genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32769122--32769339	40	5.5	40	88	2	271	22	24	27	24	2.00
32776906--32777069	40	4.1	40	91	3	233	21	24	28	25	1.99
32785861--32785948	45	2.0	45	86	2	124	28	26	15	29	1.96
32791871--32792021	76	2.0	76	93	0	257	38	17	7	36	1.79
32793520--32793587	27	2.5	27	92	0	109	22	26	22	29	1.99
32795654--32795785	60	2.2	61	93	2	230	46	15	11	25	1.79
32797481--32797509	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
32797743--32797827	43	2.0	43	95	0	152	43	7	4	44	1.52
32799360--32799407	22	2.2	21	77	3	51	50	4	2	43	1.33
32800610--32800894	143	2.0	143	92	0	480	28	15	29	25	1.96
32802638--32802755	43	2.8	42	76	6	121	26	17	24	31	1.97
32808834--32808921	44	2.0	44	88	4	133	26	14	26	32	1.95
32810938--32810970	13	2.4	14	85	15	50	0	12	15	72	1.12
32811299--32811367	21	3.4	21	71	15	72	55	7	1	36	1.37
32824329--32824367	19	2.1	19	95	0	69	33	12	15	38	1.85
32825303--32825359	30	1.9	30	82	7	71	42	15	10	31	1.81
32828041--32828144	18	5.8	17	67	17	52	66	0	23	9	1.27
32830462--32830557	43	2.2	43	92	3	158	18	29	29	22	1.98
32840557--32840686	39	3.3	40	86	2	165	26	29	20	23	1.99
32840557--32840740	79	2.3	80	79	7	196	27	27	20	24	1.99
32844965--32845133	46	3.7	46	74	10	164	23	18	27	30	1.98
32856412--32856580	48	3.6	48	81	7	179	28	21	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32858467--32858544	40	2.0	40	87	2	113	26	15	25	32	1.95
32858476--32858577	40	2.5	40	87	0	114	24	16	25	33	1.96
32858564--32858631	28	2.4	28	85	4	84	30	14	26	27	1.95
32861032--32861128	37	2.6	37	80	0	104	30	19	22	26	1.98
32861094--32861210	48	2.4	48	94	0	198	25	17	25	30	1.97
32865624--32865727	40	2.6	40	81	3	111	25	17	25	31	1.97
32865719--32865782	28	2.3	29	81	8	78	25	12	29	32	1.92
32867879--32868109	100	2.3	98	81	4	250	28	19	28	22	1.98
32867828--32868111	50	5.8	48	73	12	202	28	20	27	23	1.99
32875612--32875636	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
32884574--32884903	50	6.7	49	75	10	248	26	19	29	24	1.99
32884529--32884903	50	7.7	48	73	13	155	26	18	29	24	1.98
32884529--32884903	96	3.8	96	77	7	258	26	18	29	24	1.98
32884516--32884903	146	2.6	146	76	10	367	27	18	28	25	1.98
32890699--32890760	30	2.1	30	93	0	106	43	22	14	19	1.87
32898267--32898309	17	2.7	15	77	22	52	46	16	13	23	1.83
32898407--32898584	91	2.0	91	93	2	304	46	16	14	23	1.83
32900359--32900396	19	2.0	20	94	5	69	21	10	2	65	1.35
32905417--32905475	27	2.2	27	78	6	66	18	10	3	67	1.33
32921709--32921831	29	4.2	29	77	0	111	30	13	17	37	1.89
32921837--32922021	29	6.4	29	85	3	144	27	13	18	40	1.88
32921837--32921995	58	2.7	58	85	1	176	27	13	18	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32921839--32922019	87	2.1	87	80	2	193	27	13	18	40	1.88
32921855--32922086	58	4.0	57	83	2	232	27	15	18	38	1.90
32921870--32922058	29	6.5	29	85	1	227	28	15	17	38	1.91
32927715--32927810	26	3.7	26	79	5	104	41	21	15	20	1.90
32927813--32927876	27	2.4	27	89	0	92	35	17	23	23	1.95
32929440--32929498	28	2.1	28	93	0	100	42	16	10	30	1.82
32931302--32931344	16	2.7	16	82	7	52	11	13	9	65	1.48
32934239--32934288	26	1.9	26	87	0	73	42	22	16	20	1.89
32937632--32937828	27	7.3	27	84	5	229	27	24	8	39	1.84
32937632--32937828	107	1.8	107	84	4	272	27	24	8	39	1.84
32937632--32937828	80	2.4	80	84	5	254	27	24	8	39	1.84
32937618--32937848	107	2.2	104	76	10	241	30	22	9	37	1.85
32937873--32937924	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
32938755--32938824	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
32938780--32938851	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
32939044--32939117	31	2.4	30	88	4	121	31	17	24	27	1.97
32957334--32957380	23	2.0	23	100	0	94	34	12	8	44	1.73
32968076--32968220	43	3.4	42	80	7	157	33	24	16	25	1.96
32974914--32974970	28	2.0	28	96	0	105	24	24	14	36	1.92
32985057--32985171	57	2.0	57	96	3	214	46	13	5	34	1.66
32986971--32987130	84	1.9	86	81	5	200	31	27	16	23	1.96
32987006--32987144	43	3.3	42	74	17	119	35	27	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32988259--32988287	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
32993993--32994158	43	3.9	42	77	10	156	29	26	18	25	1.98
32996634--32996803	46	3.7	46	80	6	182	23	28	18	29	1.98
32996593--32996804	94	2.3	91	81	9	243	24	28	18	28	1.98
32998604--32998664	32	1.9	32	83	9	81	37	4	0	57	1.20
32998653--32998696	21	2.1	21	83	8	54	54	2	0	43	1.12
32999078--32999115	17	2.2	18	85	4	51	55	0	0	44	0.99
33000980--33001011	17	1.9	16	93	6	55	0	9	0	90	0.45
33009337--33009421	32	2.7	32	88	0	125	23	37	27	11	1.90
33009343--33009400	18	3.4	18	67	26	54	22	36	29	12	1.90
33015572--33015609	16	2.4	16	100	0	76	47	5	18	28	1.70
33018982--33019157	46	3.8	45	79	14	198	20	19	28	30	1.97
33018979--33019150	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
33026299--33026349	25	2.0	25	92	0	84	19	35	5	39	1.76
33026312--33026364	25	2.1	25	86	6	72	18	35	1	43	1.62
33032661--33032763	27	3.8	26	80	12	109	34	20	25	19	1.96
33034146--33034202	25	2.3	24	87	6	78	19	36	5	38	1.74
33037523--33037551	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
33039504--33039614	42	2.6	42	80	7	118	27	24	18	29	1.98
33041407--33041443	16	2.3	16	90	0	56	43	5	24	27	1.76
33043493--33043840	50	6.9	50	78	5	342	30	24	17	27	1.97
33043546--33043832	101	2.8	101	85	2	378	30	24	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33043493--33043840	151	2.3	151	82	3	405	30	24	17	27	1.97
33043653--33043883	101	2.3	100	83	4	250	34	24	15	25	1.94
33058335--33058443	42	2.6	43	85	5	141	26	17	21	34	1.95
33061430--33061489	27	2.2	27	90	0	93	38	15	18	28	1.91
33061438--33061499	27	2.3	27	91	0	97	35	20	20	22	1.96
33061865--33061906	14	3.1	14	72	6	50	28	23	23	23	2.00
33062031--33062091	22	2.8	22	73	9	61	19	21	24	34	1.96
33062096--33062136	20	2.0	20	90	0	64	17	17	26	39	1.91
33062380--33062440	25	2.4	25	88	0	86	19	19	14	45	1.85
33079991--33080112	6	19.8	6	75	14	106	49	13	18	18	1.80
33079991--33080112	37	3.5	37	79	13	148	49	13	18	18	1.80
33080003--33080112	31	3.4	31	76	14	112	48	13	19	19	1.81
33080614--33080951	27	12.5	27	85	1	399	40	6	21	30	1.79
33081886--33081947	30	2.1	30	96	0	115	27	35	3	33	1.73
33082935--33083059	6	20.3	6	70	16	78	48	12	18	20	1.80
33082956--33083059	31	3.4	31	86	0	145	48	12	19	20	1.81
33083178--33083260	27	3.0	26	77	10	76	34	20	24	20	1.96
33083574--33083837	54	4.9	54	85	3	347	42	8	20	28	1.82
33083562--33083845	81	3.6	79	84	5	367	41	8	21	29	1.81
33083562--33083845	27	10.6	27	83	3	306	41	8	21	29	1.81
33091051--33091144	40	2.3	40	85	3	118	37	25	13	23	1.92
33096844--33097019	46	3.8	46	78	15	191	20	20	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33096841--33097010	93	1.8	93	93	0	295	21	20	28	29	1.98
33108973--33109146	43	4.0	43	77	4	163	29	16	22	31	1.96
33119148--33119174	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
33120971--33121196	40	5.7	40	84	4	269	24	20	26	28	1.99
33120971--33121229	80	3.2	80	82	5	251	25	20	26	27	1.99
33129029--33129254	40	5.7	40	86	4	287	24	21	26	27	1.99
33129029--33129287	80	3.3	79	83	5	292	25	20	26	27	1.99
33129029--33129287	120	2.2	120	81	6	285	25	20	26	27	1.99
33145571--33145681	43	2.6	43	84	5	136	26	15	27	31	1.96
33145587--33145700	43	2.7	43	84	2	140	25	14	29	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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