	87	4	789	33	9	28	29	1.88
79874216--79874758	149	3.7	147	90	2	837	33	8	27	30	1.87
79874929--79875007	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
79878003--79878035	16	2.0	17	88	5	50	27	3	18	51	1.60
79878767--79878791	12	2.1	12	100	0	50	8	28	0	64	1.22
79878771--79878801	15	2.0	16	93	6	55	9	25	0	64	1.24
79880710--79880886	40	4.4	40	80	4	189	27	27	20	24	1.99
79880743--79880890	80	1.9	80	89	0	233	25	26	21	26	2.00
79888511--79888671	40	4.1	40	81	10	188	27	29	19	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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