genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21772171--21772233	25	2.5	25	78	12	67	33	22	19	25	1.97
21779483--21779522	21	1.9	21	94	0	71	37	20	10	32	1.85
21779477--21779522	21	2.1	21	88	4	65	36	19	8	34	1.83
21781552--21782078	265	2.0	265	95	0	955	34	12	17	35	1.87
21786563--21786595	17	1.9	17	100	0	66	63	6	12	18	1.48
21789173--21789211	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
21789520--21789706	49	3.8	49	81	2	230	27	18	24	29	1.98
21789515--21789702	100	1.9	100	94	0	331	27	19	24	29	1.98
21797864--21797888	13	1.9	13	100	0	50	64	0	28	8	1.22
21798291--21798327	19	1.9	19	88	0	56	16	10	29	43	1.82
21799393--21799445	20	2.7	20	87	0	70	15	30	28	26	1.96
21812823--21813092	47	5.8	48	79	9	247	22	28	18	29	1.98
21812876--21813082	46	4.4	45	80	8	202	22	28	18	29	1.98
21812823--21813082	140	1.9	141	84	5	357	23	28	18	29	1.98
21819116--21819328	46	4.5	48	78	10	181	22	28	19	29	1.98
21826997--21827115	42	2.8	42	84	0	148	28	15	26	30	1.96
21827103--21827484	196	1.9	196	96	0	701	29	13	23	32	1.94
21836970--21837042	33	2.1	36	90	7	116	58	8	2	30	1.41
21837170--21837228	23	2.5	23	72	8	57	55	1	0	42	1.09
21843730--21843839	43	2.4	46	83	7	136	25	24	20	29	1.99
21843870--21843918	26	2.0	23	88	11	71	57	6	8	28	1.52
21844078--21844141	19	3.4	19	80	2	58	68	6	3	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21855112--21855150	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
21855731--21855779	24	2.0	24	96	0	89	42	4	2	51	1.32
21856464--21856541	41	1.9	40	89	2	120	20	23	20	35	1.96
21861341--21861399	25	2.4	26	77	11	70	62	0	0	37	0.95
21861379--21861417	20	2.0	20	90	5	62	58	0	0	41	0.98
21861348--21861416	27	2.7	24	79	16	75	62	0	0	37	0.96
21866710--21866758	25	2.0	25	87	0	71	12	16	20	51	1.76
21871297--21871388	46	2.0	46	97	0	175	22	15	18	43	1.87
21878758--21878856	49	2.0	49	98	0	189	43	5	25	26	1.75
21882195--21882228	14	2.4	14	100	0	68	47	5	14	32	1.69
21890459--21890613	43	3.6	43	93	1	258	10	24	32	31	1.90
21896598--21896634	6	6.5	6	81	12	51	81	2	0	16	0.81
21896598--21896634	11	3.3	11	88	3	56	81	2	0	16	0.81
21896598--21896634	17	2.2	16	95	4	65	81	2	0	16	0.81
21903369--21903444	37	2.1	37	97	0	143	30	6	32	30	1.83
21908395--21908481	43	2.0	43	82	12	108	27	29	19	22	1.98
21913183--21913228	24	1.9	24	86	8	67	69	10	6	13	1.35
21913405--21913488	33	2.5	33	82	0	114	20	27	17	34	1.95
21914846--21914885	20	1.9	22	85	10	57	67	7	2	22	1.28
21915865--21915907	18	2.4	19	80	11	54	16	2	6	74	1.14
21918689--21918735	6	7.7	6	83	4	58	78	2	2	17	0.94
21924086--21924676	47	12.6	47	95	0	993	31	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21924244--21924317	22	3.2	22	63	10	58	28	12	31	28	1.93
21927388--21927426	15	2.5	15	83	8	51	58	2	5	33	1.33
21928354--21928429	2	38.0	2	86	0	89	1	56	0	42	1.07
21928354--21928423	12	5.8	12	93	0	113	0	58	0	41	0.98
21931130--21931332	68	3.0	69	81	3	234	28	10	21	39	1.86
21936821--21936869	16	2.9	17	77	19	57	18	8	46	26	1.76
21940459--21940504	21	2.2	20	84	3	56	34	0	2	63	1.07
21943313--21943525	108	2.0	108	92	0	354	44	16	10	27	1.81
21947814--21947861	21	2.3	20	83	13	62	47	2	8	41	1.45
21949456--21949489	6	5.7	6	92	0	59	14	29	0	55	1.40
21956130--21956160	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
21960368--21960407	21	2.0	21	90	5	64	25	15	17	42	1.88
21978777--21979023	55	4.7	53	79	8	220	36	18	23	21	1.95
21979223--21979253	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
21987529--21987570	21	2.0	21	95	0	75	54	0	21	23	1.44
21988256--21988343	43	2.0	43	97	0	167	35	0	7	56	1.28
22008874--22008949	39	2.0	38	82	7	91	22	23	27	26	1.99
22011813--22012382	286	2.0	287	89	0	863	38	13	11	36	1.81
22014745--22014783	16	2.4	16	87	8	53	30	25	7	35	1.84
22015685--22015854	84	2.0	84	100	0	340	30	16	11	41	1.84
22019765--22019875	27	4.1	27	83	4	125	31	14	29	24	1.94
22019770--22019816	14	3.4	14	72	16	53	34	8	31	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22019771--22019874	54	1.9	54	88	0	154	32	13	28	25	1.93
22019775--22019915	27	5.2	27	80	5	115	33	15	29	21	1.95
22019843--22019925	27	3.1	26	74	6	67	30	20	31	18	1.96
22021716--22021987	145	1.9	146	87	3	406	38	11	9	40	1.74
22045840--22045881	20	2.1	20	90	0	66	57	0	42	0	0.99
22062328--22062680	47	7.6	47	88	6	490	33	9	30	26	1.88
22065230--22065418	40	4.8	40	94	3	339	24	22	28	24	1.99
22065230--22065418	78	2.4	80	97	2	357	24	22	28	24	1.99
22065399--22065438	20	2.0	20	100	0	80	30	30	20	20	1.97
22065359--22065478	60	2.0	60	95	0	213	25	23	25	25	2.00
22065419--22065519	40	2.5	40	93	0	184	25	22	26	24	2.00
22065319--22065615	100	3.0	100	96	2	537	25	22	26	24	2.00
22065501--22065537	18	2.1	18	100	0	74	35	27	21	16	1.94
22065461--22065575	58	2.0	57	93	1	194	26	21	26	24	1.99
22065519--22065665	40	3.7	40	83	1	179	25	21	27	25	1.99
22066916--22067092	85	2.1	85	96	2	331	37	8	27	26	1.85
22068352--22068709	47	7.6	47	91	2	524	33	9	29	27	1.89
22068352--22068709	141	2.5	142	91	3	589	33	9	29	27	1.89
22076840--22076898	28	2.1	28	100	0	118	52	16	3	27	1.60
22082310--22082861	43	12.7	43	71	11	311	21	21	20	35	1.96
22082270--22082692	87	4.8	87	78	6	451	21	21	21	35	1.96
22082270--22082777	132	3.9	132	78	7	509	21	21	21	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22082301--22082643	175	1.9	176	83	4	433	21	20	21	36	1.96
22082661--22082941	87	3.2	87	84	3	354	21	23	20	34	1.97
22082310--22082941	43	14.5	43	68	10	309	21	21	21	35	1.96
22083024--22083147	64	1.9	64	90	0	194	36	13	17	32	1.89
22087492--22087537	9	4.8	10	77	17	53	50	13	17	19	1.78
22087492--22087537	19	2.4	19	85	7	58	50	13	17	19	1.78
22089973--22090038	29	2.3	30	79	12	75	59	3	6	31	1.37
22092480--22092510	12	2.6	12	94	0	53	22	19	9	48	1.78
22093761--22093968	103	2.0	103	100	0	416	35	16	16	32	1.91
22104819--22104848	11	2.6	12	94	5	53	43	20	0	36	1.52
22107359--22107393	18	1.9	18	94	0	61	31	5	25	37	1.80
22107606--22107648	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
22110294--22110331	19	1.9	19	89	5	58	31	7	2	57	1.41
22110543--22110617	26	3.2	24	81	10	75	70	2	0	26	1.00
22110573--22110617	21	2.2	21	88	4	65	71	2	0	26	0.98
22110582--22110627	21	2.2	21	84	3	58	71	4	2	21	1.14
22112944--22113069	63	2.0	63	98	0	243	34	15	4	45	1.67
22123254--22123309	20	2.9	18	81	10	58	28	0	5	66	1.14
22131157--22131334	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22131178--22131333	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22149081--22149195	27	4.3	26	85	5	140	37	22	22	17	1.94
22149081--22149195	54	2.1	54	91	3	187	37	22	22	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22154159--22154194	18	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
22156314--22156428	42	2.7	42	81	6	126	47	18	17	16	1.82
22156356--22156423	21	3.2	21	70	4	66	50	17	16	16	1.79
22156409--22156447	20	1.9	20	84	5	51	35	15	20	28	1.93
22172529--22172568	4	10.0	4	94	0	71	25	22	0	52	1.47
22172531--22172579	16	3.1	16	90	0	71	22	22	2	53	1.57
22181999--22182245	45	5.6	45	87	4	333	25	29	21	22	1.99
22185681--22185707	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
22189815--22189967	43	3.6	44	84	5	188	33	26	12	28	1.92
22194494--22194549	28	2.0	28	100	0	112	46	10	14	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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