genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  195  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64718895--64718928	18	1.9	18	88	5	52	35	5	14	44	1.70
64720917--64721178	29	9.3	28	74	14	193	37	22	17	22	1.94
64720966--64721178	55	3.8	55	84	4	248	38	22	17	21	1.93
64720973--64721178	84	2.4	85	78	11	226	37	22	17	21	1.94
64725689--64725818	65	2.0	65	98	0	251	36	20	2	41	1.65
64727408--64727467	28	2.2	26	77	11	66	28	28	10	33	1.89
64727415--64727493	28	2.8	28	86	0	113	29	26	11	32	1.91
64731599--64731654	11	5.6	10	79	12	62	35	10	17	35	1.85
64731617--64731654	20	1.9	20	100	0	76	36	10	18	34	1.85
64731700--64731769	25	2.8	25	95	0	122	24	28	21	25	1.99
64731988--64732100	30	3.7	31	97	2	205	29	15	26	28	1.96
64737772--64737978	103	2.0	103	99	0	405	33	15	13	37	1.87
64743988--64744138	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
64746055--64746180	46	2.7	46	91	0	189	27	28	21	22	1.99
64750997--64751143	40	3.6	41	82	10	178	24	22	27	25	2.00
64750998--64751162	40	4.1	40	79	10	122	25	22	27	24	2.00
64758883--64759028	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
64758884--64759047	40	4.1	40	80	9	129	25	22	28	24	2.00
64758883--64759061	80	2.2	80	80	6	186	25	21	27	25	2.00
64771143--64771210	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
64771032--64771359	174	1.9	174	96	0	611	31	24	13	29	1.94
64771319--64771390	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64776566--64776693	42	3.0	42	79	10	143	30	14	24	30	1.95
64776560--64776693	43	3.1	41	78	11	153	29	14	23	31	1.95
64786391--64786450	17	3.3	18	66	13	50	45	8	31	15	1.75
64787323--64787373	26	2.0	26	100	0	102	23	3	31	41	1.73
64789483--64789537	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
64789432--64789572	41	3.4	40	69	18	110	34	3	1	60	1.22
64792730--64792851	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
64792702--64793043	47	7.3	47	93	0	535	26	29	10	33	1.90
64792723--64793061	141	2.4	141	93	4	599	26	29	10	33	1.90
64794507--64794681	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
64795948--64796185	40	5.9	40	84	2	287	24	28	21	24	1.99
64796020--64796183	83	2.0	83	95	0	292	26	29	20	24	1.99
64796162--64796345	79	2.3	81	83	8	225	24	27	22	25	2.00
64795969--64796345	40	9.4	40	81	6	227	25	27	22	24	2.00
64798654--64798775	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
64798626--64799109	47	10.3	47	91	2	744	26	30	10	32	1.90
64798647--64799103	141	3.2	141	97	1	839	26	30	11	32	1.91
64800571--64800690	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
64811464--64812036	44	13.0	44	84	3	722	30	14	27	27	1.95
64813879--64813939	20	3.0	20	72	15	54	36	1	3	59	1.24
64826560--64826605	19	2.4	19	96	0	83	21	32	28	17	1.96
64838921--64838946	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64839635--64839672	20	1.9	20	94	0	67	36	7	10	44	1.68
64842468--64842510	22	1.9	23	85	4	61	46	9	20	23	1.79
64848501--64848526	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
64853257--64853315	15	4.0	15	77	2	66	57	18	13	10	1.64
64853258--64853314	30	1.9	29	89	3	87	56	19	14	10	1.67
64855733--64855907	46	3.8	46	78	13	214	31	28	18	21	1.97
64855743--64855912	93	1.8	93	97	0	322	30	28	19	21	1.98
64858623--64858663	16	2.6	16	81	14	50	14	12	0	73	1.11
64869124--64869301	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
64869125--64869280	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
64869121--64869301	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
64877208--64877384	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
64877208--64877384	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
64877209--64877363	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
64877205--64877384	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
64884079--64884175	48	2.0	47	86	2	131	28	8	21	41	1.82
64884119--64884490	91	4.1	91	91	0	582	28	7	19	43	1.79
64890878--64891215	48	7.0	48	96	0	595	35	6	26	31	1.81
64891356--64891458	37	2.8	37	92	0	170	23	21	31	24	1.99
64898286--64898340	29	1.9	28	88	3	83	20	16	27	36	1.93
64902934--64903067	43	3.1	44	82	7	175	24	17	29	28	1.98
64902951--64903067	45	2.7	43	82	7	157	26	17	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64903337--64903529	38	5.1	38	82	3	219	23	20	24	31	1.98
64903527--64903649	45	2.7	45	86	5	167	22	19	27	30	1.98
64903570--64903672	45	2.3	45	83	8	120	24	20	27	28	1.99
64905344--64905408	25	2.6	25	83	9	71	27	20	30	21	1.98
64912605--64912637	13	2.5	13	100	0	66	36	21	0	42	1.53
64914721--64914864	27	5.3	27	86	3	173	27	22	9	40	1.84
64914721--64914864	54	2.7	54	86	2	191	27	22	9	40	1.84
64914868--64914964	27	3.6	27	91	2	124	44	21	7	26	1.78
64914863--64914991	54	2.4	54	84	2	170	40	19	10	29	1.85
64914893--64915046	27	5.7	27	88	0	173	40	20	10	29	1.85
64914894--64915099	27	7.6	27	80	10	96	41	17	9	30	1.82
64916036--64916105	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
64916036--64916132	25	4.0	23	84	8	77	26	22	23	26	2.00
64916253--64916334	42	2.0	42	95	0	146	34	17	15	32	1.91
64916372--64916450	30	2.6	31	92	6	135	27	18	24	29	1.98
64918684--64918854	27	6.3	27	88	0	207	30	23	6	39	1.80
64918684--64918850	54	3.1	54	86	0	235	30	24	5	38	1.79
64918706--64918854	81	1.8	81	92	0	253	29	23	6	40	1.80
64918886--64919009	27	4.6	27	77	3	133	41	20	7	31	1.79
64918886--64919009	54	2.3	54	80	2	151	41	20	7	31	1.79
64918906--64919062	81	1.9	81	81	7	185	42	17	7	32	1.78
64919012--64919097	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64920025--64920106	25	3.4	24	81	9	87	28	21	24	25	1.99
64920241--64920374	42	3.2	42	93	2	225	32	14	18	33	1.92
64920398--64920543	31	4.7	31	88	4	224	30	15	24	29	1.96
64924416--64924470	29	1.9	29	92	3	94	30	27	20	21	1.98
64929449--64929485	11	3.5	11	78	14	51	75	0	21	2	0.92
64929445--64929483	20	2.0	20	100	0	78	76	0	20	2	0.90
64929522--64929590	35	2.0	35	94	0	120	17	7	17	57	1.61
64930306--64930440	44	3.1	42	78	11	139	22	14	27	36	1.92
64930320--64930441	42	2.8	43	86	6	149	22	15	27	34	1.95
64933006--64933230	79	2.8	80	85	7	280	24	21	27	25	1.99
64933006--64933230	119	1.9	120	84	6	305	24	21	27	25	1.99
64933006--64933230	40	5.7	40	84	5	287	24	21	27	25	1.99
64933059--64933263	79	2.6	78	86	6	261	26	20	27	25	1.99
64941383--64941443	30	2.0	30	96	0	113	42	39	1	16	1.58
64943161--64943326	46	3.6	46	95	0	305	31	30	19	19	1.96
64949049--64949090	21	2.0	21	85	0	57	19	16	42	21	1.89
64954856--64955016	80	2.0	80	98	0	313	27	21	20	31	1.98
64958144--64958194	19	2.7	19	77	17	61	33	5	0	60	1.21
64958166--64958244	35	2.3	33	78	19	83	30	3	2	63	1.25
64961924--64961990	33	2.0	33	100	0	134	41	5	34	17	1.74
64970551--64971230	206	3.3	206	93	0	1162	30	18	22	28	1.98
64972767--64972838	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64974397--64975099	205	3.4	205	92	0	1091	29	19	22	28	1.98
64976687--64976753	7	9.1	7	75	15	55	37	4	1	56	1.29
64976740--64976790	20	2.6	19	75	9	57	31	5	1	60	1.31
64976680--64976889	6	34.2	6	63	26	50	32	4	2	60	1.31
64976833--64976886	23	2.4	23	80	17	60	35	3	0	61	1.14
64976765--64976889	13	9.7	13	65	22	52	32	3	3	61	1.27
64979586--64979635	21	2.5	20	83	9	57	48	2	0	50	1.12
64980295--64980367	36	2.0	36	100	0	146	32	13	17	35	1.89
64990059--64990093	6	5.8	6	86	0	52	57	0	25	17	1.40
64990059--64990094	18	2.0	18	94	0	63	58	0	25	16	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343