genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44466914--44466977	32	2.0	32	84	6	85	50	0	3	46	1.17
44467000--44467065	23	2.9	23	75	6	62	69	0	0	30	0.88
44467009--44467073	24	3.0	22	78	10	62	69	0	0	30	0.89
44467033--44467113	28	3.0	27	70	20	69	65	0	1	33	1.01
44467005--44467113	53	2.0	55	83	13	138	66	0	0	32	0.98
44467161--44467241	13	5.7	14	72	17	53	48	1	2	48	1.23
44467422--44467479	24	2.4	25	76	2	64	65	0	1	32	1.03
44467538--44467633	40	2.4	42	80	15	105	65	0	1	33	1.00
44467534--44467630	32	3.0	31	78	14	92	64	0	1	34	1.00
44467733--44467783	18	2.7	19	79	11	61	45	1	0	52	1.12
44467898--44467927	9	3.2	9	90	9	51	56	0	0	43	0.99
44467909--44468042	13	10.8	13	68	21	51	53	0	2	43	1.18
44467974--44468058	35	2.5	33	74	20	86	58	0	0	41	0.98
44467972--44468041	24	2.9	25	80	14	76	58	0	0	41	0.98
44468000--44468091	18	5.0	18	70	20	66	52	0	2	45	1.13
44468152--44468216	12	5.4	12	73	15	55	52	1	1	44	1.19
44468183--44468357	28	6.1	30	70	20	83	57	0	4	38	1.18
44468164--44468236	19	3.8	18	76	16	58	54	1	1	42	1.17
44468152--44468325	50	3.6	50	74	15	129	55	0	2	40	1.19
44468337--44468377	10	3.7	11	81	18	50	58	0	2	39	1.11
44468526--44468911	25	15.9	25	62	24	64	54	1	1	42	1.16
44468602--44468653	27	2.0	26	88	3	77	57	1	1	38	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44468628--44468660	16	2.1	16	88	11	50	60	0	3	36	1.12
44468707--44469588	20	41.9	21	64	25	77	53	0	2	43	1.16
44468734--44468881	14	10.0	16	67	26	80	53	0	0	45	1.10
44468722--44468835	12	10.5	12	68	24	51	54	0	0	44	1.06
44468767--44468879	2	62.5	2	67	19	70	52	0	0	46	1.13
44468704--44468879	32	5.4	32	70	20	100	53	1	1	44	1.15
44468767--44468879	5	20.8	6	71	16	70	52	0	0	46	1.13
44468960--44468992	14	2.2	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
44468999--44469349	23	15.8	22	64	24	75	52	0	1	45	1.15
44469078--44469769	37	19.8	37	65	24	117	55	0	2	42	1.14
44469155--44469210	18	2.8	22	71	23	59	48	0	0	51	1.00
44468983--44469527	38	14.2	38	64	24	129	54	0	1	43	1.14
44469246--44469365	2	67.5	2	68	25	65	52	0	1	45	1.10
44469298--44469422	46	2.7	45	80	9	112	59	0	0	40	1.03
44469321--44469512	30	6.4	30	70	21	86	58	0	1	40	1.08
44469301--44469594	20	13.3	23	66	22	82	57	0	1	41	1.05
44469560--44469633	20	3.8	20	68	13	57	58	0	5	36	1.21
44469608--44469685	23	3.4	23	75	10	70	56	1	1	41	1.15
44469716--44469819	2	58.5	2	68	22	54	54	0	0	45	0.99
44469716--44469801	16	5.8	16	67	20	60	59	0	0	40	0.97
44469716--44469819	7	14.6	8	69	21	54	54	0	0	45	0.99
44469787--44469828	17	2.4	18	84	7	61	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44474672--44474920	52	5.0	52	84	12	344	32	8	28	30	1.86
44474581--44474920	100	3.5	97	88	9	479	33	8	28	29	1.86
44474581--44474920	48	7.1	47	82	14	421	33	8	28	29	1.86
44474824--44475117	113	2.6	113	78	15	259	31	10	27	30	1.90
44475157--44475257	44	2.2	44	82	3	112	32	9	31	25	1.89
44475390--44475470	36	2.2	37	80	14	96	27	16	29	27	1.97
44489180--44489355	39	4.6	39	74	16	152	26	29	22	21	1.99
44489215--44489304	38	2.4	36	80	9	99	24	27	25	22	2.00
44489231--44489356	37	3.3	38	79	13	134	28	27	21	22	1.99
44489752--44489823	28	2.6	28	91	4	110	26	30	16	26	1.97
44489807--44489951	43	3.3	43	97	0	272	26	35	15	22	1.93
44491796--44491873	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97
44491992--44492487	51	10.4	47	88	7	682	29	28	8	32	1.87
44491992--44492487	98	5.2	94	87	7	682	29	28	8	32	1.87
44492007--44492487	149	3.3	146	90	6	686	29	29	8	32	1.87
44499739--44499813	37	2.0	37	97	0	141	25	25	18	30	1.98
44501150--44501234	40	2.1	40	88	0	125	22	22	20	35	1.96
44520756--44520857	42	2.4	42	90	3	152	30	25	21	22	1.99
44523293--44523625	117	2.8	117	87	0	477	29	26	22	21	1.99
44523303--44523625	39	8.3	39	84	0	412	30	26	21	21	1.98
44529586--44529618	16	2.1	16	100	0	66	39	18	6	36	1.75
44534481--44534537	30	1.9	30	85	0	78	38	8	22	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44536661--44536695	17	1.9	19	88	11	56	40	0	17	42	1.49
44543991--44544019	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
44549900--44550080	55	3.2	55	86	9	263	24	22	27	25	2.00
44554733--44554793	25	2.4	25	83	0	77	49	14	16	19	1.80
44555411--44555481	26	2.7	27	80	8	83	26	25	14	33	1.94
44555411--44555490	27	3.0	27	87	3	108	25	23	16	35	1.95
44562433--44562653	40	5.6	39	83	7	259	22	23	28	25	1.99
44562437--44562653	80	2.7	80	88	2	305	22	23	29	24	1.99
44567001--44567176	46	3.8	45	77	12	187	21	20	29	28	1.98
44566997--44567169	93	1.9	93	91	2	285	21	20	30	27	1.98
44573704--44573924	40	5.6	39	82	7	259	22	23	28	25	1.99
44573741--44573924	80	2.3	80	91	0	289	21	24	27	26	1.99
44581610--44581671	31	2.0	31	83	3	79	37	20	22	19	1.95
44591475--44591508	15	2.3	15	89	0	50	58	8	0	32	1.29
44598774--44598812	15	2.6	15	87	0	60	56	15	12	15	1.68
44599545--44599714	46	3.7	45	86	8	209	23	30	18	27	1.98
44604935--44604964	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
44609587--44609660	25	3.0	25	91	0	112	31	18	21	28	1.97
44609594--44609668	25	3.0	24	86	3	87	30	17	24	28	1.97
44611107--44611174	30	2.3	30	89	0	100	16	20	35	27	1.94
44616344--44616490	27	5.4	27	72	8	120	34	17	17	31	1.92
44616345--44616490	54	2.7	53	74	6	141	34	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44620048--44620219	27	6.4	27	82	4	188	37	19	13	28	1.91
44620047--44620219	54	3.2	54	85	1	222	37	19	13	28	1.90
44620047--44620219	81	2.1	81	84	5	224	37	19	13	28	1.90
44623443--44623477	18	1.9	18	88	0	52	28	11	11	48	1.74
44626272--44626428	39	4.0	39	90	3	244	21	21	30	27	1.98
44629149--44629178	12	2.5	12	94	0	51	16	26	33	23	1.96
44637960--44638063	45	2.3	45	89	0	163	36	29	11	22	1.89
44639844--44639955	27	4.2	26	84	5	134	37	20	24	17	1.94
44639844--44639955	54	2.1	53	88	1	161	37	20	24	17	1.94
44643959--44644046	6	14.3	6	71	17	65	46	15	18	19	1.84
44643968--44644046	31	2.5	31	89	0	113	46	15	18	18	1.84
44644466--44644669	27	7.6	27	88	0	273	24	20	20	35	1.96
44644449--44644696	81	3.1	81	81	5	279	26	18	18	35	1.95
44644659--44644779	54	2.2	54	83	0	152	31	8	18	42	1.79
44644664--44644779	27	4.3	27	85	2	135	32	7	18	41	1.79
44644773--44645022	27	9.3	27	87	0	311	40	7	21	30	1.81
44645037--44645121	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
44651517--44651627	27	4.1	27	74	10	86	34	23	23	18	1.96
44653021--44653121	24	4.2	24	92	0	157	20	38	3	36	1.72
44662631--44662655	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
44667383--44667601	40	5.5	40	90	3	329	23	22	26	27	2.00
44667383--44667601	79	2.8	80	89	4	329	23	22	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44667383--44667601	119	1.8	119	89	5	345	23	22	26	27	2.00
44675837--44676053	39	5.5	40	92	4	354	23	23	27	26	2.00
44675837--44676053	118	1.8	118	91	5	359	23	23	27	26	2.00
44681094--44681125	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
44694792--44694909	43	2.8	43	75	5	114	26	16	24	32	1.96
44698891--44699059	40	4.2	40	89	0	257	23	18	28	28	1.98
44703834--44704009	46	3.8	46	76	11	171	21	19	28	30	1.97
44703831--44704002	93	1.8	93	87	2	256	22	19	28	29	1.98
44707119--44707192	36	2.1	36	97	0	139	35	2	22	39	1.69
44718922--44719079	68	2.3	68	77	11	160	20	27	15	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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