genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86905238--86905363	54	2.3	54	76	4	137	45	21	5	27	1.74
86905375--86905426	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
86905467--86905544	27	2.9	26	75	11	77	35	21	21	20	1.96
86906354--86906423	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
86906353--86906448	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
86906643--86906725	31	2.7	30	92	3	132	30	16	25	27	1.97
86909076--86909143	27	2.5	27	87	0	82	27	22	7	42	1.80
86909135--86909273	27	5.1	27	76	9	122	38	23	10	28	1.88
86909133--86909274	54	2.7	53	76	10	146	38	22	10	28	1.87
86909175--86909287	27	4.2	27	85	4	147	44	20	6	29	1.76
86909276--86909361	27	3.1	27	80	14	95	41	12	9	36	1.75
86910289--86910358	25	2.8	25	82	8	81	25	21	21	31	1.98
86910289--86910371	25	3.4	24	80	11	71	28	19	21	30	1.98
86910578--86910651	31	2.4	30	91	4	130	29	17	25	27	1.97
86910688--86910758	33	2.1	33	81	2	79	25	21	22	30	1.98
86926236--86926350	43	2.7	43	86	2	151	33	23	16	26	1.95
86931255--86931404	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
86931279--86931461	67	2.8	64	77	8	192	30	16	30	22	1.96
86941137--86941176	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
86948606--86948780	92	1.9	93	83	7	230	24	30	18	25	1.98
86951578--86951612	16	2.2	16	89	0	52	51	20	20	8	1.73
86951824--86951975	29	5.3	29	78	6	143	26	14	32	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86954914--86955019	27	3.9	27	85	7	135	16	24	22	36	1.94
86954914--86955021	54	2.0	54	87	3	155	15	24	22	37	1.93
86956301--86956387	42	2.1	42	91	0	138	25	17	16	41	1.89
86959116--86959154	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
86960796--86960836	22	1.9	21	85	5	55	60	12	9	17	1.57
86968314--86968369	15	3.5	15	71	21	51	71	1	7	19	1.18
86974352--86974459	26	4.2	26	89	0	171	36	23	8	32	1.84
86981431--86981538	26	4.2	26	87	0	162	37	23	6	32	1.80
86983793--86983826	17	1.9	17	88	5	50	38	5	5	50	1.51
86986541--86986581	19	2.2	19	86	4	57	29	2	4	63	1.28
86991278--86991394	41	2.8	41	79	8	130	28	28	20	23	1.99
86999429--86999528	43	2.4	43	81	3	114	31	26	20	23	1.98
86999416--86999528	43	2.7	40	75	6	111	29	27	19	23	1.98
87004696--87004823	28	4.5	28	84	4	150	32	26	12	28	1.93
87010731--87010847	46	2.5	46	82	9	132	22	29	19	29	1.98
87014389--87014437	20	2.5	20	79	0	53	51	16	8	24	1.71
87018470--87018507	20	1.9	19	89	5	58	34	15	7	42	1.76
87023050--87023080	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
87023560--87023622	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
87023960--87024002	22	2.0	22	95	0	77	60	9	9	20	1.55
87023959--87024015	22	2.6	22	82	0	60	63	7	12	17	1.50
87026885--87026911	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87027838--87027935	42	2.3	42	87	3	135	32	12	21	33	1.90
87034419--87034573	42	3.7	41	76	5	157	30	14	23	31	1.94
87036838--87037088	44	5.9	41	71	11	155	24	16	26	32	1.96
87036857--87037080	86	2.6	85	80	4	227	24	16	26	32	1.96
87041129--87041197	29	2.4	29	80	7	79	28	21	24	24	1.99
87053649--87053717	28	2.5	28	85	0	84	31	26	14	27	1.95
87054836--87054905	24	2.9	24	85	8	88	24	24	17	34	1.96
87065690--87065748	16	3.7	16	88	0	64	50	18	20	10	1.75
87065960--87066037	29	2.8	28	86	5	113	26	12	28	32	1.93
87065961--87066049	29	3.1	28	82	10	110	28	12	28	31	1.93
87066329--87066382	27	2.0	27	82	3	65	46	22	16	14	1.84
87081239--87081273	17	2.1	16	89	5	52	45	0	0	54	0.99
87081610--87081666	11	5.2	11	80	0	69	21	38	0	40	1.53
87081631--87081940	164	1.9	164	91	1	505	26	15	5	52	1.64
87098938--87098985	18	2.6	19	87	12	73	47	6	0	45	1.27
87098995--87099041	23	2.2	22	85	11	62	72	4	2	21	1.12
87099052--87099086	11	3.1	11	88	8	52	62	20	2	14	1.43
87102719--87102777	26	2.3	26	85	5	75	37	5	25	32	1.78
87102715--87102775	13	4.7	13	76	8	61	34	4	24	36	1.77
87106279--87106450	46	3.7	46	90	1	247	21	24	13	40	1.90
87107278--87107342	34	1.9	34	87	3	96	43	9	4	43	1.57
87107754--87107904	77	2.0	77	98	0	293	33	13	12	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87109367--87109419	24	2.1	26	86	13	76	54	16	3	24	1.59
87110575--87110632	29	1.9	30	82	6	73	44	0	6	48	1.29
87110617--87110656	20	2.0	21	85	14	57	37	0	10	52	1.35
87111605--87111647	22	1.9	23	85	4	61	37	4	4	53	1.43
87113064--87113091	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
87115042--87115197	39	4.0	39	94	2	242	30	19	3	46	1.66
87115801--87115850	23	2.2	23	89	3	75	36	32	0	32	1.58
87116315--87116339	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
87116324--87116686	44	8.4	44	69	11	185	25	25	18	31	1.98
87116321--87116723	133	3.1	132	87	4	563	25	24	18	31	1.98
87116765--87117550	205	3.8	203	91	2	1182	29	22	18	30	1.97
87125422--87125452	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
87125496--87125545	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
87129898--87130046	38	3.9	38	91	6	230	30	18	3	47	1.64
87132873--87133039	46	3.5	46	73	12	147	29	29	16	25	1.96
87134109--87134190	21	3.8	22	76	9	80	34	26	24	14	1.94
87134109--87134189	44	1.9	41	82	7	99	33	27	24	14	1.95
87134381--87134475	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
87134395--87134478	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
87136831--87136897	28	2.4	28	94	0	116	46	11	0	41	1.41
87137677--87137733	22	2.5	22	82	2	60	35	29	3	31	1.75
87138553--87138587	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87146704--87146787	9	9.0	9	73	19	57	32	4	1	61	1.24
87151297--87151451	39	4.0	39	84	1	186	18	19	29	32	1.95
87154214--87154257	21	2.0	21	83	12	54	45	2	4	47	1.35
87160399--87160443	23	2.0	23	82	8	56	37	2	4	55	1.32
87160646--87160714	21	3.3	21	70	8	68	43	0	18	37	1.51
87160634--87160715	42	2.0	42	95	0	146	41	0	20	37	1.53
87162520--87162554	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
87162941--87162978	19	2.1	18	90	5	58	57	2	0	39	1.12
87163472--87163510	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
87163712--87163781	29	2.4	28	88	9	104	2	1	35	60	1.21
87167285--87167335	25	2.0	25	100	0	102	31	15	0	52	1.43
87167442--87167506	30	2.2	30	100	0	130	33	26	3	36	1.72
87168867--87169300	50	8.6	50	80	2	438	30	26	17	25	1.98
87168865--87169296	101	4.3	101	80	2	332	30	26	17	25	1.97
87168848--87169296	151	3.0	151	89	0	664	30	26	17	25	1.98
87174890--87175107	40	5.5	40	93	1	359	25	27	22	24	2.00
87181386--87181466	42	1.9	42	92	0	135	43	0	19	37	1.52
87181391--87181465	21	3.6	21	67	13	64	45	0	18	36	1.50
87192740--87192807	18	3.7	18	78	9	68	64	7	0	27	1.20
87193902--87193947	20	2.3	20	84	0	65	39	8	4	47	1.54
87194637--87194697	32	1.9	32	89	0	95	22	14	16	45	1.84
87195624--87195682	24	2.6	23	76	7	68	32	22	3	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87197903--87197957	26	2.1	26	100	0	110	27	27	10	34	1.90
87200675--87200839	87	1.9	86	83	1	213	38	20	7	33	1.81
87200884--87200923	18	2.2	18	86	8	55	65	0	2	32	1.06
87200956--87201011	18	3.1	19	70	17	55	66	3	1	28	1.19
87201206--87201259	19	2.9	19	83	2	74	37	1	0	61	1.07
87201213--87201316	18	5.6	18	71	10	68	31	3	0	64	1.11
87201206--87201312	28	3.8	28	73	9	74	31	3	0	64	1.11
87203461--87203499	18	2.1	18	85	9	51	48	5	0	46	1.24
87206202--87206226	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
87209616--87209648	5	6.6	5	100	0	66	39	21	39	0	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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