genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59748690--59748735	18	2.5	18	85	3	65	32	15	17	34	1.91
59749013--59749069	30	1.9	29	85	3	78	19	40	0	40	1.51
59749710--59749735	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
59756834--59756935	51	2.0	51	98	0	195	29	16	27	26	1.97
59756979--59757073	33	2.9	33	78	9	95	47	17	18	15	1.83
59757269--59757312	22	2.0	22	100	0	88	40	22	27	9	1.84
59759445--59759662	40	5.5	40	87	2	298	24	22	27	26	2.00
59762839--59762900	20	3.0	21	74	9	65	16	32	16	35	1.91
59765730--59765773	21	2.1	21	83	8	54	54	2	0	43	1.12
59774795--59774834	6	6.7	6	100	0	80	32	15	35	17	1.91
59777606--59777673	16	4.4	15	83	5	82	54	5	0	39	1.25
59777616--59777689	16	4.6	16	81	5	87	56	5	0	37	1.22
59777606--59777673	31	2.2	31	94	0	118	54	5	0	39	1.25
59777609--59777706	16	5.9	18	72	22	81	55	5	0	39	1.22
59777695--59777842	45	3.4	43	76	17	112	31	2	4	62	1.27
59778217--59778254	19	1.9	19	85	15	51	10	28	2	57	1.45
59782835--59782882	26	1.9	24	83	8	60	35	22	0	41	1.54
59785091--59785234	27	5.4	26	83	3	171	21	17	24	36	1.94
59785091--59785294	80	2.5	80	82	6	236	23	15	25	35	1.94
59794182--59794313	40	3.3	40	85	3	151	26	27	20	25	1.99
59794210--59794361	79	1.9	80	82	6	193	26	26	20	26	1.99
59801415--59801600	80	2.3	81	82	6	218	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59801415--59801600	40	4.6	41	75	9	186	26	26	22	24	2.00
59804278--59804682	47	8.6	47	94	1	684	32	7	30	29	1.85
59809383--59809434	26	2.0	26	85	7	70	46	15	3	34	1.64
59810591--59810697	28	3.7	27	71	21	74	25	27	20	27	1.99
59810726--59810781	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
59812884--59812908	9	2.8	9	100	0	50	60	16	0	24	1.36
59823574--59823791	40	5.5	40	85	4	266	25	27	23	22	2.00
59831676--59831893	40	5.5	40	89	4	293	25	28	23	22	1.99
59838582--59838689	43	2.5	43	87	3	155	36	24	13	25	1.93
59844172--59844210	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
59844172--59844218	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
59845338--59845380	20	2.2	20	100	0	86	18	25	37	18	1.94
59848852--59848921	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
59848852--59848949	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
59857157--59857226	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
59857157--59857254	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
59859023--59859130	56	1.9	57	94	3	191	41	13	9	35	1.77
59861278--59861327	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
59861460--59862180	241	3.0	241	95	0	1309	34	18	14	33	1.91
59862366--59862537	9	18.6	9	72	16	129	47	20	0	31	1.55
59862383--59862504	39	3.0	39	91	6	181	46	20	0	32	1.51
59864323--59864507	67	2.8	64	87	6	264	23	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59871612--59871650	19	2.1	19	95	0	69	23	23	53	0	1.46
59874904--59874999	28	3.4	28	85	5	106	33	27	12	27	1.92
59883321--59883390	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
59883321--59883418	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
59887724--59887788	27	2.4	27	84	0	76	27	24	6	41	1.78
59887823--59887943	27	4.5	26	77	8	100	42	23	6	27	1.78
59887955--59888006	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
59888047--59888124	27	2.9	27	74	11	79	37	21	21	19	1.95
59888934--59889003	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
59888959--59889030	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
59889223--59889305	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
59892388--59892441	28	1.9	28	85	14	76	46	1	0	51	1.11
59892388--59892452	26	2.4	28	80	15	73	44	1	0	53	1.09
59892522--59892552	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
59892590--59892646	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
59892941--59893018	25	3.2	25	66	10	70	60	5	5	29	1.40
59892908--59893024	49	2.5	49	90	5	179	61	4	5	28	1.38
59893153--59893182	14	2.1	14	93	0	51	40	16	6	36	1.75
59898566--59898962	27	14.7	27	87	5	486	34	17	22	24	1.96
59898921--59898989	36	1.9	36	90	0	111	34	17	23	24	1.96
59906388--59906416	14	2.0	15	93	6	51	75	6	0	17	1.01
59907343--59907420	25	3.1	25	75	0	84	23	23	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59911116--59911146	9	3.4	9	95	0	53	38	12	12	35	1.82
59911329--59911384	11	4.9	11	71	16	51	16	14	17	51	1.76
59915628--59915713	31	2.8	31	82	8	113	26	25	15	32	1.95
59915932--59916000	25	2.8	25	93	0	111	26	24	24	24	2.00
59916049--59916093	21	2.2	20	92	4	72	31	15	17	35	1.92
59916049--59916093	10	4.4	10	91	5	72	31	15	17	35	1.92
59920222--59920446	40	5.6	40	83	2	281	23	26	24	25	2.00
59920186--59920446	80	3.3	80	82	3	294	24	25	24	26	2.00
59932504--59932532	14	2.1	14	100	0	58	34	13	27	24	1.93
59933550--59933598	18	2.6	20	75	12	50	57	2	6	34	1.35
59936934--59936977	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
59938041--59938082	20	2.2	19	86	4	57	4	38	0	57	1.20
59939473--59939531	20	3.0	20	73	9	66	40	8	16	33	1.79
59939582--59939746	23	7.0	24	85	8	223	28	21	21	28	1.99
59939583--59939725	47	3.1	47	89	5	236	28	21	20	29	1.98
59939940--59940002	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
59947445--59947528	44	1.9	44	85	4	116	38	11	25	25	1.90
59947668--59947789	47	2.6	47	94	0	208	36	14	22	25	1.93
59947534--59947803	95	2.9	92	73	9	213	35	18	23	22	1.96
59947776--59947972	107	1.8	107	87	1	295	34	17	25	22	1.96
59947768--59947974	54	3.9	54	82	3	238	34	17	25	22	1.96
59948078--59948111	16	2.1	17	88	5	52	32	2	20	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59948600--59948711	55	2.0	55	94	0	197	33	5	22	39	1.77
59956661--59956718	28	2.1	28	100	0	116	13	6	17	62	1.52
59964063--59964288	127	1.8	125	84	6	314	39	4	7	48	1.53
59964308--59964341	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
59965890--59965914	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
59969606--59969650	22	2.0	22	100	0	90	33	17	17	31	1.94
59972725--59972977	47	5.4	47	92	0	389	28	30	8	32	1.86
59989257--59989408	40	3.8	40	87	2	200	21	25	27	25	1.99
59999604--59999830	48	4.7	49	78	7	239	27	21	27	23	1.99
60011304--60011380	29	2.7	29	91	0	118	25	29	16	27	1.97
60011603--60011653	24	2.1	24	89	7	77	11	23	13	50	1.74
60016423--60016515	43	2.2	43	80	7	109	35	26	16	21	1.94
60022564--60022715	46	3.4	46	80	2	175	26	14	23	36	1.93
60023579--60023642	33	1.9	33	90	0	101	23	26	25	25	2.00
60023606--60023665	28	2.2	27	87	3	84	26	26	26	20	1.99
60023788--60023858	26	2.7	26	95	0	124	40	21	22	15	1.90
60023874--60023938	27	2.4	27	84	5	78	35	23	20	21	1.96
60024079--60024183	27	3.9	27	74	9	90	21	20	21	35	1.96
60024221--60024401	54	3.3	54	79	6	179	33	8	16	41	1.79
60024204--60024462	81	3.2	81	80	1	259	32	9	18	39	1.84
60024221--60024455	27	8.7	27	74	9	156	32	10	17	39	1.84
60027177--60027239	33	1.9	33	87	6	92	33	20	9	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60044910--60044952	16	2.7	16	75	13	52	37	11	11	39	1.78
60045191--60045255	32	2.0	33	82	8	80	40	23	12	24	1.89
60047837--60048022	96	1.9	96	83	4	241	32	20	13	32	1.92
60055297--60055528	56	4.1	56	99	0	455	44	9	23	22	1.81
60055601--60055634	10	3.4	10	91	0	50	82	0	17	0	0.67
60056012--60056193	40	4.6	40	80	6	192	25	20	27	26	1.99
60056062--60056226	79	2.1	79	82	6	192	26	19	26	27	1.99
60062642--60062817	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
60062887--60062920	10	3.4	10	91	0	50	82	0	17	0	0.67
60063295--60063479	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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