genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13793973--13794019	22	2.1	22	100	0	94	40	12	8	38	1.74
13794068--13794128	13	4.7	13	85	0	86	37	29	8	24	1.84
13794065--13794128	26	2.5	26	89	0	110	35	28	7	28	1.85
13795550--13795707	43	3.7	44	78	14	159	33	25	13	27	1.94
13796996--13797027	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
13801218--13801254	8	4.6	8	86	0	56	10	5	0	83	0.79
13803310--13803417	29	3.8	29	81	6	130	28	29	15	25	1.96
13803307--13803417	58	1.9	58	87	1	161	28	30	15	25	1.96
13806165--13806207	18	2.3	18	84	11	52	18	0	30	51	1.47
13816757--13816989	120	1.9	120	95	0	421	29	20	14	35	1.92
13835131--13835360	48	4.9	48	77	11	240	28	25	18	27	1.98
13837993--13838108	27	4.3	26	88	5	151	37	23	23	16	1.94
13837993--13838108	54	2.1	54	88	3	171	37	23	23	16	1.94
13839725--13839782	26	2.2	26	90	0	89	32	24	6	36	1.82
13842915--13843097	57	3.2	57	86	4	244	26	22	18	32	1.97
13851368--13851429	28	2.2	28	88	0	88	25	14	32	27	1.95
13851712--13851969	27	9.6	27	80	6	245	39	19	9	31	1.84
13851733--13851998	81	3.3	79	83	5	291	39	18	9	31	1.83
13851953--13852012	27	2.2	27	84	0	75	46	13	11	28	1.78
13851733--13851998	54	4.9	54	76	9	204	39	18	9	31	1.83
13860274--13860333	29	2.0	30	90	6	95	45	1	11	41	1.50
13867488--13867551	26	2.4	26	82	10	76	32	9	3	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13868995--13869057	30	2.1	31	84	3	83	55	3	3	38	1.32
13872898--13872999	52	2.0	52	88	3	152	50	9	0	38	1.42
13873066--13873106	22	1.9	21	85	5	55	70	2	7	19	1.22
13876290--13876333	11	4.2	10	85	8	52	50	0	0	50	1.00
13876291--13876333	20	2.1	20	87	12	61	51	0	0	48	1.00
13880530--13880581	24	2.2	24	100	0	104	34	13	19	32	1.90
13881415--13881519	35	3.1	33	67	20	83	56	1	9	32	1.43
13881346--13881639	70	4.2	65	74	13	205	58	3	7	29	1.44
13881451--13881620	73	2.3	75	81	7	193	59	4	7	28	1.44
13883056--13883228	89	1.9	89	83	2	222	30	22	14	32	1.94
13883066--13883365	44	6.6	44	74	8	217	31	21	14	33	1.93
13883181--13883279	51	1.9	51	87	4	146	33	18	11	37	1.86
13884608--13884646	19	2.0	20	90	5	62	43	5	23	28	1.75
13893958--13894025	34	2.0	34	85	5	93	29	23	26	20	1.99
13900276--13900310	15	2.2	16	90	5	54	37	8	2	51	1.47
13901219--13901326	25	4.3	25	69	0	81	30	18	25	25	1.98
13901219--13901344	50	2.5	50	84	0	153	30	18	26	25	1.98
13901263--13901361	50	2.0	50	84	4	128	32	19	23	25	1.97
13911566--13911617	26	2.0	26	100	0	104	57	11	7	23	1.59
13911758--13911954	67	3.2	58	75	20	200	52	5	2	39	1.39
13912276--13912313	19	2.0	19	89	0	58	26	28	7	36	1.84
13917376--13917427	27	2.0	26	88	3	77	36	17	25	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13919530--13919602	33	2.2	33	85	7	96	31	6	13	47	1.69
13921083--13921145	31	2.0	31	96	0	117	20	17	15	46	1.85
13922172--13922231	30	2.0	30	100	0	120	33	13	23	30	1.93
13922216--13922328	57	2.0	57	94	0	199	25	30	13	30	1.94
13925859--13925889	15	2.1	15	93	0	53	51	16	12	19	1.76
13928298--13928458	35	4.6	35	78	4	164	42	18	9	29	1.82
13932307--13932351	22	2.0	22	100	0	90	40	17	17	24	1.91
13935910--13936070	35	4.6	35	81	3	180	41	19	8	31	1.80
13940881--13940918	20	1.9	20	84	10	51	39	0	7	52	1.31
13941191--13941260	25	2.8	25	84	4	88	28	21	14	35	1.92
13947125--13947179	26	2.1	26	86	3	74	20	12	12	54	1.70
13948020--13948086	33	2.0	33	91	0	107	37	20	19	22	1.95
13950951--13950990	21	2.0	21	95	5	73	25	25	35	15	1.94
13958345--13958404	29	2.1	29	84	3	77	46	1	23	28	1.62
13970185--13970314	66	1.9	68	80	10	149	33	15	31	20	1.93
13970754--13970797	20	2.1	21	83	8	54	56	4	4	34	1.40
13974388--13974492	55	1.9	55	84	0	138	18	31	23	26	1.97
13977395--13977423	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
13989490--13989620	49	2.6	50	90	1	201	41	11	13	32	1.80
13992080--13992145	29	2.3	28	79	7	78	16	27	12	43	1.83
13991934--13992158	118	1.9	119	87	2	328	23	24	11	40	1.87
13997225--13997265	21	2.0	20	86	9	57	48	17	14	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14013138--14013226	42	2.1	42	95	0	160	15	35	24	23	1.94
14017255--14017409	39	4.0	39	87	3	145	27	30	21	20	1.98
14017254--14017413	78	2.1	78	83	4	198	28	29	20	21	1.98
14017288--14017413	39	3.2	39	94	0	207	27	30	20	21	1.98
14022695--14022820	39	3.2	39	93	0	207	27	29	21	21	1.98
14023327--14023366	20	2.0	20	85	5	53	32	7	0	60	1.25
14029022--14029049	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
14034220--14034278	31	2.0	31	83	6	77	47	10	6	35	1.64
14038940--14038988	25	2.0	25	91	0	80	32	0	2	65	1.04
14039046--14039094	20	2.4	21	84	15	68	32	0	4	63	1.13
14039047--14039094	21	2.1	23	85	14	64	33	0	4	62	1.14
14039114--14039154	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
14039472--14039506	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
14039577--14039729	67	2.3	64	81	7	173	28	4	12	54	1.57
14051220--14051715	45	11.0	44	67	16	268	30	15	27	27	1.96
14051220--14051764	90	6.1	90	88	2	774	30	15	27	26	1.96
14053330--14053378	25	2.0	25	91	0	80	32	0	2	65	1.04
14053432--14053479	12	4.2	12	76	15	57	31	0	2	66	1.03
14053435--14053484	21	2.4	21	84	12	68	32	0	4	64	1.12
14053504--14053544	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
14053862--14053896	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
14055297--14056552	423	3.0	423	92	0	1992	32	14	20	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14057992--14058037	18	2.6	18	90	10	69	69	0	26	4	1.07
14058647--14058683	19	1.9	19	89	10	58	54	2	5	37	1.38
14060528--14060590	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
14060713--14060745	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
14061910--14061940	16	1.9	16	93	0	53	48	16	6	29	1.70
14062059--14062158	44	2.4	42	77	13	98	35	0	8	57	1.28
14062102--14062156	20	2.7	20	80	8	58	32	0	5	61	1.19
14068663--14068727	32	2.0	32	96	0	121	27	9	26	36	1.87
14074749--14074814	24	2.6	26	80	17	77	56	0	1	42	1.08
14074859--14074899	18	2.2	19	91	4	66	70	0	4	24	1.06
14085750--14085776	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
14091905--14092536	316	2.0	316	97	0	1192	32	18	21	28	1.97
14097967--14098307	48	7.1	48	96	0	619	35	6	27	31	1.81
14098454--14098562	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
14101153--14101319	43	3.9	43	75	6	151	31	23	16	28	1.96
14106339--14106387	25	2.0	25	91	0	80	34	4	4	57	1.37
14107293--14107354	16	3.9	16	85	4	72	41	6	22	29	1.78
14107532--14107662	61	2.2	58	82	6	147	51	3	0	43	1.25
14112215--14112434	48	4.6	49	77	4	216	24	18	28	28	1.98
14112215--14112433	96	2.3	96	81	4	264	24	18	28	28	1.98
14114454--14114822	185	2.0	185	95	0	666	34	11	18	34	1.88
14118906--14119042	40	3.4	40	84	0	139	29	13	21	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14119007--14119158	78	1.9	78	89	0	232	31	15	21	31	1.94
14123400--14123791	47	8.4	47	94	1	655	32	8	29	28	1.88
14123910--14123988	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
14125833--14125933	44	2.4	43	90	9	156	21	15	34	27	1.94
14125915--14125987	28	2.6	29	84	8	96	26	16	31	26	1.96
14126293--14126522	38	6.1	38	86	9	296	23	23	27	26	2.00
14126293--14126522	77	3.1	76	87	8	305	23	23	27	26	2.00
14130072--14130421	47	7.4	47	91	1	547	33	8	29	28	1.87
14135534--14135652	29	4.2	30	78	8	133	26	28	14	30	1.95
14138204--14138241	19	2.0	19	85	10	51	28	23	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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