genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19678771--19678868	24	4.0	25	77	9	112	36	7	2	54	1.40
19678771--19678867	48	2.0	49	88	6	144	37	6	2	54	1.37
19686024--19686355	38	8.0	38	73	16	241	29	14	25	31	1.94
19686104--19686355	123	2.0	123	93	0	432	29	14	25	31	1.94
19687063--19687210	74	2.0	74	98	0	287	51	4	13	30	1.61
19687097--19687210	37	3.1	37	71	18	128	50	6	13	29	1.65
19690539--19690594	28	2.0	28	100	0	112	28	17	14	39	1.89
19691376--19691415	21	1.9	21	100	0	80	50	10	20	20	1.76
19692377--19692418	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
19695226--19695472	38	6.0	38	77	15	260	29	14	25	30	1.95
19695174--19695465	85	3.4	85	97	0	548	29	14	24	30	1.95
19695264--19695427	47	3.7	47	79	14	220	29	14	24	31	1.95
19700981--19701023	16	2.6	16	77	3	50	34	2	2	60	1.22
19718185--19718243	23	2.6	23	83	5	75	42	27	15	15	1.86
19725374--19725450	28	2.8	28	89	0	127	29	28	10	31	1.90
19728262--19728349	30	2.9	30	86	6	99	23	31	25	19	1.98
19728262--19728339	30	2.6	29	88	8	104	26	30	24	17	1.97
19733532--19733666	35	3.7	37	76	10	134	32	12	22	32	1.91
19738852--19738888	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
19742228--19742358	35	3.6	37	76	14	146	33	12	21	32	1.90
19742242--19742350	40	2.9	37	76	14	107	33	13	20	32	1.92
19752562--19752908	170	2.0	171	94	0	606	32	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19755341--19755367	11	2.5	11	100	0	54	48	0	14	37	1.45
19764431--19764482	27	2.0	25	82	14	61	36	9	19	34	1.84
19764471--19764554	36	2.3	36	85	4	107	34	17	16	30	1.93
19764507--19765092	134	4.4	134	83	2	712	37	13	16	31	1.89
19764536--19765097	268	2.1	267	87	2	786	37	13	16	31	1.88
19770622--19770688	33	2.0	33	97	0	125	46	11	10	31	1.75
19776930--19776972	20	2.2	20	91	0	68	27	6	9	55	1.57
19777478--19777793	160	2.0	150	84	6	346	45	8	4	42	1.53
19780599--19780653	22	2.4	23	82	11	69	43	10	5	40	1.63
19781390--19781414	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19785835--19785860	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
19805143--19805232	45	2.0	45	100	0	180	37	4	4	53	1.41
19812188--19812233	20	2.3	20	96	0	83	17	23	8	50	1.74
19814132--19814167	14	2.6	14	95	0	63	33	22	0	44	1.53
19814455--19814522	29	2.3	30	87	5	93	50	2	17	29	1.61
19814765--19814798	14	2.3	15	95	5	61	26	0	0	73	0.83
19816952--19816983	12	2.5	13	90	10	57	37	15	0	46	1.46
19817355--19817446	44	2.1	44	83	4	114	35	21	20	21	1.96
19820067--19820112	24	2.0	23	83	12	58	15	6	4	73	1.19
19820758--19820808	23	2.3	21	80	12	59	66	7	0	25	1.18
19822728--19822817	3	31.3	3	74	14	57	27	7	1	63	1.29
19822987--19823141	3	51.7	3	71	10	84	30	4	5	59	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19822999--19823074	26	2.9	28	75	18	81	26	3	5	64	1.32
19823356--19823401	16	2.8	16	90	3	65	15	6	2	76	1.09
19830069--19830723	133	5.0	133	89	0	960	29	18	27	25	1.98
19830069--19830548	45	10.8	44	69	15	267	29	18	27	25	1.98
19830693--19830945	45	5.6	43	76	10	211	29	19	23	27	1.98
19832391--19832483	3	31.3	3	71	18	54	30	5	2	62	1.29
19832389--19832419	16	1.9	16	93	0	53	25	6	0	67	1.14
19832583--19832763	3	59.3	3	68	20	83	30	4	2	62	1.27
19832968--19833009	13	3.2	13	83	9	50	19	7	0	73	1.05
19835636--19835740	30	3.5	30	78	10	106	18	13	17	51	1.76
19835680--19835742	24	2.6	24	76	0	63	17	14	19	49	1.80
19842358--19842430	24	3.0	24	87	2	110	17	24	4	53	1.61
19854328--19854377	9	5.6	9	85	0	64	44	22	8	26	1.80
19854397--19854443	6	7.5	6	86	9	67	17	0	4	78	0.90
19856551--19856601	26	1.9	27	88	4	77	33	0	3	62	1.13
19856553--19856582	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
19859087--19859136	22	2.2	23	86	10	68	40	0	2	58	1.10
19868085--19868243	59	2.6	61	85	10	202	45	0	2	50	1.19
19870970--19871026	24	2.3	23	77	17	60	61	7	0	31	1.23
19880447--19881772	663	2.0	663	90	0	2109	31	20	16	31	1.94
19884719--19884846	44	3.0	41	74	15	125	21	17	25	35	1.95
19887497--19887654	78	2.0	78	92	0	262	28	10	21	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19891743--19891849	44	2.5	42	82	8	110	23	19	23	33	1.97
19895635--19895669	6	5.8	6	96	0	61	37	28	0	34	1.58
19895864--19895895	13	2.4	14	90	10	50	0	25	0	75	0.81
19895962--19895996	8	4.4	8	100	0	70	37	0	0	62	0.95
19895956--19895998	13	3.1	13	81	18	59	37	0	0	62	0.95
19903525--19903563	15	2.7	15	88	4	53	61	2	2	33	1.23
19904474--19904498	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
19909191--19909251	31	2.0	31	83	6	79	39	11	16	32	1.84
19912401--19912513	27	4.2	27	78	10	106	23	26	12	38	1.90
19912590--19912722	45	2.9	46	84	2	169	20	18	15	45	1.85
19913763--19913833	26	2.8	26	95	2	126	14	33	0	52	1.42
19914086--19914159	37	2.0	37	100	0	148	43	13	24	18	1.86
19922611--19922831	40	5.7	40	86	6	269	24	21	28	25	1.99
19922701--19922864	80	2.1	78	84	6	206	26	20	28	25	1.99
19933990--19934213	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
19933990--19934213	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
19939489--19939518	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
19940536--19940585	25	2.0	25	100	0	100	48	20	20	12	1.80
19965752--19965871	48	2.5	48	82	2	145	29	20	14	35	1.92
19971492--19971561	34	2.1	34	91	0	113	32	24	21	21	1.98
19972576--19972638	16	3.7	17	83	10	76	41	4	1	52	1.32
19979532--19979570	20	2.0	20	85	10	53	23	0	30	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19981158--19981203	24	1.9	24	86	0	65	32	21	10	34	1.88
19982850--19982874	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
19993485--19993619	37	3.6	36	75	8	110	34	14	17	34	1.89
19999591--19999760	63	2.7	63	85	0	241	25	23	25	25	2.00
20002240--20002319	23	3.5	23	77	3	81	27	25	15	32	1.95
20002309--20002367	26	2.3	26	84	0	73	28	22	22	27	1.99
20009797--20009855	26	2.3	26	84	0	73	27	23	23	25	2.00
20013624--20013711	20	4.4	20	72	13	67	12	28	18	40	1.87
20013624--20013728	40	2.7	39	80	5	122	14	29	17	39	1.89
20015014--20015177	42	3.7	42	85	8	195	29	27	14	29	1.95
20015049--20015273	91	2.4	93	82	8	255	32	26	13	28	1.94
20015100--20015267	47	3.6	47	86	4	205	31	26	13	27	1.94
20015289--20015437	31	4.8	31	87	0	217	26	26	20	26	1.99
20015413--20015541	50	2.5	51	88	2	188	24	24	17	34	1.96
20020330--20020493	42	3.7	42	85	9	179	28	26	15	29	1.96
20020416--20020583	47	3.6	47	89	4	223	30	26	14	27	1.95
20020374--20020583	95	2.3	95	84	8	256	30	26	14	28	1.95
20020604--20020721	31	3.8	31	82	4	157	27	27	17	27	1.98
20020728--20020823	50	1.9	50	91	0	156	27	21	16	34	1.95
20032727--20032804	20	3.9	20	81	6	95	35	23	29	11	1.90
20036079--20036135	25	2.3	25	93	6	98	36	5	38	19	1.74
20037535--20037646	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20037535--20037646	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
20038977--20039045	34	2.0	34	97	0	129	37	36	2	23	1.70
20044526--20044558	17	2.0	17	88	5	50	6	9	27	57	1.53
20044514--20044558	16	2.8	16	83	6	56	4	11	20	64	1.42
20048109--20048163	28	2.0	28	96	0	101	34	12	7	45	1.70
20048794--20048860	34	2.0	34	100	0	134	8	13	5	71	1.29
20055713--20055788	31	2.5	31	77	16	86	6	18	2	72	1.18
20060773--20060829	30	1.9	30	96	0	105	38	12	12	36	1.80
20064480--20064510	16	2.0	16	93	6	55	29	32	6	32	1.83
20073267--20073304	18	2.1	18	95	0	67	36	34	5	23	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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