genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  261  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86191540--86191629	45	2.0	45	88	0	135	44	16	13	25	1.84
86193394--86193443	24	2.0	25	85	11	68	46	4	6	44	1.47
86195370--86195415	16	2.9	16	93	0	74	52	21	17	8	1.71
86200374--86200444	37	1.9	37	82	5	90	18	25	9	46	1.79
86203674--86203844	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
86203669--86203841	46	3.7	46	77	13	192	30	27	20	21	1.98
86209566--86209817	124	2.0	123	91	3	409	31	16	19	32	1.94
86220434--86220605	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
86220426--86220601	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
86222941--86223000	14	4.3	14	71	14	52	61	13	15	10	1.56
86222941--86223017	15	5.4	15	75	16	74	59	12	16	10	1.60
86222952--86223026	15	5.2	15	72	15	68	57	14	16	12	1.66
86225919--86226090	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
86225911--86226086	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
86229727--86229977	123	2.0	123	96	0	466	33	19	15	30	1.93
86235756--86235805	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
86236434--86236472	16	2.4	17	82	8	53	28	0	0	71	0.86
86237872--86237952	26	3.1	26	84	7	110	35	23	19	20	1.96
86238921--86238962	21	2.0	21	100	0	84	47	28	9	14	1.75
86240741--86240772	13	2.6	12	90	9	55	71	0	0	28	0.86
86244225--86244284	20	3.0	19	78	9	66	65	3	8	23	1.36
86244225--86244282	30	1.9	30	86	6	82	65	3	8	22	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86248491--86248578	27	3.2	27	88	6	133	18	22	22	36	1.95
86252598--86252751	38	4.0	38	83	3	184	22	19	25	33	1.97
86252562--86252739	76	2.3	77	82	5	207	24	21	24	29	1.99
86258778--86258838	5	12.4	5	77	10	56	55	0	1	42	1.09
86260287--86260490	101	2.0	101	93	0	345	32	26	10	30	1.90
86264720--86264748	5	6.0	5	92	8	51	58	0	0	41	0.98
86264727--86264777	25	2.0	25	88	3	75	54	0	1	43	1.11
86268263--86268554	27	10.8	27	88	0	359	30	23	7	39	1.81
86268263--86268554	81	3.6	81	89	0	422	30	23	7	39	1.81
86268238--86268583	81	4.3	80	84	1	368	32	22	7	37	1.82
86268547--86268781	27	8.7	27	76	5	190	39	20	10	29	1.86
86268547--86268755	81	2.6	81	81	6	219	40	20	9	30	1.84
86268547--86268754	54	3.9	54	83	6	210	40	20	9	30	1.83
86268745--86268878	27	5.0	27	88	0	196	35	20	20	23	1.96
86269083--86269152	25	2.8	24	86	4	95	28	25	20	25	1.99
86269082--86269179	25	4.0	23	77	10	79	29	23	20	26	1.99
86271338--86271380	21	2.0	21	100	0	86	23	32	13	30	1.93
86276158--86276199	15	2.8	14	89	10	57	23	2	4	69	1.20
86276158--86276199	8	5.6	7	94	5	57	23	2	4	69	1.20
86277341--86277583	40	6.0	41	77	6	217	32	23	18	25	1.97
86277341--86277583	81	3.0	81	86	1	326	32	23	18	25	1.97
86277558--86277647	41	2.2	41	86	2	119	17	24	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86277569--86277647	41	1.9	41	89	0	122	20	24	21	34	1.97
86280287--86280325	19	2.1	19	95	0	69	43	12	20	23	1.86
86284679--86284712	17	1.9	18	88	5	52	17	29	41	11	1.85
86291532--86291636	27	3.9	26	80	12	113	18	22	22	36	1.95
86291531--86291642	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	36	1.94
86297670--86297724	7	7.9	7	91	0	83	41	38	1	18	1.61
86298479--86298568	31	2.9	31	86	0	108	47	14	18	18	1.82
86298711--86298814	27	3.9	26	85	6	109	35	22	23	19	1.96
86298973--86299037	22	3.0	22	75	8	60	33	20	24	21	1.97
86299468--86299845	27	14.0	27	86	2	483	23	21	18	35	1.95
86299834--86299903	27	2.6	27	90	0	113	28	7	22	41	1.80
86308048--86308280	48	4.8	48	83	1	286	25	29	18	27	1.98
86308048--86308280	96	2.4	97	88	2	335	25	29	18	27	1.98
86313400--86313447	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
86328457--86328493	16	2.2	17	90	4	58	24	24	37	13	1.91
86334648--86334721	23	3.2	23	64	17	62	44	14	14	25	1.84
86334642--86334735	47	2.0	47	100	0	188	46	14	14	23	1.82
86334656--86334730	23	3.2	23	64	17	64	46	14	16	22	1.83
86335029--86335204	46	3.8	46	78	10	187	29	29	20	20	1.98
86335080--86335223	46	3.1	45	73	16	125	30	28	19	21	1.98
86338404--86338575	46	3.7	46	96	1	292	19	20	30	29	1.97
86338898--86338924	13	2.1	13	100	0	54	25	14	14	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86345958--86346096	46	2.9	49	79	14	184	23	20	28	28	1.99
86355583--86355680	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
86356126--86356151	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
86364879--86364923	23	2.0	23	90	0	72	35	6	4	53	1.47
86371921--86372061	40	3.5	40	84	6	169	29	26	19	24	1.98
86371925--86372077	40	3.8	40	84	5	159	28	25	19	26	1.99
86388666--86388724	27	2.2	27	90	0	91	35	15	16	32	1.90
86389400--86389442	18	2.4	18	84	0	68	44	20	11	23	1.84
86391573--86391727	42	3.7	42	77	8	152	31	24	14	29	1.94
86391573--86391728	85	1.8	85	83	4	208	32	24	14	29	1.94
86394560--86394776	26	8.4	25	76	7	121	37	26	12	23	1.90
86394583--86394768	52	3.6	52	80	4	223	38	25	13	22	1.91
86394560--86394776	78	2.8	78	80	4	242	37	26	12	23	1.90
86405884--86405916	15	2.2	15	89	10	50	39	0	3	57	1.14
86409605--86409861	39	6.5	39	89	1	363	29	28	22	19	1.98
86413633--86413670	17	2.3	17	90	4	60	5	21	0	73	1.02
86413627--86413671	17	2.6	17	80	13	56	6	17	0	75	1.01
86421108--86421132	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
86429255--86429400	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
86429614--86429994	47	8.0	47	90	3	573	26	29	12	32	1.92
86429721--86429798	23	3.2	25	63	17	65	29	29	10	30	1.90
86429784--86429971	100	1.9	100	97	0	358	27	29	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86429614--86429994	194	2.0	188	91	3	609	26	29	12	32	1.92
86432181--86432359	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.85
86435207--86435350	41	3.5	42	81	9	172	21	18	23	36	1.95
86435915--86435998	37	2.3	37	93	0	141	27	10	17	44	1.82
86438458--86438490	11	3.1	11	86	8	50	21	0	0	78	0.75
86438458--86438489	16	1.9	16	93	6	55	18	0	0	81	0.70
86439324--86439370	20	2.3	20	85	0	58	27	40	17	14	1.89
86439962--86440006	22	2.0	22	83	8	56	44	20	8	26	1.80
86443676--86443803	43	3.0	44	87	5	190	32	25	13	28	1.93
86451887--86451983	20	4.8	19	78	17	74	70	0	2	27	0.99
86451886--86451976	3	32.7	3	77	18	99	69	0	1	29	0.96
86452243--86452299	28	2.0	28	100	0	114	38	7	26	28	1.82
86452249--86452310	28	2.2	28	88	0	88	40	8	19	32	1.81
86458369--86458395	10	2.7	10	100	0	54	62	0	7	29	1.22
86458424--86458453	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
86458829--86459088	140	1.9	140	80	6	312	39	11	11	37	1.79
86463464--86463492	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
86464875--86464904	13	2.3	13	94	0	51	40	0	0	60	0.97
86465459--86465495	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
86466455--86466687	117	2.0	116	90	2	369	53	2	5	38	1.36
86470043--86470099	28	2.0	28	83	6	71	29	33	0	36	1.58
86470043--86470100	21	2.8	21	86	0	71	29	32	0	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86471964--86471989	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
86474933--86474961	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
86475798--86475827	15	2.0	15	93	0	51	46	0	10	43	1.37
86476608--86476649	19	2.3	18	84	12	50	28	11	4	54	1.57
86477485--86477557	35	2.1	35	97	0	137	39	8	19	32	1.81
86479373--86479406	15	2.1	17	89	10	54	29	5	11	52	1.61
86489522--86489615	25	4.0	25	69	25	64	43	3	5	47	1.41
86489481--86489615	69	2.0	69	89	1	209	41	3	5	49	1.43
86489515--86489618	32	3.1	32	72	13	93	42	2	6	48	1.44
86491008--86491089	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343