genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23888006--23888092	37	2.3	38	90	6	131	54	12	4	28	1.58
23890181--23890235	26	2.3	23	84	9	65	40	0	3	56	1.17
23908266--23908298	16	2.1	16	100	0	66	30	6	30	33	1.82
23913063--23913214	40	3.8	40	74	12	125	30	22	20	26	1.98
23913246--23913353	40	2.7	40	84	7	121	25	23	20	31	1.98
23913580--23913609	7	4.3	7	91	0	51	16	0	33	50	1.46
23913565--23913609	14	3.1	14	87	3	54	15	2	31	51	1.56
23913579--23913627	21	2.3	21	79	6	55	20	0	34	44	1.52
23913616--23913678	22	3.0	20	75	13	63	19	0	36	44	1.51
23925431--23925530	35	2.8	36	80	1	112	29	19	9	43	1.81
23926723--23926943	65	3.4	65	78	9	193	31	17	11	39	1.86
23933308--23933625	47	6.8	48	77	13	281	24	29	17	28	1.97
23933309--23933625	94	3.4	93	80	10	333	24	29	17	28	1.97
23945799--23945838	19	2.1	19	100	0	80	37	25	0	37	1.56
23950129--23950155	7	3.9	7	100	0	54	25	0	44	29	1.54
23952257--23952422	82	2.0	82	97	2	316	45	22	2	29	1.65
23952286--23952425	28	5.0	28	69	14	110	41	24	2	31	1.69
23953209--23953347	48	3.0	46	72	13	117	48	5	5	39	1.51
23953368--23953473	53	2.0	53	86	0	149	34	13	15	36	1.86
23957529--23957705	39	4.6	37	78	12	160	23	27	22	25	2.00
23957527--23957656	40	3.4	38	82	10	124	25	27	20	26	1.99
23960368--23960570	40	5.1	39	80	10	200	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23960387--23960570	78	2.3	82	80	10	213	24	27	22	25	2.00
23973666--23973697	13	2.5	13	100	0	64	46	0	0	53	1.00
23976624--23976653	9	3.3	9	95	0	51	33	6	0	60	1.23
23975751--23977331	681	2.3	668	79	8	1684	40	10	10	38	1.73
23977745--23977779	13	2.8	13	95	4	63	45	17	22	14	1.84
23979172--23979210	20	2.0	20	89	0	60	28	17	7	46	1.76
23980285--23980353	36	1.9	35	82	8	86	55	4	11	28	1.55
23985809--23985833	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23986084--23986117	7	4.9	7	96	0	59	14	14	0	70	1.17
23991645--23991670	10	2.6	10	100	0	52	50	30	0	19	1.48
23992295--23992404	42	2.6	43	82	1	132	30	24	16	28	1.96
23999073--23999119	20	2.3	20	88	0	67	34	10	19	36	1.86
23999170--23999319	24	6.1	24	90	3	212	31	18	20	30	1.96
24008014--24008196	20	9.5	20	70	14	84	63	1	6	27	1.28
24008389--24008426	20	1.9	20	88	0	58	39	0	2	57	1.12
24009329--24009387	16	3.9	15	71	20	52	47	0	0	52	1.00
24009828--24009874	16	2.9	17	73	20	55	38	8	12	40	1.74
24012529--24012554	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
24014977--24015104	49	2.6	49	79	0	148	29	25	16	28	1.97
24016984--24017014	13	2.3	14	94	5	55	45	19	6	29	1.75
24021470--24021496	13	2.1	13	100	0	54	0	37	22	40	1.54
24022509--24022685	47	3.8	46	81	6	196	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24022509--24022680	94	1.8	93	86	6	249	25	30	17	26	1.97
24025678--24025812	70	1.9	70	92	0	225	31	13	18	36	1.89
24026601--24026727	43	3.0	43	85	0	182	25	18	31	25	1.97
24026589--24026755	43	3.9	43	82	4	178	26	18	30	23	1.98
24030421--24030509	30	3.0	30	81	0	106	25	31	28	14	1.95
24040616--24040809	55	3.6	54	82	7	232	20	24	18	37	1.94
24040788--24040909	47	2.6	47	94	0	217	26	23	13	36	1.91
24047078--24047115	20	1.9	20	89	10	60	76	2	2	18	1.02
24064851--24065032	39	4.7	38	81	8	188	25	21	28	25	1.99
24064852--24065032	77	2.3	80	82	6	219	25	21	28	24	1.99
24064897--24065065	79	2.2	76	82	7	196	27	19	27	25	1.99
24069287--24069489	55	3.8	53	82	7	230	21	24	18	36	1.95
24069287--24069489	54	3.8	54	83	7	250	21	24	18	36	1.95
24069462--24069574	47	2.4	47	98	0	217	25	24	15	34	1.94
24069723--24069806	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
24072052--24072234	51	3.7	49	81	7	190	27	27	18	25	1.98
24072052--24072238	101	1.9	99	86	4	268	27	28	18	25	1.98
24073726--24073776	25	2.0	25	88	0	75	27	19	19	33	1.96
24079039--24079175	46	3.0	46	84	0	184	25	29	8	36	1.86
24079149--24079475	47	7.1	47	83	8	357	26	29	11	32	1.91
24079193--24079275	38	2.2	38	91	0	130	24	27	14	33	1.94
24079252--24079329	23	3.2	25	66	23	76	30	32	8	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24082061--24082192	57	2.3	57	81	8	153	27	31	19	21	1.98
24082198--24082434	40	5.9	40	89	1	343	26	26	21	25	1.99
24085429--24085554	28	4.5	28	90	2	182	32	27	13	26	1.94
24093273--24093398	28	4.5	28	90	2	182	32	27	13	26	1.94
24095264--24095400	46	3.0	46	87	0	193	25	30	8	35	1.86
24095374--24095856	47	10.1	47	91	3	592	26	29	11	31	1.92
24095580--24095657	25	3.2	25	63	17	65	32	30	8	28	1.88
24097927--24097959	13	2.3	15	90	10	52	39	3	0	57	1.14
24097972--24098008	16	2.3	16	90	0	56	24	5	13	56	1.58
24098960--24100322	692	2.0	683	88	3	2047	38	16	13	31	1.87
24101953--24102137	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
24101934--24102137	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
24109899--24110083	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
24109880--24110083	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
24131779--24131855	40	1.9	40	91	0	127	33	25	18	22	1.96
24139657--24139805	26	5.7	25	71	17	106	44	1	4	50	1.29
24139673--24139805	11	11.8	11	67	24	73	42	0	4	51	1.27
24139716--24139801	19	4.6	19	69	13	70	41	0	5	52	1.25
24139718--24139831	56	2.0	56	100	0	228	43	0	7	49	1.29
24139909--24139960	25	2.0	26	85	3	70	42	3	9	44	1.55
24142957--24143059	26	3.8	28	68	11	79	29	19	15	35	1.93
24142910--24143063	55	2.8	55	79	3	139	29	20	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24147494--24147775	140	2.0	141	89	3	435	34	12	18	34	1.89
24150542--24150726	91	2.0	89	81	7	212	34	14	22	29	1.93
24154224--24154268	22	2.0	22	95	0	81	40	20	8	31	1.83
24161368--24161427	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
24164748--24164938	48	4.0	47	89	4	265	34	28	17	18	1.94
24165489--24165527	21	1.9	20	89	5	60	46	20	2	30	1.64
24174905--24174940	7	5.1	7	100	0	72	30	27	13	27	1.94
24190565--24190589	13	1.9	13	100	0	50	40	28	32	0	1.57
24194802--24194873	31	2.3	31	76	9	83	13	36	27	22	1.92
24199373--24199453	40	2.0	40	85	0	108	32	16	32	19	1.94
24199254--24199441	20	9.4	20	68	10	80	36	19	32	11	1.88
24203963--24203995	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
24204501--24204574	29	2.6	28	80	8	69	55	4	1	39	1.27
24206090--24206153	32	2.0	32	100	0	128	40	18	6	34	1.76
24207105--24207129	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
24208293--24208340	16	3.1	16	80	17	64	22	0	6	70	1.09
24208536--24208579	23	2.0	23	86	8	65	29	0	4	65	1.12
24209143--24209168	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
24210652--24210686	12	2.9	12	91	0	52	20	34	34	11	1.88
24214361--24214397	14	2.4	16	86	8	51	0	27	2	70	1.01
24214841--24214874	17	2.0	17	100	0	68	29	23	0	47	1.52
24214977--24215038	28	2.3	26	78	21	67	66	3	0	30	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24214984--24215029	20	2.3	20	85	10	60	67	4	0	28	1.10
24219892--24219955	33	2.0	31	90	6	101	35	0	23	40	1.55
24226886--24226925	21	1.9	21	84	0	53	35	32	0	32	1.58
24228913--24228964	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
24228920--24229054	71	1.9	70	90	4	198	31	31	14	22	1.94
24234165--24234216	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
24234177--24234325	70	2.1	70	91	2	237	30	29	16	23	1.96
24234338--24234388	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
24234246--24234466	103	2.2	103	92	2	365	31	31	18	18	1.95
24234795--24234858	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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