genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39045308--39045450	48	3.0	48	91	3	225	27	23	19	28	1.98
39051176--39051250	36	2.1	36	94	0	132	34	30	9	25	1.87
39051932--39051989	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
39051961--39052011	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
39051945--39052002	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
39056881--39057026	74	2.0	73	97	2	276	45	13	19	21	1.85
39057145--39057189	23	2.0	23	86	4	65	44	17	6	31	1.75
39057142--39057199	22	2.6	22	84	7	73	41	18	5	34	1.73
39062022--39062149	29	4.5	28	86	2	166	32	25	13	28	1.93
39062021--39062149	57	2.3	57	86	2	179	32	25	13	28	1.93
39068596--39068673	34	2.3	34	82	4	95	32	24	20	23	1.98
39070744--39070790	22	2.1	23	84	4	60	42	25	2	29	1.67
39074667--39074743	28	2.8	28	82	3	95	27	25	9	37	1.86
39074681--39074752	28	2.6	28	84	0	90	29	26	12	31	1.93
39090692--39090754	28	2.2	29	80	8	76	28	26	11	33	1.91
39092116--39092303	48	3.9	48	78	4	184	23	27	19	30	1.98
39097454--39097554	41	2.5	41	88	0	148	26	28	23	20	1.99
39099497--39099521	7	3.6	7	100	0	50	32	24	0	44	1.54
39102479--39102650	6	27.8	6	74	16	138	47	15	19	17	1.83
39102479--39102650	25	7.0	24	78	9	138	47	15	19	17	1.83
39102481--39102650	37	4.6	37	79	8	120	47	15	18	17	1.83
39102484--39102649	62	2.7	62	95	0	287	47	16	19	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39102490--39102622	19	6.8	19	73	19	121	47	16	19	16	1.83
39102753--39102906	67	2.3	67	97	0	290	31	22	27	17	1.97
39102836--39102887	27	2.0	26	92	3	86	38	21	23	17	1.93
39103128--39103430	27	11.3	27	83	3	360	25	19	19	35	1.95
39103435--39103526	27	3.4	27	86	0	121	43	8	20	27	1.81
39103435--39103798	54	6.7	54	75	5	232	36	8	21	33	1.84
39103550--39103622	28	2.6	28	89	2	103	27	8	21	42	1.81
39103624--39103798	27	6.5	27	85	0	215	38	6	23	31	1.80
39103435--39103798	81	4.5	81	73	6	295	36	8	21	33	1.84
39104155--39104227	36	2.0	36	100	0	146	21	30	21	26	1.99
39108096--39108208	27	4.2	27	86	3	140	35	21	23	20	1.96
39108100--39108206	55	2.0	55	88	5	164	35	20	22	21	1.96
39115904--39115987	27	3.1	27	87	1	123	39	20	22	17	1.92
39128780--39128877	25	4.0	24	78	11	67	26	22	21	29	1.99
39128807--39128876	25	2.8	25	86	0	95	25	22	22	28	1.99
39151062--39151126	27	2.5	26	85	9	80	27	15	27	29	1.96
39151698--39151738	20	2.0	20	100	0	82	36	9	9	43	1.71
39154341--39154448	43	2.5	43	83	0	135	25	20	30	23	1.98
39156466--39156504	16	2.4	17	91	4	62	51	38	2	7	1.44
39159151--39159406	80	3.2	80	90	4	369	24	22	26	26	2.00
39159151--39159380	40	5.8	40	91	3	365	23	22	27	26	1.99
39165345--39165738	47	8.4	47	92	1	610	28	30	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39165655--39165730	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
39169485--39169889	40	10.1	40	94	0	666	25	28	21	24	1.99
39169729--39169795	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
39172757--39173012	80	3.2	80	88	4	351	24	21	26	27	1.99
39172757--39172986	40	5.8	40	90	1	338	23	21	27	27	1.99
39174115--39174189	29	2.6	29	91	0	114	24	18	29	28	1.98
39185025--39185064	18	2.2	19	91	8	66	17	47	25	10	1.78
39189131--39189270	43	3.3	42	76	5	131	29	12	27	31	1.92
39200372--39200501	29	4.5	30	69	15	87	30	30	16	22	1.96
39200372--39200533	58	2.8	58	94	0	272	30	29	17	22	1.97
39200432--39200530	29	3.4	29	71	10	103	30	26	20	23	1.98
39200690--39200951	43	6.1	43	91	0	416	31	32	24	12	1.92
39206852--39207141	153	1.9	153	94	0	517	28	12	26	32	1.93
39209801--39209877	33	2.3	33	82	6	93	28	23	22	25	1.99
39213913--39213970	29	2.0	29	96	0	107	22	15	17	44	1.86
39220297--39220442	77	1.9	77	80	5	170	49	10	10	29	1.71
39237272--39237364	40	2.3	40	83	7	109	29	17	27	25	1.97
39238882--39239045	42	3.9	42	83	3	195	29	27	15	28	1.96
39240755--39240800	10	4.5	10	83	2	56	26	2	23	47	1.63
39241544--39241581	20	1.9	20	88	0	58	44	15	18	21	1.86
39248771--39248822	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
39248739--39249104	104	3.6	103	94	2	614	30	30	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39248977--39249027	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
39249430--39249493	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
39249437--39249493	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
39256535--39256585	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
39256433--39256663	103	2.2	104	94	2	403	31	30	19	17	1.95
39256995--39257051	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
39263501--39265087	817	1.9	799	93	4	2511	35	18	11	34	1.88
39265659--39265709	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
39265561--39265787	103	2.2	104	94	2	395	31	31	18	18	1.95
39266111--39266174	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
39266118--39266174	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
39273223--39273273	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
39272988--39273350	102	3.6	103	92	4	587	30	30	20	18	1.96
39273677--39273740	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
39273684--39273740	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
39277917--39277946	3	10.0	3	92	0	51	33	63	0	3	1.11
39283635--39283804	93	1.8	93	93	5	299	30	28	19	21	1.98
39283626--39283806	46	3.9	46	75	13	192	30	28	19	21	1.97
39290240--39290269	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
39291815--39291870	24	2.4	24	84	3	69	32	25	26	16	1.96
39291883--39291943	24	2.6	24	79	7	63	39	16	24	19	1.92
39291984--39292050	26	2.6	26	83	6	75	35	19	26	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39297157--39297423	94	2.9	93	80	8	258	27	18	30	23	1.98
39300804--39301022	40	5.5	40	90	4	309	25	20	27	27	1.99
39304571--39304755	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
39304552--39304755	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
39311212--39311328	46	2.6	43	83	8	126	27	17	29	25	1.97
39314166--39314222	25	2.3	25	77	14	64	31	24	19	24	1.98
39316631--39316658	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
39319653--39319708	29	2.0	28	96	3	103	33	28	17	19	1.95
39323803--39323827	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
39324141--39324354	54	4.0	54	84	4	252	22	25	16	35	1.95
39324327--39324448	47	2.6	47	90	0	190	24	24	13	36	1.92
39324554--39324594	10	4.2	10	78	15	50	24	17	21	36	1.94
39324558--39324595	18	2.1	18	100	0	76	28	15	21	34	1.94
39324502--39324589	45	2.0	45	83	0	113	22	25	18	34	1.96
39328412--39328544	48	2.8	48	77	0	158	26	18	27	27	1.98
39330349--39330485	48	2.9	48	85	0	184	27	22	23	26	1.99
39335193--39335416	40	5.6	40	84	5	274	25	25	23	25	2.00
39335193--39335416	83	2.8	80	83	8	267	25	25	23	25	2.00
39348991--39349042	26	2.0	26	100	0	104	23	30	26	19	1.98
39349390--39349416	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
39359435--39359518	27	3.2	26	86	5	105	39	22	22	15	1.92
39360932--39361032	24	4.2	24	89	2	141	23	39	2	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39361605--39361729	48	2.6	48	87	0	169	27	24	23	25	2.00
39361605--39361752	48	3.1	47	84	1	161	27	24	23	25	2.00
39368026--39368067	17	2.4	17	84	11	50	50	9	2	38	1.48
39371718--39371747	11	2.6	12	89	10	53	63	0	0	36	0.95
39373728--39373947	110	2.0	110	98	0	422	46	8	20	24	1.77
39374280--39374496	39	5.5	39	90	2	321	18	22	28	29	1.98
39374280--39374496	77	2.8	78	88	4	314	18	22	28	29	1.98
39377890--39377969	23	3.3	23	81	8	90	25	25	16	33	1.95
39377890--39377956	24	2.8	24	86	2	91	25	22	16	35	1.94
39380196--39380243	21	2.4	19	77	16	53	47	18	6	27	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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