genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83029626--83029740	47	2.5	46	82	4	131	33	22	13	29	1.93
83029594--83029799	47	4.2	47	72	11	119	33	27	14	24	1.94
83048633--83048869	47	5.0	47	88	2	307	34	10	29	25	1.90
83048701--83048776	22	3.3	22	67	16	64	34	13	27	25	1.93
83048676--83048801	25	5.3	25	67	21	99	34	11	26	26	1.91
83053173--83053650	44	10.8	44	75	9	346	28	16	26	28	1.97
83053086--83053634	176	3.1	173	77	9	531	28	15	25	30	1.96
83061328--83061416	16	5.1	16	69	22	63	62	1	3	32	1.19
83063177--83064067	206	4.3	206	89	1	1356	28	22	18	30	1.97
83075984--83076037	21	2.5	22	79	11	58	53	1	5	38	1.35
83076207--83076239	15	2.2	16	89	10	52	66	0	6	27	1.15
83076333--83076419	11	8.3	11	68	24	55	64	2	2	31	1.18
83076338--83076379	13	3.5	12	81	18	52	66	2	0	30	1.04
83076356--83076444	16	5.1	16	69	22	63	62	1	3	32	1.19
83076340--83076453	30	3.7	30	71	20	83	64	1	2	31	1.18
83077903--83077933	12	2.5	13	89	10	55	22	6	0	70	1.09
83080073--83080125	22	2.4	23	75	6	56	50	1	0	47	1.12
83080594--83080653	28	2.2	26	82	5	75	63	0	0	36	0.95
83085946--83086069	48	2.6	48	85	0	167	33	20	22	23	1.98
83088040--83088441	203	2.0	203	89	1	608	30	13	22	34	1.92
83108801--83108928	55	2.3	55	79	10	136	27	25	28	18	1.98
83109909--83110047	60	2.3	60	82	6	156	25	24	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83110040--83110079	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
83112623--83112681	22	2.8	20	89	5	82	11	27	20	40	1.87
83114835--83114963	48	2.6	48	88	2	195	31	20	24	23	1.98
83114991--83115104	49	2.3	50	85	7	153	29	21	25	22	1.99
83131619--83131790	46	3.7	45	77	10	177	20	20	27	30	1.98
83131615--83131786	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	29	1.98
83137610--83137785	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
83137606--83137777	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
83143103--83143278	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
83143099--83143270	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
83147537--83147574	13	2.9	13	85	14	60	52	23	0	23	1.47
83164186--83164210	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
83169030--83169224	49	3.9	49	81	5	230	29	26	18	25	1.98
83169035--83169222	100	1.9	100	95	0	340	29	26	19	25	1.98
83178230--83178261	7	4.6	7	100	0	64	56	31	0	12	1.37
83179490--83179714	40	5.6	40	79	7	242	26	23	26	23	2.00
83179490--83179750	80	3.3	80	80	5	269	26	23	26	23	2.00
83179490--83179714	120	1.9	121	83	4	294	26	23	26	23	2.00
83193980--83194009	12	2.5	12	94	0	51	20	3	20	56	1.56
83194569--83194614	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
83194598--83194628	14	2.2	14	100	0	62	41	19	6	32	1.77
83197619--83197661	17	2.6	16	89	7	68	30	0	20	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83206224--83206286	6	10.2	6	83	13	83	17	0	0	82	0.67
83206228--83206289	5	12.4	5	82	17	60	17	0	0	82	0.67
83213047--83213131	41	2.1	41	97	0	161	42	23	15	18	1.88
83214577--83214685	37	2.9	37	93	0	173	26	29	19	24	1.98
83214892--83215331	47	9.1	47	82	6	538	26	29	12	31	1.93
83214935--83215009	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
83214892--83215331	98	4.5	98	93	2	708	26	29	12	31	1.93
83217274--83217452	85	2.1	85	97	0	340	26	27	7	37	1.84
83222898--83222928	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
83225724--83225825	50	2.0	50	100	0	204	27	19	5	47	1.73
83228088--83228124	18	2.1	18	100	0	74	21	0	10	67	1.21
83231175--83231234	30	2.0	30	100	0	120	23	36	6	33	1.81
83232736--83232849	43	2.7	42	82	6	140	32	26	16	24	1.96
83233008--83233082	29	2.7	29	91	8	120	40	17	8	34	1.79
83233025--83233073	16	3.2	16	66	16	50	34	18	10	36	1.85
83237123--83237168	22	2.1	22	83	0	56	19	10	13	56	1.66
83238528--83238566	2	19.5	2	94	0	69	53	0	0	46	1.00
83246729--83246764	10	3.5	10	85	7	54	69	25	0	5	1.10
83248252--83248334	41	2.0	41	100	0	166	28	22	19	28	1.98
83253002--83253060	31	1.9	31	89	0	91	38	5	8	47	1.56
83254567--83254603	16	2.2	17	90	4	58	18	0	21	59	1.38
83254854--83254986	62	2.2	61	90	1	203	25	8	18	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83256793--83256824	16	1.9	17	93	6	57	18	6	18	56	1.62
83256780--83257070	67	4.3	67	89	5	422	25	7	17	49	1.72
83260887--83261119	127	1.8	126	83	2	306	33	16	13	36	1.88
83264470--83264501	12	2.7	12	95	0	55	53	15	21	9	1.70
83264453--83264501	24	2.0	24	88	7	73	55	14	22	8	1.65
83272817--83273233	134	3.1	135	81	2	493	28	17	27	26	1.97
83273159--83273263	44	2.4	44	79	3	113	27	15	26	30	1.96
83273223--83273322	43	2.3	44	79	6	105	31	14	30	25	1.94
83281922--83282107	40	4.7	40	91	5	299	25	27	22	24	2.00
83281889--83282103	40	5.5	40	90	5	298	24	27	22	25	2.00
83281889--83282103	79	2.7	80	87	5	298	24	27	22	25	2.00
83283844--83283869	12	2.2	12	100	0	52	38	30	7	23	1.83
83289932--83290146	40	5.5	40	90	4	305	24	27	22	25	2.00
83289965--83290150	40	4.7	40	92	3	306	25	27	22	24	1.99
83289932--83290150	118	1.9	118	87	3	325	24	27	21	26	2.00
83311242--83311389	43	3.5	42	80	10	151	25	26	19	28	1.99
83311234--83311389	85	1.8	85	85	8	219	25	26	19	27	1.99
83313323--83313446	46	2.7	45	81	7	126	25	27	18	28	1.98
83317143--83317236	40	2.3	40	80	7	102	29	24	13	31	1.94
83324927--83324952	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
83328268--83328332	33	2.0	33	93	0	112	21	12	24	41	1.87
83331301--83331390	45	2.0	45	95	0	162	17	23	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83331842--83331893	18	2.8	18	77	11	50	76	0	9	13	1.01
83331864--83331893	9	3.3	9	95	0	51	83	0	16	0	0.65
83334751--83334799	23	2.1	23	100	0	98	40	12	20	26	1.87
83334896--83334959	29	2.1	31	88	5	96	46	0	1	51	1.10
83336878--83336933	29	1.9	29	89	7	87	33	0	28	37	1.58
83337282--83337321	22	1.9	20	90	10	62	32	0	0	67	0.91
83339873--83340045	49	3.6	49	73	8	138	27	18	27	26	1.98
83341579--83341657	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
83341776--83342276	47	10.6	47	92	1	813	28	28	8	33	1.86
83346231--83346802	48	11.9	48	79	5	462	27	19	26	25	1.99
83346233--83346802	146	4.0	145	81	7	599	28	19	26	25	1.99
83347338--83347376	21	1.9	19	85	10	51	56	2	7	33	1.41
83349868--83350120	48	5.3	47	86	6	323	45	11	10	32	1.75
83351410--83351564	43	3.6	43	78	5	152	27	15	25	31	1.96
83368882--83368933	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
83375153--83375330	27	6.6	27	80	6	162	30	27	15	26	1.96
83381001--83381225	40	5.7	40	88	4	289	25	28	22	23	1.99
83381002--83381225	119	1.9	119	84	7	303	25	28	22	23	2.00
83380977--83381225	79	3.2	80	85	4	310	25	27	22	24	2.00
83387981--83388152	27	6.2	27	71	13	100	31	26	14	26	1.95
83396251--83396292	14	2.9	15	75	7	50	14	2	11	71	1.24
83396558--83396683	38	3.3	38	82	11	159	25	30	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83396558--83396714	39	4.1	39	81	12	157	27	28	21	23	1.99
83396558--83396714	77	2.0	77	80	9	178	27	28	21	23	1.99
83403443--83403571	40	3.3	40	81	3	102	24	27	23	25	2.00
83403478--83403622	40	3.6	40	85	4	184	23	26	24	26	2.00
83407684--83407778	32	3.0	32	88	0	127	28	25	10	35	1.89
83407880--83407981	28	3.6	28	78	10	109	23	30	18	27	1.98
83407847--83407981	56	2.4	56	87	1	191	22	28	20	28	1.98
83413964--83414041	32	2.4	32	95	0	138	29	23	11	35	1.90
83414133--83414259	28	4.5	28	79	0	128	22	29	19	28	1.98
83414098--83414259	56	2.9	56	85	5	204	24	27	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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