genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92904086--92904636	105	5.3	105	80	4	540	33	12	18	35	1.89
92904086--92904636	209	2.6	210	80	3	610	33	12	18	35	1.89
92912017--92912084	32	2.1	32	94	0	118	22	58	11	7	1.57
92913577--92913616	12	3.4	12	89	3	55	15	5	2	77	1.04
92922195--92922233	18	2.2	18	90	0	60	56	2	2	38	1.27
92924202--92924368	43	3.9	43	75	6	160	30	23	14	31	1.95
92924202--92924364	86	1.9	85	84	3	220	30	23	15	31	1.95
92929551--92929674	61	2.0	61	95	0	221	16	13	16	53	1.74
92949757--92949982	113	2.0	113	98	0	434	25	17	25	32	1.97
92950046--92950114	25	2.8	25	78	8	77	27	24	21	26	1.99
92951807--92951892	20	4.3	20	83	0	91	12	22	16	48	1.79
92952937--92953112	38	4.5	38	81	5	183	31	25	21	21	1.98
92952937--92953100	78	2.1	78	82	4	206	33	25	19	21	1.97
92957720--92957768	24	2.0	26	88	11	77	38	0	0	61	0.96
92957720--92957778	24	2.5	23	79	15	68	38	0	0	61	0.96
92959517--92959691	87	2.0	87	97	0	332	30	16	21	32	1.95
92962366--92962390	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
92966397--92966526	43	3.0	44	80	6	133	26	16	25	31	1.97
92980540--92980573	9	3.8	9	96	0	59	26	0	0	73	0.83
92982158--92982208	21	2.4	22	81	15	63	60	9	5	23	1.50
92988148--92988172	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
92988209--92988240	16	1.9	17	93	6	57	31	0	9	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92988629--92988744	45	2.6	45	88	0	160	25	18	14	41	1.89
92988719--92988747	12	2.3	13	94	5	51	20	17	13	48	1.81
92994745--92994821	12	6.2	13	68	24	51	36	0	5	58	1.21
92994750--92994791	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
92994745--92994819	20	3.9	19	68	25	52	36	0	5	58	1.21
92995324--92995357	17	1.9	18	88	5	52	67	0	29	2	1.05
92996344--92996437	45	2.1	45	90	4	145	22	17	18	42	1.89
93001038--93001073	15	2.3	16	90	4	56	66	8	5	19	1.38
93002906--93003193	45	6.4	46	67	14	136	27	22	19	30	1.98
93002906--93003108	91	2.3	90	83	5	241	28	22	19	29	1.98
93003181--93003594	223	1.9	222	89	2	652	26	28	17	26	1.98
93003305--93003594	44	6.5	44	73	10	180	27	30	17	24	1.97
93003164--93003627	223	2.1	217	82	7	599	26	29	17	26	1.97
93003349--93003910	178	3.2	178	89	1	804	26	26	18	28	1.98
93003750--93004044	134	2.2	134	89	0	446	26	24	18	30	1.98
93003573--93004152	312	1.9	312	88	0	874	26	26	17	29	1.98
93005431--93005512	25	3.2	25	80	10	78	18	0	6	75	1.00
93005430--93005519	14	6.8	13	73	15	51	16	0	7	75	1.02
93005441--93005518	7	10.9	7	81	8	68	17	0	6	75	1.00
93006063--93006114	19	2.7	19	77	20	54	13	3	0	82	0.80
93006068--93006133	7	10.3	6	83	3	51	10	6	1	81	0.92
93006059--93006127	21	3.5	20	76	11	70	11	4	2	81	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93006083--93006121	7	5.4	7	96	3	69	12	2	0	84	0.72
93011003--93011054	24	2.2	24	82	6	61	67	0	3	28	1.08
93011354--93011405	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
93011641--93011675	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
93011738--93011789	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
93011627--93012154	120	4.4	120	96	0	936	49	5	2	42	1.38
93012193--93012275	40	2.2	40	91	6	136	59	12	6	22	1.55
93015425--93015460	15	2.3	16	90	4	56	66	8	5	19	1.38
93017517--93017571	24	2.3	24	82	14	78	76	3	3	16	1.07
93017500--93017567	6	11.2	6	76	9	66	76	5	2	14	1.09
93019231--93019269	20	2.0	20	84	0	51	17	46	17	17	1.85
93019458--93019516	30	2.0	30	86	0	82	15	20	33	30	1.93
93023990--93024046	15	3.6	15	77	11	60	36	19	3	40	1.69
93024076--93024116	21	2.0	21	90	0	64	53	4	0	41	1.22
93024076--93024125	21	2.5	20	80	6	57	52	8	0	40	1.31
93026800--93026865	22	3.2	22	62	16	59	34	4	4	56	1.40
93026800--93026891	40	2.3	40	96	3	170	35	4	4	55	1.40
93031200--93031256	22	2.5	23	86	11	73	63	1	12	22	1.38
93031409--93031437	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
93031594--93031656	25	2.5	24	80	10	63	53	1	7	36	1.40
93031647--93031761	3	39.0	3	74	3	81	58	1	9	30	1.40
93031695--93031801	12	8.2	13	75	12	69	61	2	7	28	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93033060--93033451	45	8.5	45	70	12	233	27	22	17	31	1.97
93033049--93033409	97	3.8	97	77	9	415	27	22	17	32	1.96
93033197--93033463	93	3.0	85	69	14	216	27	21	17	33	1.96
93033108--93033463	182	2.0	182	88	5	542	27	21	17	32	1.96
93033472--93033675	68	3.0	68	89	2	293	26	22	23	27	1.99
93033723--93033890	87	1.9	88	84	4	223	20	22	22	35	1.96
93033818--93033932	45	2.7	43	83	6	135	18	20	26	34	1.96
93046331--93046387	22	2.5	23	86	11	73	63	1	12	22	1.38
93046725--93046787	25	2.5	24	80	10	63	53	1	7	36	1.40
93046778--93046918	3	47.3	3	68	5	63	57	3	9	29	1.47
93051128--93051178	22	2.2	25	82	10	63	49	5	11	33	1.64
93053718--93053918	101	2.0	101	84	2	260	33	14	23	28	1.94
93055379--93055514	26	5.2	26	96	0	227	33	6	24	35	1.81
93056689--93056718	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
93057134--93057246	27	4.2	27	82	3	120	17	23	23	35	1.95
93057132--93057246	54	2.1	54	83	3	142	17	23	23	35	1.95
93060322--93060430	43	2.5	43	77	5	112	27	16	23	32	1.96
93061556--93061714	27	5.9	27	81	11	175	34	22	23	19	1.96
93061574--93061717	54	2.7	54	93	2	236	34	23	23	18	1.96
93063312--93063419	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
93067119--93067148	11	2.7	11	94	0	51	40	0	10	50	1.36
93067123--93067161	20	2.1	17	86	13	51	38	0	10	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93067282--93067393	37	2.8	39	78	9	129	25	16	25	33	1.95
93067530--93067567	19	2.0	19	85	10	51	42	0	26	31	1.56
93087197--93087276	23	3.7	21	67	21	58	53	1	6	38	1.34
93087170--93087276	42	2.6	42	78	11	100	50	0	6	42	1.34
93088516--93088590	31	2.5	30	80	8	82	28	6	4	61	1.39
93088782--93088845	18	3.4	18	72	19	67	42	1	4	51	1.32
93088775--93088852	39	2.0	39	97	0	147	42	2	3	51	1.34
93090715--93090828	47	2.4	47	88	2	158	21	19	20	39	1.93
93104232--93104402	45	3.9	45	86	3	215	25	29	22	22	1.99
93107809--93108054	49	5.0	49	85	3	285	28	27	18	25	1.98
93116218--93116274	22	2.6	23	86	10	68	42	1	5	50	1.35
93116232--93116274	22	1.9	23	95	4	79	41	0	6	51	1.29
93116349--93116398	3	16.7	3	84	12	59	68	6	0	26	1.13
93118131--93118299	46	3.7	46	74	13	166	31	26	18	23	1.97
93118135--93118306	93	1.8	93	91	0	281	30	26	19	23	1.98
93120971--93121039	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
93120962--93121049	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
93124331--93124371	3	13.7	3	94	0	73	63	2	0	34	1.08
93126349--93126380	16	2.0	16	100	0	64	56	12	6	25	1.59
93132363--93132396	10	3.6	9	88	11	50	52	2	2	41	1.31
93133473--93133564	45	2.0	45	100	0	184	29	18	13	39	1.88
93134520--93134559	21	1.9	21	85	10	55	55	0	25	20	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93135545--93135649	47	2.2	47	91	0	174	25	15	13	45	1.82
93138289--93138329	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
93138513--93138551	18	2.2	18	86	9	53	17	0	12	69	1.19
93138506--93138552	19	2.5	18	77	19	51	21	0	10	68	1.20
93144665--93144690	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
93150886--93150953	34	2.0	34	97	0	127	26	27	8	36	1.86
93151911--93152194	146	1.9	146	86	2	401	16	19	17	45	1.85
93152586--93152630	22	2.1	22	84	12	58	20	0	13	66	1.24
93154420--93154463	18	2.4	18	92	0	70	38	15	13	31	1.87
93154572--93154681	51	2.1	53	84	5	143	39	21	21	17	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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