genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51730994--51731065	34	2.1	34	82	7	85	25	22	20	31	1.98
51738781--51738900	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
51740030--51740254	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
51740030--51740287	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	1.99
51745895--51745937	14	3.3	12	79	17	50	37	18	2	41	1.63
51745909--51746037	42	3.1	41	83	4	154	31	16	3	48	1.64
51745962--51746028	21	3.2	21	64	8	55	32	14	0	52	1.43
51746079--51746143	25	2.6	25	80	0	85	35	24	13	26	1.93
51754808--51754834	14	1.9	14	100	0	54	18	37	7	37	1.79
51759817--51759992	27	6.6	27	77	5	169	34	11	23	30	1.90
51767783--51767870	45	2.0	45	95	0	158	39	26	10	23	1.86
51776219--51776444	61	3.7	61	82	3	258	34	13	24	26	1.93
51776219--51776444	122	1.9	122	86	1	328	34	13	24	26	1.93
51776727--51776776	25	2.0	25	84	7	66	46	8	24	22	1.78
51781185--51781276	45	2.0	45	87	4	132	40	23	9	26	1.86
51783842--51783899	29	2.1	29	83	6	75	32	22	20	24	1.98
51788791--51788826	18	2.0	18	100	0	72	44	5	22	27	1.75
51789063--51789103	21	1.9	22	85	5	57	48	9	0	41	1.36
51789441--51789516	37	2.1	37	100	0	152	48	13	0	38	1.42
51795560--51795655	48	2.0	48	100	0	192	41	18	14	25	1.88
51796309--51796536	125	1.8	125	92	0	384	25	38	6	29	1.81
51802342--51802415	27	2.8	26	81	6	94	22	17	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51813312--51813420	37	2.9	37	93	0	173	27	29	18	24	1.98
51813629--51814017	47	8.1	47	88	5	544	26	30	12	31	1.92
51813629--51814017	94	4.0	98	90	5	605	26	30	12	31	1.92
51818719--51818832	43	2.7	42	78	10	124	28	17	26	27	1.98
51818915--51818957	20	2.2	20	86	0	59	27	0	32	39	1.57
51819947--51819999	21	2.5	21	96	0	97	22	28	32	16	1.96
51821905--51822034	47	2.7	47	85	1	161	21	15	30	33	1.94
51822216--51822270	21	2.7	21	91	8	87	18	0	29	52	1.45
51823694--51823750	26	2.3	24	84	6	69	29	21	17	31	1.96
51823718--51823828	23	4.8	23	80	9	86	27	23	17	32	1.96
51823718--51823830	45	2.4	47	77	10	117	26	23	17	32	1.97
51828416--51828573	41	3.9	41	80	2	201	21	22	27	28	1.99
51832269--51832407	27	5.1	27	87	0	170	28	23	7	41	1.82
51832283--51832425	54	2.6	54	86	2	162	30	21	8	39	1.83
51832414--51832645	27	8.7	27	85	7	278	39	18	10	31	1.85
51832275--51832452	81	2.2	81	79	2	187	31	20	8	38	1.84
51832414--51832645	53	4.4	53	86	6	301	39	18	10	31	1.85
51832414--51832645	80	2.9	78	85	8	281	39	18	10	31	1.85
51832639--51832808	27	6.3	27	84	0	196	37	19	18	24	1.94
51832639--51832808	81	2.1	81	84	2	216	37	19	18	24	1.94
51832639--51832811	54	3.2	54	85	1	231	36	19	18	25	1.94
51833022--51833091	25	2.8	25	88	0	104	25	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51833020--51833104	25	3.5	24	79	7	91	28	20	22	29	1.98
51834197--51834336	41	3.4	41	79	3	149	32	24	15	27	1.96
51838578--51838802	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
51838578--51838835	119	2.2	119	82	6	301	25	21	27	25	2.00
51845708--51845819	28	4.0	27	85	9	109	33	26	12	27	1.92
51845722--51845819	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
51848904--51849128	40	5.7	40	84	5	278	24	21	27	25	1.99
51853167--51853383	68	3.3	64	80	7	170	29	16	28	24	1.97
51864008--51864043	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
51867442--51867485	20	2.2	20	88	4	63	25	15	31	27	1.96
51868409--51868543	41	3.3	41	79	6	141	31	25	17	25	1.97
51871436--51871562	54	2.4	54	90	1	193	44	12	8	33	1.73
51875486--51875585	50	2.0	50	92	0	164	33	23	12	32	1.91
51875769--51875895	54	2.4	54	90	1	202	44	14	8	33	1.75
51887765--51887890	46	2.7	46	92	0	207	19	21	30	29	1.97
51890520--51890833	27	11.6	27	86	0	421	39	19	8	32	1.83
51890520--51890894	81	4.6	81	84	2	414	38	20	9	32	1.84
51890520--51890888	27	13.7	27	80	7	349	38	20	9	31	1.84
51890990--51891959	27	35.6	27	85	2	1195	35	19	19	25	1.95
51891577--51891649	37	2.0	37	91	0	119	39	16	24	19	1.91
51891550--51891676	64	2.0	64	95	0	227	37	18	23	20	1.95
51892328--51892387	22	2.7	22	94	0	93	18	26	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51892546--51892610	27	2.4	27	79	5	78	16	21	24	36	1.94
51892753--51892818	6	10.8	6	77	9	71	16	19	13	50	1.78
51907473--51907649	40	4.4	40	85	4	225	23	22	27	26	2.00
51915391--51915514	40	3.1	39	79	5	133	25	21	25	27	2.00
51931909--51932066	43	3.7	44	77	13	150	25	18	25	29	1.98
51931908--51932063	85	1.8	85	81	8	192	25	18	26	30	1.98
51935111--51935226	40	2.8	42	84	5	164	28	20	19	31	1.97
51935111--51935242	42	3.2	42	83	4	169	28	18	20	32	1.96
51944525--51944590	32	2.1	32	97	0	123	39	21	18	21	1.93
51944622--51944682	32	1.9	32	96	0	113	39	19	14	26	1.90
51947435--51947505	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
51948922--51949005	27	3.2	26	81	6	89	17	22	23	35	1.95
51955283--51955341	23	2.5	24	94	5	111	33	0	37	28	1.58
51956761--51956871	27	4.1	27	80	8	120	16	23	22	37	1.93
51956761--51956871	54	2.1	53	84	5	143	16	23	22	37	1.93
51965322--51965466	66	2.2	66	82	8	174	22	30	15	31	1.95
51967835--51968058	40	5.6	40	85	3	279	24	22	26	26	2.00
51967839--51968058	83	2.7	80	86	5	275	23	22	27	26	2.00
51970699--51970730	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
51977536--51977620	43	2.0	43	81	4	100	25	28	18	27	1.98
51987778--51987869	25	3.7	25	74	11	80	30	26	13	30	1.93
51990641--51990690	24	2.0	25	96	3	93	38	20	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51992790--51992892	40	2.6	40	85	3	154	22	16	28	33	1.95
51992858--51992957	41	2.4	41	76	0	101	29	15	25	31	1.95
51997587--51997668	6	13.3	6	73	19	71	47	15	18	18	1.83
51997587--51997668	19	4.4	18	74	19	71	47	15	18	18	1.83
51997601--51997668	25	2.7	25	90	0	109	47	16	19	17	1.83
52000368--52000671	47	6.4	47	91	1	428	34	7	29	27	1.85
52002980--52003364	27	14.3	27	87	1	475	27	20	17	34	1.95
52002980--52003617	54	11.6	54	87	4	810	25	20	18	34	1.95
52002981--52003609	81	7.6	81	82	7	712	25	20	18	34	1.95
52003373--52003617	27	9.1	27	93	0	409	23	21	20	34	1.96
52003602--52003758	27	5.8	27	76	10	92	33	9	21	35	1.86
52003649--52003786	27	5.1	27	79	5	118	34	9	18	37	1.83
52006114--52006661	47	11.6	47	94	1	916	29	29	8	32	1.86
52006164--52006242	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
52006114--52006661	143	3.9	143	94	1	969	29	29	8	32	1.86
52010395--52010602	27	7.7	27	86	0	290	30	8	20	40	1.82
52010397--52010602	54	3.8	54	92	0	340	30	8	20	40	1.82
52026838--52027062	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
52026840--52027062	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
52028190--52028309	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
52037906--52037934	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
52045033--52045124	38	2.4	37	87	5	121	27	27	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52046315--52046430	55	2.1	56	82	9	148	24	19	10	45	1.81
52046324--52046434	54	2.0	54	83	8	136	23	23	9	43	1.83
52053161--52053281	56	2.1	57	93	4	210	23	22	9	45	1.80
52058691--52058941	47	5.5	47	93	3	390	32	11	30	26	1.91
52061404--52061478	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
52061532--52061838	40	7.7	40	92	1	492	24	22	28	24	1.99
52065182--52065479	47	6.3	47	90	3	404	31	10	31	26	1.89
52065188--52065450	93	2.8	94	91	2	420	31	11	31	26	1.91
52068526--52068567	22	1.9	22	85	9	59	14	19	19	47	1.82
52070135--52070175	21	2.0	21	85	0	55	24	26	31	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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