genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  107  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35980828--35981161	144	2.3	146	82	4	399	28	19	27	24	1.98
35983393--35983446	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
35983465--35983591	27	4.7	27	83	0	148	25	17	18	38	1.92
35983476--35983591	54	2.2	53	90	1	178	26	17	16	39	1.90
35990243--35990293	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
35990930--35991074	27	5.4	27	85	3	184	26	21	17	34	1.95
36002658--36002833	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
36002655--36002826	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
36010154--36010329	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
36010151--36010322	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
36012174--36012279	42	2.5	42	76	10	108	33	25	17	23	1.97
36012162--36012325	44	3.8	43	76	15	142	32	26	18	22	1.97
36016374--36016551	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36016395--36016550	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36024564--36024741	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36024585--36024740	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36032436--36032518	41	2.0	41	95	0	148	31	13	30	25	1.93
36035558--36035588	16	1.9	16	93	0	53	48	25	19	6	1.72
36035822--36035930	28	3.9	28	77	9	114	31	12	30	25	1.93
36043472--36043523	24	2.2	23	89	3	77	53	25	15	5	1.63
36043472--36043523	8	6.6	8	80	10	63	53	25	15	5	1.63
36043473--36043527	16	3.4	16	94	0	92	52	25	16	5	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36043743--36043889	29	5.2	29	83	4	167	30	12	29	27	1.93
36043755--36043889	57	2.4	57	85	5	166	29	14	30	25	1.95
36052516--36052741	27	8.3	27	83	0	254	23	12	20	42	1.86
36052516--36052741	81	2.8	81	83	4	294	23	12	20	42	1.86
36053069--36053132	18	3.6	18	89	4	94	21	17	15	45	1.85
36057321--36057521	108	1.8	110	87	4	300	22	23	17	35	1.95
36057321--36057520	55	3.7	51	79	11	188	23	24	17	35	1.95
36059902--36060451	140	4.0	140	83	4	697	45	6	8	39	1.61
36059902--36060449	273	2.0	278	86	3	784	45	6	8	39	1.61
36060433--36060574	75	1.9	75	86	2	205	32	14	8	44	1.76
36071020--36071487	47	10.0	47	91	0	677	33	11	29	25	1.91
36071278--36071353	24	3.2	24	62	23	61	31	13	30	25	1.93
36071466--36071601	45	3.0	46	86	2	193	35	7	30	26	1.84
36073100--36073375	40	6.9	40	90	0	408	23	20	30	25	1.99
36077499--36077568	24	3.0	24	67	29	60	31	14	32	21	1.93
36077636--36077711	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
36077329--36077714	47	8.2	47	92	0	619	34	11	29	24	1.91
36077734--36077864	46	2.8	46	89	0	190	33	9	32	25	1.87
36084553--36084586	15	2.3	15	89	0	50	26	5	26	41	1.78
36085554--36085586	17	1.9	17	93	0	57	51	12	30	6	1.63
36103126--36103204	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
36103323--36103686	47	7.7	47	94	0	586	28	30	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36107721--36107893	46	3.8	45	76	13	172	22	20	26	30	1.98
36107718--36107888	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	29	1.99
36112258--36112331	27	2.8	26	76	15	71	27	21	18	32	1.97
36112286--36112373	27	3.3	27	88	3	115	27	17	15	39	1.90
36112326--36112799	27	17.7	27	86	2	571	29	11	20	38	1.87
36112326--36112799	80	5.9	80	85	4	569	29	11	20	38	1.87
36113139--36113204	28	2.4	28	92	0	114	28	34	13	22	1.92
36116068--36116211	40	3.6	40	84	7	177	25	27	22	24	2.00
36124080--36124264	40	4.7	39	87	6	230	26	27	22	23	1.99
36124080--36124264	79	2.3	81	86	4	252	26	27	22	23	1.99
36127868--36127956	27	3.3	27	81	6	90	28	14	17	39	1.89
36127908--36128273	27	13.7	27	79	5	332	29	10	20	39	1.85
36127934--36128233	107	2.8	107	81	1	359	29	10	21	39	1.86
36127909--36128273	107	3.4	106	78	3	358	29	10	20	39	1.85
36127908--36128273	80	4.6	81	80	5	404	29	10	20	39	1.85
36128593--36128681	28	3.2	28	85	0	97	30	39	10	20	1.85
36131485--36131577	27	3.4	27	84	0	87	33	16	11	38	1.85
36131529--36132000	27	17.6	28	79	9	359	32	9	18	38	1.83
36131529--36132000	54	8.8	54	78	4	404	32	9	18	38	1.83
36137107--36137147	20	2.0	20	100	0	82	34	31	4	29	1.79
36138831--36139252	135	3.1	140	94	3	716	44	5	9	40	1.59
36139228--36139377	75	2.0	75	89	0	228	30	16	7	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36142393--36142440	24	2.0	24	84	8	62	29	0	25	45	1.53
36143601--36143631	13	2.4	13	100	0	62	16	38	22	22	1.92
36144505--36144556	26	2.0	26	96	0	95	36	5	19	38	1.76
36151494--36151575	39	2.1	39	90	4	130	21	21	25	30	1.99
36159661--36159747	39	2.2	39	97	0	165	21	24	27	26	1.99
36159661--36159760	39	2.6	39	90	3	130	22	24	27	27	1.99
36160991--36161033	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
36161809--36161903	44	2.2	44	85	7	124	32	21	16	29	1.95
36169208--36169334	43	3.0	42	78	10	123	33	26	15	23	1.95
36176602--36176649	20	2.3	22	92	7	82	25	4	8	62	1.41
36176602--36176649	22	2.3	20	89	7	69	25	4	8	62	1.41
36190615--36190675	27	2.2	28	88	5	90	37	22	9	29	1.87
36196448--36196499	25	2.1	25	100	0	104	42	0	28	28	1.56
36201275--36201316	17	2.5	17	96	0	75	28	19	16	35	1.93
36209151--36209303	43	3.5	44	78	4	132	24	17	26	32	1.97
36212188--36212244	21	2.7	21	89	5	80	26	31	35	7	1.83
36212655--36212703	23	2.1	24	88	3	73	28	30	20	20	1.98
36213589--36213757	46	3.7	46	81	7	200	24	30	17	27	1.97
36216348--36216530	40	4.6	39	81	6	199	24	21	28	26	1.99
36216399--36216553	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	27	1.99
36224312--36224538	48	4.6	51	77	14	196	26	28	19	25	1.99
36224549--36224718	46	3.7	45	80	8	182	21	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36224312--36224718	47	8.7	46	73	16	234	24	28	19	27	1.99
36227435--36227490	28	2.0	28	96	0	103	39	23	7	30	1.81
36235889--36236085	86	2.3	86	81	1	225	44	20	13	22	1.86
36235893--36236086	43	4.5	43	77	2	165	44	20	13	22	1.86
36238005--36238051	16	2.9	16	78	12	60	40	4	27	27	1.75
36241863--36241905	11	3.9	11	78	9	52	69	2	0	27	1.00
36245052--36245088	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
36250738--36250960	40	5.6	39	83	5	232	24	21	28	26	1.99
36250813--36250995	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
36253119--36253193	31	2.5	30	82	6	80	41	8	25	25	1.82
36253182--36253254	29	2.5	29	90	2	110	41	12	31	15	1.84
36253147--36253254	30	3.6	30	82	7	114	41	12	28	17	1.85
36253119--36253324	30	6.9	30	74	7	107	37	12	25	24	1.90
36253278--36253339	30	2.1	30	87	0	88	32	12	29	25	1.93
36253540--36253592	26	2.0	26	96	0	97	43	13	11	32	1.79
36255601--36255994	47	8.4	47	93	0	626	29	30	8	31	1.86
36255770--36255845	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
36262643--36262827	40	4.7	40	79	12	195	26	27	20	25	1.99
36270347--36270564	79	2.8	81	79	11	229	26	26	20	27	1.99
36270380--36270564	40	4.7	40	80	7	225	26	27	20	25	1.99
36273581--36273724	78	1.8	78	95	0	261	24	13	21	40	1.89
36279166--36279344	40	4.5	41	80	10	203	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36279214--36279377	79	2.1	78	82	7	190	25	20	27	26	1.99
36287255--36287439	40	4.6	39	80	6	185	24	21	27	27	1.99
36287308--36287472	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
36293244--36293410	67	2.5	66	81	7	169	31	16	29	22	1.96
36293268--36293451	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
36295389--36295554	46	3.6	45	74	15	153	28	28	21	21	1.99
36295390--36295558	91	1.8	93	91	2	279	28	28	21	21	1.99
36295976--36296035	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
36299359--36299383	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
36301316--36301750	47	9.1	47	89	3	645	31	9	31	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343