genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59308774--59308857	28	3.0	28	87	1	114	19	20	39	21	1.93
59312614--59312743	49	2.6	49	86	6	174	25	30	17	26	1.97
59312820--59312938	46	2.6	46	79	14	129	29	28	15	26	1.96
59320390--59320556	46	3.6	47	78	9	157	26	29	18	25	1.98
59320334--59320599	94	2.8	91	75	7	241	25	28	18	27	1.98
59322841--59322880	20	2.0	21	90	5	64	82	5	0	12	0.82
59329292--59329333	17	2.5	17	92	0	66	30	2	19	47	1.62
59330485--59330512	9	3.1	9	100	0	56	10	0	32	57	1.33
59334200--59334343	52	2.7	53	79	5	159	43	3	11	41	1.58
59335885--59335963	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
59336082--59336572	47	10.4	47	94	0	793	29	28	8	32	1.87
59337950--59338027	28	2.7	29	86	4	104	28	33	15	23	1.95
59338009--59338107	41	2.4	40	89	6	144	29	35	15	20	1.93
59339951--59340029	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
59340148--59340633	47	10.4	47	94	1	811	29	29	8	32	1.87
59350052--59350195	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
59356650--59356696	21	2.2	22	77	11	53	51	12	17	19	1.77
59361429--59361492	28	2.3	28	88	0	101	15	31	26	26	1.96
59363073--59363269	55	3.6	54	79	7	213	22	22	17	37	1.94
59363248--59363369	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
59371602--59371825	40	5.6	40	81	6	249	25	24	26	23	2.00
59371602--59371861	79	3.3	80	82	4	303	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59371602--59371861	119	2.2	120	84	5	332	25	24	26	23	2.00
59379792--59380002	40	5.3	39	77	6	169	27	23	25	23	2.00
59379792--59380002	80	2.7	80	78	8	216	27	23	25	23	2.00
59394194--59394255	22	2.9	22	85	7	74	22	27	38	11	1.88
59398191--59398434	122	2.0	122	97	0	461	38	11	16	33	1.85
59408161--59408892	366	2.0	366	98	0	1428	28	20	15	34	1.93
59409007--59409196	93	2.1	93	98	1	373	37	16	9	35	1.82
59412854--59412995	74	1.9	72	88	5	214	41	12	6	39	1.69
59416351--59416676	49	6.6	49	74	15	235	27	19	28	23	1.98
59416167--59416676	50	10.6	49	75	13	357	27	19	29	23	1.98
59416317--59416676	99	3.7	99	86	3	498	27	19	29	23	1.98
59424136--59424220	22	3.9	22	78	4	91	42	16	22	18	1.89
59424714--59424929	27	8.0	27	80	4	202	30	13	19	36	1.90
59424714--59424929	81	2.7	78	84	5	270	30	13	19	36	1.90
59424720--59424937	54	4.0	54	85	2	260	30	13	20	35	1.91
59425833--59425857	10	2.5	10	100	0	50	48	32	20	0	1.50
59437527--59437562	18	2.0	18	100	0	72	55	0	11	33	1.35
59443176--59443261	27	3.2	27	72	6	75	39	19	20	19	1.93
59443626--59443893	27	10.0	26	75	9	130	33	10	18	36	1.86
59443741--59443896	80	1.9	81	83	3	199	33	10	17	37	1.85
59443686--59443896	54	3.9	55	80	7	173	34	9	18	37	1.84
59455533--59455589	29	2.0	29	85	0	78	33	17	24	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59455578--59455801	30	7.5	30	76	6	102	39	12	25	23	1.89
59455632--59455712	29	2.7	30	84	3	110	37	12	25	24	1.91
59456138--59456171	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
59457472--59457677	40	5.2	40	92	0	324	23	22	26	27	2.00
59464906--59464980	28	2.7	28	85	0	96	34	13	24	28	1.93
59471648--59471729	28	3.0	28	85	3	105	37	10	23	28	1.88
59494646--59494798	29	5.4	29	74	12	131	26	15	31	26	1.95
59494658--59494792	57	2.4	57	79	9	134	25	16	33	25	1.96
59502419--59502563	29	5.1	28	77	4	132	28	13	30	26	1.94
59504292--59504594	40	7.6	40	89	2	396	26	28	20	24	1.99
59511138--59511175	20	1.9	20	84	10	51	65	0	7	26	1.19
59511119--59511187	25	2.5	28	77	11	72	59	2	5	31	1.36
59520113--59520149	15	2.5	15	86	0	56	18	27	21	32	1.97
59530053--59530088	19	1.9	19	88	5	56	19	11	8	61	1.54
59537981--59538012	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
59538223--59538808	50	11.6	50	77	5	507	31	25	16	26	1.96
59538324--59538806	101	4.8	101	80	4	501	32	26	15	25	1.96
59538383--59538804	203	2.1	203	92	0	702	33	26	14	25	1.95
59539160--59539206	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
59559174--59559206	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
59561100--59561253	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
59561100--59561278	56	3.2	55	90	3	268	33	28	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59567122--59567365	40	6.1	40	90	1	366	24	20	25	29	1.99
59570364--59570410	6	7.8	6	92	0	76	17	4	0	78	0.90
59570367--59570430	18	3.5	17	81	12	74	18	4	0	76	0.95
59570365--59570430	24	2.7	24	84	11	73	19	4	0	75	0.97
59573334--59573366	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
59573656--59573692	11	3.5	11	96	3	67	62	0	37	0	0.96
59577395--59577567	46	3.7	46	74	10	172	23	20	25	30	1.98
59577392--59577562	93	1.8	93	89	0	270	22	21	26	29	1.99
59584631--59584711	28	2.9	28	83	1	99	25	16	33	24	1.96
59585011--59585269	27	9.7	27	80	6	276	38	17	9	33	1.83
59585011--59585269	53	4.8	54	80	5	276	38	17	9	33	1.83
59585011--59585269	80	3.2	80	84	2	333	38	17	9	33	1.83
59585247--59585309	27	2.3	27	80	2	72	41	12	11	34	1.79
59592573--59592625	26	2.0	26	100	0	106	32	22	18	26	1.97
59592605--59592758	56	2.8	56	84	0	209	35	24	14	26	1.93
59597108--59597276	39	4.3	40	88	8	240	26	21	26	25	2.00
59597108--59597296	79	2.4	79	85	7	251	26	21	26	24	1.99
59604852--59605003	40	3.8	40	83	10	170	28	19	26	25	1.99
59615477--59615551	38	2.0	38	97	0	141	29	21	13	36	1.91
59617006--59617056	24	2.1	24	100	0	102	33	13	23	29	1.93
59621537--59621576	17	2.3	17	95	4	71	50	0	7	42	1.30
59622815--59622858	22	2.0	22	86	0	61	52	9	4	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59625500--59625526	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
59632701--59632753	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
59645621--59646276	41	14.5	41	65	21	192	32	19	19	27	1.96
59645658--59646281	45	13.7	45	68	13	292	33	19	19	27	1.96
59645628--59646385	137	5.5	137	92	1	1207	33	19	20	27	1.96
59646312--59646444	62	2.1	62	83	0	167	36	21	21	21	1.96
59646182--59646563	199	1.9	199	85	0	530	33	20	20	25	1.97
59648183--59648235	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
59650417--59650441	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
59656468--59656517	24	2.1	24	96	0	91	50	4	2	44	1.32
59656797--59656833	19	1.9	19	88	0	56	45	13	0	40	1.43
59658593--59658659	28	2.4	28	87	0	98	11	40	22	25	1.88
59659650--59659818	46	3.6	45	76	10	137	24	28	19	27	1.98
59661090--59661158	31	2.2	31	87	10	97	44	4	18	31	1.69
59669861--59669965	43	2.5	43	81	4	124	27	17	25	29	1.97
59670513--59670570	24	2.4	23	91	8	98	20	8	32	37	1.83
59672787--59672811	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
59679905--59679940	15	2.3	15	90	4	54	22	8	8	61	1.51
59687062--59687114	26	2.0	26	96	0	97	28	18	0	52	1.46
59691166--59691267	24	4.2	24	89	0	141	17	17	21	43	1.88
59692609--59692642	16	2.1	16	100	0	68	41	5	47	5	1.52
59697480--59697524	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59713822--59714016	90	2.2	90	77	5	207	34	13	18	33	1.90
59719542--59719644	22	4.6	23	85	6	131	14	28	20	36	1.92
59719821--59719875	9	6.3	9	74	16	53	40	9	12	38	1.75
59719846--59719885	18	2.2	18	86	0	53	40	7	15	37	1.75
59727306--59727360	9	6.3	9	74	16	53	40	7	12	40	1.71
59727331--59727370	18	2.2	18	86	0	53	42	5	15	37	1.68
59731666--59731885	46	4.8	46	92	1	316	40	14	23	21	1.89
59737132--59737319	49	3.8	48	79	6	223	28	25	18	27	1.98
59737137--59737318	100	1.8	100	95	0	328	28	25	19	26	1.98
59741433--59741484	25	2.1	24	82	13	61	57	1	0	40	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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