genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17152201--17152412	90	2.4	87	80	10	209	39	21	9	29	1.85
17152242--17152412	90	1.9	89	86	3	245	36	20	10	32	1.87
17152426--17152509	19	4.4	18	70	19	64	64	1	2	32	1.14
17152426--17152554	9	13.7	9	68	15	64	65	1	3	29	1.16
17152462--17152546	19	4.4	19	75	7	73	64	0	3	31	1.10
17152482--17152559	20	4.0	20	73	9	72	67	1	3	26	1.15
17152422--17152559	30	4.8	29	70	12	88	64	1	2	31	1.17
17152422--17152559	58	2.4	58	81	9	142	64	1	2	31	1.17
17152823--17152875	19	2.8	19	82	5	72	20	3	0	75	0.96
17152838--17152882	10	4.5	10	86	10	65	24	2	0	73	0.95
17152991--17153163	90	1.9	91	81	8	210	38	8	17	35	1.79
17154608--17154708	3	34.0	3	70	9	73	64	5	3	25	1.34
17154643--17154676	17	2.0	17	88	0	50	58	2	8	29	1.43
17156154--17156555	132	3.0	131	86	2	534	25	25	20	29	1.99
17156398--17156690	88	3.3	87	72	8	279	25	25	20	27	1.99
17156168--17156601	133	3.3	133	82	3	383	24	26	20	29	1.99
17156344--17156733	176	2.2	176	86	1	539	25	25	19	28	1.99
17156507--17156825	132	2.4	132	86	3	437	26	25	19	28	1.99
17156397--17156778	176	2.2	175	82	3	428	25	25	20	28	1.99
17156191--17156835	44	14.6	44	67	11	207	25	25	20	28	1.99
17158779--17158853	37	2.0	37	100	0	150	29	18	21	30	1.97
17159587--17159635	11	4.3	11	82	10	62	34	0	6	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17161474--17161746	46	6.0	46	89	1	370	39	15	23	21	1.92
17161469--17161741	91	3.0	92	89	2	406	39	15	23	21	1.92
17161484--17161764	137	2.1	136	85	4	368	40	16	22	20	1.91
17162026--17162058	17	2.0	17	88	5	50	48	3	15	33	1.60
17165816--17165863	20	2.4	21	82	10	64	68	0	12	18	1.20
17165816--17165879	19	3.2	20	79	16	64	70	0	10	18	1.16
17165852--17165884	16	2.0	17	88	5	50	69	3	6	21	1.24
17166972--17167035	26	2.4	25	78	14	67	12	7	37	42	1.72
17171860--17171935	21	3.6	21	71	5	64	13	19	21	46	1.84
17171784--17171912	42	3.1	42	83	0	150	15	20	17	46	1.84
17184853--17184917	26	2.5	26	82	2	69	41	16	16	24	1.89
17190782--17190816	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
17190932--17190991	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
17191005--17191086	27	3.3	25	77	11	71	57	4	4	32	1.41
17190963--17191104	74	1.9	73	81	4	169	56	4	6	33	1.44
17190968--17191094	25	5.1	25	76	9	125	55	4	6	33	1.46
17191046--17191105	25	2.4	25	83	5	77	56	1	5	36	1.31
17191702--17191757	18	3.5	17	72	27	59	23	7	44	25	1.78
17191682--17191767	30	2.9	30	91	0	136	20	5	46	26	1.73
17193396--17193429	11	3.0	11	91	4	50	85	0	11	2	0.71
17196954--17196992	20	1.9	21	85	15	55	51	0	17	30	1.46
17200314--17200411	49	2.0	49	100	0	196	28	14	10	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17202002--17202026	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
17206612--17206669	26	2.2	26	84	0	71	27	6	3	62	1.37
17206889--17206952	26	2.4	26	78	17	69	31	3	1	64	1.19
17206913--17206968	19	3.1	17	73	16	58	35	1	0	62	1.06
17206892--17206967	9	8.6	9	70	18	52	31	2	1	64	1.15
17206913--17206963	13	4.0	13	75	14	61	35	1	0	62	1.06
17207038--17207095	22	2.5	24	83	5	75	31	1	3	63	1.21
17206988--17207097	24	4.5	24	70	17	82	28	4	5	61	1.38
17210736--17210780	19	2.3	20	81	7	58	28	22	4	44	1.72
17214447--17214518	37	1.9	37	91	5	119	27	20	0	51	1.48
17218973--17219031	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
17222193--17222347	44	3.5	44	78	5	179	29	21	21	26	1.99
17222139--17222347	88	2.4	88	83	5	271	30	22	20	26	1.98
17222316--17222388	38	1.9	38	91	0	119	31	21	20	26	1.98
17222455--17222568	44	2.6	45	81	1	140	31	18	20	29	1.96
17222542--17222639	51	1.9	50	85	8	135	37	17	16	28	1.91
17223318--17223355	10	4.0	10	86	10	53	10	5	0	84	0.77
17223318--17223355	14	2.6	14	87	4	58	10	5	0	84	0.77
17223319--17223355	19	2.0	18	89	5	56	8	5	0	86	0.70
17224271--17224354	30	2.9	28	79	6	87	33	4	1	60	1.25
17224140--17224482	24	13.4	25	70	14	143	29	5	4	60	1.37
17224516--17224622	53	2.1	50	81	8	117	25	6	6	61	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17224530--17224585	25	2.3	24	81	9	69	23	5	7	64	1.40
17224528--17224635	53	2.2	50	82	14	127	25	3	6	63	1.35
17224528--17224637	24	4.5	24	71	17	91	26	3	6	63	1.35
17232698--17232822	65	2.0	63	85	3	169	36	6	4	52	1.46
17233296--17233351	27	2.0	27	82	10	67	42	0	7	50	1.30
17238440--17238567	63	2.0	64	81	4	152	41	10	6	42	1.64
17239222--17239330	43	2.5	43	86	2	148	33	24	16	24	1.96
17244025--17244070	21	2.1	22	88	4	67	41	43	0	15	1.46
17244032--17244064	14	2.3	15	89	5	50	39	45	0	15	1.46
17244059--17244126	7	9.6	7	82	3	64	50	25	0	25	1.50
17244059--17244121	14	4.4	14	86	4	81	49	26	0	23	1.51
17244063--17244121	22	2.8	21	82	5	73	47	28	0	23	1.52
17244032--17244121	29	3.1	29	79	3	83	45	33	0	21	1.52
17244404--17244453	24	2.1	24	96	0	91	42	4	2	52	1.31
17245033--17245133	41	2.5	41	93	3	168	16	23	24	34	1.95
17258384--17258491	40	2.7	40	82	5	121	28	22	21	27	1.99
17258546--17258639	40	2.4	40	82	12	122	32	23	17	26	1.96
17258384--17258802	152	2.7	151	82	5	450	31	21	19	27	1.97
17258681--17258791	40	2.8	40	84	0	132	31	22	18	27	1.97
17259099--17259212	7	16.3	7	68	17	58	21	0	28	48	1.57
17259099--17259212	14	8.1	14	69	18	67	21	0	28	48	1.57
17259166--17259226	28	2.1	29	82	8	72	14	0	39	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17259194--17259271	22	3.6	22	71	8	61	19	0	43	37	1.51
17259161--17259227	35	1.9	35	81	6	82	17	0	35	46	1.49
17259104--17259275	14	12.1	14	68	16	52	20	0	37	41	1.57
17259384--17259414	16	1.9	16	100	0	62	45	6	3	45	1.45
17260163--17260202	22	1.9	20	85	10	53	47	0	5	47	1.24
17263713--17263764	21	2.4	21	84	9	61	69	0	5	25	1.10
17263807--17263938	23	6.0	22	70	21	80	63	0	7	28	1.26
17263835--17263921	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
17263833--17263961	15	8.9	14	72	18	70	65	1	6	25	1.26
17263854--17263961	29	3.8	28	73	22	73	64	1	7	25	1.30
17264931--17265193	44	6.0	44	70	15	186	23	20	20	35	1.96
17264953--17265227	88	3.1	87	88	0	397	21	22	21	35	1.96
17264945--17265255	88	3.6	87	84	3	378	21	20	21	36	1.95
17265260--17265465	45	4.6	45	71	14	165	30	23	19	27	1.98
17265260--17265511	134	1.9	134	93	0	432	30	23	18	27	1.98
17265256--17265816	306	1.8	308	89	3	878	29	22	19	27	1.98
17265694--17266037	45	7.7	45	67	19	159	32	21	18	27	1.97
17265547--17266166	133	4.7	133	88	3	878	31	21	19	26	1.97
17265613--17266059	45	10.1	43	64	18	150	31	21	18	27	1.97
17266334--17266395	29	2.2	29	88	2	90	43	4	3	48	1.40
17269170--17269228	24	2.4	25	80	8	68	42	1	1	54	1.20
17269878--17269928	17	3.1	17	70	13	52	41	3	3	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17270603--17270635	9	3.7	9	91	0	57	33	18	12	36	1.88
17270603--17270640	18	2.1	19	95	5	69	36	18	10	34	1.85
17270728--17270866	44	3.2	43	65	11	120	33	22	17	26	1.96
17270748--17270890	44	3.2	44	67	14	123	37	18	19	24	1.94
17270706--17270889	88	2.1	88	92	0	305	35	20	17	26	1.95
17270858--17271063	45	4.6	45	68	13	138	29	23	18	27	1.98
17270773--17271099	133	2.5	133	87	0	474	30	22	18	28	1.97
17271186--17271308	64	1.9	64	93	0	210	35	16	18	29	1.93
17275385--17275448	19	3.4	19	86	4	85	43	12	20	23	1.85
17277428--17277473	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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