genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.341.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109287895--109288417	285	1.8	285	87	1	789	30	14	26	29	1.95
109290717--109290752	17	2.1	17	94	0	63	22	25	33	19	1.97
109310020--109310135	31	3.7	31	76	9	119	50	1	9	38	1.45
109311552--109311684	67	2.0	68	80	4	153	28	15	9	46	1.77
109317447--109317497	18	2.6	19	81	12	59	50	0	0	49	1.00
109317659--109317716	15	3.6	15	71	24	55	55	1	0	43	1.10
109318573--109318642	30	2.3	31	82	7	88	37	2	8	51	1.47
109322689--109322724	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
109322676--109322716	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
109323355--109323401	15	3.1	15	78	0	58	48	10	2	38	1.50
109324314--109324377	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
109324847--109324875	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
109326880--109326916	14	2.6	14	95	0	65	56	10	8	24	1.60
109328147--109328178	14	2.1	16	88	11	50	37	9	6	46	1.61
109336788--109336815	6	4.7	6	100	0	56	50	32	0	17	1.47
109341431--109341460	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
109352324--109352397	36	2.1	36	97	0	139	35	12	16	36	1.86
109358797--109358849	28	1.9	28	85	11	74	60	5	0	33	1.20
109360193--109360256	31	2.1	31	91	2	103	64	23	7	4	1.40
109362828--109362866	20	2.0	20	89	0	60	23	2	5	69	1.21
109363603--109363658	18	3.2	17	80	10	60	44	7	1	46	1.41
109364099--109364179	42	1.9	43	84	2	110	13	39	25	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109368654--109368960	25	12.7	25	71	21	148	61	0	11	27	1.34
109368639--109368954	27	13.4	21	71	18	132	62	0	10	26	1.34
109368629--109368760	46	2.8	48	86	5	187	60	2	9	27	1.40
109368623--109368884	121	2.1	125	92	4	444	60	1	11	26	1.39
109368734--109368960	49	4.8	48	80	11	254	62	0	11	25	1.32
109368913--109368954	19	2.2	19	91	8	68	64	0	7	28	1.20
109368947--109369160	5	39.2	5	76	15	144	56	1	18	23	1.52
109368948--109369160	28	8.2	26	73	18	124	55	1	18	23	1.52
109369061--109369173	12	9.0	13	70	20	64	52	0	18	28	1.52
109369201--109369296	20	5.2	18	72	18	81	59	1	10	29	1.37
109369219--109369312	30	3.2	30	67	16	79	58	0	11	29	1.34
109374840--109374874	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
109375542--109375823	41	6.9	41	91	2	361	32	28	19	19	1.96
109375938--109376117	64	2.9	63	88	8	253	42	17	7	32	1.78
109380893--109380933	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
109388383--109388429	26	1.9	26	83	12	64	68	8	6	17	1.37
109394029--109394076	26	1.9	24	83	8	60	62	8	0	29	1.24
109396567--109396603	17	2.2	17	100	0	74	40	5	5	48	1.49
109396638--109396669	12	2.7	12	95	0	55	21	0	9	68	1.17
109398527--109398572	23	2.0	23	100	0	92	39	4	30	26	1.75
109418147--109418193	3	15.7	3	95	0	85	70	0	29	0	0.88
109427184--109427332	31	4.8	31	91	0	244	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109427331--109427359	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
109427364--109427489	47	2.7	48	84	9	170	28	15	26	29	1.96
109427458--109427572	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
109429399--109429423	13	1.9	13	100	0	50	48	0	36	16	1.46
109432265--109432317	23	2.3	23	70	6	54	0	43	0	56	0.99
109432780--109432828	3	16.0	3	91	4	80	32	0	0	67	0.91
109437275--109437313	12	3.6	12	74	25	50	30	28	0	41	1.57
109437267--109437321	20	2.8	20	100	0	110	29	30	0	40	1.57
109463174--109463241	34	2.0	34	100	0	136	32	14	5	47	1.69
109466439--109466474	18	2.0	18	94	0	63	16	36	27	19	1.93
109469209--109469233	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
109476377--109476419	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
109483577--109483621	21	2.1	21	84	15	58	55	6	6	31	1.52
109488103--109488133	16	1.9	16	93	0	53	54	16	6	22	1.64
109491553--109491620	21	3.2	21	63	29	54	36	19	13	30	1.90
109492976--109493015	20	2.0	21	90	5	64	32	5	25	37	1.77
109492992--109493051	28	2.1	29	84	9	79	33	5	26	35	1.78
109504387--109504425	16	2.5	15	83	4	51	33	2	5	58	1.33
109509339--109509390	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
109509371--109509465	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
109509603--109509657	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
109509788--109509936	47	3.3	46	69	17	132	47	3	3	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109517088--109517119	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
109521929--109522004	38	2.0	38	100	0	152	39	5	18	36	1.73
109525204--109525274	37	1.9	37	82	0	88	45	15	23	15	1.85
109527778--109527805	6	4.7	6	100	0	56	50	32	0	17	1.47
109530611--109530740	67	1.9	67	96	0	242	20	11	13	54	1.70
109536240--109536267	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
109543340--109543396	27	2.1	27	83	0	69	14	22	35	28	1.93
109543449--109543640	105	1.8	105	95	2	350	56	14	0	28	1.43
109543449--109543667	105	2.1	103	89	4	334	56	14	0	29	1.42
109546725--109546764	15	2.7	15	84	0	53	60	27	0	12	1.33
109548775--109549059	98	2.8	102	82	12	331	51	17	1	28	1.56
109549430--109549463	15	2.1	17	89	10	54	58	0	0	41	0.98
109558704--109558841	43	3.2	43	66	6	116	37	15	22	23	1.93
109559063--109559137	34	2.2	34	78	7	80	49	14	8	28	1.71
109559005--109559137	69	1.9	68	80	4	151	45	15	9	28	1.78
109559876--109559934	31	1.9	31	85	0	82	38	16	10	33	1.83
109560345--109560373	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
109560312--109560382	35	2.1	34	82	12	83	45	1	0	53	1.09
109560333--109560384	18	3.1	18	78	18	58	46	0	0	53	1.00
109560375--109560420	18	2.6	18	82	3	58	34	4	17	43	1.69
109560822--109560873	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
109562789--109562840	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109564756--109564807	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
109566519--109566589	31	2.2	32	80	11	85	32	7	9	50	1.62
109569509--109569538	11	2.6	12	94	5	53	30	0	10	60	1.30
109569509--109569542	11	2.9	12	86	8	52	32	0	11	55	1.36
109572605--109572632	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
109578354--109578395	21	2.0	22	90	4	68	38	9	2	50	1.48
109581706--109581772	28	2.4	28	97	2	127	28	5	53	11	1.61
109590793--109590935	36	4.0	36	75	7	146	39	9	22	27	1.85
109590797--109590958	36	4.5	35	74	7	137	40	9	22	28	1.84
109590797--109590964	72	2.3	72	89	0	246	39	8	23	27	1.84
109591200--109591262	29	2.2	29	91	0	99	26	19	28	25	1.98
109591944--109592158	81	2.6	80	77	10	229	33	25	14	26	1.94
109595459--109595577	62	1.9	61	96	1	220	31	16	28	22	1.96
109597513--109597719	101	2.0	101	98	0	396	34	2	23	39	1.70
109597809--109598091	121	2.3	121	88	5	406	29	12	21	36	1.90
109597961--109598355	147	2.6	147	87	5	526	28	14	20	36	1.92
109600331--109600398	20	3.3	20	78	12	66	57	4	0	38	1.19
109600332--109600375	19	2.3	18	85	11	61	61	4	0	34	1.16
109600331--109600381	20	2.5	20	87	6	68	60	5	0	33	1.21
109603220--109603261	21	1.9	23	85	9	61	11	28	19	40	1.87
109603990--109604025	18	2.0	18	94	0	63	47	25	11	16	1.79
109605514--109605581	32	2.2	33	79	12	81	33	19	5	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109610350--109610379	4	7.5	4	100	0	60	76	23	0	0	0.78
109616174--109616244	31	2.3	29	81	9	79	29	7	14	49	1.69
109632601--109632648	25	2.0	25	87	4	71	37	2	14	45	1.57
109634720--109634775	22	2.5	22	80	14	60	58	1	1	37	1.19
109637790--109637821	4	8.0	4	92	0	55	50	25	3	21	1.64
109639009--109639058	26	1.9	26	88	8	75	18	26	0	56	1.42
109640133--109640174	18	2.3	19	87	4	59	23	2	2	71	1.10
109641395--109641428	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
109644872--109644899	12	2.3	12	100	0	56	35	0	10	53	1.36
109645567--109645619	21	2.5	21	84	3	61	47	3	5	43	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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