genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51179155--51179335	40	4.6	40	88	4	251	27	25	22	24	2.00
51189465--51189546	28	3.0	28	83	1	94	31	18	20	29	1.96
51189858--51189906	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
51191081--51191152	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
51191286--51191391	48	2.2	48	89	0	158	34	26	4	33	1.77
51193818--51193852	16	2.3	15	90	5	52	17	54	25	2	1.57
51193902--51194135	81	2.9	81	80	4	222	42	18	9	29	1.81
51193877--51194173	27	11.0	27	79	5	195	40	17	10	30	1.84
51193983--51194193	82	2.6	82	82	3	203	41	16	10	31	1.83
51194431--51194553	41	3.0	41	91	0	201	22	22	28	26	1.99
51198591--51198659	34	2.0	34	86	5	95	26	20	28	24	1.99
51224481--51224656	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
51224478--51224649	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
51232239--51232432	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
51232313--51232388	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
51232402--51232536	48	2.8	48	98	0	261	34	6	27	31	1.83
51232683--51232827	37	3.9	37	91	0	236	24	17	31	26	1.97
51247855--51247932	37	2.1	37	100	0	156	39	14	7	38	1.74
51251046--51251091	24	2.0	23	86	4	65	32	21	23	21	1.98
51258560--51258706	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
51258606--51258786	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
51258603--51258786	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51271664--51271785	29	4.3	29	82	5	142	27	13	32	26	1.94
51278598--51278743	29	5.1	27	76	11	116	28	12	31	28	1.93
51278618--51278743	57	2.2	57	80	8	141	28	13	31	26	1.94
51279916--51279977	24	2.5	24	82	7	72	40	19	19	20	1.92
51288509--51288595	30	3.0	30	85	8	108	28	14	17	39	1.89
51288510--51288660	27	5.5	27	83	2	167	31	13	16	38	1.88
51288569--51288687	54	2.2	54	78	3	132	36	14	16	32	1.89
51288650--51288769	27	4.4	27	82	2	134	39	17	20	22	1.93
51293340--51293694	27	13.1	27	81	4	257	40	19	9	30	1.84
51293851--51293898	14	3.4	14	72	16	53	16	4	35	43	1.67
51293846--51293905	29	2.1	29	100	0	120	18	6	33	41	1.76
51293995--51294117	41	3.0	41	89	0	174	22	20	28	28	1.99
51296419--51296541	39	3.2	39	97	0	228	26	19	26	28	1.99
51296419--51296566	39	3.8	39	92	1	226	25	22	26	26	2.00
51296532--51296606	39	1.9	39	81	5	89	21	24	26	28	1.99
51297314--51297378	22	3.0	22	82	8	78	20	24	23	32	1.98
51301549--51301635	40	2.2	40	89	2	129	28	9	12	49	1.71
51303898--51304017	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
51305865--51305903	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
51317593--51317663	24	3.1	23	76	19	76	40	14	15	29	1.86
51317588--51317654	21	3.0	21	79	16	73	37	14	17	29	1.91
51318275--51318326	24	2.1	25	96	3	97	28	13	3	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51323376--51323462	40	2.2	40	87	2	120	29	9	12	48	1.72
51334230--51334406	40	4.4	40	81	4	216	23	21	27	27	1.99
51334230--51334406	80	2.2	79	84	10	243	23	21	27	27	1.99
51336553--51336697	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
51344579--51344723	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
51347225--51347380	51	3.1	51	97	0	285	27	3	15	53	1.59
51369471--51369537	33	2.0	34	82	8	84	29	22	22	25	1.99
51369803--51369861	26	2.3	27	82	5	68	32	18	18	30	1.95
51371144--51371176	14	2.3	15	89	5	50	69	21	6	3	1.24
51378087--51378150	26	2.5	26	74	5	67	32	7	23	35	1.84
51378323--51378381	30	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
51381492--51381521	12	2.5	12	100	0	60	0	10	40	50	1.36
51385511--51385610	34	2.9	34	87	0	146	26	19	24	31	1.98
51397560--51397726	46	3.7	45	79	12	180	29	28	19	22	1.98
51397562--51397729	91	1.8	92	92	1	284	29	29	19	22	1.98
51400971--51401146	54	3.3	54	79	5	180	38	20	9	31	1.85
51400978--51401144	27	6.2	27	77	7	117	40	19	9	31	1.83
51401124--51401296	27	6.4	27	85	0	229	30	21	6	41	1.78
51401097--51401213	54	2.2	55	81	7	141	34	23	6	35	1.81
51401301--51401709	27	15.2	27	83	5	472	35	18	19	26	1.95
51401951--51402002	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
51401932--51402085	67	2.3	67	96	0	281	18	27	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51402188--51402346	6	25.8	6	75	14	137	18	18	15	47	1.82
51402194--51402341	25	5.7	25	75	15	124	17	18	16	47	1.83
51402194--51402304	31	3.6	31	75	13	129	18	18	17	46	1.84
51402222--51402346	37	3.2	37	79	12	151	16	18	16	48	1.82
51402197--51402346	43	3.6	42	78	13	168	17	18	16	47	1.83
51402188--51402344	19	8.5	18	73	15	97	18	17	15	47	1.82
51408008--51408178	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
51408003--51408175	46	3.7	46	78	10	199	30	27	20	21	1.98
51411654--51411717	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
51411909--51412128	25	9.0	24	87	5	268	28	22	20	28	1.99
51411936--51412128	50	3.9	50	94	2	322	28	22	20	27	1.99
51411937--51412128	75	2.6	74	89	3	298	28	22	20	28	1.99
51412174--51412244	20	3.5	20	88	0	106	30	19	11	38	1.87
51413486--51413569	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
51413631--51413682	27	1.9	27	84	7	70	36	11	11	40	1.78
51413714--51413875	27	6.0	27	76	12	154	32	9	19	38	1.84
51413721--51413851	53	2.4	53	82	8	149	30	9	19	40	1.83
51413719--51413898	80	2.2	81	88	3	258	30	9	20	40	1.84
51413776--51413898	54	2.3	54	84	5	153	30	8	19	41	1.82
51413719--51413939	80	2.8	80	84	2	194	33	9	20	37	1.85
51413891--51414065	52	3.4	51	82	10	205	38	6	24	30	1.80
51413891--51414065	26	6.8	25	82	10	185	38	6	24	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51414071--51414160	27	3.3	26	76	6	90	32	11	16	40	1.84
51414055--51414158	54	1.9	53	82	5	129	30	11	19	38	1.87
51416868--51416931	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
51417124--51417332	22	9.0	22	85	13	246	26	23	21	28	1.99
51417151--51417332	45	3.9	46	93	4	287	27	23	20	28	1.99
51417391--51417447	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
51417379--51417449	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
51417384--51417438	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
51417486--51417533	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
51418673--51418770	27	3.7	27	86	8	107	22	25	21	30	1.99
51418688--51418770	27	3.1	27	89	6	125	20	26	21	31	1.98
51418832--51418882	27	1.9	27	88	11	79	35	11	11	41	1.78
51418914--51419075	27	6.0	27	77	9	161	32	9	18	40	1.82
51418921--51419098	53	3.4	51	83	6	185	30	8	19	41	1.82
51418921--51419112	80	2.4	80	87	1	260	30	8	20	40	1.83
51419091--51419269	27	6.8	27	87	2	215	38	7	24	30	1.82
51418921--51419139	80	2.7	80	84	1	197	32	9	19	38	1.83
51419275--51419362	26	3.3	26	81	7	106	32	10	17	39	1.83
51419275--51419377	26	3.9	26	81	7	100	34	9	16	38	1.82
51422064--51422127	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
51422319--51422484	23	7.0	23	89	6	235	26	22	21	29	1.99
51422542--51422598	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51422530--51422600	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
51422535--51422589	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
51422637--51422684	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
51423823--51423920	27	3.7	27	86	8	107	22	25	21	30	1.99
51423838--51423920	27	3.1	27	89	6	125	20	26	21	31	1.98
51423982--51424033	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
51424111--51424157	25	1.9	24	91	4	76	38	10	12	38	1.78
51424072--51424166	27	3.7	25	80	16	104	31	7	18	42	1.78
51424158--51424333	26	6.9	25	86	8	191	40	6	22	30	1.80
51424158--51424333	51	3.4	49	83	12	196	40	6	22	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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