genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10163777--10163821	12	3.9	12	85	11	67	11	0	42	46	1.39
10177894--10177953	23	2.6	23	82	15	70	61	3	10	25	1.43
10177919--10177974	19	2.7	20	83	10	60	60	8	7	23	1.51
10180654--10180678	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
10181786--10181921	53	2.6	51	82	12	159	35	13	24	26	1.93
10184898--10184961	31	2.1	31	88	2	94	59	14	4	21	1.53
10185750--10185774	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
10194800--10194860	11	5.8	11	83	12	76	32	0	0	67	0.91
10197849--10197898	26	1.9	26	87	0	73	16	0	22	62	1.33
10201981--10202044	21	3.0	22	72	9	69	14	26	18	40	1.89
10201990--10202051	21	3.0	20	69	9	52	14	25	19	40	1.90
10201977--10202074	42	2.3	42	85	3	126	15	24	19	40	1.90
10202015--10202074	21	2.9	21	75	7	59	16	25	18	40	1.91
10228761--10228787	14	1.9	14	100	0	54	29	7	22	40	1.81
10229890--10229968	40	2.0	39	97	0	131	45	25	10	18	1.81
10230273--10230348	25	3.0	25	71	9	73	30	21	28	19	1.97
10231938--10232218	96	2.9	98	84	2	359	27	18	29	24	1.98
10231938--10232218	48	5.8	49	80	2	307	27	18	29	24	1.98
10234164--10234210	18	2.6	18	86	0	67	6	40	25	27	1.80
10234326--10234409	24	3.5	23	72	13	62	32	22	27	17	1.97
10238783--10238812	15	2.0	15	93	0	51	40	30	20	10	1.85
10270793--10270848	22	2.5	22	80	5	69	16	25	19	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10273522--10273548	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
10277215--10277398	40	4.6	40	84	4	244	24	23	26	25	2.00
10277219--10277398	83	2.2	80	89	3	263	23	24	27	24	2.00
10278975--10279017	5	8.8	5	80	14	54	41	2	0	55	1.12
10280377--10280420	10	4.3	10	86	13	63	43	0	0	56	0.99
10280377--10280420	7	6.4	7	85	15	65	43	0	0	56	0.99
10280921--10280987	25	2.7	25	95	0	116	19	19	19	41	1.90
10280921--10281012	25	3.9	23	84	9	82	20	20	19	39	1.93
10288101--10288161	31	2.0	31	93	0	104	26	9	21	42	1.84
10309685--10309720	18	2.0	18	100	0	72	38	27	5	27	1.79
10310302--10310336	17	2.1	17	94	0	61	22	14	11	51	1.74
10317639--10317696	20	3.1	20	78	19	79	50	0	13	36	1.42
10317657--10317689	16	2.1	16	100	0	66	54	0	6	39	1.25
10317535--10317783	138	1.8	137	92	2	428	51	4	13	30	1.62
10329593--10329625	17	1.9	17	100	0	66	24	0	15	60	1.35
10349990--10350120	67	2.0	67	95	0	235	32	22	14	30	1.94
10357512--10357567	28	2.0	28	100	0	112	32	10	10	46	1.73
10358336--10358360	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10361163--10361228	33	2.0	33	81	0	78	39	16	22	21	1.92
10362835--10362932	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
10363147--10363302	41	3.8	41	89	6	226	28	21	20	29	1.98
10363781--10363828	24	2.1	23	85	11	64	31	14	0	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10370471--10370568	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
10370783--10370938	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
10371417--10371469	24	2.3	22	81	15	63	32	15	0	52	1.42
10374170--10374264	50	1.9	50	100	0	190	29	11	22	36	1.89
10376396--10376441	18	2.5	19	82	10	60	60	0	0	39	0.97
10377357--10377389	16	2.1	16	88	5	50	39	3	15	42	1.62
10377574--10377643	28	2.5	28	93	2	124	12	4	32	50	1.60
10380360--10380393	14	2.3	15	90	5	52	50	0	0	50	1.00
10387811--10387865	24	2.3	24	96	0	101	38	18	23	20	1.93
10405600--10405676	29	2.6	30	78	12	95	61	2	7	28	1.37
10409202--10409394	6	32.2	6	68	18	75	0	50	0	49	1.04
10409209--10409350	3	47.3	3	73	5	81	0	52	0	47	1.00
10409256--10409394	33	4.2	33	82	5	77	0	51	0	48	1.05
10409209--10409392	24	7.8	24	73	9	92	0	50	0	48	1.04
10409251--10409390	18	7.7	20	72	16	94	0	51	0	47	1.05
10412367--10412409	12	3.6	12	87	6	61	67	4	2	25	1.22
10412361--10412409	12	4.1	12	89	5	57	69	4	2	24	1.17
10416791--10416834	23	1.9	23	81	9	54	34	6	4	54	1.47
10416942--10417020	31	2.5	31	87	0	104	26	12	11	49	1.75
10419606--10419768	43	3.8	43	79	5	170	28	15	25	30	1.96
10429275--10429326	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
10429481--10429532	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10429243--10429610	103	3.6	102	93	2	603	30	29	19	19	1.97
10429939--10430002	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
10429946--10430002	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
10432812--10432845	14	2.4	14	90	0	50	64	5	5	23	1.38
10441104--10441151	21	2.3	21	89	3	71	25	6	0	68	1.12
10441098--10441178	35	2.3	33	79	12	83	28	6	0	65	1.16
10441054--10441182	58	2.3	53	78	16	127	26	6	1	65	1.27
10441283--10441348	25	2.6	25	77	13	73	31	9	1	57	1.39
10441553--10441603	21	2.4	21	78	15	52	25	5	13	54	1.61
10442641--10442733	39	2.3	41	80	14	113	52	4	3	39	1.37
10443782--10443809	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
10443840--10443870	14	2.1	15	94	5	55	67	9	19	3	1.33
10444278--10444311	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
10445029--10445087	26	2.3	25	79	2	64	50	1	20	27	1.57
10445866--10445899	15	2.2	16	89	5	52	23	0	26	50	1.50
10445878--10445972	49	2.0	47	82	14	113	17	0	21	61	1.35
10446767--10446812	11	4.1	12	76	23	55	71	2	0	26	0.97
10446774--10446817	22	2.0	22	86	8	63	72	6	0	20	1.07
10447386--10447444	9	6.0	10	76	11	52	66	1	32	0	1.02
10447382--10447447	11	6.3	11	76	15	52	65	1	33	0	1.02
10447382--10447447	13	5.0	13	82	12	73	65	1	33	0	1.02
10447616--10447724	33	3.4	32	72	22	104	36	0	10	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10447600--10447733	61	2.2	62	84	8	191	31	0	11	57	1.34
10447614--10447707	28	3.1	29	70	20	75	36	0	8	55	1.31
10450777--10450872	33	2.9	33	87	3	113	13	47	14	23	1.80
10454425--10454459	18	1.9	18	88	0	52	57	11	0	31	1.34
10454411--10454462	27	1.9	27	84	0	68	61	11	0	26	1.30
10455166--10455237	36	2.1	35	87	10	105	26	16	5	51	1.66
10457370--10457437	27	2.5	27	95	0	118	26	30	19	23	1.98
10457983--10458042	30	2.0	30	100	0	120	60	10	6	23	1.52
10458576--10458609	14	2.5	13	86	13	50	23	2	5	67	1.26
10468916--10469061	10	14.3	10	68	13	50	64	3	2	29	1.24
10468999--10469144	36	4.0	37	75	12	113	65	2	2	30	1.18
10469183--10469226	23	2.0	23	86	4	63	72	11	0	15	1.11
10470979--10471132	40	3.7	40	74	13	116	33	24	16	25	1.96
10472509--10472558	21	2.4	21	86	6	66	34	2	8	56	1.40
10472678--10472726	19	2.5	20	83	6	66	32	0	2	65	1.04
10473070--10473114	21	2.3	20	85	11	58	37	0	0	62	0.96
10475587--10475814	124	1.8	125	86	5	338	43	1	31	22	1.64
10475686--10475759	30	2.4	32	82	15	93	47	1	31	20	1.59
10477782--10477826	21	2.0	23	87	8	67	62	4	2	31	1.27
10480003--10480048	24	1.9	24	86	8	67	58	4	4	32	1.37
10480455--10480494	19	2.0	20	85	4	55	37	10	7	45	1.66
10487590--10487629	20	2.0	20	85	0	53	25	15	20	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10487929--10488002	37	2.0	37	94	0	130	22	17	14	44	1.86
10493896--10494081	33	5.6	33	85	1	248	33	11	20	33	1.89
10493896--10494107	66	3.2	66	86	2	266	34	12	20	32	1.90
10493896--10494107	99	2.1	100	85	1	275	34	12	20	32	1.90
10500109--10500252	63	2.2	65	84	4	177	33	22	11	31	1.91
10500073--10500252	33	5.6	33	82	4	188	31	23	12	32	1.92
10501383--10501407	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
10501591--10501647	27	2.1	27	83	0	69	35	14	17	33	1.90
10503532--10503726	38	5.1	38	81	2	219	23	21	25	30	1.99
10503719--10503830	43	2.6	43	91	2	181	10	25	31	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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