genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75709318--75709360	15	2.7	15	89	7	59	67	0	4	27	1.10
75710883--75711029	75	2.0	75	95	0	267	26	19	18	36	1.94
75711001--75711163	81	2.0	81	98	0	317	22	23	3	50	1.65
75713829--75713873	22	2.0	22	82	0	54	24	22	28	24	1.99
75715197--75715994	44	17.6	44	74	9	514	31	21	15	31	1.94
75715229--75715994	95	8.4	93	73	11	392	31	21	14	31	1.94
75715240--75715907	139	4.8	138	83	4	715	31	21	14	31	1.94
75715518--75715994	89	5.3	88	76	9	374	32	21	13	32	1.92
75715229--75715994	139	5.6	133	79	7	418	31	21	14	31	1.94
75721587--75721705	40	2.9	41	79	9	125	25	13	28	32	1.93
75729053--75729089	19	2.0	18	94	5	65	59	2	10	27	1.44
75737638--75737672	14	2.5	14	85	0	52	60	0	0	40	0.97
75740729--75740789	20	3.2	20	72	23	67	39	1	1	57	1.18
75740734--75740800	20	3.4	20	71	8	66	43	1	1	53	1.19
75744269--75744297	12	2.3	13	94	5	51	24	3	6	65	1.33
75750424--75750472	12	4.1	12	79	10	55	24	6	8	61	1.47
75750418--75750472	18	3.1	18	79	10	67	25	7	7	60	1.49
75750551--75750668	48	2.5	48	90	0	146	23	13	18	44	1.86
75750629--75750808	89	2.0	89	94	0	315	27	12	18	41	1.87
75753751--75753784	16	2.1	16	94	0	59	41	8	5	44	1.60
75755396--75755451	28	2.0	28	100	0	112	17	21	17	42	1.89
75760994--75761045	26	2.0	27	84	3	70	40	19	5	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75761256--75761335	23	3.5	22	76	5	79	36	21	25	17	1.95
75761268--75761333	23	2.9	23	79	2	80	37	22	25	13	1.91
75761255--75761344	23	4.0	22	73	11	74	36	21	24	17	1.94
75762596--75762638	22	2.0	22	100	0	86	16	23	9	51	1.73
75762706--75762766	29	2.1	28	87	3	86	26	6	13	54	1.63
75763415--75763461	21	2.2	21	85	7	60	40	36	14	8	1.77
75764543--75764590	3	16.3	3	80	4	53	2	37	0	60	1.09
75764536--75764598	29	2.2	29	82	2	83	1	33	0	65	1.03
75765669--75765718	26	2.0	25	84	4	64	28	0	8	64	1.22
75766124--75766177	26	2.2	25	83	6	65	70	1	0	27	0.98
75766453--75766520	16	4.2	16	94	3	111	29	0	32	38	1.58
75766650--75766959	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
75766713--75766962	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
75768398--75768459	21	3.0	21	85	4	81	17	9	0	72	1.10
75768703--75768733	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
75768710--75768875	74	2.4	67	75	9	156	29	6	6	57	1.48
75775102--75775147	3	15.0	3	90	4	74	32	2	0	65	1.05
75782860--75783065	3	67.3	3	66	17	50	30	8	2	58	1.41
75783400--75783468	3	24.0	3	72	8	54	31	5	1	60	1.29
75783424--75783467	20	2.3	19	88	4	61	31	2	2	63	1.19
75786445--75786475	16	1.9	16	93	0	53	45	16	25	12	1.83
75786435--75786481	16	2.9	16	75	12	51	42	17	25	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75786431--75786481	24	2.1	24	88	0	75	47	15	23	13	1.82
75786717--75786800	29	2.9	29	78	15	93	28	14	26	30	1.95
75794346--75794383	15	2.5	15	91	0	58	36	13	23	26	1.91
75799690--75799960	138	2.0	138	88	1	400	17	22	13	47	1.82
75800941--75800992	14	3.4	14	74	23	50	3	19	0	76	0.93
75800929--75800992	33	2.0	33	87	3	94	6	20	0	73	1.04
75810182--75810210	13	2.1	14	93	6	51	41	3	20	34	1.69
75810413--75810439	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
75812330--75812384	29	1.9	28	92	3	92	20	18	29	32	1.96
75820025--75820208	40	4.6	39	78	9	167	26	27	21	24	1.99
75819990--75820208	79	2.8	77	80	8	201	26	26	20	26	1.99
75824874--75825092	93	2.3	93	91	3	359	23	29	26	20	1.99
75825978--75826027	7	7.0	7	80	13	57	24	4	2	70	1.15
75827613--75827675	6	10.5	6	92	0	99	15	3	1	79	0.94
75838208--75838251	20	2.1	21	87	4	63	50	6	9	34	1.61
75838229--75838320	26	3.6	26	74	9	75	54	5	8	31	1.54
75838263--75838366	45	2.3	46	76	17	110	56	4	5	32	1.44
75838375--75838523	24	6.5	24	69	21	88	53	6	4	36	1.47
75838562--75838629	24	2.9	24	77	2	75	58	4	2	33	1.33
75838562--75838659	22	4.1	23	75	17	85	57	5	3	34	1.36
75838773--75838849	24	3.3	24	73	23	83	61	3	2	32	1.28
75838728--75838849	22	5.2	23	70	20	83	57	3	4	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75838832--75838865	16	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
75838850--75838912	27	2.3	27	86	10	85	57	4	3	34	1.36
75838857--75838929	24	2.9	24	80	15	69	54	5	2	36	1.38
75838995--75839054	18	3.2	19	83	9	70	61	5	0	33	1.17
75839007--75839058	3	17.3	3	84	7	70	65	3	0	30	1.10
75840609--75840662	21	2.6	21	84	0	72	27	35	11	25	1.90
75840842--75840878	13	2.7	14	87	8	58	62	8	10	18	1.52
75840841--75840889	14	3.6	14	83	10	66	59	6	10	24	1.53
75840859--75841308	88	5.2	88	83	8	593	36	19	17	26	1.93
75840975--75841461	88	6.0	79	81	11	433	34	20	16	27	1.95
75841217--75841461	79	3.2	74	82	10	271	35	20	16	27	1.94
75841441--75841477	13	2.7	14	87	8	58	62	8	10	18	1.52
75841440--75841488	14	3.6	14	83	10	66	59	6	10	24	1.53
75841076--75842314	430	2.9	430	83	9	1506	36	19	16	27	1.93
75841471--75841634	87	1.9	87	93	3	285	35	20	16	26	1.94
75841457--75841650	88	2.2	87	87	3	291	39	18	16	25	1.91
75840872--75842161	342	3.7	336	87	8	1671	36	19	16	27	1.93
75841559--75841803	79	3.2	74	83	10	298	35	20	17	26	1.95
75841586--75841891	79	3.8	78	80	9	327	35	20	16	27	1.94
75841727--75841904	88	2.0	86	86	5	241	39	19	14	27	1.90
75841727--75842219	78	5.7	84	75	14	334	36	20	16	26	1.93
75841870--75841919	14	3.6	14	78	5	57	62	4	8	26	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75841786--75842008	102	2.2	103	88	2	333	45	17	13	23	1.84
75841976--75842008	15	2.2	15	100	0	66	69	6	12	12	1.35
75842006--75842295	78	3.7	79	90	3	437	32	21	17	28	1.96
75847843--75847881	18	2.1	19	90	4	62	43	5	10	41	1.61
75848729--75848798	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
75853693--75853734	22	1.9	22	85	0	57	54	4	16	23	1.61
75857691--75857734	20	2.1	21	87	4	63	50	6	9	34	1.61
75857712--75857773	26	2.4	26	75	2	72	51	6	9	32	1.60
75857860--75858150	24	12.8	23	67	20	107	54	5	4	35	1.46
75858051--75858138	22	3.9	21	73	20	70	59	5	2	32	1.34
75858054--75858150	22	4.2	22	72	19	65	57	5	3	34	1.36
75858214--75858340	47	2.7	47	84	11	156	58	2	3	35	1.30
75858216--75858338	22	5.2	23	70	20	85	58	2	4	34	1.30
75858320--75858354	16	2.2	16	90	10	54	68	0	0	31	0.90
75858346--75858404	25	2.3	26	80	8	68	57	5	3	33	1.37
75858339--75858401	27	2.3	28	84	13	87	58	4	3	33	1.35
75858466--75858511	23	2.2	20	84	11	56	54	8	2	34	1.43
75858512--75858544	3	11.0	3	93	0	57	63	3	0	33	1.10
75858698--75858767	29	2.4	29	80	7	70	47	18	14	20	1.83
75859060--75859098	20	1.9	21	89	5	62	2	12	0	84	0.72
75860872--75860909	20	1.9	20	94	0	67	18	5	28	47	1.70
75861582--75861625	22	2.0	22	100	0	88	40	0	18	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75862488--75862537	25	2.0	25	100	0	100	20	4	16	60	1.52
75863991--75864029	19	2.1	19	100	0	78	28	15	25	30	1.96
75866322--75866351	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
75869897--75869927	16	1.9	16	93	0	53	25	22	32	19	1.97
75890566--75890604	6	6.5	6	81	0	51	79	2	5	12	1.00
75893737--75893956	49	4.6	49	84	8	283	33	7	29	30	1.85
75893746--75893901	51	3.1	51	93	1	271	33	7	26	32	1.84
75912937--75912961	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
75918600--75918640	11	3.6	11	83	3	55	34	4	7	53	1.50
75922068--75922159	46	2.0	46	93	0	157	26	27	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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