genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  38  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12610088--12610123	17	2.0	17	89	10	54	77	0	0	22	0.76
12610070--12610123	25	2.1	26	83	16	69	77	3	0	18	0.91
12629576--12629641	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
12629593--12629648	19	2.8	19	94	5	94	35	16	10	37	1.83
12635534--12635575	20	2.1	20	100	0	84	38	4	21	35	1.75
12636174--12636223	22	2.3	22	100	0	100	32	16	30	22	1.95
12637651--12637724	36	2.1	36	94	0	130	22	9	18	48	1.77
12637663--12637739	36	2.1	36	85	0	100	23	14	18	44	1.86
12654389--12654420	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
12654545--12654584	21	1.9	21	90	10	64	25	0	0	75	0.81
12654543--12654575	14	2.4	14	95	5	59	27	0	0	72	0.85
12656025--12656086	32	1.9	33	84	12	85	17	8	12	61	1.55
12659513--12659610	18	5.5	18	86	4	137	36	12	11	39	1.78
12659513--12659619	35	3.0	35	93	4	169	37	13	10	39	1.78
12659807--12660169	132	2.8	132	85	2	446	27	19	17	35	1.94
12659833--12660211	131	2.9	127	81	5	409	27	18	17	36	1.93
12659807--12660246	131	3.3	131	81	5	397	27	18	18	35	1.94
12661820--12661871	24	2.2	24	82	6	61	25	23	15	36	1.93
12661834--12661881	19	2.5	19	86	0	78	22	20	14	41	1.89
12665198--12666404	44	27.4	44	84	1	1405	29	15	30	24	1.95
12667867--12667928	32	1.9	33	84	12	85	17	8	12	61	1.55
12669647--12670049	132	3.1	132	83	2	436	28	18	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12669669--12670061	131	3.0	131	83	2	396	28	18	17	35	1.94
12671238--12671311	35	2.2	33	86	9	98	45	10	5	37	1.62
12675329--12675375	24	2.0	23	92	8	78	55	4	8	31	1.49
12679338--12679418	38	2.1	40	83	4	103	32	8	3	55	1.48
12679542--12679622	24	3.5	22	71	21	67	27	9	3	59	1.46
12680628--12680662	18	1.9	18	88	0	52	45	14	8	31	1.75
12683582--12683665	34	2.5	31	75	19	80	34	7	2	55	1.40
12686861--12686897	19	2.0	18	89	5	56	0	48	0	51	1.00
12687456--12687540	30	2.9	30	81	8	77	34	2	7	56	1.39
12687492--12687559	29	2.3	31	78	14	81	36	2	10	50	1.52
12688751--12688822	22	3.3	22	81	9	69	31	1	2	63	1.17
12693949--12694144	40	4.9	40	88	7	276	23	28	23	24	2.00
12693949--12694144	80	2.5	80	89	5	306	23	28	23	24	2.00
12708927--12709070	75	1.9	74	92	1	243	31	20	20	27	1.97
12709076--12709111	14	2.6	14	90	0	54	25	16	5	52	1.65
12708988--12709196	103	2.0	103	94	0	364	26	18	16	37	1.92
12709104--12709350	87	2.7	89	85	9	304	27	14	19	37	1.92
12710390--12710428	14	2.8	14	88	0	60	0	17	2	79	0.84
12710581--12710614	10	3.5	10	88	4	52	0	47	0	52	1.00
12711837--12711933	32	3.0	32	96	0	185	31	6	23	38	1.80
12713422--12713471	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
12722753--12722979	71	3.2	72	85	2	330	29	16	20	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12722964--12722997	14	2.4	14	95	0	59	17	17	5	58	1.57
12722909--12723072	89	1.8	89	88	0	247	28	17	20	32	1.96
12722998--12723148	73	2.0	73	84	5	196	28	17	21	31	1.97
12723127--12723162	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
12722820--12723318	162	3.1	159	84	7	584	27	16	20	35	1.94
12723535--12723624	44	2.0	43	81	12	103	34	15	18	31	1.93
12724794--12724842	12	4.1	12	78	0	53	32	4	2	61	1.26
12724806--12724910	15	6.4	15	72	23	70	28	3	7	60	1.42
12724857--12724910	16	3.4	17	82	12	71	27	3	5	62	1.34
12724891--12725147	143	1.8	135	81	8	309	30	4	8	56	1.50
12725134--12725161	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
12725134--12725186	11	4.3	13	79	13	51	35	0	1	62	1.06
12725133--12725186	8	6.0	9	80	18	51	37	0	1	61	1.07
12725845--12725906	26	2.4	26	84	7	83	32	1	4	61	1.27
12725845--12725906	27	2.4	25	80	17	65	32	1	4	61	1.27
12726854--12726957	53	1.9	54	88	1	156	48	8	0	43	1.34
12730929--12731047	59	2.0	59	100	0	238	21	18	21	37	1.94
12732650--12732675	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
12740751--12740842	18	5.1	18	83	7	107	32	13	22	31	1.92
12740748--12740842	36	2.6	36	88	6	147	32	13	22	31	1.93
12741710--12741839	61	2.1	62	94	2	226	52	6	4	36	1.49
12744833--12744936	53	1.9	54	86	1	147	47	8	0	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12747980--12748053	37	2.0	37	82	15	91	41	24	8	25	1.82
12756352--12756481	66	2.0	66	96	0	242	36	8	13	41	1.75
12756373--12756507	66	2.0	63	80	10	146	39	11	14	34	1.82
12756730--12756863	42	3.2	42	77	7	121	28	12	26	32	1.93
12756804--12756894	42	2.2	41	80	9	103	30	16	25	27	1.97
12760105--12760135	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
12761036--12761137	38	2.6	41	72	12	104	25	19	27	27	1.99
12761039--12761173	39	3.4	39	76	8	123	25	20	26	27	1.99
12761288--12761328	18	2.3	18	87	8	57	48	0	21	29	1.50
12761813--12761850	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
12772454--12772487	17	2.0	17	100	0	68	23	23	17	35	1.95
12774539--12774639	50	2.0	50	96	0	184	37	7	27	26	1.84
12792194--12792271	43	1.9	42	85	12	110	21	17	10	50	1.76
12792626--12792653	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
12795058--12795111	16	3.4	16	94	0	90	38	3	22	35	1.72
12795042--12795111	32	2.2	32	84	5	88	37	2	24	35	1.70
12795352--12795384	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
12795770--12795854	43	2.0	43	95	0	152	30	27	11	30	1.92
12799952--12800110	68	2.3	70	85	5	214	50	4	32	12	1.60
12802184--12802217	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
12803639--12803825	96	1.9	97	89	3	288	31	25	13	28	1.94
12804532--12804597	12	4.8	14	77	18	68	77	1	0	21	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12804534--12804596	18	3.6	18	82	6	76	77	1	0	20	0.85
12804530--12804597	28	2.5	28	81	15	88	76	1	0	22	0.87
12804544--12804595	5	9.4	5	80	15	50	78	1	0	19	0.84
12804530--12804597	6	11.2	6	76	17	61	76	1	0	22	0.87
12807351--12807383	12	2.8	12	95	0	57	69	0	6	24	1.10
12808801--12808853	18	2.8	18	80	13	54	69	0	7	22	1.13
12810574--12810599	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
12813861--12813895	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
12814139--12814177	19	2.0	20	85	14	55	35	20	0	43	1.52
12818186--12818238	18	2.9	18	80	0	61	39	16	9	33	1.81
12818375--12818483	48	2.3	48	81	0	119	36	25	17	20	1.94
12821652--12821699	25	2.0	24	91	4	78	18	8	8	64	1.46
12822037--12822088	26	2.0	26	100	0	104	30	11	30	26	1.92
12826258--12826299	18	2.4	17	88	4	57	66	2	2	28	1.16
12828289--12828400	51	2.2	51	80	9	120	42	17	17	21	1.89
12829466--12829513	24	2.0	25	95	4	89	20	20	8	50	1.74
12829853--12829941	44	2.0	44	82	4	108	21	17	22	38	1.94
12837856--12837917	31	2.0	31	100	0	124	32	19	16	32	1.94
12838356--12838382	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
12855870--12855900	10	2.9	11	90	9	55	35	0	0	64	0.94
12863094--12863157	30	2.1	31	91	2	103	31	3	7	57	1.43
12863278--12863312	12	2.9	12	91	0	52	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12873041--12873069	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
12873351--12873399	17	2.9	16	75	6	53	36	0	2	61	1.08
12873871--12873939	29	2.5	27	74	6	68	62	0	2	34	1.10
12873997--12874035	19	2.0	20	85	14	55	61	7	5	25	1.44
12874228--12874264	19	1.9	19	88	0	56	32	8	0	59	1.27
12874285--12874338	29	1.9	28	82	14	67	27	5	0	66	1.13
12876387--12876429	14	3.1	14	75	0	50	34	9	13	41	1.77
12876331--12876429	28	3.5	28	74	0	99	37	13	12	37	1.81
12886256--12886431	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
12886252--12886423	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343